#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 14, 2026; 5:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bonito G.M. 2012. Historical biogeography and diversification of truffles in the Tuberaceae and their newly identified Southern hemisphere sister lineage. PLOSone, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13537] [ The following blocks are input data for analysis step 10278 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10278; DIMENSIONS NTAX=79; TAXLABELS Balsamia_MES84 Balsamia_SRC395 Balsamia_SRC868 Choiromyces_meandriformis_RH691_Iowa Dingleya_JT20122_Australia Dingleya_JT27860_Australia Dinglyea_JT27686_Australia Dinglyea_JT31036_Australia Gymnohydnotrya_australiana_JT19760 Gymnohydnotrya_australiana_OSC130601 Helvella_acetabulum_MES215 Helvella_lacunosa_MES218 Helvella_lacunosa_MES286 Labyrinthomyces_JT25359_Australia Labyrinthomyces_JT28801_Australia Leppia_JT28813_Australia Leppia_holotype_Australia Nothojafnia_cf_thaxterii_N10_Argentina Reddellomyces_JT27799_Australia Reddellomyces_JT4985_Australia Reddellomyces_JT6873_Australia Tuber_aestivum_GB202_Italy Tuber_aestivum_OSC61974_Serbia Tuber_anniae_JT13209_Washington_holotype Tuber_anniae_JT22695_Oregon Tuber_asa_M1828_Italy Tuber_beyeleri_JT32597_Oregon Tuber_borchii_GB1_Italy Tuber_borchii_GB14_Italy Tuber_californicum_JT28058_California Tuber_canaliculatum_JT28215_New_Jersey Tuber_canaliculatum_OSC59072_West_Virginia Tuber_cf_borchii_China Tuber_dryophilum_GB35_Italy Tuber_dryophilum_GB37_Italy Tuber_ferrugineum_MA2721_Italy Tuber_fulgens_M2435_Italy Tuber_gennadii_BM667_Spain Tuber_gennadii_JT9627_Spain_paratype Tuber_gennadii_M1904_Italy Tuber_gibbosum_JT26632_Washington Tuber_gibbosum_JT30580_Oregon Tuber_indicum_A_GB236_China Tuber_indicum_A_GB240_China Tuber_indicum_B_JT29410_Oregon Tuber_liaotongense_OSC87602_China Tuber_macrosporum_JT13362_Italy Tuber_magnatum_GB12_Italy Tuber_magnatum_GB13_Italy Tuber_malacodermum_JT32319_Spain Tuber_melanosporum_GB200_Italy Tuber_mesentericum_CW105_Sweden Tuber_multimaculatum_OSC62169_Spain_paratype Tuber_nitidum_BM105_Spain Tuber_oregonense_JT27985_Oregon_paratype Tuber_oregonense_JT30493_Oregon_paratype Tuber_regimontanum_ITCV909_Mexico_holotype Tuber_rufum_GB213_Italy Tuber_sancarloensis_ITCV181_Mexico_holotype Tuber_sancarloensis_ITCV885_Mexico Tuber_sp__JT9953_Quebec Tuber_sp_ITCV884_Mexico Tuber_sp_ITCV910_Mexico Tuber_sp_JT32567_Mexico Tuber_sp_RH73_Iowa Tuber_sp_RH8270753_Iowa Tuber_sp_TB10248_New_York Tuber_sp1_K201_Japan Tuber_sp14_K186_Japan Tuber_sp2_K215_Japan Tuber_sp7_K408_Japan Tuber_sp8_K228_Japan Tuber_sp9_K213_Japan Tuber_sp9_K214_Japan Tuber_sphaerosporum_JT12487_Oregon Tuber_spinoreticulatum_U188_Maryland_isotype Underwoodia_beatonii_JT28375_Australia Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia Underwoodia_singeri_mes161_Chile ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Underwoodia_beatonii_JT28375_Australia ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACAAGATCGGTGGTATTGGAACGGTCCCTGTCGGCCGTGTTGAGACTGGAATTATTAAGCCCGGTATGGTCGTTACCTTCGCTCCGGCTGGTGTCACTACTG-AAGTGAAGTCCGTTGAAATGCACCACGAGCAACTTACTGAGGGTCTTCCTGGTGACAATGTTGGTTTCAACGTC-AAGAACGTTTCCGTAAAGGAAATTAGACGTAAGTGCT------CTTGTACCACATTTTCGATAACGGCTAGCTAATATCGATTAGGTGGAAACGTCGCTGGTGACTCCAAGAACGACCCCCCCAAGGGTGCCGAATCTTTCAACGCCCAGGTCATTCTTATGAACCACCCTGGGCAGGTTGGAAACGGGTACGCCCCAGTTCTTGACTGCCACACCGCCCATATTGCCTGCAAGTTCGCCGAACTCATTGAGAAGATCGACCGTCGTACCGGAAAGTCAGTCGAGCAGGCTCCTAAGTTCATCAAGTCT-------------------------------------------------------GGTGACGCCGCTATCGTCAAGATGATTCCTTCCAAGCCCATGTGTGTTGAGGCTTTCACCGAATACCCTCCTCTCGGACGTTTCGCCGTCCGTGACATGAGACAGACCGTCGCCGTCGGGTGT Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATCAAGAAGGTTGGGTTCAACCCCAAGTCT-GTTC-CTTTCGTTCCCATCTCTGG-TTTCAACGGTTCGTCAATCC-TTCCT-----GATTTTTCTCCATCTCAGT-TTCTAATAATATCT---AGGTGACAACATGATCGACACCTCCTCCAAC{AT}GCCCCTGGTACAAGGGATGGGATAAGGAGACAAAGGCCGGAAAGTCCTCTGGAAAGACCCTTCTTGACGCTATTGACTCCATTGAG-CCCCCAAGCCGTCCTTC-GGACAAGCCTCTCCGTCTTCCTCT-ACAGGACGTTTACAAGATCGGTGGTATTGGAACGGTCCCTGTCGGCCGTGTTGAGACTGGAATTATTAAGCCCGGTATGGTCGTTACCTTCGCTCCGGCTGGTGTCACTACTG-AAGTGAAGTCCGTTGAAATGCACCACGAGCAACTTACTGAGGGTCTTCCTGGTGACAATGTTGGTTTCAACGTC-AAGAACGTTTCCGTAAAGGAAATTAGACGTAAGTGCT------CTTGTACCACATTTTCGATAACGGCTAGCTAATATCGATTAGGTGGAAACGTCGCTGGTGACTCCAAGAACGACCCCCCCAAGGGTGCCGAATCTTTCAACGCCCAGGTCATTCTTATGAACCACCCTGGGCAGGTTGGAAACGGGTACGCCCCAGTTCTTGACTGCCACACCGCCCATATTGCCTGCAAGTTCGCCGAACTCATTGAGAAGATCGACCGTCGTACCGGAAAGTCAGTCGAGCAGGCTCCTAAGTTCATCAAGTCT-------------------------------------------------------GGTGACGCCGCTATCGTCAAGATGATTCCTTCCAAGCCCATGTGTGTTGAGGCTTTCACCGAATACCCTCCTCTCGGACGTTTCGCCGTCCGTGACATGAGACAGACCGTCG??????????? 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