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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Bonito G.M. 2012. Historical biogeography and diversification of truffles in the
Tuberaceae and their newly identified Southern hemisphere sister lineage. PLOSone,
.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13537]

[ The following blocks are input data for analysis step 10279 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep10279;
        DIMENSIONS NTAX=68;
        TAXLABELS
            Balsamia_MES84
            Balsamia_SRC395
            Balsamia_SRC868
            Choiromyces_alveolatus_97
            Choiromyces_meandriformis_DL_Oregon
            Choiromyces_meandriformis_RH691_Iowa
            Dingleya_JT31575_Australia
            Gymnohydnotrya_australiana_JT19760
            Gymnohydnotrya_australiana_OSC130601
            Helvella_acetabulum_MES215
            Helvella_lacunosa_MES218
            Helvella_lacunosa_MES286
            Helvella_macropus_MES198
            Labyrinthomyces_JT27750_Australia
            Labyrinthomyces_JT28821_Australia
            Nothojafnia_cf_thaxterii_N10_Argentina
            Reddellomyces_JT27723_Australia
            Reddellomyces_JT27724_Australia
            Reddellomyces_JT4985_Australia
            Reddellomyces_JT6873_Australia
            Tuber_aestivum_GB202_Italy
            Tuber_aestivum_JT30500_Sweden
            Tuber_asa_M1828_Italy
            Tuber_bellisporum_JT11679_Oregon_holotype
            Tuber_beyeleri_JT32597_Oregon
            Tuber_borchii_GB1_Italy
            Tuber_borchii_GB14_Italy
            Tuber_brumale_GB21_Italy
            Tuber_brumale_GB22_Italy
            Tuber_californicum_JT28058_California
            Tuber_canaliculatum_JT28215_New_Jersey
            Tuber_canaliculatum_OSC59072_West_Virginia
            Tuber_castellanoi_JT28069_California_holotype
            Tuber_cf_borchii_China
            Tuber_dryophilum_GB37_Italy
            Tuber_gennadii_BM667_Spain
            Tuber_gennadii_JT9627_Spain_paratype
            Tuber_gennadii_M1904_Italy
            Tuber_gibbosum_JT26632_Washington
            Tuber_gibbosum_JT30580_Oregon
            Tuber_indicum_A_GB236_China
            Tuber_indicum_A_GB240_China
            Tuber_indicum_B_JT29410_Oregon
            Tuber_lyonii_GA21_Georgia
            Tuber_lyonii_OSC58244_Texas
            Tuber_magnatum_GB12_Italy
            Tuber_magnatum_GB13_Italy
            Tuber_malacodermum_JT32319_Spain
            Tuber_melanosporum_GB200_Italy
            Tuber_mesentericum_CW105_Sweden
            Tuber_nitidum_BM105_Spain
            Tuber_oregonense_GB284_Oregon_holotype
            Tuber_oregonense_JT30493_Oregon_paratype
            Tuber_regimontanum_ITCV909_Mexico_holotype
            Tuber_shearii_OSC51052_North_Carolina
            Tuber_sp_ITCV908_Mexico
            Tuber_sp_ITCV910_Mexico
            Tuber_sp_JT13224_West_Virginia
            Tuber_sp_RH73_Iowa
            Tuber_sp_RH8270753_Iowa
            Tuber_sp1_K201_Japan
            Tuber_sp14_K186_Japan
            Tuber_sp2_K215_Japan
            Tuber_sp8_K228_Japan
            Tuber_sp9_K213_Japan
            Tuber_spinoreticulatum_U188_Maryland_isotype
            Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia
            Underwoodia_singeri_mes161_Chile
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M14820]

	TITLE Fig3d_Tuberaceae_RPB2;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10279;
	DIMENSIONS NCHAR=1165;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                         10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000       1010       1020       1030       1040       1050       1060       1070       1080       1090       1100       1110       1120       1130       1140       1150       1160       1170 ]
[                                                          .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         . ]
Balsamia_MES84                                    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGATG-TCTAC-AAGTACTTGGAA-AAATGTGTC?AAACA-GGT-AAAGATTTCAACCTCACGCTCGCCGTTAAGTCGAA-CACCATTACCAACGGGCTTAAGTACTCTCTCGCTACGGGGAATTGGGGTGAGCAGAAAAAAGCGGCATCCTCTAAGGCGGGCGTTTCCCAAGTCTTGAACCGGTATACGTTTGCCTCCACCCTGTCACATTTGCGAAGAACAAATACTCCAATTGGGAGAGACGGGAAAATTGCTAAACCTCGC-CAATTACATAATACACATTGGGGTTTGGTTTGTCCTGCTGAAACCCCAGAAGGGCAGGCTTGCGGTCTCGTCAAGAACTTGTCATTGATGTC-TTATATCACTATTGGAACACCTGGA-TATCCTTTGGTTGACTTTTTGTCATCCAATGACATGGAATTGCTCGAGGAGTACGAGCCACAGC-GGTCGCCTAATGCCACCAAGGTTTTCGTCAATGGAGTTTGGGTTGG-CACCCATCGAGACCCACTCATGTTAGCCAAAGTGGTTCAAGACGTCAGGAGGCAAGGCGTCGTCAGCCACGAGGTCAGCGTCATCCGAGACATCCGGGACAGAGAGTTCAAAATTTTC-ACTGATGCCGGACGAGTTTGCCGCCCCCTGTTCG-TAATTGATAACGACCCACGAAGCGAGCGAAGAGGCCAGCTTATGCTACAGAAGGAGCACATCGAGAGGCTCGAA-GACGATCACA-CGCTAGGCCCAGATGAAAAGTTTGGTTGGGAAGGTTTATTGTATGCCGGGGCCGTCGAATATCTGGA-TGCGGAGGAAGAGGA-AGGTGTTATGATCGTGATGACACCC-GAAGACCT-CGACCTTTCCAGGCAAGTACTACTAGGATATGAAATCGAACAAGAAACCGACCAGGCAAAGAGGGTGAAGGCGCC-GATTAACACTTCT-A-CGCATACCTGGACGCACTGCGAGATTCACCCCAGC-ATGATCCTTGGGATATGCGCGAGCATCATTCCGTTCCCGGATCACAATCAGGTTAGTCTCCCACTCATGCGGCCCTGAAAACGCTCCCACTAATCA????????
Balsamia_SRC395                                   ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTTGGAA-AAATGTGTCGAAACG-GGT-AAAGATTTCAACCTTACGCTTGCCGTC?GGTC?AA-CACCATTACCAACGGGCTTAAGTACTCTCTCGCTACGGGGAATTGGGGTGAGCAGAAAAAAGCAGCATCCTCCAAGGCGGGCGTTTCCCAAGTCTTGAACCGGTATACGTTTGCCTCCACCTTGTCACATTTGCGAAGAACAAATACTCCAATTGGGAGGGACGGGAAAATTGCTAAACCTCGT-CAATTGCACAATACACATTGGGGTTTGGTTTGTCCTGCTGAAACCCCGGAAGGCCAGGCTTGCGGTCTCGTCAAGAACTTGTCATTGATGTC-TTATATCACTATTGGAACACCTGGA-TATCCTTTGGTTGACTTTTTGTCATCCAATGACATGGAATTGCTCGAGGAGTACGAGCCACAGC-GGTCGCCTAATGCCACTAAGGTTTTCGTCAATGGGGTTTGGGTCGG-CACCCACCGAGACCCGCTCATGTTAGCCAAAGTGGTCCAAGACGTCAGAAGGCAAGGCGTCGTCAGCCACGAGGTCAGCGTCATCCGGGACATCCGGGACAGGGAGTTCAAAATTTTC-ACTGATGCCGGACGAGTTTGCCGCCCCCTGTTCG-TAATTGATAACGACCCAAGAAGCGAGCGAAGAGGTCAGCTTATG?TACAGAAGGAGCATATCGAGAGGCTCGAA-GACGATCACA-CGCTAGGCCCGGATGAAAAGTTTGGTTGGGAAGGTTTATTGTATGCCGGGGCCGTCGAATATCTGGA-TGCGGAGGAAGAGGA-AGGTGTTATGATTGTGATGACGCCC-GAGGACCT-CGACCTTTCTAGGCAAGTGCTACTAGGATATGAAATCGAACAAGAAACCGACCAGGCAAAGAGGGTGAAGGCGCC-GATTAACACTTCT-A-CGCATACCTGGACGCACTGCGAGATTCACCCCAGC-ATGATCCTTGGGATATGTGCTAGCATCATTCCGTTCCCGGATCACAATCAGGTTAGCCCCCCCACCCATACGGCTTTGAAAACGCTCCCACTAATCACGAG???
Balsamia_SRC868                                   ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TG-TCTAC-AAGTACTTGGAA-AAATGTGTCGAAACA-GGT-AAAGATTTCAACCTCACGCTCGCCGTTAAGTC?AA-CACCATTACCAACGGGCTTAAGTACTCTCTCGCTACGGGGAATTGGGGTGAGCAGAAAAAAGCGGCATCCTCCAAGGCGGGCGTTTCCCAAGTCTTGAACCGGTATACGTTTGCCTCCACCCTGTCACATTTGCGAAGAACAAATACTCCAATTGGGAGGGACGGGAAAATTGCTAAACCTCGC-CAATTACATAATACACATTGGGGTTTGGTTTGTCCTGCTGAAACCCCAGAAGGGCAGGCTTGCGGTCTCGTCAAGAACTTGTCATTGATGTC-TTATATCACTATTGGAACACCTGGA-TATCCTTTGGTTGACTTTTTGTCATCCAATGACATGGAATTGCTCGAGGAGTACGAGCCACAGC-GGTCGCCTAATGCCACCAAGGTTTTCGTCAATGGAGTTTGGGTTGG-CACCCATCGAGACCCACTCATGTTAGCCAAAGTGGTTCAAGACGTCAGGAGGCAAGGCGTCGTCAGCCACGAGGTCAGCGTCATCCGAGACATCCGGGACAGAGAGTTCAAAATTTTC-ACTGATGCCGGACGAGTTTGCCGCCCCCTGTTCG-TAATTGATAACGACCCACGAAGCGAGCGAAGAGGCCAGCTTATGTTACAGAAGGAGCACATCGAGAGGCTCGAA-GACGATCACA-CGCTAGGCCCAGATGAAAAGTTTGGTTGGGAAGGTTTATTATATGCCGGGGCCGTCGAATATCTGGA-TGCGGAGGAAGAGGA-AGGTGTTATGATCGTGATGACACCC-GAAGACCT-CGACCTTTCCAGGCAAGTACTACTAGGATATGAAATCGAACAAGAAACCGACCAGGCAAAGAGGGTGAAGGCGCC-GATTAACACTTCT-A-CGCATACCTGGACGCATTGCGAGATTCACCCCAGC-ATGATCCTTGGGATATGCGCGAGCATCATTCCGTTCCCGGATCACAATCAGGTTAGTCTCCCACTCATGCGGCCCTGAAAACGCTC??????????????????
Choiromyces_alveolatus_97                         ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CTG-ATGGGC??C?AGCCA-TG----GGATTTCAATCTGACTTTAGCCGTCAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGTCTGAAATATTCTTTGGCAACAGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCATCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGATATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATCGGCAGAGACGGAAAAATAGCAAAGCCCCGT-CAGTTGCATAATACCCATTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGCCTTGTCAAAAACTTGTCTCTGATGTC-CTATATCACTATTGGCACTCCCGGA-TACCCCTTAGTTGACTTTTTGTCGTCTAATGATATGGAATTACTTGAGGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCGAATGCCACTAAAGTTTTCGTCAACGGGGTCTGGGTTGG-AACTCACCGCGATCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAGGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTCAGTGTCATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACGGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTTTTTG-TTATCGACAACGACCCTCGTAGCGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTGCAGAAGGAGCATATAGAAAAACTTGAA-GATGATCATC-AACTAGAAATAGAGGATAGATTTGGCTGGGAAGGTCTACTTTTTGCAGGAGCTGTGGAGTATCTTGA-TGCAGAAGAAGAAGA-GGGTGTTATGATTGTCATGACACCT-GAAGATCT-CGATTTGTCGCGACAGGTTCAATTGGGCTATGAGA?TGAACAGGAAACCGACCAGGCCAAGAGGGTGAAAGCGCC-GATCAATTCTACG-A-CTCATACCTGGACACATTGCGAGATTCATCCAAGTAATGATTCTT-GAATCTGTGCCAGTATTATTCCGTTCCCCGACCATAATCAGTATG--TTCT???????????????????????????????????????????
Choiromyces_meandriformis_DL_Oregon               ???????????????????????????GGCCCCTGCTAGCAGGACTTTTCCGGACTCTTTGGAG-AAA-CTCACGAAAGACG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTCGAGACC-AGT-AAAGATTTCAATCTGACTTTAGCCGTTAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGTCTAAAATATTCTTTGGCAACCGGTAACTGGGGAGAACAAAAGAAAGCAGCGTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGATATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATCGGCAGAGACGGAAAAATAGCAAAGCCCCGT-CAGTTGCATAATACCCATTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGCCTTGTCAAAAACTTGTCTTTGATGTC-CTATATCACTATTGGCACTCCCGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCTAATGATATGGAATTACTTGAGGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCGAATGCCACTAAGGTTTTCGTCAACGGGGTCTGGGTTGG-AACGCACCGCGATCCTCTGATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGCGTGGTTAGCCACGAAGTCAGTGTCATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACGGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTTTTCG-TTATCGACAACGACCCTCGTAGCGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTGCAAAAGGAGCATATAGAAAAACTCGAA-GATGATCATC-AACTAGAAATAGAGGATAGATTTGGCTGGGAAGGTCTGCTTTTTGCAGGAGCTGTTGAATATCTTGA-TGCAGAAGAAGAGGA-AGGTGTTATGATTGTCATGACACCT-GAAGATCT-CGATTTGTCTCGACAGGTTCAATTGGGCTATGAGATTGAACAGGAAACCGACCAGGCCAAGAGGGTGAAAGCACC-GATCAATTCTACG-A-CTCATACCTGGACACATTGCGAGATTCATCCAAGT-ATGATTCTTGGAATCTGTGCCAGTATTATTCCGTTCCCCGACCATAATCAGGTAGGTTC-T???????????????????????????????????????????
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Dingleya_JT31575_Australia                        ???????????????????????????????????????????????????????????????????A-CTCACGAAAGACG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTCGAGACT-AGT-AAAGATTTCAATCTGACCTTAGCCGTCAAGTCTAA-CACTATTACCAATGGCCTAAAATATTCTCTCGCGACAGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCGTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATTGGCAGAGACGGTAAAATTGCAAAACCCCGC-CAGTTGCATAACACCCATTGGGGACTGGTTTGCCCAGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTCAAAAACTTATCTTTGATGTC-TTATATCACTATTGGCACTCCTGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAGTTACTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GCTCTCCGAATGCGACCAAGGTTTTCGTCAATGGGGTTTGGGTTGG-AACTCACCGCGACCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGGAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTTTGCGTCATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACGGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCACTATTCG-TTATCGACAATGATCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAAGAGCATATAGAAAAGCTTGAA-GATGATCATCAAACTAGAAATAGAGGACAGATTTGGTTGGGAAGGTTTACTCTTCGCAGGAGCTGTTGACTATCTTGA-TGCGGAGGAAGAAGA-GGGCGTTATGATTGTTATGACGCCT-GAAGATCT-CGATTTGTCGAGACAGGTTCAATTGGGCTATGAAATTGAACAGGAAACCGACCAGGCCAAGAGGGTGAAAGCACC-GATCAATTCTACG-A-CCCATACCTGGACACATTGCGAAATTCATCCAAGT-ATGATTCTTGGAATTTGTGCCAGTATCATACCGTTCCCCGATCATAATCAGGTATGTTT-T???????????????????????????????????????????
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Reddellomyces_JT27723_Australia                   ??????????????????????????????????????????GACTTTTTCGCACCCTGTGGAG-AAA-CTCACGAAAGACGTT?TCC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTCGAGACT-AGT-AAAGATTTCAATCTGACCTTAGCCGTCAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGCCTAAAATATTCTCTCGCGACAGGTAACTGGGGTGAACAAAAGAAGGCAGCGTCTTCCAAGGCAGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATTGGCAGAGACGGTAAAATTGCAAAACCCCGC-CAGTTGCATAACACCCATTGGGGACTGGTCTGCCCAGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTCAAAAACTTGTCTTTGATGTC-TTATATCACTATTGGCACTCCCGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGACATGGAATTACTTGAGGAATATGAGCCTCAGC-GCTCTCCCAATGCGACCAAGGTTTTCGTCAATGGGGTTTGGGTTGG-AACTCACCGCGACCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTTAGCGTTATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTATTCG-TTATCGACAATGATCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAAGAGCATATAGAAAAACTTGAA-GATGATCATC-AACTAGAAATAGAGGACAGATTTGGTTGGGAAGGTTTACTCTTCGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCGGAGGAGGAAGA-GGGCGTTATGATTGTTATGACGCCT-GAAGATCT-CGATTTGTCGAGACAGGTTCAATTGGGCTATGAAATTGAACAGGAAACCGACCAGGCCAAGAGGGTGAAAGCACC-GATCAATTCTACG-A-CCCATACCTGGACACATTGCGAAATCCATCCAAGT-ATGATTCTTGGAATCTGTGCCAGTATCATACCGTTCCCCGATCATAATCAGGTATGTTT-T???????????????????????????????????????????
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Reddellomyces_JT4985_Australia                    ?????????????????????????????????????????????????????????????????????CTCACGAAAGATG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTCGAGACT-AGT-AAAGATTTCAATCTGACCTTAGCCGTCAAATCTAA-CACTATCACCAATGGCCTAAAATATTCTCTCGCGACAGGTAACTGGGGTGAACAAAAGAAAGCAGCGTCTTCCAAGGCAGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACCCCTATTGGCAGAGACGGTAAAATTGCAAAACCCCGC-CAGTTGCATAACACCCATTGGGGATTGGTCTGCCCAGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTCAAAAACTTATCTTTGATGTC-TTATATCACTATTGGCACTCCCGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGACATGGAACTACTTGAGGAATATGAGCCTCAGC-GCTCTCCCAATGCGACCAAGGTTTTCGTCAACGGGGTTTGGGTTGG-AACTCACCGCGACCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTTAGCGTTATTCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTATTCG-TTATCGACAATGATCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAAGAGCATATAGAAAAACTTGAA-GATGATCATC-AACTAGAAATAGAGGACAGATTTGGTTGGGAAGGTTTACTCTTCGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCGGAGGAAGAAGA-GGGCGTTATGATTGTTATGACGCCT-GAAGATCT-CGATTTGTCGAGACAGGTTCAATTGGGCTATGAAATTGAACAGGAAACCGACCAGGCCAAGAGGGTGAAAGCACC-GATCAATT?TACG-A-CCCATACCTGGACACATTGCGAAATTCATCCAAGTA-TGATTCTTGGAAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Reddellomyces_JT6873_Australia                    ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCAGCGTCTTCCAAGGCTGGTGTCTCTCAGGTGCTGAACCGGTATACCTTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGACGCACCAATACCCCTATCGGCAGAGACGGTAAAATTGCAAAACCCCGC-CAGTTGCATAACACCCATTGGGGACTGGTTTGCCCAGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTCAAAAACTTATCTTTGATGTC-TTATATCACTATTGGCACTCCTGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAATTACTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GCTCCCCGAATGCGACTAAGGTTTTCGTCAACGGGGTTTGGGTTGG-AACTCACCGCGACCCTCTTATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTTAGCCACGAAGTTAGCGTCATCCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACAGATGCCGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTATTCG-TTATCGACAATGATCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAAGAGCATATAGAAAAACTTGAA-GATGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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Tuber_sp_RH73_Iowa                                ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTTCTGACTTTGGCTGTTAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGTCTAAAATATTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCCCGC-CAGTTGCACAATACCCATTGGGGATTGGTATGTCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTAAAAAACCTGTCTCTGATGTC-TTATATTACGATTGGCACTCCCGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAATTGCTTGAAGAATATGAACCTCAGC-GGTCTCCCAATGCTACCAAGGTTTTTGTTAACGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTCATGTTAGCGAAGGTCGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTTAGCGTCATTCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTCTGCCGTCCGCTTTTCG-TTATTGACAACGACCCTCGTAGTGAGCGACGAGGACAACTCGTCCTGCAGAAAGAGCATATAGAAAAGCTCGAA-GACGATCACC-AACTAGATATAGAGGACAGATTTGGCTGGGAAGGTCTACTCTTTGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCAGAGGAAGAAGA-AGGTGTTATGATTGTCATGACACCT-GAGGATCT-CGATTTGTCAAGACAGGTTC?AC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp_RH8270753_Iowa                           ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????A-CACTATCACCAATGGCCTAAAATATTCTTTGGCAACGGGTAATTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCATCTACGGCGTACCAATACTCCTATTGGTAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCCCGC-CAGTTGCACAACACCCATTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGCGGTCTTGTGAAAAACCTGTCTCTGATGTC-TTATATTACGATTGGCACTCCCGGA-TACCCTTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAACTGCTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCCAATGCAACCAAAGTTTTTGTTAACGGGGTTTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTAAGCGTCATTCGCGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACAGATGCGGGACGGGTTTGCCGTCCGCTCTTCG-TTATCGATAACGACCCTCGCAGTGAGCGACGAGGACAGCTCGTCCTGCAAAAGGAGCATATAGAAAAGCTGGAA-GATGATCATC-AGCTAGATGTAGAGGACAGATTTGGCTGGGAAGGGTTACTCTTTGCAGGAGCCGTTGAGTATCTTGA-TGCAGAGGAAGAAGA-AGGT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp1_K201_Japan                              ????????????????????????????GGGCCCTTTGGC--GGACTTTCCGGACCCTT-GG--AAAG-CTCAC-AAGGATG-TTTAC--AATATCTGGAG-AAATGTGTTGAAACC-AGC-AAAGATTTCAATCTGACTTTGGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACTAATGGCCTAAAGTATTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAGGCAGCCTCCTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCACCTGCGGCGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCACGC-CAGTTGCACAATACCCATTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCTGAAGGGCAAGCCTGTGGTCTTGTCAAAAATCTGTCTCTGATGTC-ATATATCACGATTGGCACCCCTGGA-TACCCATTGGTTGACTTTCTGTCGTCCAATGATATGGAATTGCTTGAAGAGTATGAGCCTCAGC-GGTCTCCCAATGCTACCAAGGTTTTCGTTAATGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGTGATCCTCTCATGCTAGCCAAGGTTGTCCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTTAGCCACGAAGTTAGTGTTATTCGTGATATCCGAGATAGAGAGTTCAAGATTTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCACTTTTCG-TTATCGACAACGACCCTCGCAGCGAGCGACGAGGGCAACTTGTCCTACAAAAGGAGCATATAGAGAAGCTCGAG-GACGATCATC-AACTAGATATAGAGGACAGATTTGGCTGGGAAGGTCTACTCTTTGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCGGAGGAGGAAGA-AGGTGTTATGATAGTCATGACACACTGAGGATCT-CGATTTGTCAAGACAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp14_K186_Japan                             ????????????????????????GCTGGACCCTTTTGGCGGGCCTTTTCCGGACTCTTTGGAGAAAG-CTCACAAAGGATG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTTGAAACC-AGC-AAAGATTTCAATTTGACTTTGGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACTAATGGCCTAAAATATTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAGCAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCATCTACGACGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGATGGGAAAATCGCAAAGCCTCGT-CAATTGCACAATACCCATTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAAGCCTGTGGTCTTGTCAAAAACCTATCTCTGATGTC-TTATATCACGATTGGTACCCCTGGA-TACCCATTAGTTGACTTTTTGTCGTCTAATGATATGGAATTGCTTGAAGAATATGAGCCCCAGC-GGTCTCCCAATGCTACTAAGGTTTTCGTCAACGGGGTTTGGGTTGG-AACCCATCGTGATCCACTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAGGGTGTTGTTAGCCACGAAGTCAGTGTCATTCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAAATCTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTTTTCG-TTATCGACAACGACCCTCGCAGCGAGCGGCGAGGACAACTCGTCCTGCAGAAGGAGCATATAGAGAAGCTCGAA-GACGATCATC-AACTAGATATAGAGGATAGATTTGGCTGGGAAGGTCTACTCTTTGCAGGGGCTGTTGAATATCTTGA-TGCAGAAGAAGAAGA-AGGTGTTATGATTGTCATGACGCCACGAGGATCT-CGATTTGTCAAGACAGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp2_K215_Japan                              ???????????????????????GGTGGGCCCCTTTGGAC--GACCTTTCCGGACCCTT-GGAGAAAG-CTCACGAAGGATG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGTGTTGAAACC-AGC-AAAGATTTCAATCTGACTTTGGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACTAATGGCCTAAAGTATTCTTTAGCAACGGGTAACTGGGGCGAGCAAAAGAAGGCAGCTTCTTCCAAGGCCGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGGTACACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCACCTGCGGCGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCACGC-CAGTTGCACAATACCCATTGGGGATTGGTTTGTCCGGCCGAAACACCCGAAGGGCAGGCCTGTGGTCTTGTCAAAAATCTGTCTCTAATGTC-CTATATCACGATTGGCACTCCCGGA-TACCCATTGGTTGACTTTCTGTCGTCCAATGATATGGAGTTGCTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCCAATGCTACTAAGGTTTTCGTTAACGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTTATGCTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTCAGTGTTATTCGTGATATCCGAGATAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACAGATGCGGGGCGGGTTTGCCGTCCACTTTTCG-TTATCGACAACGACCCCCGCAGCGAGCGACGAGGGCAACTCGTCCTGCAAAAGGAGCATATAGAAAAGCTCGAG-GACGATCATC-AACTAGATATAGAGGACAGATTTGGCTGGGAAGGTCTACTCTTTGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCGGAGGAGGAAGA-AGGTGTTATGATAGTCATGACACCT-GAGGATCT-CGATTTATCAGAGCAGGTTCAA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp8_K228_Japan                              ?????????????????????????????????????????GGGCTTTTCCGAACTCTTTGGAGGAAA-CTCACGAAGGATG-TCTAC-AAATATCTGGAG-AAATGCGTTGAAACC-AGT-AAAGATTTCAATCTGACTTTGGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGCCTAAAATACTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTATTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCCCATCTACGGCGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCCCGC-CAGTTGCACAATACCCATTGGGGATTAGTTTGCCCGGCCGAAACACCTGAAGGGCAAGCTTGTGGTCTTGTCAAAAACTTGTCTCTGATGTC-TTATATCACGATTGGCACTCCCGGA-TACCCATTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAGCTGCTTGAAGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCCAATGCTACCAAGGTTTTCGTTAACGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTCAGCGTCATTCGTGATATCCGAGACAGAGAATTCAAGATCTTT-ACAGATGCCGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTTTTCG-TTATCGACAACGACCCGCGCAGCGAGCGACGAGGACAACTTGTCCTGCAAAAGGAGCATATTGAAAAGCTCGAA-GACGATCATC-AACTAGACATAGAGGATAGATTTGGCTGGGAAGGTCTGCTCTTTGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCGGAGGAAGAAGA-AGGCGTTATGATTGTCATGACACCT-GAGGATCT-TGATTTGTTCAGACAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_sp9_K213_Japan                              ?????????????????GGATTGGCAGGCCCTCTTCTGGCAGGGCTTTTCCGGACCCTTTGGAGGAAA-CTCACGAAGGATG-TCTAT-AAATATCTGGAG-AAATGCGTTGAAACC-AGT-AAAGATTTCAATCTGACTTTGGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGCCTAAAATACTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAAGTATTGAACCGGTATACCTTTGCCTCTACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACTCCTATCGGTAGAGACGGGAAAATTGCAAAGCCCCGTTCAGTTGCACAATACCCATTGGGGATTAGTTTGCCCGGCCGAAACACCTGAAGGGCAGGCCTGCGGTCT-GTTATAAACCTGTCTCTAATGTC-TTATATCACGATTGGCACTCCCCGGATACCCATTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAGCTGCTTGAAGAATATGAGCCTCAGA-GGTCTCCCAATGCTACCAAGGTTTTCGTTAACGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTTATGTTAGCGAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTCAGCGTTATTCGTGATATCCGAGACAGAGAATTCAAGATCTTT-ACAGATGCCGGGCGGGTTTGCCGTCCGCTTTTCG-TTATCGACAACGACCCTCGCAGCGAGCGACGAGGACAACTTGTCCTGCAAAAGGAGCATATTGAAAAGCTCGAA-GACGATCATC-AGCTGGATATAGAGGATAGATTTGGCTGGGAAGGTCTGCTCTTTGCAGGAGCTGTTGAGTATCTTGA-TGCAGAGGAAGAAGA-AGGCGTTATGATTGTCATGACACCT-GAGGATCT-CGATTTGTACAGG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Tuber_spinoreticulatum_U188_Maryland_isotype      ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AATATCTGGAG-AA?TGTGTTGAAACC-AGC-AAAGATTTCAATCTGACTTTAGCTGTCAAGTCTAA-CACTATCACCAATGGCCTAAAATATTCTTTGGCAACGGGTAACTGGGGCGAACAAAAGAAAGCAGCCTCTTCCAAGGCGGGTGTCTCTCAGGTGTTGAACCGGTATACATTTGCCTCCACCCTCTCTCATCTACGGCGCACCAATACTCCTATCGGCAGAGACGGGAAAATCGCAAAGCCCCGC-CAGTTGCACAATACCCACTGGGGATTGGTTTGCCCGGCCGAAACACCCGAAGGACAAGCCTGCGGTCTTGTAAAAAACCTGTCTCTGATGTC-TTATATTACGATTGGTACTCCCGGA-TACCCCTTGGTTGACTTTTTGTCGTCCAATGATATGGAATTGCTTGAGGAATATGAGCCTCAGC-GGTCTCCTAATGCTACCAAGGTTTTTGTTAACGGGGTCTGGGTTGG-AACCCATCGCGATCCTCTCATGTTAGCGAAGGTTGTCCAAGATGTGCGGAGGCAAGGTGTCGTCAGCCACGAAGTTAGCGTCATTCGTGATATCCGAGACAGAGAGTTCAAGATCTTT-ACAGATGCGGGACGGGTTTGCCGTCCGCTATTCG-TTATCGACAACGACCCTCGCAGCGAGCGGCGAGGACAACTCGTCCTGCAAAAGGAACATATAGAAAAGCTCGAA-GACGATCACC-AACTAGAAATAGAGGACAGATTTGGCTGGGAAGGTTTACTCTTTGCAGGAGCTGTTGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia            ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGTGCGTGGAAACGAGCA?GGACTTCAATCTTACTTTGGCCGTCAAATCAAA-CACTATTACCAATGGACTGAAATACTCTCTGGCGACAGGTAACTGGGGCGAGCAAAAAAAAGCGGCGTCTTCCAAAGCCGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGATACACATTTGCGTCTACTTTGTCCCACTTACGGCGGACAAATACACCCATCGGCAGAGACGGGAAAATTGCGAAGCCCCGC-CAACTACACAATACCCATTGGGGATTAGTTTGCCCGGCAGAAACGCCCGAAGGTCAGGCTTGCGGTCTTGTCAAGAATCTGTCTTTGATGTC-TTATATCACGATCGGCACTCCCGGA-TATCCCTTGGTAGACTTTCTGTCATCCAACGACATGGAGCTATTAGAGGAGTATGAACCGCAAA-GGTCGCCCAATGCTACTAAGGTCTTCGTCAATGGAGTCTGGGTTGG-CACTCACCGTGACCCTCTCATGCTAGCCAAGGTTGTTCAAGATGTGCGACGGCAAGGTGTTGTCAGCCACGAAGTCAGTGTCATTCGTGACATCCGAGACAGAGAATTCAAGATATTC-ACTGATGCTGGACGAGTTTGCCGTCCACTTTTCG-TTATCGACAACGACCCCCGCAGTGAACGACGAGGACAGCTCGTTCTACAGAAGGAGCATATAGAAAAGCTCGAA-GATGACCACC-AGCTAGATGTAGAAGATAGGTTTGGCTGGGAAGGCTTACTCTTTGCTGGGGCCGTTGAATATCTTGA-TGCAGAGGAGGAGGAAGG-TGTTATGATTGTCATGACACCT-GAGGATCTTG-ATTTGTCTAGACAGGTTCAGCTGGGTTATGAAATTGAGCAGGAAACCGACCAGGCAAAGAGAGTAAAAGCGCC-AATCAATTCCACC-A-CCCATACGTGGACGCATTGCGAGATTCATCCAAGT-ATGATACTCGGGATCTGTGCTAGTATCATTCCGTTTCCAGATCACAATCAGGTATGTCTACTGGATG?????????????????????????????????????
Underwoodia_singeri_mes161_Chile                  ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGCGGCATCTTCCAAAGCTGGTGTCTCTCAAGTGTTGAACCGATACACATTTGCGTCTACATTGTCCCATTTACGACGGACAAATACACCCATTGGCAGAGACGGGAAAATTGCGAAGCCCCGC-CAACTACATAATACCCACTGGGGATTGGTTTGCCCGGCAGAAACACCCGAAGGTCAGGCTTGCGGTCTTGTCAAGAATCTATCTTTGATGTC-TTATATCACGATCGGCACTCCCGGG-TACCCTTTGGTTGACTTCCTGTCATCCAACGACATGGAGCTATTAGAGGAGTATGAACCGCAAAAGGTCGCCCAATGCTACCAAGGTCTTCGTCAACGGGGTCTGGGTTGGGCACTCACCGTGACCCTTTCATGCTAGCCAAGGTTGTTCAAGATGTGCGAAGGCAAGGTGTCGTCAGCCACGAAGTCAGTGTCATTCGTGACATCCGAGACAGGGAATTCAAGATATT{CT}-ACTGATGCTGGACGAGTTTGCCGTCCACTTTTTG-TTATCGACAACGACCCCCGCAGCGAGCGACGAGGACAGCTCGTACTACAGAAGGAGCATATAGAAAAACTTGAA-GATGACCACC-AGCTAGATGTAGAAGATAGGTTTGGCTGGGAAGGCTTACTCTTTGCTGGGGCCGTTGAATATCTTGA-TGCAGAGGAGGAGGAAGG-TGTTATGATTGTCATGACACCT-GAGGATCTTG-ATTTGTCTAGACAGGTTCAGCTGGGTTATGAAATTGAGCAAGAAACCGACCAGGCAAAGAGAGTAAAAGCGCC-GATCAATTCTACC-A-CTCATACATGGACGCATGGTGAGATTCATCCAAGT-ATG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
;
END;

BEGIN SETS;
	CHARSET RPB2 (CHARACTERS = Fig3d_Tuberaceae_RPB2) =  5-68 70-342 344-461 463-526 528-573 575-692 694-802 804-881 883-897 899-923 925-932 934-1008 1010-1022 1024 1026-1122;
END;
BEGIN CODONS;
CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = Fig3d_Tuberaceae_RPB2) = 
		N: 1-1165;
CODONPOSSET  CodonPositions (CHARACTERS = Fig3d_Tuberaceae_RPB2) = 
		N: 1-1165;
END;
[ The following blocks are output data for analysis step 10279 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Fig3d_Tuberaceae_RPB2;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10279;
      TREE Fig._3d = [&R] ((((Helvella_macropus_MES198:0.02502194,Helvella_acetabulum_MES215:0.03258101):0.01027832,(Helvella_lacunosa_MES218:0.00808317,Helvella_lacunosa_MES286:0.0071373):0.03786639):0.06673767,((Balsamia_MES84:0.00308562,Balsamia_SRC868:0.0018282):0.01708121,Balsamia_SRC395:0.01512031):0.12477948):0.18336127,(((Underwoodia_singeri_mes161_Chile:0.01577703,Underwoodia_beatonii_JT28380_Australia:0.03072222):0.00787084,(Gymnohydnotrya_australiana_JT19760:1.0E-8,Gymnohydnotrya_australiana_OSC130601:1.0E-8):0.01007193):0.06449499,((((((Labyrinthomyces_JT27750_Australia:0.00121084,Labyrinthomyces_JT28821_Australia:0.00365633,Reddellomyces_JT4985_Australia:0.00121084):0.00411923,Reddellomyces_JT27723_Australia:0.00326819):0.00801163,(Dingleya_JT31575_Australia:0.01163989,(Reddellomyces_JT27724_Australia:0.0016351,Reddellomyces_JT6873_Australia:0.00478026):0.01104562):0.00149854):5.3728E-4,Nothojafnia_cf_thaxterii_N10_Argentina:0.02699529):0.04501916,(Choiromyces_alveolatus_97:0.00966184,(Choiromyces_meandriformis_DL_Oregon:0.00243885,Choiromyces_meandriformis_RH691_Iowa:1.0E-8):0.01240483):0.01638664):0.01742367,(((((((Tuber_sp_ITCV910_Mexico:0.01552529,Tuber_sp_RH8270753_Iowa:0.01213596):0.00794242,(Tuber_malacodermum_JT32319_Spain:0.0104598,Tuber_sp_JT13224_West_Virginia:0.01260572,Tuber_nitidum_BM105_Spain:0.00396086):0.00636709):9.1143E-4,(Tuber_sp_ITCV908_Mexico:0.00429839,Tuber_lyonii_GA21_Georgia:0.00365595,Tuber_lyonii_OSC58244_Texas:1.0E-8):0.00769895):0.00940621,Tuber_spinoreticulatum_U188_Maryland_isotype:0.0217023):0.00416505,(Tuber_sp_RH73_Iowa:0.01405283,(((((Tuber_indicum_A_GB236_China:1.0E-8,Tuber_indicum_A_GB240_China:1.0E-8):0.00263451,Tuber_indicum_B_JT29410_Oregon:0.00121324):0.00124896,Tuber_melanosporum_GB200_Italy:0.00242585):0.0033072,Tuber_regimontanum_ITCV909_Mexico_holotype:0.00566371):0.01179485,(Tuber_brumale_GB21_Italy:1.0E-8,Tuber_brumale_GB22_Italy:1.0E-8):0.0228647):0.01643471):0.00346594):0.00644551,(((Tuber_aestivum_GB202_Italy:0.00279924,Tuber_aestivum_JT30500_Sweden:0.00217322):0.02323318,Tuber_mesentericum_CW105_Sweden:0.01375062):0.02110773,(Tuber_magnatum_GB12_Italy:0.0014969,Tuber_magnatum_GB13_Italy:1.4E-6):0.01982811):0.01137539):0.00180677,(((((Tuber_sp1_K201_Japan:0.02288588,Tuber_sp2_K215_Japan:0.01487112):0.00521683,(Tuber_canaliculatum_OSC59072_West_Virginia:0.00268383,Tuber_canaliculatum_JT28215_New_Jersey:1.0E-8):0.00846991):0.01346577,((((((Tuber_sp14_K186_Japan:0.00768581,Tuber_cf_borchii_China:0.00775769):0.00106657,Tuber_dryophilum_GB37_Italy:0.00629075):0.00239379,Tuber_californicum_JT28058_California:0.00655427,(Tuber_borchii_GB1_Italy:1.0E-8,Tuber_borchii_GB14_Italy:1.0E-8):0.01417349):0.00343548,Tuber_asa_M1828_Italy:0.01570918):0.00983845,(Tuber_beyeleri_JT32597_Oregon:0.0155151,Tuber_shearii_OSC51052_North_Carolina:0.01810766):0.01197817):0.0047868,(((Tuber_gibbosum_JT26632_Washington:1.0E-8,Tuber_gibbosum_JT30580_Oregon:1.0E-8):0.00712222,Tuber_castellanoi_JT28069_California_holotype:0.00409678):0.00656975,(Tuber_oregonense_GB284_Oregon_holotype:0.00128636,(Tuber_oregonense_JT30493_Oregon_paratype:1.0E-8,Tuber_bellisporum_JT11679_Oregon_holotype:0.00369573):0.00575577):0.01305987):0.02972115):0.00248058):0.00361972,(Tuber_sp8_K228_Japan:0.00608993,Tuber_sp9_K213_Japan:0.01850197):0.01589985):0.00176866,((Tuber_gennadii_BM667_Spain:1.0E-8,Tuber_gennadii_JT9627_Spain_paratype:1.0E-8):0.01041619,Tuber_gennadii_M1904_Italy:0.00903446):0.02533836):8.8604E-4):0.02126349):0.12565378):0.11321569):0.0;
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr57977]


END;