#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 7:49 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Thollesson M. 2000. Increasing fidelity in parsimony analysis of dorid nudibranchs by differential weighting, or A tale of two genes. Molecular Phylogenetics and Evolution, 16(2): 161-172. 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Jorunna_tomentosa 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Okenia_aspersa ATTAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTTTTAATTGTAGCCAGGTATGAATGGAGCCACGGGGTTTAGCTGTCTCCT-AATTAATTTATCGAAGTTACTATTTAGGTGAAAAAGCCTAAAAGACTAAATAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTATCTTATA-TCAG--A-AA-----TA---TTTCTGA-A-TCAGTTTTGTTGGGGCAACATAGGATCATAAA--------AACATCCTAAAA--GA-TATT---AGCCGATATTTATAAGTGTGAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATTAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTTAAAGGCTAGCCGCCTTTTAGGTAAGTTCTGTTCGAACATTTTTGGTATGTGATGTGGGC{CT}TTTAGGGACAGGTTTAAGTCTATTAATTCGTTTTGAATTAGGT{GT}TTTCAGGAGCTTTTTTAGGGGATGATCACT{GT}{GT}TATAATGTGATTGTTACCGCTCACGCCTTTGTAATAATTTTTTTTATAGTAATACCGCTAATAATTGGTGGTTTTGGAAATTGGATAGTGCCTTTACTTATTGGTGCTCCGGATATAAGTTT?CCCCGGATAAATAACATAAGTTTCTGGTTACTTCCTCCTTCTTTTATTCTTCTTCTATGTTCTAGTATGATGGAAGGGGGAGCTGGGACAGGGTGAACTGTTTATCCTCCTCTATCTGGTCCAGTAGGGCATGGAGGTAGATCAGTGGATTTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTAGCCGGTCTTTCTTCATTATTAGGGGCAATTAATTTTATTACTACAATCTTTAATATACGTTCTAGTGCTATAAGCATGGAACGTCTAAGTTTGTTTGTTTGATCAATTTTAGTAACTGTATTTCTGCTCCTTTTATCACTTCCAGTTTTAGCTGGGGCTATTACAATATTACTAACAGATCGTAATTTTAATACAAGATTCTTTGAT Onchidoris_muricata ATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGCTTTTAATTGGGGCCATGTATGAATGGAGTAACGGGGTTTAGCTGTCTCTA-AATTATTTTATTGAAATTACTATTTAGGTGAGAAAGCCTGAGATAAGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTACTAAAA-TCAAATA-AC-----TA--ATTTTTGG-A-GCAGTTTAGTTGGGGCAACATAGGAGCAGAATT---ATTTAATCTCCTGA-AA-AA--ACA---AACCGATAGTAATAAAAATGTGTAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATTAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAACTAAAGGGCTAGCCGCCTTTTAGGAAGGTTCTGTTC----ATTTTTGGGATATGATGTGGTCTTTTAGGAACTGGTTTAAGTTT{AG}CTTATTCGTTTTGAATTAGGTACAGCCGGAGCTTTTTTAGGAGATGACCATTTTTACAATGTGATTGTTACCGCTCATGCGTTCGTCATAATTTTTTTTATAGTTATACCTTTAATAATTGGAGGATTCGGAAATTGAATAGTCCCTTTATTAATTGGAGCGGCTGATATAAGTTTTCCTCGTATAAATAATATAAGATTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTTGTATTGCTTCTTTGTTCTACCTTAATAGAAGGTGGAGCAGGTACAGGTTGAACTGTATATCCCCCTCTTTCAGGCCCAGTGGGCCATGGAGGAGCCTCTGTCGATTTAGTAATTTTCTCTTTGCATTTAGCGGGAGCTTCATCTCTTTTAGGAGCTATTAACTTTATTACTACTATTTTCAA{CT}ATACGATCTCCAGCTATAAGTATGGAGCGATTAAGACTTTTTGTCTGATCTGTTCTAGTAACAGCTTTT{GT}TATTACGTTTATCTTTACCTGTATTAACAGGGGCTATTACAATACTGTTAACAGATCGTAA{GT}TTTAATACTAGTTTTTTTGAC Palio_dubia ATCAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGTTTTTAATTGGAGCCAGGTATGAATGGAGTCACGGGGTTTAGCTGTCTCCT-ATTTATTACATCGAAGTTACTATGTAGGTGAAAAAGCCTATAATAAGAAAAAAGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTACTTAAA-TTGAAA--AT-----TACAATATTCAA-A-ACAGTTTAGTTGGGGCAACGTAGGAGCA-------AAATAAATCTCCTAAAA--TA--ATT---TATCGATTATTTTAGCATTAAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATTAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTGGGAAACTAAATGGCTAGCCGCCTTTTAGGTAAGTTCTG?TCGAACTTTTTTGGAATATGGTGTGGATTAGTGGGGACTGGATTAAGTTTATTAATTCGGTTTGAGTTAGGTACAGCTGGTGCTTTCCTAGGTGACGACCACTTTTATAATGTAATTGTGACAGCACATGCATTTGTAATAATTTTTTTTATGGTAATACCTGTAACAATGGGGGGATTTGGTAATTGAATAATTCCTTTATTAATTGGGGCTCCTGATATAAGGTTCCCTCGGATAAATAATATAAGGTTTTGATTTCTTCCTCCTTCTTTCGTTCTTTTACTATGTTCTACTCTCATAGAAGGAGGTGCTGGGACAGGATGAACTGTTTATCCTCCCTTGTCAGGGCCTGTAGGTCACGGGGGTGCTTCTGTAGATTTAGCTATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGGCTTCATCCTTATTAGCATCAATTAACTTTATTACTACTATTTTTAACATGCGATCCTCAGCTATAAGATTTGAGCGAGTGAGATTGTTTGTATGGTCTATATTAGTTACTTCTTTTTTACTATTATTATCTCTTCCTGTATTGGCCGGAGCTATTACTATATTACTAACAGACCGAAATTTTAATACCAGCTTTTTCGAT Phyllidia_elegans ATAAATAGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATAAATTGGCTTTTAATTGGAGTCAGGTATGAATGGAGTTACGGAATTTAACTGTCTCTAGA-CTAATTTTTTGAAATTACTATATAGGTGAAAAAGCCTATGTAAACAAAATAGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTATTTAAT-GTAAG---------ATA---TTCTTAC-A-ATAATTTAGTTGGGGCAACTTAGGAACAGATAGTGTAAGTAACTTCCTAAAA--TGTAATTATTCAACGATTTTAGTAAAATTATATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTATTATATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTAGGAAATTAAAAGGCTAGCCGCTTTTTAAAAAGGTTCTG-------GTCTTTGGTATATGGTGTGGTCTTTTGGGAACAGGTTTAAGATTACTAATTCGTTTTGAGTTGGGAACTGCTGGGCCTTTTTTAGGAGATGACCATTTTTATAATGTTATTGTAACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTCTAGTTATGCCTTTAATAATTGGAGGATTTGGAAACTGAATGGTTCCTTTACTAATTGGAGCTCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAATATAAGGTTTTGATTACTTCCACCATCTTTTATTTTATTGTTGTGTTCAACTTTAATGGAAGGTGGTGCCGGAACAGGATGGACAGTTTACCCTCCTTTATCTGGTCCAATAGGACATGGTGGAACATC??TTGATTTAGTAATTTTTTCTTTACACTTAGCTGGAGCTTCTTCTCTTCTTGGAGCAATTAATTTTATTACCAC{CT}ATTTTTAATATGCGTTCACCTGCTATAACAATAGAACGTTTTAGGTTATTCGTCTGGGCTGTTTTGGTAACAGCTTTTCTTTTGCCTCTTTCTCTCCCTGTTCTGGCAGGGGCTATTACTATACTTTTGACAGATCGAAATTTTAATACAAGCTTTTTTGAT Polycera_aurantiomarginata 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Polycera_quadrilineata ATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGTTTTTAATTGGAGCCAGGTATGAATGGAGTTACGTGGTTTAGCTGTCTCCT-GCTTATTTTATCGAAATTACTATGTAGGTGAAAAAGCCTATAATCAGAAAAAAGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTACTAAAT-TTGAAA-TAT-----TAAAGTTTTCAT-A-ACAGTTTAGTTGGGGCAACGTAGGAGCATATATTAAATTAAATCTCCTGAAAA-TA--ATT---TATCGATTATTTTAGTATTGAGTAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATTAATAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTGGGAAACTTTTAGGTTAGCCGCCTAA?AGGTAAG------------TTTTTTGGAATGTGATGTGGATTAGTTGGTACTGGTTTAAGTCTTTTAATTCGTTTTGAATTGGGAACAGCTGGTGCTTTTTTAGGAGATGATCACTTTTATAATGTAATTGTAACTGCTCATGCATTTGTTATGATTTTCTTCATAGTTATGCCTGTAACTATGGGAGGATTTGGTAATTGAATAATTCCTTTACTTATTGGTGCTCCTGATATAAGTTTTCCTCGAATAAATAACATAAGTTTTTGATTCTTACCTCCTTCATTTGTTTTATTACTTTGTTCTACACTAATAGAAGGTGGTGCTGGTACAGGTTGAACTGTATATCCTCCTTTATCTGGACCTGTGGGACATGGAGGTGCTTCAGTGGATTTGGCCATTTTTTCTCTTCACTTAGCGGGTGCTTCATCTTTATTGGCCTCAATTAATTTTATTACGACTATTTTTAATATGCGTTCTTCTGCTATAAGTTTTGAACGAGTTAGATTGTTCGTTTGATCAATATTAGTGACTTCCTTTCTATTACTTTTATCTCTTCCTGTATTAGCTGGTGCTATTACAATATTGCTAACTGATCGAAATTTTAACACTAGATTTTTTGAT Polycerella_emertoni 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Thecacera_pennigera ATGAATGGCCGCGGTACTTTGACCGTGCTAAGGTAGCGCAATCAATTGGTTTTTAATTGGAGCCAGGTATGAATGGAGTTACGGGGTTTAGCTGTCTCTT-ATTTATTTTATCGAAATTACTGTGTAGGTGAAAAAGCCTATAAGAAGAAAAAGGACGAGAAGACCCTTAGAGTTTTTCTTATT-TTAAGA--TC-----TATGTTTCTTAT-A-CTAGTTTGGTTGGGGCAACGTAGGAGCA-------AATTGAATCTCCTGAAAG-TA--ATT---TATCGATTATTTTAGAAATAAATAAACTACCTTAGGGATAACAGCATAATTTTATATTTAAGTTTGTGACCTCGATGTTGGACTGGGAAACTGAAAGGTTAGCCGCCTTTTAGGTGAGTTCTGTTCGAACTTTTTTGGGATATGGTGTGGTTTAGTAGGAACCGGATTAAGATTATTGATTCGTTTTGAATTAGGAACAGCAGGTGCTTTTTTAGGTGATGATCATTTTTATAATGTTATTGTCACGGCACATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTATAGTTATACCAGTAACTATAGGAGGTTTTGGTAATTGAATAATTCCTTTATTAATTGGGGCTCCGGACATGAGTTTCCCTCGAATAAATAATATGAGTTTTTGATTCTTGCCTCCTTCTTTTATTTTACTTGTATGCTCGACACTTATAGAAGGAGGGGCTGGGACAGGGTGAACTGTTTATCCTCCTTTGTCTGGACCAGTTGGACATAGTGGTTCTTCTGTAGATCTTGCTATTTTTTCTTTACATTTGGCAGGTGCTTCTTCATTATTGGCTTCAATTAATTTTATTACTACTATTCTTAATATACGTTCTTCAGCTATAAGTTTTGAACGGGTAAGACTTTTCGTTTGATCTTTACTCGTTACTGCTTTTCTATTACTTCTTTCATTACCTGTATTAGCTGGGGCTATTACTATATTATTAACTGACCGAAATTTTAACACTAGATTTTTTGAT 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(((((((Acanthodoris_pilosa,Onchidoris_muricata),((((Chromodoris_luteorosa,Chromodoris_purpurea),(Hypselodoris_orsinii,Hypselodoris_villafranca)),Durvilledoris_pusilla),(Doriopsilla_areolata,Phyllidia_elegans))),(Ancula_gibbosa,(Goniodoris_castanea,(Goniodoris_nodosa,Okenia_aspersa)))Goniodorididae),((Archidoris_pseudoargus,Cadlina_laevis),(Limacia_clavigera,(((Palio_dubia,(Polycera_aurantiomarginata,Polycera_quadrilineata)),Thecacera_pennigera),Polycerella_emertoni))Polyceridae)),Jorunna_tomentosa),Dendronotus_frondosus),Berthella_sideralis); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3704] END;