#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 12, 2024; 11:04 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wanntorp L., Grudinski M., Forster P.I., Muellner-riehl A.N., & Grimm G. 2014. Wax plants (Hoya, Apocynaceae) evolution: Epiphytism drives successful radiation. Taxon, 63(1): 89-102. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13728] [ The following blocks are input data for analysis step 10584 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10584; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Anisotoma_cordifolia Cibirhiza_albersiana Dischidia_astephana_OG Dischidia_hirsuta_OG Fockea_capensis Fockea_edulis Gongronema_wallichii Hoya_anulata_GG Hoya_carnosa_HN Hoya_ciliata_BB Hoya_curtisii_HQ Hoya_davidcummingii_FF Hoya_edeni_AA Hoya_heuschkeliana_FF Hoya_merrillii_HH Hoya_neoebudica_HH Hoya_patella_EE Hoya_serpens_XM Hoya_spartioides_HX Hoya_subcalva_EE Hoya_telosmoides_CC Marsdenia_tenacissima Marsdenia_verrucosa Orthanthera_jasminiflora Pervillaea_tomentosa Rhyssolobium_dumosum Secamone_elliptica Secamone_filiformis Secamone_geayi Stapelia_gigantea_S._glanduliflora Telosma_cordata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21918] TITLE 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10584; DIMENSIONS NCHAR=7266; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dischidia_astephana_OG 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Orthanthera_jasminiflora 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Secamone_geayi 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Stapelia_gigantea_S._glanduliflora TCGAATCCCTAAAAACAAAAATGACTTGAGAATATGTT?????CAATAGCATGCATCGGGCGTGAGGGT??AAAGCCTCTTCGTCCGTTG?CTCT?TTGTCCGACCAA?????????????????TCGTTGGTTGTGTTGGGCAGTAAAAACC??A???AAAATCGGCACGGGAAGTGCCAAGGGCTTA????TGAAATGGGATGCTTTGTCGTGGAAGGGGGACCGTTTGCGGTATACCTTTATCACGCTTCTCGAAAGGTCTCCGTA????AAAGAAACCTATCGCGTCGCCCCCTA?????????????????????????????C???????ATAAAAATA?TAGGGGGCGGATTATGGCTTCCC?GTGCTTTGA?????TGCGGCTGGCCT?AAAACATTGCTCGCTCGCCGCGCACATTGCGACAAGTGGTGGTCGATTAT?????ATTGAACGCAAATTGTCGTCCAAATGTGGTGACGAGAAGGGCCCCTGGATCCTTATGCGCATTAGTCCCTCA???CTGAGGGACGATTGCCCACGACCG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AACTCTTTTTTTTGGAAGATCCACTATGATAATGGGAAAGGTTTCTGCATATACGCCCAAATCTGTCCATAATATCAGAATCTGCTAAATCAGTCCGAACCGGCTTACTAATGGGATGTCCTAATAGGTTACAAAATATCTCTTTAGCCAACGATCCAATCAGGGGAATAATTGGAACAAGGGCATCTAATTTCTTATTCCTAATAGCATTATTAATTAGAAATGAATTTTCGAGCATTTGACTCCGTACCCTGGAAGGGTTTAGTCGCACAATTGAAAGATAACCCATAAAGGCAAGGGAATTTTTGGACAATTGCTTTATCTTTATATGGGTCCTTCCCGAGTGAAACCACAGGTCAAAATTACATTGCCAAAAATTGACAAGGTAAGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGACGTCCCCCTTGAAAGCAGAAGGGATTTTCCTTGATACCTAACATAATGCATGAAAGGGTATTTGACCAAGCATAAGTTGGTCGGAAAATCCCTAGCGAACACTAAGGCAAGACGTTCGATTTTTCCATAGAAATAGATTCGTTCAAGAAGGGCCCCAAAGGATGTTGGTCGTAAATGAGAAGATTGTTTATGTAGAAAGACGAAAATGGATTCATATTCACATACATAAAAATTATATAACAAGAAAAATAATCGTTGATTTCTTTTT????????????GTTAAAAAAAGAAAACCCGTTTTCTTTCTGGTTTTCTTTGTAGCAATAAGATTGTTGCAATTAGAATACTCGCGGAGAAAGAAGCGTAATAAGTGCAAAGAAGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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Telosma_cordata TCGAATCCTC-AAC-----GAGAGACCGCGAACACGTT-----CGAGAATCCGCGTCGGGCGCCGGGGCAAAAGACCGG--CGCCCCTCGCCCCC-CCGCCCGGCCGAACGGCGCCCCTACCGG-TCGGCGGTCGCGCCGGGCAACCGAAA-C--A---ACAATCGGCGCGGGAAGCGCCAAGGAATCAC---GAAAGCGGGACGCCCT-CCCGCGGAGATGGGCCGTTCGCGGAAT--CCTCGCCGCGGGGCTCCAGGGCCGACCCGAACCGAACGAAATCTATCGCGTCGCCCCCCCGCCCCCCGCCCTCGCTCCCGAAAGGGTGTCGCGGGCGGAGCGGAGG--AGGGGGCGGAAGTTGGCTTCCC-GTGCTCCGT-----CGCGGCCAGCCT-AAAACAGGTTTCCTTCCCCCCGGAGACCCCG-CAAAATGTTGTTGTTGAG-----GATAAACCCCAATTCCCGGCGAACCGCCTTGA---AGGAAGCT-TCTGGCCCCCGCG---GCGGGTTCCCCCCCCTCCGG?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AACTATTTTTTTTGGAAGATCCGCTATGATAATGAGAAAGGTTTCTGCATATACGCCCAAATCTGTCCATAATATCAGAATCTGCTAAATCAGTCCAAACCAGCTTACTAATGGGATGTCCTAATAGGTTACAAAATTTCTCTTTAGCCAATGATCCAATCAGAGGAATAATTGGAACAATGGTATCTAATTTCTTATTCCTAATGGCATTATTAATTAGAAATGAATTTTCGAGCATTTGACTCCGTACCCTTGAAGGGTTTAGTCGCACAATTGAAAGATAACCCATAAAGTCAAGGGAATTTTTGTACAATTGCTT------TATATGGGCCCTTCGCGAGTGAAACCACAGGTCAAAATTACATTGCCAAAAATTGACAAGGTACGATTTCCATTTATTCATCAAAAGAGCCGTCCCCCTTGAAAGCAGAATGGATTTTCCTTGATACCTAACATAATGCATGAAAGGATATTTGACCAAGCATAAATTGGTCGGAAAATCCTTAGCGAAGACTTCGGCAAGACGTTCGATTTTTCCATAGAAATAGATTCGTTCAAGAAGGGCCCCAAAGGATGTTGGTCGTAAATGAGAAGATTGTTTATGGAGAAAGACGAAAATGGATTCGTATTCACATACATAAAAATTATATAACAAGAAAAATAATCGTTGATTTCTTTTTAGATTTCTTTTTGTTAAAAAATGAAAACTGGTTTTCTTTCTGGTTTTTTTTGTAGCAATAATCTTATTGCAATTACAATACTCGCGTAGAAAGAATCGTAATAAGTGCAAAAAAGGGGCATCTTTTACCCAATAGCGAAGGGTTTGAACCAAGATTTCCAGATGAACAGGGTAGGGTATTAGTATATCTAATATAAAATTAAAATGTGAAAAAT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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; END; BEGIN SETS; CHARSET ITS1 (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 1-283; CHARSET tHpA (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 4760-5256; CHARSET trnLLF (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 5257-6217; CHARSET matK (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 1790-2686; CHARSET ndhF (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 2687-3770; CHARSET aBrL (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 997-1789; CHARSET r32tL (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 3771-4759; CHARSET ITS2 (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 284-551; CHARSET trnTL (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 6218-7266; CHARSET 5ETS (CHARACTERS = 'Hoya matrix 5, ITS 5ETS aBrL matK ndhF r32tL tHpA trnLLF trnTL HD') = 552-996; END; [ The following blocks are output data for analysis step 10584 ] BEGIN TREES; TITLE Hoya_multi_matrix_5; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10584; TREE HDexcluded = [&R] (Orthanthera_jasminiflora:0.02176369942509283,((Anisotoma_cordifolia:0.01063952428880025,Stapelia_gigantea_S._glanduliflora:0.03440864210469744):0.003174383579053567,(((Cibirhiza_albersiana:0.007064080175635671,(Fockea_edulis:9.902820733192024E-4,Fockea_capensis:5.8260657639333E-7):9.584442706253965E-4):0.006047031683899565,(Pervillaea_tomentosa:0.0023536765340931875,(Secamone_filiformis:0.006105024744212486,(Secamone_elliptica:0.0026738522568547913,Secamone_geayi:0.007444581092055588):5.8260657639333E-7):0.00419743866314682):0.012158871837196012):0.007703629629478251,(((Marsdenia_tenacissima:0.006303768820119557,Telosma_cordata:0.00871922954283612):0.00587829783598653,(Marsdenia_verrucosa:0.00441847027321506,Rhyssolobium_dumosum:0.0017235319599599027):0.0017375616021866257):5.8260657639333E-7,(Gongronema_wallichii:0.007446984071267698,((Hoya_edeni_AA:0.008475630466390353,(Dischidia_hirsuta_OG:0.010824029353086982,Dischidia_astephana_OG:0.011178757849295012):0.003910263732040667):5.8260657639333E-7,(((Hoya_ciliata_BB:0.003942197583141595,Hoya_telosmoides_CC:0.004617054909583721):7.049337011766262E-4,(Hoya_patella_EE:0.0025249369590137102,Hoya_subcalva_EE:0.0038663102677829785):0.0020313636989462334):0.0010279977265889645,((Hoya_serpens_XM:0.0036087791384673286,(Hoya_anulata_GG:0.003822937749486223,(Hoya_davidcummingii_FF:0.0013450464080690375,Hoya_heuschkeliana_FF:0.0016317768241886925):0.002304079336962247):0.0019388031864912665):4.786646665123463E-4,(Hoya_carnosa_HN:0.0062781665126277475,(Hoya_curtisii_HQ:0.0033130094925451674,(Hoya_spartioides_HX:0.010877261685876839,(Hoya_neoebudica_HH:0.002830296203020762,Hoya_merrillii_HH:0.003232318528227536):0.005159789229354058):5.52220046924881E-4):0.001928517719225476):0.002420002009240506):0.0014637709084954896):3.220405678721932E-4):0.011060919060936942):0.004568307196969907):0.0036845767304489827):0.010563185906463768):0.02176369942509283); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr74513] END; BEGIN TREES; TITLE Hoya_multi_matrix_5; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10584; TREE 8gene = [&R] (Orthanthera_jasminiflora:0.04269170800971369,((Anisotoma_cordifolia:0.02506286226375217,Stapelia_gigantea_S._glanduliflora:0.06904621169474119):0.010499245176167333,(((Cibirhiza_albersiana:0.01764714334078446,(Fockea_edulis:0.0016694840674753289,Fockea_capensis:8.6305327824153E-7):0.008590140320060708):0.034884635749726056,(Pervillaea_tomentosa:0.004623199971020193,(Secamone_filiformis:0.01213586677774215,(Secamone_elliptica:0.005278164732572353,Secamone_geayi:0.014499963604074706):8.6305327824153E-7):0.008332525018565717):0.024556664283059894):0.009025839607941602,((Marsdenia_verrucosa:0.008582267743123418,Rhyssolobium_dumosum:0.0054290445691735105):0.005644987946009288,((Marsdenia_tenacissima:0.027763174480254442,Telosma_cordata:0.05157838170392148):0.011653254603290105,(Gongronema_wallichii:0.014147697211632927,((Hoya_patella_EE:0.007871004476359475,Hoya_subcalva_EE:0.0069881082845684745):0.005924483639619048,((Hoya_ciliata_BB:0.006733198341113477,Hoya_telosmoides_CC:0.007295569511886915):9.432278694128815E-4,((Hoya_edeni_AA:0.016047229868233658,(Dischidia_hirsuta_OG:0.014884855087206753,Dischidia_astephana_OG:0.015214076141979775):0.00795631332135061):6.544214710337646E-4,((Hoya_anulata_GG:0.007742212979469656,(Hoya_davidcummingii_FF:0.00330625417401587,Hoya_heuschkeliana_FF:0.004923252602369457):0.0030610430641077628):0.002663911261100353,(Hoya_serpens_XM:0.0035500826330609253,(Hoya_carnosa_HN:0.008719040569512122,((Hoya_neoebudica_HH:0.005435150806559771,Hoya_merrillii_HH:0.005812059352473648):0.009681218241731673,(Hoya_curtisii_HQ:0.0044592269179748786,Hoya_spartioides_HX:0.01941158399848465):0.0016083586153735707):0.0019309735838693009):0.003241841509137934):6.187696931362367E-4):0.003902564536755026):0.001852307714621854):8.6305327824153E-7):0.020294935682850238):0.008145140795368037):0.0015518802276580424):0.005572824197229664):0.029086242563665668):0.04269170800971369); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr74512] END;