#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 11, 2025; 19:42 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Plume O., Straub S.C., Tel-zur N., Cisneros A., Schneider B., & Doyle J. 2013. Testing a Hypothesis of Intergeneric Allopolyploidy in Vine Cacti (Cactaceae: Hylocereeae). Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13843] [ The following blocks are input data for analysis step 10752 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep10752; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Aporberocereus_innesii_208AA Aporberocereus_innesii_208AG Aporberocereus_innesii_208CA Aporberocereus_innesii_208CG Epiphyllum_oxypetalum_217 Hylocereus_costaricensis_3 Hylocereus_costaricensis_4 Hylocereus_escuintlensis_179 Hylocereus_guatemalensis_6 Hylocereus_megalanthus_134_138_142_154_159_HMEGhGG Hylocereus_megalanthus_142_154_159_HMEGhCG Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhCA Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhGA Hylocereus_monacanthus_10_19 Hylocereus_monacanthus_112 Hylocereus_monacanthus_7 Hylocereus_monacanthus_9_13 Hylocereus_monacanthus_93CA Hylocereus_monacanthus_93CG Hylocereus_monacanthus_93TA Hylocereus_monacanthus_93TG Hylocereus_ocamponis_8 Hylocereus_triangularis_18_Hylocereus_undatus_21_22_26_27_33_40_43_62_88_91_117 Hylocereus_undatus_20 Hylocereus_undatus_28 Pachycereus_pringlei_CC4 Pereskia_grandifolia_AY875298_Edwards_et_al_2005 Selenicereus_atropilosus_206 Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAA Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAG Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCA Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCG Selenicereus_grandiflorus_subsp_hondurensis_HQ621133_Arakaki_et_al_2011 Selenicereus_hamatus_204 Selenicereus_inermis_209 Selenicereus_inermis_214 Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAC Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAG Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGC Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGG Selenicereus_sp_210 Selenicereus_spinulosus_211 Stenocereus_gummosus_CC6 Strophocactus_testudo_201 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15853] TITLE Hylocereeae_PhyC_Alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10752; DIMENSIONS NCHAR=650; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hylocereus_guatemalensis_6 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGCTGTATATGGCAAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTGATGGCTGTGACGATCAACGAGGATGAGGATGAGGTTAAGAGTGATCCATCATCAGGAAAAAGATTGTGGGGTTTGGTTGTTTGTCATCACACAAGCTCTAGGTTCATTCCATTCCCTCTACGATATGCATGTGAGTTATTAGTTCAGGTGTTTGGTATACAGATCAACAAGGAAGTTGAATTGGCTGCTCAAATCAGGGAAAGCCATATTTTAAGGATTCAAACTGTGCTCTGTGACATGCTTTTGAGAGATTCCCCAGTAGCAATTGTCACCCAATCACCGAATGTGATGGATCTGGTTAAGTGTGATGGAGCGGCTCTCTACTACAAGGGCCAAGTGTGGCTGCTTGGTATTACTCCAGCTGAAGAGCAAATTAAGAATATCACACAATGGCTTCTTAAATATCATGGTAGTACCAAA????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Selenicereus_spinulosus_211 ATGTGACTGTTTGGCTACTCCGGTTAAGGTGATTCAAGGTAAGAAATGGGCTCAACCTTTGAGTCTTGGAGGATCAATTTTGAGGGCACCCCATGGATGCCATGCGCTGTATATGGCAAACATGGGTTCAATTGCTTCTCTTGTGATGGCTGTGACGATCAACGAGGATGAGGATGAGGTTAAGAGTGATCCATCATCAGGAAAAAGATTGTGGGGTTTGGTTGTTTGTCATCACACAAGCTCTAGGTTCATTCCATTCCCTCTACGATATGCATGTGAGTTATTAGTTCAGGTGTTTGGTATACAGATCAACAAGGAAGTCGAATTGGCTGCTCAAATCAGGGAAAGCCATATTTTAAGGATTCAAACTGTGCTCTGTGACATGCTTTTGAGAGATTCCCCAGTAGCAATTGTCACCCAATCACCGAATGTGATGGATCTGGTTAAGTGTGATGGAGCGGCTCTCTACTACAAGGGCCAAGTGTGGCTGCTTGGTATTACTCCAGCTGAAGAGCAAATTAAGAATATCACACAATGGCTTCTTACATATCATGGTAGTACCAAAGGGTTAAGTACTGACAGCCTCATGGAAGCAGGCTATCCTGGTGCTTCTGAACTTGGAGATGCAGTTTGTGGCATGGCTGCAGTTA Stenocereus_gummosus_CC6 ATGTGACTGTTTGGCTACTCCGGTTAAGGTGATTCAAGGTAAGAAATGGGCTCAACCTTTGAGTCTTGGAGGATCAATTTTGAGGGCACCCCATGGATGCCATGCGCTGTATATGGCAAACATGGGTTCAATTGCTTCCCTTGTGATGGCTGTGACGATCAACGAGGATGAGGATGAGGTTAAGAGTGATCCATCATCAGGAAAAAGATTGTGGGGTTTGGTTGTTTGTCATCACACAAGCTGTAGGTTCGTTCCATTCCCTCTACGATATGCATGTGAGTTATTAGTTCAGGTGTTTGGTATACAGATCAACAAGGAAGTCGAATTGGCTGCTCAAATCAGGGAAAGCCATATTTTAAGGATTCAAACTGTGCTGTGTGACATGCTTTTGAGAGATTCCCCAGTAGCAATTGTCACCCAATCACCGAATGTGATGGATCTGGTTAAGTGTGATGGAGCGGCTCTCTACTACAAGGGCCAAGTGTGGCTGCTTGGTATTACTCCAACTGAAGAGCAAATTAAGAATATCACACAATGGCTTTTTAAAC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Strophocactus_testudo_201 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TGACGATCAACGAGGATGAGGATGAGGTTAAGAGTGATCCATCATCAGGAAAAAGATTGTGGGGTTTGGTTGTTTGTCATCACACAAGCTCTAGGTTCATTCCATTCCCTCTACGATATGCATGTGAGTTATTAGTTCAGGTGTTTGGTATACAGATCAACAAGGAAGTCGAATTGGCTGCTCAAATCAGGGAAAGCCATATTTTAAGGATTCAAACTGTGCTATGTGACATGCTTTTGAGAGATTCCCCAGTAGCAATTGTTACCCAATCACCGAATGTGACGGATCTGGTTAAGTGTGATGGAGCGGCTCTCTACTACAAGGGACAAGTGTG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 10752 ] BEGIN TREES; TITLE PhyC_Parsimony_Strict_Consensus; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep10752; TREE PhyC_MPT = [&R] (Pereskia_grandifolia_AY875298_Edwards_et_al_2005,(Pachycereus_pringlei_CC4,(Strophocactus_testudo_201,(Stenocereus_gummosus_CC6,Aporberocereus_innesii_208AG,Aporberocereus_innesii_208AA,Aporberocereus_innesii_208CG,Aporberocereus_innesii_208CA,Epiphyllum_oxypetalum_217,Hylocereus_monacanthus_9_13,Hylocereus_costaricensis_3,Hylocereus_costaricensis_4,Hylocereus_monacanthus_93CG,Hylocereus_monacanthus_93TG,Hylocereus_monacanthus_93CA,Hylocereus_monacanthus_93TA,Hylocereus_undatus_28,Hylocereus_monacanthus_10_19,Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAA,Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhAG,Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCA,Selenicereus_grandiflorus_subsp_grandiflorus_195_198_212_SGRAhCG,Selenicereus_grandiflorus_subsp_hondurensis_HQ621133_Arakaki_et_al_2011,Selenicereus_inermis_214,Selenicereus_sp_210,Selenicereus_inermis_209,Selenicereus_hamatus_204,Selenicereus_atropilosus_206,Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGC,Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAC,Selenicereus_pteranthus_200_203_SPTEhAG,Selenicereus_pteranthus_200_SPTEhGG,Selenicereus_spinulosus_211,Hylocereus_ocamponis_8,Hylocereus_guatemalensis_6,(Hylocereus_undatus_20,Hylocereus_triangularis_18_Hylocereus_undatus_21_22_26_27_33_40_43_62_88_91_117,Hylocereus_monacanthus_7,Hylocereus_escuintlensis_179,Hylocereus_monacanthus_112),(Hylocereus_megalanthus_134_138_142_154_159_HMEGhGG,Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhCA,Hylocereus_megalanthus_142_154_HMEGhGA,Hylocereus_megalanthus_142_154_159_HMEGhCG))))); [! 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