#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 13:56 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lumbsch H., Schmitt I., & Messuti M. 2001. Utility of nuclear SSU and LSU rDNA data sets to discover the ordinal placement of the Coccotremataceae (Ascomycota). Organisms Diversity and Evolution, 1(2): 99-112. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S719] [ The following blocks are input data for analysis step 1114 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1114; DIMENSIONS NTAX=40; TAXLABELS Arthonia_radiata Capronia_mansonii Coccodiella_melastomatum Coccotrema_cucurbitula Coccotrema_pocilliarum Conotrema_populorum Diatrype_disciformis Eremascus_albus Eurotium_rubrum Fonsecaea_pedrosoi Gyalecta_ulmi Halosphaeriopsis_mediosetigera Helvella_lacunosa Hypomyces_chrysospermus Lecanactis_abietina Leotia_lubrica Lepolichen_coccophorus Leucostoma_persoonii Massaria_platani Meliola_juddiana Ochrolechia_parella Pertusaria_amara Pertusaria_erythrella Pertusaria_trachythallina Pilophorus_acicularis Placopsis_argillacea Placopsis_gelida Pleospora_herbarum Pseudevernia_cladoniae Rhytidhysteron_rufulum Rhytisma_acerinum Sordaria_fimicola Sporormia_lignicola Squamarina_lentigera Stictis_radiata Thelomma_mammosum Trapelia_involuta Tuber_melanosporum Xanthoria_elegans Xylaria_hypoxylon ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2288] TITLE SSU_rDNA_Ascomycetes; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1114; DIMENSIONS NCHAR=1807; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Arthonia_radiata ?????????????????????????????????????????????????????????????????????????T--ATA-CTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGGATAACCGTGGTAAT-CTAGAGCTAATACATGCGAAAAACCCCGACTTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAGCCAACGCCCTTCGGGGCTCCG--TGGTGATTCATGATAACTTCACGAACCGCATGGCCTTGCGCCGGCGGTGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTTGGGTATTGGCCAACAATGGTTACGACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGG-GAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATACCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTT-CCTCCTGGGGAG--CCGCCTGCCCTTCACTGGTCGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTTCGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTTGTTG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Coccotrema_cucurbitula ??????????????????AGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAACTATATA-CTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTA-TTTACTTGGATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCAACTTC-CGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCT--CGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAAGATAGTGGCTTACAATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACTCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGCGGAGCTCTTTAGGGTTTCGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTCTGGCTGACCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGCTCGGCCGGACCTTT-CCTTCTGGAGAG--CTGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCAGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATTGGGCGGTGTTATCTTTTTGACCCGCTCAGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAAAAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCAGCTTT-GGCTGGTCGCTCGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAG-CC-AACGAGTAATTCAACCTTGGCCGAAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCCTAAGGAGGTCGGCAACGACCACCTAGGGCCGGAAAGTTCGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTA?????????????????????????????? Coccotrema_pocilliarum ???????????TTCTGCCAGTAGTCATATGCTTG??TCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAACTATATA-CTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTA-CTTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCAACTTC-CGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCT--TGGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAAGATAGTGGCTTACAATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGCGGAGCTCTTTAGGGTTTCGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGTTTGGCTGACCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGCTCGGCCGAACCTTT-CCTTCTGGGAAG--CCACATGCCCTTAACTGGGTGTGTTGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTATCTATTTGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAAAAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCAGCTTT-GGCTGGTCGC-CGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Conotrema_populorum ??????????????????????????????????????????????????ATGCATGTCTAAGTATAAGCAAC--TATACG-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTATATCAGTCATAATTTATTTGATAGTACCTT--TTACCTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTTAAAGCCCCGACTCA-CGAAGGGGCGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTGCT--TGGTGAATCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGCAGAGCTCTTTTGGGTTTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCTCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTTGGGTCTGGCTGACCGGTCTGCCTCACCGCA---TGCACTGGTTCGGCCGGACCTTT-CCTTCTGGGGAA--CCTCATGTCCTTAACTGGGTGTGTTGGAGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACG--GCGTTCTTATTTTGTTGGTTTCTAAGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGATATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTATCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTATTATTTTGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCTAGCTTT-GGCTGGTCGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAG-CC-AACGAGTTATTCA-CCTTGGCCGAAAGGTCTTGGCAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAGGCGTAAGTCATCAGCTTGCGCCGACTATGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCTCAGGAAAGTTGGCAACGACATTCCAGAGCCGGAAAGTTGGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAG???????????????????????????????? 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Meliola_juddiana ????????????????????????????????????????ATTGTTAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGTAACA--ATACT-GCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTGCCTTC-TTACTCGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCTACAAGTCCCAACTTC-GGAAGGGACGTGTTTATTAGATTCAAAGCCAATGCCTTTCGGGGCTCGC--TGGTGATTCATAATAACCGCTCGAATCGCACAGCCTTGCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCTGGGTAGTGGCCAGCCATGGTGACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGAAGCCAGAGTAACGGCTTCTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACGCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTCGGGCCTGGCCGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGCTCGGCTGGGCCTTT-CCCGCTGGGGAG--CCGCATGCCCTTTATTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACGTTTACTTTGAATAAATCAGATCGCTCCAAGAAGGCCTTCGCCCGGATGCATTAGCATGGAATAATGAAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTCGTTGGTTTTTAGGACCG-CCGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATCTACTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTGGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACCATGCCGACTAGGGATCGGACGCAGCTAT-CCTATGGCTCGTTCGGCACCTTACGCGAAAGCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGGGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCGGGTCCGGACGCAATGAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGATCTTAACCTGCTAACTAGCCCGCGTCGCCTC-GGCGGTGCG-CTGGCTGCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCCGGGCCGCACGCGCGTTACACTGACCGAG-CC-----AGCGAGTCTCCCTTGGCCGGAAGGCTCGGGTAATCTTGTGAAACTCGGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATCCCTAGTAGGCGCAAGTCACTAACTTGCGCCGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGACTCAGTGAGGCTATCGGACTGGCCTAGAGAGGTTGGTAACGACCACTCCGGGCTGGGAAGTTAGTCGAACTCGGTCATTTAGAGGAAGTAGGATCGTAACAG?????????????????? Ochrolechia_parella ?????????????????CAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCCAAGTATAAGCAACT-TATACC-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-TCTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTCC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCT--GGGTGATTCATAATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGCGGAGCTCTTTAGGGTTTCGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGAC-GGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTTCGGCCGGGCCTTT-CCTTCTGGGGAG--CCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGCCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGGTGTTATTATTTTGACCCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACATTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCATGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCCGGCCGGCTTT-GGCCGGTCGC-CGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGT-TGACA-CACCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAGAGGG-CC-AACGAGTACACCA-CCTTGGCCGAAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACCCTCTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTCCGGACTGGCCCAGAGAGGTCGGCAACGACCACTCAGGGCCGGAAAGTTCGTCA????????????????????????????????????????????????????? Pertusaria_amara ?????????????CTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAATT-TATACCTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTCC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCT--TGGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATTGTAGAGTAGTGGTCTACAATGGTTTCAACGGGTAACGGGAAATTAGGGTTTGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCAACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGAGGCGCTCTTTAGGGTGTCTTAGTCGGAATGAATACAATTTAAATCCCTTAA-TGATTAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---AGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTT-CCTTCTGGGGAG--CCGCATGCCCTTCGCTGGGTGTGCCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATGGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGCGATCGGGCGGTGTTATTATTTTGACCCGCTCGGCAGCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTCTCTTGATTTTGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCCGGCCCGCCTT-GGCGGGTCGC-CGGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Thelomma_mammosum ???CTGGTTGATTCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAACT--ATACG-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACATGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCTAAAAACCTCGACTTC-GGAAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTCCGGGGCTCCT--TGGTGATTCATAATAACTCAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGCTAGGGTAGTGGCCTAGCATGGTTTCTACGGGTAACGGGAGATTAGGGTTTGACTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGAGCTCTTTTGGGTTTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTTGGGCCTGGCTGTCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTTCGGCCGGGCCTTT-CCTTCTGGGGAG--CCGCATGCCCTTCATTGGGTGTGCCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTGGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTTGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAAGATGTTTTCATTAATCAGGGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTACTATTTTGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGACATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAACCTGCGGCT-AATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGATTTGATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTCAAAGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGTCAGCTTT-GGCTGGCCGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGTTACACTGACAGAGAC--AACGAGTTCATCT-CCTTGGCCGGAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGACTATGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCTCAAGGAGGTCGGCAACGACCACCTAGAGCCGGAAAGTTGGTCAAAC?????????????????????????????????????????????????? Trapelia_involuta ??????????ATTCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-C-TATACC-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCT-ACTTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAACCCCGACTTC-GGGAGGGGTGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCT--TGGTGATTCATAATAACTAAACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACGCGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGTGGAGCTCTTTAGGGTTTCACAATTGGAATGAGAAAAATCTAAACCACTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCCGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTTCGGCCGGGCCTTT-CCTCCTGGGGAA--CCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGCCGGGGAATCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATTTGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTCGTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTA-CATTTTGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAAGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAGTAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTTTGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCAGGCCAGCTTT-GGCTGGTCGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAG-CC-AACGAGTAAATCA-CCTTGGCCGAAAGGTCTGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTTCGGACTGGCTCAGGGAGGTCGGCAACGACCACCCAGAGCCGGAAAGTTCGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAAC Tuber_melanosporum ??????????????????????????????????????AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAAAC-TATACA-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTTTGCTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCAACCCCTGGAAGG?ATGTATTTATTAGATAAAAAACCAACGG?CTTCGGC-CTCCT--TGGTGATTCATGATAACTTAACGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAACTCGTAGTTGAACCTTGGGCTCGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTCCGGCCGGATCTTT-CCTTCTGGCTAG--CCGCATGCCCTTCACTGGGTGTGTCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTCTTTTTCTGACTCGCTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xanthoria_elegans TATCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAAAC-TATACG-GTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTC-GCTACTTGGATACCTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAACCCTCGACTTC-GGAAGGGGGGTATTTATTAGATAAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCCC--TGGTGATTCATAATAACTCGACGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGAGTAGTGGTCTACCATGGTTTCTACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTCTATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATGCAGAGCTCTTTTGGGTTTTGCAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAACTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCG---TGCACTGGTCCGGCCGGGCCTTT-CCTTCTGGGGAG--CCGCATGCCCTTCACTGGGCGTGCCGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGATTAATAGGGATAGTCGGGGGCATCAGTATTCAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAGTGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACCATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGACGGTGTTATTACTTTGACCCGTTCGGCACCTTACGAGAAATCAAAGTCTTTGGGTTCTGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGACATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAACCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACATAATAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATCTTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTTTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTTAACCTGCTAAATAGCCCGGTCAGCTTT-GGCTGGCCGCC-GGCTTCTTAGAGGGACTATCGGCTC---AAGCCGATGGAAGTTTGAGGCAAAAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACAGAGACC-AGCGAGTACATCA-CCTTGTCCGAAAGGTCCGGGTAATCTTGTTAAACTCTGTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCTCAGTGAGGCCTCCGGACTGGCCCAGAGAGGTCGGCAACGACCACTCAGAGCCGGAAAGTTCGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGCAA???????????????????? Xylaria_hypoxylon ??????????????????????????????????????AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAATT--ATACG-GCGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACTTT-ATTACTTGGATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTCA-CGAAGGGATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCTCGGGGCTTAT--AGGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAGGGTCTTGGCCTGCCATGGTTTCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGA??CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAG?AGG?G???AAATTACCCAAT?CCGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA-CGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGC?GTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGG?CCTGGCTGGCCGGT?CGCCTCACCGCG---TGCACTGGTCT?GCCGGGCC?TT-TCCTCTGGGGAG--CCCCATGCCCTTCACTGGGTGTGGTGGGGAACCAGAACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTATGCTCGAATACATCAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCG-CCGTAATGAT?AATA????CAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCA?TAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACA???AGATACCGTCGTAGTCTT?ACCATAAACTATG?CGACTAGGGATCGGACGATG?TAT-TTTTTGACTCGTTCGGCACCTTA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = SSU_rDNA_Ascomycetes) = N: 1-1807; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = SSU_rDNA_Ascomycetes) = N: 1-1807; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1114 ] BEGIN TREES; TITLE Tb5890; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1114; TREE Fig._1 = [&R] (((((((Trapelia_involuta,(Placopsis_gelida,Sporormia_lignicola)),(Gyalecta_ulmi,(Stictis_radiata,Conotrema_populorum))),((Thelomma_mammosum,Diatrype_disciformis),(Arthonia_radiata,(Pleospora_herbarum,Lecanactis_abietina)))),(((Pilophorus_acicularis,Squamarina_lentigera),Pseudevernia_cladoniae),Xanthoria_elegans)),((((Xylaria_hypoxylon,((Sordaria_fimicola,(Coccodiella_melastomatum,Meliola_juddiana)),(Hypomyces_chrysospermus,Coccotrema_cucurbitula))),Pertusaria_trachythallina),(Pertusaria_erythrella,Rhytidhysteron_rufulum)),((Capronia_mansonii,Fonsecaea_pedrosoi),(Eurotium_rubrum,Eremascus_albus)))),(Leotia_lubrica,Lepolichen_coccophorus)),Tuber_melanosporum,Helvella_lacunosa); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr3782] END;