#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on December 21, 2025; 21:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Oh E.O., Gryzenhout M., Wingfield M.J., Wingfield B.D., & Burgess T.I. 2013. Surveys of soil and water reveal a goldmine of Phytophthora diversity in South African natural ecosystems. IMA Fungus, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14082] [ The following blocks are input data for analysis step 11313 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11313; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Phytophthora_aquimorbida_40A6_KC855136 Phytophthora_boehmeriae_CBS291.29_AY564165_ Phytophthora_captiosa_CBS119107_KC855140 Phytophthora_constricta_CBS125801 Phytophthora_constricta_VHS16127_HQ13106 Phytophthora_hydropathica_5D1_KC855138 'Phytophthora hydropathica NDAR-F KC855139' Phytophthora_insolita_HQ261337 Phytophthora_insolita_IMI288805_AY564188 Phytophthora_irrigata_23J7_KC855137 Phytophthora_macrochlamydospora_PNG1_KC855135 Phytophthora_parsiana_HQ261386 Phytophthora_parsiana_Rf6_AY659760 'Phytophthora quininea CBS407.48 AY564200 ' 'Phytophthora richardiae CBS 240.30 AY564201 ' Phytophthora_sp._Umtamvuna_CMW35233_KC855150 Phytophthora_sp._canthium_CMW35236_KC855134 Phytophthora_sp._kununurra_CMW33379_HQ292671 Phytophthora_sp._stellaris_CMW33376_GU799670 Phytophthora_sp._stellaris_CMW33377_GU799671 Phytophthora_sp._stellaris_CMW33378_GU799672 Phytophthora_sp._stellaris_CMW35287_KC855151 Phytophthora_sp._stellaris_CMW35288_KC855152 Phytophthora_sp._stellaris_CMW35289_KC855153 Phytophthora_sp._xhennops_CMW33362_GU799662 Phytophthora_sp._xhennops_CMW33363_GU799663 Phytophthora_sp._xhennops_CMW33364_GU799664 Phytophthora_sp._xhennops_CMW33365_GU799665 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35228_KC855141 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35229_KC855142 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35230_KC855147 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35231_KC855148 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35232_KC855149 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35282_KC855143 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35283_KC855145 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35284_KC855144 Phytophthora_sp._xhennops_CMW35286_KC855146 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M16676] TITLE 'Phytophthora Oh-clade 9-cox'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11313; DIMENSIONS NCHAR=733; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=n GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Phytophthora_aquimorbida_40A6_KC855136 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(Phytophthora_boehmeriae_CBS291.29_AY564165_,(Phytophthora_sp._canthium_CMW35236_KC855134,(((('Phytophthora quininea CBS407.48 AY564200 ',Phytophthora_macrochlamydospora_PNG1_KC855135),'Phytophthora richardiae CBS 240.30 AY564201 '),(Phytophthora_aquimorbida_40A6_KC855136,(Phytophthora_irrigata_23J7_KC855137,((((Phytophthora_parsiana_Rf6_AY659760,Phytophthora_parsiana_HQ261386),Phytophthora_sp._kununurra_CMW33379_HQ292671,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35228_KC855141,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35229_KC855142),(Phytophthora_hydropathica_5D1_KC855138,'Phytophthora hydropathica NDAR-F KC855139',Phytophthora_sp._xhennops_CMW35282_KC855143,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35284_KC855144,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35283_KC855145,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35286_KC855146,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35230_KC855147,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35231_KC855148,Phytophthora_sp._xhennops_CMW35232_KC855149,Phytophthora_sp._xhennops_CMW33362_GU799662,Phytophthora_sp._xhennops_CMW33363_GU799663,Phytophthora_sp._xhennops_CMW33364_GU799664,Phytophthora_sp._xhennops_CMW33365_GU799665)),Phytophthora_sp._Umtamvuna_CMW35233_KC855150)))),(((Phytophthora_insolita_HQ261337,Phytophthora_insolita_IMI288805_AY564188),((Phytophthora_sp._stellaris_CMW33376_GU799670,Phytophthora_sp._stellaris_CMW33378_GU799672,Phytophthora_sp._stellaris_CMW35287_KC855151,Phytophthora_sp._stellaris_CMW35288_KC855152,Phytophthora_sp._stellaris_CMW35289_KC855153),Phytophthora_sp._stellaris_CMW33377_GU799671)),(Phytophthora_captiosa_CBS119107_KC855140,(Phytophthora_constricta_VHS16127_HQ13106,Phytophthora_constricta_CBS125801)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr62530] END;