#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 04, 2024; 3:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Rahman M.Z., Uematsu S., Coffey M.D., Uzuhashi S., Suga H., & Koji K. 2014. Re-evaluation of Japanese Phytophthora isolates based on molecular phylogenetic analyses. Mycoscience, 55(4): 314-327. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13726] [ The following blocks are input data for analysis step 11409 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11409; DIMENSIONS NTAX=116; TAXLABELS Halophytophthora_vesicula Phytophthora_alni Phytophthora_arecae Phytophthora_asparagi Phytophthora_bisheria Phytophthora_boehmeriae Phytophthora_botryosa Phytophthora_brassicae Phytophthora_cactorum Phytophthora_cactorum_MAFF235099 Phytophthora_cactorum_NBRC32194 Phytophthora_cajani Phytophthora_cambivora Phytophthora_capsici Phytophthora_captiosa Phytophthora_chrysanthemi Phytophthora_cinnamomi Phytophthora_cinnamomi_var_parvispora Phytophthora_citricola Phytophthora_citricola_CH97TUL2 Phytophthora_citrophthora Phytophthora_clandestina Phytophthora_colocasiae Phytophthora_cryptogea Phytophthora_cuyabensis Phytophthora_drechsleri Phytophthora_drechsleri_CH96HE1 Phytophthora_drechsleri_CH96HE2 Phytophthora_erythroseptica Phytophthora_europaea Phytophthora_fallax Phytophthora_foliorum Phytophthora_fragariae Phytophthora_glovera Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_gregata Phytophthora_hedraiandra Phytophthora_heveae Phytophthora_hibernalis Phytophthora_humicola Phytophthora_idaei Phytophthora_ilicis Phytophthora_infestans Phytophthora_inflata Phytophthora_insolita Phytophthora_inundata Phytophthora_ipomoeae Phytophthora_iranica Phytophthora_katsurae Phytophthora_kernoviae Phytophthora_macrochlamydospora Phytophthora_meadii Phytophthora_medicaginis Phytophthora_megakarya Phytophthora_megasperma Phytophthora_megasperma_CH00MKR1 Phytophthora_megasperma_CH00MKR2 Phytophthora_megasperma_CH02PHR1 Phytophthora_megasperma_CH04PHR11 Phytophthora_megasperma_CH04PHR12 Phytophthora_megasperma_CH94PHR1 Phytophthora_megasperma_CH95PHG7 Phytophthora_megasperma_CH95PHG8 Phytophthora_megasperma_CH95PHR10 Phytophthora_megasperma_CH95PHR16 Phytophthora_megasperma_CH95PHR17 Phytophthora_megasperma_CH97PHR1 Phytophthora_megasperma_GF433 Phytophthora_megasperma_GF543 Phytophthora_megasperma_GF649 Phytophthora_megasperma_MAFF237500 Phytophthora_megasperma_NBRC31624 Phytophthora_megasperma_NBRC32176 Phytophthora_megasperma_P_A Phytophthora_megasperma_P_B Phytophthora_megasperma_Pm_1 Phytophthora_melonis Phytophthora_mexicana Phytophthora_mirabilis Phytophthora_multivesiculata Phytophthora_nemorosa Phytophthora_nicotianae Phytophthora_niederhauserii Phytophthora_palmivora Phytophthora_phaseoli Phytophthora_pini Phytophthora_pistaciae Phytophthora_polonica Phytophthora_porri Phytophthora_primulae Phytophthora_pseudosyringae Phytophthora_pseudotsugae Phytophthora_quercina Phytophthora_quininea Phytophthora_ramorum Phytophthora_richardiae Phytophthora_rubi Phytophthora_sansomeana Phytophthora_sinensis Phytophthora_siskiyouensis Phytophthora_sojae Phytophthora_sojae_NBRC31016 Phytophthora_species_APC001 Phytophthora_species_GF468 Phytophthora_species_GF534 Phytophthora_species_MAFF235784 Phytophthora_species_MAFF235786 Phytophthora_species_MAFF235788 Phytophthora_species_MAFF235794 Phytophthora_species_MAFF238158 Phytophthora_species_MAFF239556 Phytophthora_species_Toku_1 Phytophthora_species_kelmania Phytophthora_syringae Phytophthora_tentaculata Phytophthora_vignae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15456] TITLE Japanese_Phytophthora_AICc4; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11409; DIMENSIONS NCHAR=1994; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Halophytophthora_vesicula TAGTAACGGCGAGTGAAGCGGGATGAGCTCAAGCTTAAAATCTCCGTGCACGTTGTGCGCGGCGAATTGTAGTCTATAGATGCGTGATCAGCGCGGGCGCTCGGGGTAAGTTCCTTGGAAGAGGACAGCATGGAGGGTGATACTCCCGTTTGTACCTGAGTGTTTTGCGCGTACGGTCCGTGTTCTTTGAGTCGCGTTGTTTGGGAATGCAGCGCAAAGTAGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGGTGCGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGAAAAGAGAGTTAAAGAGTACCTGAAACTGCTGAAAGGGAACCGAATCGTTTCCAGTGTCTATAATCTGCGGCATATTTCATGTGCGAGTGCGTGCGTTTCGGCTTTGTGGCAGTGGTTTTTGTCTGCGCGTTGCTGTTTGTGCGTGTGGTTGCGCGTGCCCTGTGCTGTGGTGGGACGTCAAGGTGAGTTCGAATGCTGCGGGAAATGGCCGTCGGGGAGGTAGGTCTTAAGCTTGCTTTTGGCTATTATATCTCGGCGGTTGAGTCGTCGCGGTTGGGACTGAGGTGCCTACAACGTGCTTTTGAGCGCGTGCGTGTCTCTGTGCTTGCGTTGTGCGGATAGCTTGCTATGCGCGTGGCGTTGCGTGCGGATGGATATGCGCTGCTGCTTGTTGCCGTTCACACAAATTCCACGTGACCGTGGGGGCTCGTCGCGATGGTTGTAGGCGTTGCCTGGCGCGTGTTTTGAACCAGACTGAGATACTGTGGGGACGAAAGTCTCTGCTTTGACTAGATAGCAACTTTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCGCACATCGATGAAGGACGCTGCGAACTGCGATACGTAATGCGAATTGCAGGATTCAGTGAGTCATCGAAATTTTGAACGCATATTGCACTTCCGGGTTATGCCTGGGAGTATGTCTGTATCAGTGTCCGTAAAGCACTGTTGCCTCTCTTCCTTCCGTGTAGTCGGTGGCGGGGACGGCAGACGTGAAGCGTCTTGCCAGTTTTCGGCAAGTCCTTTGAAAACTGTGTTCTCTCTGTTTGGAAACTGAATGGCGTTGTGGTGCGTGCGTGGCGGCCTGCTGGCGAGTGTTCGCGAGGGCGTGGAGAGGTTGATTCGCGGTATGTTAGGTTTCGGCCGGACAGGCTTATCGGGGGCGTTCTCTGTTCTTGCGGATCGTTGGCGGCGTGTGGTTGTGGCTTTGGCGTTTGAATTAGTGTGCGGAGCTGCGTTGTGCGGTCGAAGGGTGAGTGATTTGGGAATGTGCTTGCGCAAATCATAAAGATATTGGTACTTTATATTTAATTTTTAGTGCATTTGCTGGTATGGTTGGTACAACTTTATCTGTTTTAATTAGAATGGAATTAGCACAACCAGGTAATCAAATTTTTATGGGAAATCATCAATTATATAATGTAATTGTAACTGCACATGCTTTTGTTATGGTATTCTTTTTAGTAATGCCAGCATTAATTGGTGGTTTTGGTAATTGGTTTGTTCCTTTAATGATTGGTGCTCCTGATATGGCTTTTCCTCGTATGAATAATATTAGTTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTATTATTATTAGTTTCATCAGCTCTTGTAGAATCTGGTGCTGGTACAGGTTGGACTGTTTATCCACCTTTATCTAGTGTACAAGCTCACTCAGGACCTTCAGTAGATTTAGCAATTTTTAGTTTACATTTATCAGGTATTTCATCATTATTAGGTGCAATTAATTTTATTTCAACTATTTATAATATGAGAGCGCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTATATTAATTACAGCTTTTCTTTTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCTGGAGCATTAACTATGCTTTTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCATTTTATGATCCATCAGGAGGAGGTGATCCAGTATTATATCAA Phytophthora_alni 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Phytophthora_arecae 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Phytophthora_botryosa 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Phytophthora_brassicae 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Phytophthora_captiosa 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Phytophthora_colocasiae 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Phytophthora_drechsleri 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Phytophthora_fallax 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Phytophthora_foliorum 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Phytophthora_fragariae 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Phytophthora_glovera 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Phytophthora_gonapodyides 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Phytophthora_gregata 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Phytophthora_hedraiandra 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Phytophthora_hibernalis 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Phytophthora_humicola 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Phytophthora_idaei 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Phytophthora_ilicis 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Phytophthora_infestans 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Phytophthora_inflata 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Phytophthora_insolita 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Phytophthora_inundata 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Phytophthora_ipomoeae 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Phytophthora_katsurae 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Phytophthora_kernoviae 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Phytophthora_macrochlamydospora 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Phytophthora_meadii 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Phytophthora_mirabilis 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Phytophthora_multivesiculata 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Phytophthora_nemorosa 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Phytophthora_nicotianae 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Phytophthora_niederhauserii 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Phytophthora_palmivora 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Phytophthora_pistaciae 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Phytophthora_porri 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Phytophthora_primulae 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Phytophthora_pseudotsugae 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Phytophthora_quininea 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Phytophthora_ramorum 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Phytophthora_rubi 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Phytophthora_sinensis 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Phytophthora_species_kelmania 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(Halophytophthora_vesicula:0.209063545,(((Phytophthora_chrysanthemi:0.03096514,Phytophthora_cuyabensis:0.03567497):0.05645382,((Phytophthora_insolita:0.03958739,Phytophthora_polonica:0.04346211):0.06303526,((Phytophthora_captiosa:0.01308543,Phytophthora_fallax:0.02169182):0.07990469,((Phytophthora_boehmeriae:0.03105776,Phytophthora_kernoviae:0.04753836):0.05182838,(Phytophthora_macrochlamydospora:0.01046882,Phytophthora_quininea:0.00299402):0.08858305):0.01102742):0.02232774):0.0100988):0.03478715,(((Phytophthora_hibernalis:0.0550462,Phytophthora_ramorum:0.01739997):0.02465161,(Phytophthora_foliorum:0.02403318,(Phytophthora_syringae:0.04971624,((Phytophthora_species_MAFF239556:0.00645638,(Phytophthora_brassicae:0.01711505,(Phytophthora_porri:0.03206778,Phytophthora_primulae:0.01002877):0.02489259):0.00805915):0.06501703,(Phytophthora_drechsleri:0.02093952,((Phytophthora_medicaginis:0.02123686,((Phytophthora_megasperma_CH95PHG7:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH95PHG8:1.0E-8):2.5897E-4,(Phytophthora_megasperma_NBRC31624:1.0E-8,Phytophthora_sansomeana:1.0E-8):0.00284029):0.00872157):0.00639458,((Phytophthora_erythroseptica:0.00154538,(Phytophthora_cryptogea:7.6581E-4,Phytophthora_richardiae:0.00696192):7.4891E-4):0.01005561,(Phytophthora_megasperma_GF433:0.00223098,(Phytophthora_megasperma_GF543:1.0E-8,(Phytophthora_megasperma_GF649:1.0E-8,Phytophthora_species_kelmania:0.00152184):7.5839E-4):0.00237309):0.00256489):0.00932554):0.00471763):0.02030649):0.01039316):0.00897855):0.00227109):0.01173713,((((Phytophthora_megasperma_CH00MKR2:7.6988E-4,Phytophthora_megasperma_CH97PHR1:7.6988E-4):0.0,(Phytophthora_megasperma_CH04PHR12:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH00MKR1:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH94PHR1:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH95PHR16:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH95PHR17:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_P_B:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH02PHR1:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH04PHR11:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_CH95PHR10:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_P_A:1.0E-8):0.00550345):0.05162903,(((Phytophthora_cinnamomi:0.02038244,Phytophthora_cinnamomi_var_parvispora:0.01631436):0.01115239,(Phytophthora_europaea:0.00710827,(Phytophthora_fragariae:0.00584854,(Phytophthora_rubi:0.00682674,(Phytophthora_alni:0.0045901,Phytophthora_cambivora:0.00158595):9.3812E-4):0.00134729):0.00640647):0.01205609):0.00708293,((Phytophthora_megasperma_Pm_1:1.0E-8,Phytophthora_sojae:1.0E-8):0.00494611,(Phytophthora_species_Toku_1:0.00867034,Phytophthora_pistaciae:0.01019292,((Phytophthora_drechsleri_CH96HE1:1.0E-8,Phytophthora_drechsleri_CH96HE2:1.0E-8,Phytophthora_niederhauserii:7.7075E-4):0.00659466,((Phytophthora_cajani:8.6315E-4,Phytophthora_vignae:0.00224802):0.0054113,(Phytophthora_melonis:1.0E-8,Phytophthora_sinensis:1.0E-8):0.00602082):0.00865322):0.00293985):0.00269349):0.01574122):0.00628448):0.00891447,(((Phytophthora_megasperma_NBRC32176:1.0E-8,Phytophthora_megasperma_MAFF237500:1.0E-8):0.04947679,(Phytophthora_asparagi:0.02751231,((Phytophthora_humicola:0.00856798,Phytophthora_inundata:0.00660515):0.02061763,((Phytophthora_citricola_CH97TUL2:0.00814964,Phytophthora_gregata:0.01892279):0.01991372,(Phytophthora_gonapodyides:0.01900432,Phytophthora_megasperma:0.01889499):0.00624192):0.00692095):0.01820598):0.01567746):0.00670963,(((Phytophthora_phaseoli:0.00247562,(Phytophthora_ipomoeae:0.00559967,(Phytophthora_infestans:7.8223E-4,Phytophthora_mirabilis:0.00156876):1.0E-8):6.7502E-4):0.04168544,((Phytophthora_idaei:0.00978776,((Phytophthora_cactorum:0.00359918,Phytophthora_pseudotsugae:0.00447226):0.00222273,(Phytophthora_hedraiandra:1.0E-8,(Phytophthora_cactorum_NBRC32194:1.0E-8,Phytophthora_cactorum_MAFF235099:1.0E-8):0.00236498):0.00239429):0.00245933):0.01397386,((Phytophthora_tentaculata:0.01745528,(Phytophthora_clandestina:0.01076115,Phytophthora_iranica:0.00577547):0.00843341):0.01900657,(Phytophthora_species_MAFF235784:0.00193491,(Phytophthora_species_MAFF235786:0.00497908,(Phytophthora_species_GF468:1.0E-8,(Phytophthora_species_MAFF235794:1.0E-8,Phytophthora_nicotianae:7.8433E-4):7.8254E-4):7.9337E-4):4.1817E-4):0.03206505):0.00875713):0.00573263):0.02054478,(((Phytophthora_heveae:0.01208738,Phytophthora_katsurae:0.00779439):0.02059938,((Phytophthora_quercina:0.03520711,(Phytophthora_pseudosyringae:0.00753595,(Phytophthora_ilicis:0.00849287,Phytophthora_nemorosa:0.0070695):0.00789197):0.02281056):0.00271014,(Phytophthora_megakarya:0.03853952,(Phytophthora_species_GF534:1.0E-8,Phytophthora_species_MAFF235788:7.8959E-4,Phytophthora_arecae:0.00158331,Phytophthora_palmivora:1.0E-8):0.0410118):0.01102228):0.00323883):0.00217512,(Phytophthora_bisheria:0.04034314,(Phytophthora_multivesiculata:0.03102093,((Phytophthora_siskiyouensis:0.01529466,(Phytophthora_glovera:0.00875866,(Phytophthora_capsici:1.0E-8,(Phytophthora_species_APC001:0.00155664,Phytophthora_mexicana:0.00157306):0.00274459):0.00289789):0.0113969):0.00273819,((Phytophthora_sojae_NBRC31016:0.01326076,(Phytophthora_citricola:0.00284451,(Phytophthora_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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr59565] END;