#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 12, 2024; 22:26 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fernandez brime S., Llimona X., Lutzoni F., & Gaya E. 2013. Phylogenetic study of Diploschistes (lichen-forming Ascomycota: Ostropales: Graphidaceae), based on morphological, chemical, and molecular data. Taxon, 62(2): 267-280. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13666] [ The following blocks are input data for analysis step 11419 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11419; DIMENSIONS NTAX=56; TAXLABELS Diploschistes_actinostomus_1 Diploschistes_actinostomus_2 Diploschistes_caesioplumbeus_1 Diploschistes_caesioplumbeus_2 Diploschistes_caesioplumbeus_3 Diploschistes_candidissimus_1 Diploschistes_candidissimus_2 Diploschistes_diacapsis_1 Diploschistes_diacapsis_2 Diploschistes_diacapsis_3 Diploschistes_diacapsis_4 Diploschistes_diacapsis_5 Diploschistes_diacapsis_6 Diploschistes_diploschistoides_1 Diploschistes_diploschistoides_2 Diploschistes_euganeus Diploschistes_gypsaceus_1 Diploschistes_gypsaceus_2 Diploschistes_gypsaceus_3 Diploschistes_gypsaceus_4 Diploschistes_gypsaceus_5 Diploschistes_interpediens_1 Diploschistes_interpediens_10 Diploschistes_interpediens_2 Diploschistes_interpediens_3 Diploschistes_interpediens_4 Diploschistes_interpediens_5 Diploschistes_interpediens_6 Diploschistes_interpediens_7 Diploschistes_interpediens_8 Diploschistes_interpediens_9 Diploschistes_muscorum_1 Diploschistes_muscorum_2 Diploschistes_muscorum_3 Diploschistes_muscorum_4 Diploschistes_muscorum_5 Diploschistes_ocellatus_1 Diploschistes_ocellatus_2 Diploschistes_ocellatus_3 Diploschistes_ocellatus_4 Diploschistes_ocellatus_5 Diploschistes_rampoddensis_1 Diploschistes_rampoddensis_2 Diploschistes_scruposus_1 Diploschistes_scruposus_10 Diploschistes_scruposus_11 Diploschistes_scruposus_2 Diploschistes_scruposus_3 Diploschistes_scruposus_4 Diploschistes_scruposus_5 Diploschistes_scruposus_6 Diploschistes_scruposus_7 Diploschistes_scruposus_8 Diploschistes_scruposus_9 Thelotrema_lepadinum_1 Thelotrema_suecicum_1 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M15253] TITLE Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11419; DIMENSIONS NCHAR=1714; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Thelotrema_suecicum_1 ??????????????????????GAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAAGTTGTTCAGTCCTATAAGCATATCAAAGTCAACACTAACTCTCCAATAG------------------GTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTCACGAGAATGGG--TCTT---------GTA------CCCAAATCTCCCAACCCT--TTGCAAACT----TGAAA--TAATTG-TTTGGCAAGCCG-AGTGCTTGTCGCTCCATCGGC----TTCGGTTGGTGTGTGCTTGCCAAA-GTTTTT--CCAAA--CTCAATTT-TGAAA-T----GTCTGAA---ATCAATATAAA------ACAAATAGCCTAAAA--CTTTCAACAACGGATCTCTTGGTTCTGGCGTCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGAAAAGTAATGTGAATTGCAGA--TCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCACCATCTGGTATTCCGGATGGTATGCTTGTTCGAGCGTCGC-AATC-AAT--CAAACGAA---TTC----AA--TTTT--GTTT-GGATTTAGAGCT--TGT-CGAATTTCGAC-----AG---CCC--CGAAAATTATGGGCGGTATGATTAGAATACCTAGCGCGATAGCTTTTT--------CTTCGCTA---GAAG-TGTTTGGTCTTGC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTCAATGGCCTAGCGGCTGAACCAGCAACTTGGAGGAATGTATAG-AAAAGCTGGTAAAATGTGATGTATCTACAAGT-ATTAGTGATTAATATGAGATTAACTTAGTTAATTAAAATTCTATGTAAATACCTGATTATGACAGTATTTGCTTATGTCTTGACCAAATCACGTGCCAGCAGTCGCGGTAAGACGTGGAAGATAAGTGTTATTCATGTTTAACAGGTTTAAAGGGTACCTAGACGGTTAATTAAACACCCTAATGTATTAATTAACTAGAGTTTGATATAAGAAGGATTGAGTACGGTGAGTGTAGAGATAAAATTCTATTAGACCATTATGGAACTGGTAAAGGCGAAGGCAACCTTCTATGTAAAAACTGACGTTAAGGGACGAAGGCTCGTTAAAAAAAACAGGATTAGATACCCTGGTATTCTGGGCAGACAATGATGAGTGTCATATGCAAG------------AAAAAA---TTTTGTGTATAAACGAAAGTGTAAGCACTCCACCTCAAGAGTAACATGGCAACATGGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACTCGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATAATCCACAAATAACCTTACCACAACTTGAATTACTTTAGT---TA------A---AGTAACAAGCGTTGCACGGCTGTCTCCAGT-CAATGTTGTGAAA-CCGTGGTTTGATCCATTGAATTGACGTAAACCCTCACTCCACTTACTGTGGAGTGGTTCGCCACTATATTGGTAGTGATATATGGG-ACTAAGATAAGTCATCATGACCTGAACGTTGTGGGCTATAGACGTGCCACATATGCCTTAACAAAAAGATGCAAAATTGTAAATT ; END; BEGIN SETS; CHARSET mtSSU.excluded (CHARACTERS = Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa) = 816-842 884-890 894 918 1226-1230 1313-1330 1486-1498 1528 1542 1626-1629 1635-1714; CHARSET nuITS.excluded (CHARACTERS = Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa) = 1-138 155-192 199-204 212-227 238-287 294-330 334-363 367-373 451-452 526-565 570-585 587-615 638-641 655-673 679-681 686-688 736-755 764-815; CHARSET nuITS (CHARACTERS = Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa) = 1-815; CHARSET mtSSU (CHARACTERS = Concatenated_nuITS_mtSSU_56taxa) = 816-1714; END; [ The following blocks are output data for analysis step 11419 ] BEGIN TREES; TITLE Diploschistes_MP_strict_consensus_from_nuITS_mtSSU_56taxa; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11419; TREE Strict = [&R] (((((((Diploschistes_actinostomus_1,Diploschistes_actinostomus_2),(((Diploschistes_caesioplumbeus_1,Diploschistes_caesioplumbeus_2,Diploschistes_caesioplumbeus_3),(Diploschistes_candidissimus_1,Diploschistes_candidissimus_2)),Diploschistes_euganeus)),(Diploschistes_diploschistoides_2,Diploschistes_diploschistoides_1)),(((((((Diploschistes_diacapsis_1,Diploschistes_diacapsis_2),Diploschistes_diacapsis_3),((Diploschistes_gypsaceus_3,Diploschistes_gypsaceus_4,Diploschistes_gypsaceus_5,Diploschistes_gypsaceus_1,Diploschistes_gypsaceus_2,Diploschistes_scruposus_4,Diploschistes_scruposus_5,Diploschistes_scruposus_9),(Diploschistes_scruposus_10,Diploschistes_scruposus_2,Diploschistes_scruposus_6)),(Diploschistes_interpediens_3,Diploschistes_interpediens_9)),((((Diploschistes_interpediens_1,Diploschistes_interpediens_5,Diploschistes_interpediens_8),(Diploschistes_interpediens_2,Diploschistes_interpediens_4,Diploschistes_interpediens_6,Diploschistes_interpediens_7,Diploschistes_interpediens_10)),(Diploschistes_muscorum_2,Diploschistes_muscorum_3),Diploschistes_scruposus_7,Diploschistes_scruposus_8),((Diploschistes_muscorum_4,Diploschistes_muscorum_5),Diploschistes_muscorum_1))),(Diploschistes_scruposus_11,Diploschistes_scruposus_1,Diploschistes_scruposus_3)),(Diploschistes_diacapsis_6,Diploschistes_diacapsis_4,Diploschistes_diacapsis_5)),(Diploschistes_rampoddensis_2,Diploschistes_rampoddensis_1))),((Diploschistes_ocellatus_1,(Diploschistes_ocellatus_5,Diploschistes_ocellatus_2)),(Diploschistes_ocellatus_3,Diploschistes_ocellatus_4))),Thelotrema_suecicum_1),Thelotrema_lepadinum_1); [! 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