#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 05, 2025; 18:16 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Fior S., Li M., Oxelman B., Viola R., Hodges S.A., Ometto L., & Varotto C. 2013. Spatiotemporal reconstruction of the Aquilegia rapid radiation through next-generation sequencing of rapidly evolving cpDNA regions. New Phytologist, 198: 579-592. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S13716] [ The following blocks are input data for analysis step 11600 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11600; DIMENSIONS NTAX=89; TAXLABELS Aquilegia_alpina_1 Aquilegia_alpina_2 Aquilegia_amurensis Aquilegia_atrata_1 Aquilegia_atrata_2 Aquilegia_atrata_3 Aquilegia_atrata_4 Aquilegia_atrovinosa Aquilegia_aurea Aquilegia_barbaricina Aquilegia_bernardii Aquilegia_bertolonii_1 Aquilegia_bertolonii_2 Aquilegia_bertolonii_3 Aquilegia_blecicii Aquilegia_brevistyla Aquilegia_buergeriana Aquilegia_canadensis Aquilegia_chrysantha Aquilegia_coerulea Aquilegia_dinarica Aquilegia_dumeticola Aquilegia_ecalcarata Aquilegia_einseleana Aquilegia_elegantula Aquilegia_eximia Aquilegia_flavescens Aquilegia_formosa Aquilegia_fragrans Aquilegia_glandulosa Aquilegia_grata Aquilegia_iulia_1 Aquilegia_iulia_2 Aquilegia_japonica Aquilegia_jonesii Aquilegia_karelinii Aquilegia_kitaibelii Aquilegia_lactiflora Aquilegia_litardierei Aquilegia_longissima Aquilegia_magellensis Aquilegia_moorcroftiana Aquilegia_nigricans Aquilegia_nivalis Aquilegia_nugorensis Aquilegia_nuragica Aquilegia_olympica Aquilegia_ottonis_subsp_amaliae Aquilegia_ottonis_subsp_speluncarum Aquilegia_oxysepala_var_kansuensis Aquilegia_oxysepala_var_oxysepala Aquilegia_pancicii Aquilegia_parviflora Aquilegia_pubescens Aquilegia_pubiflora Aquilegia_pyrenaica Aquilegia_reuterii_1 Aquilegia_reuterii_2 Aquilegia_reuterii_3 Aquilegia_rockii Aquilegia_scopulorum Aquilegia_sibirica Aquilegia_skinneri Aquilegia_thalictrifolia_1 Aquilegia_thalictrifolia_10 Aquilegia_thalictrifolia_2 Aquilegia_thalictrifolia_3 Aquilegia_thalictrifolia_4 Aquilegia_thalictrifolia_5 Aquilegia_thalictrifolia_6 Aquilegia_thalictrifolia_7 Aquilegia_thalictrifolia_8 Aquilegia_thalictrifolia_9 Aquilegia_transsilvanica Aquilegia_vestinae Aquilegia_viridiflora Aquilegia_viscosa Aquilegia_vulgaris_1 Aquilegia_vulgaris_2 Aquilegia_vulgaris_3 Aquilegia_vulgaris_4 Aquilegia_vulgaris_5 Aquilegia_vulgaris_subsp_nevadensis Aquilegia_yabeana Isopyrum_biternatum Paraquilegia_grandiflora Paropyrum_anemonoides Semiaquilegia_adoxoides Thalictrum_minus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aquilegia_alpina_1 AAAAGAACGTTCT-CCCGTGCTTCCAGACATGCTGAGCTCCACATATTCTTGTACAGTCAAAGAGGGGGATCGATTCCGTGAAAGAGGGGATCAGTAAACGAAAGCCCACGGATCCTTCATCTTTGTGAGATCGTCAATAGTGTACCGAAGGCGTCTTTAGAGTATACCCAACCAGTATAGCTATCCTTCTTCTGACACAGCAACGCAATTTAAATCAGTATCTA------AAAGAAGTGGTACATAATGATTTTCTTCCTTTCTTATTCCTTAATCTATACAGAAACATGTGCCCGTTAATATGAAAACGAGATTCC-------TGTATTGTATG-----TAGTATAGGATTTATTTCCATTACAAACTTTGGACTATAAACTAACGATCAAACAAAAAAGG-ATGAGTTTGACAGGTGAGTTGGATTCCAATAATTTATAAAAATAATTT-----AT---AAAATAGA-----TTATTATATTCCTATTC------------------------TTTTTCTTTCTAATTATAAATCTAATTAT------AAATTATATGCG--AAAAAAAA-----ATCG-------AGCATGTTTTTAGAAAACAAAAGGATTCGAGCAAAAAACCCTTTATTTCAAA------TTTCAAAGAATTGGTTAGTAC-----TACAATACA-----------------------AGTAGGAGATAGTATTTCATGAAAGAAACATAACAACCAGTATTTGTAATGCAAGCATTGTTGGATTAGACATTGTTGCATCCGCGCTATGGGTTACTC-----AATAAAGGTTTTATTCTTGTGAGCTATCATGCGATCGAATCTA-----TTTATTTCTTTTTTTATGCAGC------AATTAATGAACCTACTAATAAAT--------GAGTTAAAGT--ATAAAAAGGGCCTGATGTTATAAGGTCCTTCGTTCCAAACA------AAAAAGCC-----AAATAATAATCGAAATGATTGGAAAATTT------TATTTCATAGTGATTCAAGGGGAGTTT--------TCTTTGTAAATGAAGTTCCATGACAAAGTTATTTTGAGTCGTATTTTATTCAAATTCAAGAGTGGCTCTCTGTCACTATA----TGTCCGTCTATAATGAAATGAATGATAAATTCAATCCCAAACAAAC-TTTCAA--TGGG------------------TCTTTTTCTTAATCTTGTATTTCGCAAAAAT-AGAAACTTAGGTAAGTGTTTCATAAGC--ATATGTATAATATAGAACGTATCCCACTTAGCTCCTTCATGCCTACTA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGTGTTCTGGGTGAGTTATTTCAACTTCACGGTTTCTTTCCCTTGAATCAAAATTCAATTGAAATCAAGTAGTTAATTCAGTTAGTTTC-TTTTTTTTACTTTGTTTGATTACTAGAAACTAAATAC-----TTGTATTGAATAATTCAAATGTAGAAAATAGAGAAAAGGAATAGG-AATTTTGC-ATTTTTG-CTT-------TTCTATACTAG-----AATTCCCCGATAACTTAACTTCTATT-------TTTTATTTACTCGGAATCCCTGTTGGGTCGGATTCTAACGAATCCTTTGATAACTTGTAAGAAAC-TTTTTTGGTC------TTA-----ACTTT-----ATTTAGAATTAGAAGATAAGTATAAGCCGAACGATAATAAT------ATAATAAATATATAAGGGTGAATAGGTACGCTTATTTAGTTCTACCTTTCTTGTACCTATATC------TATTATTATATACTGAGAATAGATATACTTATCATAAGATATCT-----TTATAACAGGTACAAATATTAAATCGAGGTATCCATTCTATTCTATGACAACTTTCAACTTACCCGCTTTTTTTGTGCCTTTAGTAGGTCTAGTA-TGAAGCAGAAACATAGAGACACTCCTATGAATGTGGAAAATATACCAG------ATTAGTCAATTCAATTGTAATTGTGAATTCATCCATAACTA------TTTTGTCGAAATACCAATTCATTTTGACCGAAGCGCCTAGTTTTTTTGTTTGCTGTGAGCCCTGTCTTGTTTCAAGATTCGTCGAATCTAAAATACTTACTA----TTTGTACTTCGA-TTTGATTTTGGATTTCGAATTCTCTATTAT--TAT--------------------------TATAGA-ATCGA-----------------TTAAGTTCTAGATATAGA-TAGATAATA-------------------G-ATAGAGAATAATATTATATTATATTGATGGAAACCGAGTGCATTGACCTATTTTTTTTATTCTCTCTACCTGTATGAGACTTAATAGATTGGATTCAATACGTTGAATTGCGAGGCGC----------TTTTACATATAACAAAACGCATAGGTTCCTA----ATACCCCAATTCCAATTATGGATTTAAG----ATCAATTCA-CATTCTCTGTGAAACAACGCGTTGGGGCTGTTCTTCCACAAAAAAGTGGATAAGTCAGGGGATTCCTAATCTAAGTTCAAGGGGATCCCCAATCT----TCTTGTATAAAGTC-AAAAAAAATCAGTACAATCCGAATTTTGAATGAT-GAGCAATCGGGTTTTAGTATATTAGCTGGGCTCATGCCATGAATTTT-GACTTAATCAAAAAGTTTAC-TTTTTTTTTCG-CAAGGCAAAGAAGGGTAGTAAAATAGGAAAAATGTGTATGTAATTAACCCACGAAAAGAAATGAAAAAGAGTGGGTTTTTTTATCCAAAAT-AAAAAAAAATGCCGATTGGTTCCATTGCATTGAAATGGA-TTTTTTTTAGTTTCATGTTCCGAACGATCCCCGTGAGCGAAAATGCAGGAATGATTCTATTTCATTGGGGCAACCAATCGGCCGGCTACAAACAACAAAT-------------------AATAATGAGGAAATAAAAAACTAGACTATGTACTAAAGTACAAAT-CCATTTTAAATTA-------ACTCACATGAATGAAAATGA-----AAAATTAGGGCTACTGGTTCCTGGCATGTGGTTAGGGATACTG-ATATCAA-GTAATCGACATGGACCGGTATACATATACGTTACTCGTCTAGATCATGATAC-ATACTTATTTATCGTTTGTGTATCTAAAAATATGACTTTTTGAAAGTTAAGC---TTTTTAGTCGGTTTAACATTTTTAAGTCTATAGGGATTTTTAAGTCTATAGGGATAGAACCGTGGGAATATACAAGATTCATTCCAAATAAAATATAAAATTCAAAT--AAAGTATAATAAAAAGTA-ATCCGACCTCCCCCTTT-TTATTTCAT-----------TATTTCATAA-------------TTCTATTTCTTCACTCCCCTGCGCGACCCTCTAGAGCTCAT-----ATAAGCAATGTACGCGGTACAAAGTTCATGTTGCAGAAC---TCTTTT-TTTTT-TTTCATTTTCTCGGCCCAGCTCATCCGAAATAAATAGATT-CCAAA-------TTGGGAATATCAACGAAACCCTCATTTTCTTTCTTTATTTCTTTATTTCATTTCGCGCATCC-----ATAATACGAATGAGAGTCCAACGACTCTGTTTGATCTAGAACAGAATGTAAAAATATTCCTTGAA----TATCCGGAGAAGTGAAGATTTGTTTATTCAATGAGCATCTTGGATTTCGTAGAAATTGGGGGCAATATAATCCTTACGTAAAGGCCAAGTAACGCCATGGTAAGGCGTAAGTCATCGGTTCAAATCCGATAAGGGGCTTGGCTTTTTCCAC--------------------------------AATATGGAAATTTAGGGGGTTTT--GTG-GGT---GGAAAAAGCCAA-GCCCCTTA-TCGG-ATTTGAACCG-ATTTAT-TATATTAGTGGATAATCGAGATATGGTTTGTTGATATTTGGAATAAAAAAA-GGAA--------TCATCCGC-ATAAAATATTAGAAATAGAA-----------------------------------------------------------TTCTAATATTTTATATTC------TATATAATGAGTTATGATATAGTCATTATAAAGAAAGTTGAACGTTTGTTCATTATAATGATAAGTCACCCCGCTTATTGTGAGGACGACTATGCCACTACAGGCTATACTCCT-ACTCCGGTTTCATTATTCCATATTTTTG---------CATAGATCTGCTATCTACCCAATACCA------ATTATGAATCGCCCAATATTCCTACTTCTCCATTAT-----GAGTCTTCCAATCAAATCCATCGTAAATAG-----ATATATAAGAAATAAACAAAAAGTAAGTGGACCTGACCCATTGAATCATGACTATATCGGCTATTCT???????????????????????GTGGAATTGTAGCCGCGGAA-TTTTTTTGCATTTCCTTAGACTACGCAAGAATTTGTCGATATTTCCGATT---AAA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Aquilegia_amurensis 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Aquilegia_atrovinosa 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Aquilegia_barbaricina 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Aquilegia_buergeriana 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Aquilegia_canadensis 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Aquilegia_flavescens 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Aquilegia_glandulosa 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Aquilegia_japonica 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Aquilegia_karelinii 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Aquilegia_lactiflora 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Aquilegia_magellensis 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Aquilegia_olympica 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Aquilegia_oxysepala_var_kansuensis 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Aquilegia_pancicii 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Aquilegia_parviflora 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Aquilegia_pyrenaica 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Aquilegia_thalictrifolia_1 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Aquilegia_transsilvanica 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Aquilegia_viridiflora 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Aquilegia_vulgaris_subsp_nevadensis 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Isopyrum_biternatum 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Paraquilegia_grandiflora 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Paropyrum_anemonoides 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Semiaquilegia_adoxoides 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