#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 9:40 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Yang X., Gallegly M.E., & Hong C. 2013. A new high-temperature tolerant species in clade 9 of the genus Phytophthora: P. hydrogena sp. nov. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14412] [ The following blocks are input data for analysis step 11708 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep11708; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Phytophthora_andina_EC3421_AY564160 Phytophthora_aquimorbida_40A6_GQ294536 Phytophthora_captiosa_310C_KC733449 Phytophthora_cinnamomi_10A6_AY564169 Phytophthora_constricta_CBS125801_KC733450 Phytophthora_fallax_310L_KC733451 Phytophthora_foliorum_LT192_EU124918 Phytophthora_gonapodyides_CBS55467_KC733448 Phytophthora_hedraiandra_CBS111725_AY769115 Phytophthora_heveae_CBS29629_AY564182 Phytophthora_humicola_CBS20081_AY564184 Phytophthora_hydrogena_44G8_KC249961 Phytophthora_hydrogena_46A3_KC249962 Phytophthora_hydrogena_46A4_KC249963 Phytophthora_hydropathica_5D1_KC733452 Phytophthora_ilicis_CBS114348_JX524159 Phytophthora_infestans_2C_KC733447 Phytophthora_insolita_PMC5_AY564188 Phytophthora_irrigata_23J7_KC733453 Phytophthora_macrochlamydospora_UQ778_KC733454 Phytophthora_meadii_CBS21988_AY564192 Phytophthora_parsiana_SUC25_KC733455 Phytophthora_pinifolia_CMW26668_JN935961 Phytophthora_polonica_P15005_KC733456 Phytophthora_quininea_CBS40748_AY564200 Phytophthora_rubi_CBS96795_DQ674736 Pythium_aphanidermatum_P2_AY564163 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M17637] TITLE Figure.2B_cox1_Matrix; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11708; DIMENSIONS NCHAR=867; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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ATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTCCACAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTTTATTATTATTAACTTTACCTGTTTTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCTGGAGGAGGTGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCTGAAGTTTATATCTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCTGCAGCTTTTGCTAAAAAAAATGTTTTTGGTTATTTAGGTATGGTTTACGCTATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCACACCACATGTTTACTGTAGGTTTAGATGTAGATACAAGAGCTTATTTCTCAGCAGCTACAATGATTATTGCGGTACCAACTGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACTCCTTTATTATTCGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGTGTAACTGGTGTAGCTATGTCAAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCAATGGGTGCTGTTTTTGGTATTTTTACTGGTTTTTATTTTTGGATTGGTAAAATTTCTGGACGTAGATATCCTGAAGTATTAGGTCAAATACATTTTTGGTTATTCTTTATTGGTGTAAATATTACCTTTTTTCCAATGCATTTCTTAGGATTATCTGGTATGCCTAGAAGAATTCCAGATTTTCCTGATGCTATGAGTGGTTGGAATGCTATTAGTAGTTTTGGTTCTTATA Phytophthora_macrochlamydospora_UQ778_KC733454 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ATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTCGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTTTATTATTATTAACTTTACCTGTTTTAGCTGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCTGGAGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCTGCAGCTTTTGCTAGAAAAAATGTTTTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATTGGTTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCACACCATATGTTTACTGTAGGTTTAGATGTAGATACAAGAGCTTATTTCTCAGCAGCTACTATGATTATTGCGGTACCAACCGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACTCCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATTGGTGGTGTAACTGGTGTAGCTATGTCAAATTCAGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTAGGACATTTCCATTATGTATTATCAATGGGTGCTGTTTTTGGTATTTTTACTGGTTTTTATTTTTGGATTGGTAAAATTTCTGGACGTAGATATCCAGAAGTATTAGGTCAAATACATTTTTGGTTATTCTTTATTGGTGTAAATATTACCTTTTTCCCAATGCATTTCTTAGGATTATCAGGTATGCCTAGAAGAATTCCAGATTTTCCTGATGCTATGAGTGGTTGGAATGCTATTAGTAGTTTTGGTTCTTATA Phytophthora_pinifolia_CMW26668_JN935961 ATATGCGAGCTCCTGGTTTAAGTTTTCATAGATTACCTTTATTTGTTTGGTCTGTATTAATTACAGCATTTCTTTTATTATTAACATTACCAGTATTAGCTGGAGCTATTACAATGTTATTAACGGATAGGAATTTAAATACGTCTTTCTACGATCCATCAGGTGGGGGTGATCCGGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTCGGTCATCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCCGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCTGCGGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTACTTAGGAATGGTTTATGCAATGTTATCGATCGGTCTATTAGGTTGTATTGTATGGGCACATCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTCGTGCTTATTTTTCAGCAGCTACTATGATTATTGCTGTACCTACAGGTATTAAAATATTTAGTTGGTTAGCCACGTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCTTTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTTGTTATGGGTGGTGTAACCGGTGTGGCTATGTCGAATTCTGGTTTAGATATTGCAATACACGATACTTATTATATTGTAGGACATTTTCATTATGTATTATCTATGGGTGCTGTTTTTGGTATATTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGAAAAATTTCAGGCCGTAAATATCCTGAAGTTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGGGTAAATATCACCTTTTTTCCAATGCATTTTTTAGGATTAGCTGGAATGCCTAGACGAATTCCCGATTTTCCTGATGCCATGAGTGGTTGGAATGCTGTAAGTAGCTTTGGTTCTTATA Phytophthora_polonica_P15005_KC733456 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ATATGAGAGCTCCTGGTTTAAGTTTCCATAGATTACCTTTATTTGTATGGTCTGTATTAATTACAGCATTTTTATTATTATTAACTTTACCTGTATTAGCAGGTGCAATTACTATGTTATTAACTGATAGAAATTTAAATACTTCATTTTATGATCCTTCAGGTGGGGGGGATCCAGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGTCACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCAAGTTGCTGCTGCTTTTGCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCACACCATATGTTTACAGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCTTATTTTTCAGCAGCTACAATGATTATTGCAGTTCCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTTTATGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCATTATTATTTGTTTTAGGTTTTATTTTATTATTCGTTATGGGTGGTGTTACTGGTGTAGCTATGTCTAATTCTGGTTTAGATATTGCATTACATGATACTTATTATATTGTTGGTCATTTCCATTATGTATTATCAATGGGTGCAGTATTTGGTATTTTTACTGGATTTTATTTTTGGATTGGTAAAATATCTGGACGTAGATATCCTGAAATTTTAGGTCAAATCCATTTTTGGTTATTTTTTATAGGTGTAAATATTACTTTTTTTCCAATGCACTTTTTAGGATTATCTGGTATGCCTAGAAGAATTCCAGATTTTCCTGATGCTATGAGTGGATGGAATGCTGTAAGTAGTTTTGGTTCTTATA Phytophthora_rubi_CBS96795_DQ674736 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ATATGAGAGCTCCTGGATTAAGTTTTCATAGATTGCCATTATTTGTTTGGTCTGTTTTTATTACAGCTTTTTTATTATTGTTAACATTACCAGTATTAGCAGGTGCTATTACAATGTTATTAACAGATAGAAATTTAAATACTTCTTTTTATGATCCTTCAGGTGGAGGTGATCCTGTATTATATCAACATTTATTTTGGTTTTTTGGACACCCTGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGCTTTTGGTATTATTAGTCATGTTTCTGCTACATATTCTAAAAAAAATGTATTTGGTTATTTAGGTATGGTTTATGCTATGTTATCTATAGGTTTATTAGGTTCAATTGTTTGGGCTCACCATATGTTTACTGTTGGTTTAGATGTAGATACTAGAGCATATTTCTCAGCAGCTACTATGATTATTGCAGTACCTACAGGTATTAAAATTTTTAGTTGGTTAGCTACTATGTGGGGTGGTTCTTTAAAATTTGAAACACCAATGTTATTTACTTTAGGTTTCTTATTATTATTCGTAATAGGTGGGGTAACTGGAGTAATTATGTCTACATCTGGTATTGATATTGCTATTCATGATACATACTATATTGTAGCGCATTTCCATTATGTTTTATCTATGGGTGCTGTTTTCGGTATTTTTGCTGGATTTTATTATTGGATTGGTAAAATAACAGGACGTCAATATCCTGAAGTATTAGGTCAAATTCATTTTTGGTTATTCTTTATTGGTGTAAATATTACATTTTTTCCAATGCACTTTTTAGGTTTAGCTGGTATGCCTAGAAGAATTCCTGATTTTCCTGATGCTTATAGTGGTTGGAACGCTGTTTCCTCTTTCGGTTCTTATA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 11708 ] BEGIN TREES; TITLE Figure.2B_cox1; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep11708; TREE Fig._2B = [&R] ((((((Phytophthora_andina_EC3421_AY564160:0.00300426,Phytophthora_infestans_2C_KC733447:0.00640363)1.0000:0.03708442,Phytophthora_hedraiandra_CBS111725_AY769115:0.02954682)0.3580:0.00701489,(((Phytophthora_meadii_CBS21988_AY564192:0.03456641,Phytophthora_foliorum_LT192_EU124918:0.02869994)0.3630:0.00741432,(Phytophthora_cinnamomi_10A6_AY564169:0.03640693,Phytophthora_rubi_CBS96795_DQ674736:0.0205855)0.8520:0.01463033)0.1120:0.00388031,(Phytophthora_heveae_CBS29629_AY564182:0.00868678,((Phytophthora_gonapodyides_CBS55467_KC733448:0.02734441,Phytophthora_pinifolia_CMW26668_JN935961:0.04078025)0.7360:0.0088503,Phytophthora_humicola_CBS20081_AY564184:0.02051612)0.7060:0.01148494)0.2080:0.00260695)0.1340:0.00951521)0.0950:0.00420905,Phytophthora_ilicis_CBS114348_JX524159:0.03206888)0.7400:0.01449288,((((Phytophthora_aquimorbida_40A6_GQ294536:0.01911601,(Phytophthora_hydrogena_44G8_KC249961:0.0,(Phytophthora_hydrogena_46A3_KC249962:0.0,Phytophthora_hydrogena_46A4_KC249963:0.0)0.2990:0.0)1.0000:0.01896089)0.5060:0.00648824,(Phytophthora_hydropathica_5D1_KC733452:0.00346433,(Phytophthora_parsiana_SUC25_KC733455:0.00596674,Phytophthora_irrigata_23J7_KC733453:0.01062681)0.3410:0.00269167)0.3330:9.3282E-4)0.9860:0.01622436,(Phytophthora_insolita_PMC5_AY564188:0.01890958,Phytophthora_polonica_P15005_KC733456:0.02800874)0.9280:0.01396984)0.5900:0.00960948,((Phytophthora_captiosa_310C_KC733449:0.02508978,Phytophthora_fallax_310L_KC733451:0.02219045)0.9840:0.01445153,Phytophthora_constricta_CBS125801_KC733450:0.03375881)0.7770:0.01583996)0.4020:0.00664016)0.2850:0.00203516,((Phytophthora_macrochlamydospora_UQ778_KC733454:0.00204562,Phytophthora_quininea_CBS40748_AY564200:3.4831E-4)1.0000:0.02234202,Pythium_aphanidermatum_P2_AY564163:0.0892024)0.2850:0.00477236); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr64546] END;