#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on December 15, 2025; 18:32 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tang C.Q., Obertegger U., Fontaneto D., & Barraclough T. 2014. Sexual species are separated by larger genetic gaps than asexual species in rotifers. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14643] [ The following blocks are input data for analysis step 12025 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12025; DIMENSIONS NTAX=115; TAXLABELS Adineta_barbata_gi|209405611|gb|EU751028.1| Adineta_gracilis_gi|134141632|gb|EF173180.1| Adineta_gracilis_gi|134141634|gb|EF173181.1| Adineta_gracilis_gi|134141666|gb|EF173197.1| Adineta_gracilis_gi|134141670|gb|EF173199.1| Adineta_gracilis_gi|301068906|gb|GQ465634.1| Adineta_gracilis_gi|301068912|gb|GQ465637.1| Adineta_gracilis_gi|301068914|gb|GQ465638.1| Adineta_grandis_gi|134141640|gb|EF173184.1| Adineta_grandis_gi|134141642|gb|EF173185.1| Adineta_oculata_gi|71840136|gb|DQ078515.1| Adineta_ricciae_gi|301068820|gb|GQ465591.1| Adineta_sp_gi|134141644|gb|EF173186.1| Adineta_sp_gi|134141650|gb|EF173189.1| Adineta_sp_gi|134141656|gb|EF173192.1| Adineta_sp_gi|134141658|gb|EF173193.1| Adineta_sp_gi|134141662|gb|EF173195.1| Adineta_sp_gi|134141672|gb|EF173200.1| Adineta_sp_gi|134141674|gb|EF173201.1| Adineta_sp_gi|134141678|gb|EF173203.1| Adineta_sp_gi|134141682|gb|EF173205.1| Adineta_sp_gi|134141684|gb|EF173206.1| Adineta_sp_gi|134141686|gb|EF173207.1| Adineta_sp_gi|134141688|gb|EF173208.1| Adineta_sp_gi|134141690|gb|EF173209.1| Adineta_sp_gi|134141692|gb|EF173210.1| Adineta_sp_gi|134141694|gb|EF173211.1| Adineta_sp_gi|296011489|gb|HM032923.1| Adineta_sp_gi|296011493|gb|HM032925.1| Adineta_sp_gi|296011497|gb|HM032927.1| Adineta_sp_gi|296011501|gb|HM032929.1| Adineta_sp_gi|296011691|gb|HM032917.1| Adineta_sp_gi|301068822|gb|GQ465592.1| Adineta_sp_gi|301068826|gb|GQ465594.1| Adineta_sp_gi|301068830|gb|GQ465596.1| Adineta_sp_gi|301068832|gb|GQ465597.1| Adineta_sp_gi|71840132|gb|DQ078513.1| Adineta_sp_gi|71840134|gb|DQ078514.1| Adineta_steineri_gi|134141696|gb|EF173212.1| Adineta_steineri_gi|209405715|gb|EU751080.1| Adineta_steineri_gi|301068836|gb|GQ465599.1| Adineta_steineri_gi|301068838|gb|GQ465600.1| Adineta_steineri_gi|301068840|gb|GQ465601.1| Adineta_steineri_gi|301068844|gb|GQ465603.1| Adineta_steineri_gi|301068846|gb|GQ465604.1| Adineta_steineri_gi|301068916|gb|GQ465639.1| Adineta_steineri_gi|301068918|gb|GQ465640.1| Adineta_tuberculosa_gi|301068922|gb|GQ465642.1| Adineta_vaga_gi|134141700|gb|EF173214.1| Adineta_vaga_gi|134141702|gb|EF173215.1| Adineta_vaga_gi|134141710|gb|EF173219.1| Adineta_vaga_gi|134141712|gb|EF173220.1| Adineta_vaga_gi|134141720|gb|EF173224.1| Adineta_vaga_gi|134141734|gb|EF173231.1| Adineta_vaga_gi|134141736|gb|EF173232.1| Adineta_vaga_gi|134141738|gb|EF173233.1| Adineta_vaga_gi|134141740|gb|EF173234.1| Adineta_vaga_gi|134141742|gb|EF173235.1| Adineta_vaga_gi|134141744|gb|EF173236.1| Adineta_vaga_gi|134141746|gb|EF173237.1| Adineta_vaga_gi|134141748|gb|EF173238.1| Adineta_vaga_gi|134141754|gb|EF173241.1| Adineta_vaga_gi|134141756|gb|EF173242.1| Adineta_vaga_gi|134141758|gb|EF173243.1| Adineta_vaga_gi|134141760|gb|EF173244.1| Adineta_vaga_gi|134141766|gb|EF173247.1| Adineta_vaga_gi|134141768|gb|EF173248.1| Adineta_vaga_gi|134141770|gb|EF173249.1| Adineta_vaga_gi|134141772|gb|EF173250.1| Adineta_vaga_gi|134141774|gb|EF173251.1| Adineta_vaga_gi|134141780|gb|EF173254.1| Adineta_vaga_gi|134141782|gb|EF173255.1| Adineta_vaga_gi|134141786|gb|EF173257.1| Adineta_vaga_gi|134141790|gb|EF173259.1| Adineta_vaga_gi|134141794|gb|EF173261.1| Adineta_vaga_gi|157365246|gb|EF650483.1| Adineta_vaga_gi|209405887|gb|EU751166.1| Adineta_vaga_gi|209405891|gb|EU751168.1| Adineta_vaga_gi|209405895|gb|EU751170.1| Adineta_vaga_gi|209405897|gb|EU751171.1| Adineta_vaga_gi|209405899|gb|EU751172.1| Adineta_vaga_gi|209405901|gb|EU751173.1| Adineta_vaga_gi|209405903|gb|EU751174.1| Adineta_vaga_gi|209405907|gb|EU751176.1| Adineta_vaga_gi|209405909|gb|EU751177.1| Adineta_vaga_gi|209405911|gb|EU751178.1| Adineta_vaga_gi|209405913|gb|EU751179.1| Adineta_vaga_gi|209405981|gb|EU751213.1| Adineta_vaga_gi|209405983|gb|EU751214.1| Adineta_vaga_gi|209406095|gb|EU751270.1| Adineta_vaga_gi|301068850|gb|GQ465606.1| Adineta_vaga_gi|301068852|gb|GQ465607.1| Adineta_vaga_gi|301068854|gb|GQ465608.1| Adineta_vaga_gi|301068856|gb|GQ465609.1| Adineta_vaga_gi|301068866|gb|GQ465614.1| Adineta_vaga_gi|301068870|gb|GQ465616.1| Adineta_vaga_gi|301068874|gb|GQ465618.1| Adineta_vaga_gi|301068878|gb|GQ465620.1| Adineta_vaga_gi|301068880|gb|GQ465621.1| Adineta_vaga_gi|301068882|gb|GQ465622.1| Adineta_vaga_gi|301068884|gb|GQ465623.1| Adineta_vaga_gi|301068886|gb|GQ465624.1| Adineta_vaga_gi|301068888|gb|GQ465625.1| Adineta_vaga_gi|301068890|gb|GQ465626.1| Adineta_vaga_gi|301068900|gb|GQ465631.1| Adineta_vaga_gi|301068902|gb|GQ465632.1| Adineta_vaga_gi|301068924|gb|GQ465643.1| Adineta_vaga_gi|301068930|gb|GQ465646.1| Adineta_vaga_gi|301068934|gb|GQ465648.1| Adineta_vaga_gi|301068938|gb|GQ465650.1| Adineta_vaga_gi|301068942|gb|GQ465652.1| Adineta_vaga_gi|301068950|gb|GQ465656.1| Adineta_vaga_gi|301068954|gb|GQ465658.1| Adineta_vaga_gi|402761739|gb|JX184001.1| Adineta_vaga_gi|72153586|gb|DQ089725.1| ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18414] TITLE Adineta_spp_haplotype_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12025; DIMENSIONS NCHAR=661; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Adineta_barbata_gi|209405611|gb|EU751028.1| TACTTTGTATTTTATTATTGGTGTGTGATCTGGGTTTTTAGGAGCTAGAATAAGTTTAATTATTCGTACAGAATTAGGTATAGTTGGTAGAATAATTATAGATGAACAAATTTATAATTCTATAGTTACAGCCCATGCTTTTTTAATGATTTTCTTTTTTGTGATACCTGTAGCGGTTGGGGGTTTTGGTAATTGATTATTACCTTTAATGATGAATGCTATGGATATAGCTTTTCCTCGTTTGAATAATTTAAGTTTTTGATTAGTTCCTGTTGCTTTGTTATTTATGAGATTAAGATTATTAGTTGGTTTAGGACCTGGTACTGGTTGAACTGTGTATCCTCCTTTGTCTAATTCAGTTTATCATTTTGGAGGTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTAGCTTACATGTAGCTGGGGTTTCTTCTATTTTAGGGGGGATTAATTTTATTACTACATGTTTAAAAGGTAAAATTAGGTATGTTTTAAGATTTGAATTTTTGACTTTATTTGTTTGAGCTATAATTGTTACAAGGTTTTTATTAGTTTTAAGTTTACCTGTGTTGGCAGGTGGAATTACTATACTATTCTTCGATC?TAATTTTGGTTCTTCAT?????????????????????????????????????????????????? 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