#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on December 15, 2025; 18:32 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Tang C.Q., Obertegger U., Fontaneto D., & Barraclough T. 2014. Sexual species are separated by larger genetic gaps than asexual species in rotifers. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14643] [ The following blocks are input data for analysis step 12043 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12043; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Dissotrocha_aculeata_A487DA1 Dissotrocha_aculeata_A487DA2 Dissotrocha_aculeata_A522DA1 Dissotrocha_aculeata_A522DA2 Dissotrocha_aculeata_A535DA1 Dissotrocha_aculeata_A535DA2 Dissotrocha_aculeata_A536DA1 Dissotrocha_aculeata_A602DA2 Dissotrocha_aculeata_A734DA2 Dissotrocha_aculeata_A735DA1 Dissotrocha_aculeata_DaculeataDAA375 Dissotrocha_aculeata_DisacucryNUP1B5 Dissotrocha_aculeata_DisaculA341DA Dissotrocha_aculeata_DisacumedBL2B1B4 Dissotrocha_aculeata_M15DA1COI Dissotrocha_macrostyla_A486BD04Dmacr Dissotrocha_macrostyla_A726DM1 Dissotrocha_macrostyla_A735DM1 Dissotrocha_macrostyla_A751DM1 Dissotrocha_macrostyla_A751DM2 Dissotrocha_macrostyla_A756DMX2 Dissotrocha_macrostyla_DismacrA346DM Dissotrocha_macrostyla_DismacrNUP2B4 Dissotrocha_macrostyla_DismactuA341DT Dissotrocha_macrostyla_DismactuARG1A2P Dissotrocha_macrostyla_DismactuNF5C3P Dissotrocha_macrostyla_DmacrostylaDMA382b ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18421] TITLE Dissotrocha_spp_haplotype_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12043; DIMENSIONS NCHAR=661; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Dissotrocha_macrostyla_DmacrostylaDMA382b ????TCATATTTTGTAATGGGTGTGTGAGCTGGGTTGTTAGGAGCTAGAATAAGGTTGATTATTCGGACTGAAGTAGGGATAGTAGGAAATGTAATTATGGATGAGCAGATCTATAATATGATGGTAACTGCTCCTGCGTTTTTAATAATTTTTTTTTTTGTTATACCTGTGACGATGGGGGGTTTTGGAAATTGATTATTACCTTTGATAGTTAATGCTGTGGATATAGCTTTTCCTCGTTTAAATAATTTAAGGTTTTGATTAGCTCCGGTATCGTTGACTTTTATAGCTATAAGAATGTTGGTGAGGTTAGGGGCAGGAACTGGTTGAACTGTATATCCACCGTTGTCAAATTCGGTGTATCATTTTGGGGGGTCTGTGGATTTAGCTATTTTTAGTTTACATGTAGCGGGTGTTTCTTCTATTTTGGCTAGGATTAATTTTATTACTACTTGTTTAAAAAGTAAGATAAGGTATGTGATAAGAGTAGAATTTTTGACTTTGTTTGTATGAGCTATAGTAGTGACGAGGTTTTTATTGGTTTTAAGGTTGCCTGTTTTAGCTGGAGGGATTACTATATTATTATTGGATCGTAATTTTGGGTCTTCTTTTTTTGATCCAAGA???????????????????????????????????? ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 12043 ] BEGIN TREES; TITLE Diss_all; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12043; TREE DissBEASTr = [&R] (((Dissotrocha_aculeata_DisacucryNUP1B5:16.46319204,(((((Dissotrocha_macrostyla_DismactuARG1A2P:1.696888216,Dissotrocha_macrostyla_DmacrostylaDMA382b:1.696888216):5.804469875,(Dissotrocha_macrostyla_A486BD04Dmacr:1.839436905,Dissotrocha_macrostyla_DismactuNF5C3P:1.839436905):5.661921186):2.344791101,(Dissotrocha_aculeata_A602DA2:3.597258266,((Dissotrocha_aculeata_A522DA2:0.3415860632,Dissotrocha_aculeata_A522DA1:0.3415860632):0.7841208748,Dissotrocha_aculeata_DisacumedBL2B1B4:1.125706938):2.471551328):6.248890926):2.108662723,(Dissotrocha_macrostyla_DismactuA341DT:8.619011894,(Dissotrocha_aculeata_A536DA1:6.142903061,(Dissotrocha_aculeata_A535DA2:0.1548698676,Dissotrocha_aculeata_A535DA1:0.1548698676):5.988033194):2.476108833):3.335800021):0.1338402962,((Dissotrocha_aculeata_A487DA1:0.1343004445,Dissotrocha_aculeata_A487DA2:0.1343004445):9.726678469,Dissotrocha_aculeata_M15DA1COI:9.860978913):2.227673298):4.374539827):1.074612985,((((Dissotrocha_macrostyla_A751DM2:0.6890244236,Dissotrocha_macrostyla_DismacrA346DM:0.6890244236):10.05118138,Dissotrocha_macrostyla_A751DM1:10.7402058):2.122659192,(Dissotrocha_macrostyla_A756DMX2:10.00901505,Dissotrocha_macrostyla_DismacrNUP2B4:10.00901505):2.853849947):2.836676529,(Dissotrocha_macrostyla_A726DM1:0.2325391575,Dissotrocha_macrostyla_A735DM1:0.2325391575):15.46700237):1.838263498):2.546909544,(Dissotrocha_aculeata_DaculeataDAA375:19.35090593,((Dissotrocha_aculeata_A735DA1:0.1446277259,Dissotrocha_aculeata_A734DA2:0.1446277259):6.306629011,Dissotrocha_aculeata_DisaculA341DA:6.451256737):12.89964919):0.7338086362); [! 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