#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 09, 2025; 8:03 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Magain N., & Sérusiaux E. 2013. Photobiont switch and cephalodia emancipation as evolutionary drivers in the lichen symbiosis : a case study in the Pannariaceae (Peltigerales). PLoS ONE, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14772] [ The following blocks are input data for analysis step 12226 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12226; DIMENSIONS NTAX=82; TAXLABELS Degelia_durietzii_GB Degelia_plumbea_GB Erioderma_verruculosum_GB Fuscoderma_applanatum_GB Fuscopannaria_ahlneri_GB Fuscopannaria_confusa_GB Fuscopannaria_ignobilis_GB Fuscopannaria_leucosticta_GB Fuscopannaria_leucosticta_R1123 Fuscopannaria_mediterranea_GB Fuscopannaria_praetermissa_GB Fuscopannaria_praetermissa_R1060 Fuscopannaria_sampaiana_GB Joergensenia_cephalodina_GB Kroswia_crystallifera_M788 Kroswia_crystallifera_R1055 Kroswia_crystallifera_R1679 Leciophysma_furfurascens_GB Leptogidium_contortum_GB Leptogidium_dendriscum_GB Leptogium_lichenoides_GB Pannaria_athroophylla_GB Pannaria_calophylla_GB Pannaria_conoplea_GB Pannaria_implexum_GB Pannaria_lurida_M786 Pannaria_lurida_R1012 Pannaria_lurida_R1033 Pannaria_lurida_R1125 Pannaria_microphyllizans_GB Pannaria_multifida_R942 Pannaria_multifida_R960 Pannaria_multifida_R961 Pannaria_pallida_GB Pannaria_rubiginella_GB Pannaria_rubiginosa_GB Pannaria_rubiginosa_R1008 Pannaria_rubiginosa_R1011_a Pannaria_rubiginosa_R1126 Pannaria_sp._R969 Pannaria_sp._T4 Pannaria_sphinctrina_GB Pannaria_tavaresii_GB Parmeliella_appalachensis_GB Parmeliella_borbonica_R1122 Parmeliella_brisbanensis_R1019 Parmeliella_brisbanensis_R1247 Parmeliella_brisbanensis_T1 Parmeliella_brisbanensis_T3 Parmeliella_brisbanensis_T7 Parmeliella_mariana_R974 Parmeliella_miradorensis_GB Parmeliella_parvula_GB Parmeliella_polyphyllina_R1021 Parmeliella_polyphyllina_R1058 Parmeliella_polyphyllina_R1120 Parmeliella_sp._T2 Parmeliella_sp._T6_a Parmeliella_stylophora_R979 Parmeliella_triptophylla_GB Parmeliella_triptophylloides_R965 Peltigera_aphthosa_GB Physma_byrsaeum_GB Physma_byrsaeum_R1121 Physma_byrsaeum_R2 Physma_byrsaeum_R2847 Physma_pseudoisidiatum_GB Physma_radians_GB Physma_radians_T5_a Placynthium_nigrum_GB Protopannaria_pezizoides_GB Psoroma_hypnorum_GB Psoroma_paleaceum_GB Psorophorus_pholidotus_GB Ramalodium_succulentum_GB Staurolemma_omphalarioides_GB Staurolemma_sp._R982 Vahliella_californica_GB Vahliella_leucophaea_GB Vahliella_saubinetii_GB Xanthopsoroma_pholidotoides_GB Xanthopsoroma_soccatum_GB ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M18872] TITLE 'Concatenated dataset (mycobiont)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12226; DIMENSIONS NCHAR=2717; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 2710 2720 2730 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Degelia_durietzii_GB ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAGCATGATCACGGTGGGTGTGGAAACGTTCAACCAGAGGTTCGTCGTGAAGGTCTCAGATTAAACGGTACATGGAAAGCGCAGAAAGGAGACGAGGAAAATGAGGGTCAGCAGCCTGAAAAGAAGCCAATAACACCGCAAATGGCTCTTAATATCTTTCGGCACATATCTACGGAGGAAATAAGGAAGATGGGCCTGAGCAATGACTATGCACGTCCAGAGTGGATGATTATCACGGTTCTTCCGGTCCCGCCACCTCCTGTCAGACCAAGTATTTCGGTGGATGGGGGAAACGGAATGCGCGGTGAAGATGATTTGACTTATAAGCTCGGTGACATAATCCGGGCGAATGGCAATGTTCGACGGTGCGAAAATGAAGGTTCACCAGCTCATGTG???????????????????????????????????????????????????CACCACGGAAGAATGAATGGCAATAGCTAATTGTTATGTCGGATAAAGTTCGAGATAAATTTATGATGATGACATTATTTATCTTTTCTTGACTAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGTAAAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATAGGTTTAAAGTGTACCCAGGCGGTTGATATAGCTAGAGTTATGTAATGGTGCAAGAAGGTACTGTTGAGTGTAGAGATGAAATTCTGTCATACCAGATGAGTGGCACAGGTTTAGGCGAAAGCATCACTTTATGTCATAACTGACGTTGGCGGACGAAGGCTAAATAACGAACAGGATTAGGTACCCCAGTAGTTGCAGATAATGATGAATGTCATAGGTCTTTGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAATTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATG-TGTTTAATTTGATAATCCGCAAAGAACCTTACCACTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATATCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATAGAATTAACTAAACCCTTACTTTAAAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTCCTTGGAACAGGACGTCATAGAGGGTGAGAATCCCGTATGGGAAATCCCATGTGAAA-CCCTTCGACGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAATGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATACTGGCCAGAGACCGATAGCGCACAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAAAGCACTTTGGAAAGAGAGTCAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGGGAAGCGCTTGCGACCAGACCTGCCCCCGGGCGATCCGCCGCAGGCCAGCATCGGTTCTGGGCGGCGGACAAAGCGCCCGGGAATGTAGCTCCCTCCGGGGAGTCTTATAGCCCCGGGCTGCCGCCCGCCCGGACCGAGGACCGCGCTTCGGCTAGGATGCTGGCGTAATGGTCGTAAGCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAAC{AC}TCCATGCGAGTGTTT-GGTGTCAAACCCACGCGCGGAATGAAAGTGAACGGAGGTGGGACCCGGCGCACCATCGACCGATCC{AT}GA{AT}GT-TTCGGATGGATTTGAGTA{AC}GAGCAT{AG}GCTGTTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGC{CG}TGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCT-GTGGAGGCTCGCAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTG?G{CT}ATAGGGGCGAAGACCAATCGAACCAT????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Vahliella_saubinetii_GB ????????????????????????????????????GGTTTCATGACCAAAACCAAGAAATTGCTAGAGACCGTTTGCCATAATTGTGGCAAAATATTGATCGATGAAAGTAATCCAGCATTTGCGAACGCTCTGCGATACCGGGATCCCAAACGACGATTTGACGCGATTTGGAGGTTGTGTAAAACCAAAATGGTTTGTGATACTGCTGCAGTACCTGATGACGACAACATGGACAAGTCGAAGGAACCCAAGCATGACCATGGTGGCTGTGGGAATATTCAGCCAGAGGTTCGTCGCGAGGGTCTTAGATTGAATGGTACGTGGAAGGCCCAGAAGGGTGATGAGGAGAATGACGGTCAACAACCCGAGAAAAAACCAATCACGCCTCAAATGGCACTTAGTATCTTTCGACACATATCTACAGACGAAATTCAAAAAATGGGCTTGAGCAACGATTACGCGCGCCCAGAGTGGATGATAATCACAGTCCTTCCTGTACCACCACCTCCTGTCCGGCCAAGTATTGCAGTAGATGGAGGCAATGGAATGCGAGGTGAAGATGATTTGACTTACAAGCTTGGCGATATCATCAGAGCGAACGGTAATGTTCGACGATGCGAAACAGAGGGTTCACCAGCACACGTTGTAACGGAATTCGAGCAGCTACTCCAGTTTATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGGTGAATCTATAGCAATAGCTAATAACTATGTCGACATAAATTCTAGGTGGAATAATGATGATGACATTTTCTATCTATTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTAAATGGGTTTAAAGCGTACCTAGACAGTATATAAAGCTAGAGTTATGAAAGGGGGCTATTAGGTACTGTTGAGTGTAAAGATGAAATTTAGTCATACCAGATGAGTGGCACGGGTATAGGCGAAGGCATCTCCTTATGTAATAACTGACGTTGAACGACGAAGGCTTTGTAGCGAACAGGATTAGATACCCCAGTAGTGGCAGAAAATGATGAATGTCATAGGTTTTGGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTTAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTATCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTAGACGGCCCGCAAA-AACCTTACCATAAATTTAACAAGTGCTGCACGGCTGTCTTCAGTTTATGTCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCAT-TAATAAACTAAACCCTTACTTTAAAG??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Xanthopsoroma_pholidotoides_GB ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATAGCCTAACGGCTGAACCAGCAACTTGGAAGAAAGTATAGCAATAGCTAATTGTTTACTCGAATAAAATTCTAGATAGATTTATGATAATGACATTATCTATCTATTCTTGACCAAATTACGTGCCAGCAGTCGCGGCAATACGTAGAAGACTAGTGTTATTCATCTTTAATTGGTTTAAAGCGTACCTAGACGGTAATTATAGCTAGAGTTATGTAAGAGTGCATAAAAGTACTGTTGAGTGTAGAGATGAAATTCTTTCATACCAGATAATTGGCACAGGTTTAGGCGAAAGCATCACTTTATGTAATAACTGACGTTGACGGACGAAGGCTGTATCGCGAACAGGATTAGGTACCCCAGTAGTAGCAGAAAATTATGAATGTCATAGGTTTTGGTCTATAAATGAAAGTGTAAGCATTCCACCTCAAGAGTAATTTGGCAACATTGGAACTGAAATCATTAGACCGTTTCTGAAACCAGTAGTGAAGTATGTTGTTTAATTTGATGATCCGCAAAAAACCTTACCACTATTTTTACAAGCGTTGCACGGCTGTCTTCAGTTAATGTCGTGAGATTTTGGTTAGTTCCATTAAATTAACTAAACCCTTACTTTAGAG????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCCTCGGCATTCCGAGGGGCATACCTGTTCGAGCGTCATTT Xanthopsoroma_soccatum_GB 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 12226 ] BEGIN TREES; TITLE 'Best MLT, concatenated dataset (mycobiont)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12226; TREE Imported_tree_0 = [&R] ((Parmeliella_brisbanensis_T7:2.28563205293396E-6,Parmeliella_brisbanensis_R1019:5.4438550737421E-4):2.28563205293396E-6,((Parmeliella_brisbanensis_R1247:5.400639879830221E-4,Parmeliella_brisbanensis_T3:2.28563205293396E-6):2.28563205293396E-6,(((Parmeliella_stylophora_R979:0.012575315552113399,((Xanthopsoroma_soccatum_GB:0.013342194334397026,(Xanthopsoroma_pholidotoides_GB:0.00705165812007705,((((Erioderma_verruculosum_GB:0.07960516893956616,((Leptogidium_dendriscum_GB:0.0638497312660966,Leptogidium_contortum_GB:0.04776944386786145):0.02498247209543555,(Degelia_durietzii_GB:0.030288844737253504,Joergensenia_cephalodina_GB:0.08712046418104813):0.009941059016768259):0.013641706325992892):0.010705279788374374,(Degelia_plumbea_GB:0.061478599394634015,((Parmeliella_triptophylla_GB:0.006977770610713566,Parmeliella_miradorensis_GB:0.00617159275526586):0.024646176010927598,((Parmeliella_triptophylloides_R965:0.008301916784254742,Parmeliella_appalachensis_GB:0.013051911134793195):0.009159593767370397,(Parmeliella_polyphyllina_R1058:0.004535169497270455,(Parmeliella_polyphyllina_R1120:0.0012694858501774882,Parmeliella_polyphyllina_R1021:2.28563205293396E-6):0.008549396212150274):0.006381594932321472):0.025083945387202208):0.01965627443495211):0.00952210074949431):0.03723279233321702,((Leptogium_lichenoides_GB:0.11993711783584636,Placynthium_nigrum_GB:0.08277858858658549):0.023947710763943992,(Peltigera_aphthosa_GB:0.16840145316201577,(Vahliella_leucophaea_GB:0.03749505511885042,(Vahliella_saubinetii_GB:0.018352801441022325,Vahliella_californica_GB:0.00957825022945247):0.039556519241182954):0.05305827474871223):0.039660343060731656):0.018173210618585046):0.04360272602369812,(((Fuscoderma_applanatum_GB:0.041467013321482615,((Psoroma_paleaceum_GB:0.004570633953549086,Psoroma_hypnorum_GB:0.009755174046401882):0.01269474811878486,Psorophorus_pholidotus_GB:0.02945611310838393):0.007225959989995404):0.011148455244530947,((Ramalodium_succulentum_GB:0.08451964184057686,(Staurolemma_sp._R982:0.0130187561961062,Staurolemma_omphalarioides_GB:0.02618976183153167):0.029073938832972563):0.015299334460058057,(((Pannaria_athroophylla_GB:0.01857366703283784,(Pannaria_pallida_GB:0.012639485789194237,(Pannaria_calophylla_GB:0.008902396116577449,(Pannaria_sphinctrina_GB:2.28563205293396E-6,Pannaria_microphyllizans_GB:2.28563205293396E-6):0.008809153869010366):0.009188880463231304):6.975734871803008E-4):0.0025128078451974283,((Pannaria_sp._T4:0.008335636578534526,(((Pannaria_lurida_R1033:0.0038563419489214723,(Pannaria_multifida_R961:4.062231592335206E-4,(Pannaria_multifida_R942:4.091614079249227E-4,Pannaria_multifida_R960:2.28563205293396E-6):2.28563205293396E-6):0.002795279911362023):0.0028841194655138225,(Pannaria_lurida_M786:0.005869395910852831,Pannaria_lurida_R1125:0.00168526364617654):0.002342352642065677):0.0024426017959663024,Pannaria_lurida_R1012:0.008445351143335058):0.0045851364293238404):0.02172439530284336,(((Pannaria_rubiginosa_GB:0.0025725515728191434,Pannaria_conoplea_GB:2.28563205293396E-6):0.00189072731152194,(Pannaria_rubiginosa_R1011_a:0.006150980288704348,(Pannaria_rubiginosa_R1008:0.005189594696261809,Pannaria_rubiginosa_R1126:0.005982396314038901):4.177919618039666E-4):0.0012509686026963747):0.003897892483454815,(Pannaria_rubiginella_GB:2.28563205293396E-6,Pannaria_tavaresii_GB:0.0021761381911196425):0.014020730560817185):0.007722578800112673):0.001044968856282356):0.011274538568137324,Pannaria_implexum_GB:0.02011941148126904):0.02224471973893125):0.00365013557083493):0.004576034649838487,((Leciophysma_furfurascens_GB:0.02095000392417015,((Protopannaria_pezizoides_GB:0.03805222878221196,((Fuscopannaria_mediterranea_GB:0.006553810572267821,Fuscopannaria_ignobilis_GB:0.005113298811783221):0.013960278751038136,((Fuscopannaria_praetermissa_R1060:0.0024266627387973774,(Fuscopannaria_confusa_GB:0.004341783244157282,Fuscopannaria_praetermissa_GB:0.0011688419329824377):2.61488759341581E-6):0.00224609999409969,(Fuscopannaria_ahlneri_GB:0.004838933345892492,((Kroswia_crystallifera_M788:0.0038126904377920774,(Fuscopannaria_leucosticta_GB:0.004047258872904283,Fuscopannaria_leucosticta_R1123:0.003026052411558262):0.0012559367588484357):0.0017895785889274663,(Kroswia_crystallifera_R1055:2.28563205293396E-6,Kroswia_crystallifera_R1679:4.4986434313843435E-4):0.0035070473611404814):5.161558062357325E-4):0.002828738870771999):0.010374313315332766):0.01811429688211093):0.00216198735425178,Parmeliella_parvula_GB:0.029771868722334206):0.003032178446147938):0.0038248425335646007,Fuscopannaria_sampaiana_GB:0.06354160123801847):0.01729703241158213):0.012156564872398789):0.006787896896896122):0.0040368798700176674):0.07998366996542008,((((Physma_byrsaeum_R2847:6.44938773175614E-4,Physma_byrsaeum_R2:2.28563205293396E-6):0.030487374415683652,(Physma_radians_T5_a:0.009900245616656653,Physma_radians_GB:0.00377558725358863):0.006844264240022936):0.007093611423714447,(Parmeliella_borbonica_R1122:0.05528966817351026,(Physma_pseudoisidiatum_GB:2.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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr66937] END;