#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 21, 2026; 20:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spies C.F., Meitz-hopkins J.C., Langenhoven S.D., Pretorius M.C., & Mcleod A. 2014. Two clonal lineages of Phytophthora citrophthora from citrus in South Africa represent a single phylogenetic species. Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14609] [ The following blocks are input data for analysis step 12672 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12672; DIMENSIONS NTAX=44; TAXLABELS Phytophthora_bisheria_P10117_EU080742 Phytophthora_botryosa_P6945_EU079935 Phytophthora_capensis_P1819_GU191328 Phytophthora_capensis_P1823_GU191327 Phytophthora_capsici_P10386_EU079544 Phytophthora_capsici_P1319_EU079737 Phytophthora_citricola_CBS_22188_FJ665256 Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133403 Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752782 Phytophthora_citrophthora_P0318_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P3078_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P3079_CTR1 Phytophthora_citrophthora_P7487_CTR1 'Phytophthora citrophthora PCRh7-1 HM752783' Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133407 Phytophthora_citrophthora_STEU7420 Phytophthora_citrophthora_STEU7430 Phytophthora_citrophthora_STEU7465 Phytophthora_citrophthora_STEU7477 Phytophthora_colocasiae_P6290 Phytophthora_colocasiae_P6317 Phytophthora_glovera_P10619_EU080223 Phytophthora_heveae_P1000_JF273142 Phytophthora_himalsilva_44_HM752790 Phytophthora_himalsilva_60_HM752791 Phytophthora_himalsilva_61_HM752792 Phytophthora_himalsilva_72_HM752793 Phytophthora_himalsilva_73_HM752794 Phytophthora_himalsilva_86 Phytophthora_katsurae_P6921_HM991942 Phytophthora_meadii_CBS_21988_AY564077 Phytophthora_mengei_P0513_GU191332 Phytophthora_mengei_P1165_GU191331 Phytophthora_multivesiculata_CBS54596__DQ988231 Phytophthora_plurivora_CBS124089_FJ665248 Phytophthora_plurivora_CBS124091_FJ665249 Phytophthora_plurivora_PLU77_FJ665250 Phytophthora_plurivora_PLU92_FJ665251 Phytophthora_sp._P1200_CTR2 Phytophthora_sp._P3771_CTR3 Phytophthora_sp._emzansi_STEU6269_GU191317 Phytophthora_sp._emzansi_STEU6272_GU191316 Phytophthora_tropicalis_P10219_EU079994 Phytophthora_tropicalis_P10329_EU080306 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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'Phytophthora citrophthora PCRh7-1 HM752783' 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 12672 ] BEGIN TREES; TITLE BA_Btub; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12672; TREE 'Btub BA - only representative strains included' = [&R] (((((((((Phytophthora_citrophthora_STEU6751_GU133407:0.001376,Phytophthora_citrophthora_STEU7420:0.001428,Phytophthora_citrophthora_STEU7430:0.001329,Phytophthora_citrophthora_STEU7465:0.001373,Phytophthora_citrophthora_STEU7477:0.001366,Phytophthora_citrophthora_P0318_CTR1:0.001606,Phytophthora_citrophthora_P3078_CTR1:0.001593,Phytophthora_citrophthora_P7487_CTR1:0.001498)0.58:0.010924,Phytophthora_citrophthora_3BO_HM752782:0.021332,('Phytophthora citrophthora PCRh7-1 HM752783'):0.001607,Phytophthora_citrophthora_P3079_CTR1:0.013567)0.97:0.064177,Phytophthora_himalsilva_44_HM752790:0.001669,Phytophthora_himalsilva_60_HM752791:0.001737,Phytophthora_himalsilva_61_HM752792:0.00192,Phytophthora_himalsilva_72_HM752793:0.001694,Phytophthora_himalsilva_73_HM752794:0.00173,Phytophthora_himalsilva_86:0.001763,Phytophthora_sp._P3771_CTR3:0.007346)0.99:0.029353,((Phytophthora_colocasiae_P6290:0.001318,Phytophthora_colocasiae_P6317:0.001363)1:0.034783,Phytophthora_meadii_CBS_21988_AY564077:0.014798)0.98:0.02643,Phytophthora_botryosa_P6945_EU079935:0.057194)0.99:0.152135,((((Phytophthora_plurivora_CBS124091_FJ665249:0.00145,Phytophthora_plurivora_PLU77_FJ665250:0.001432)0.98:0.006837,Phytophthora_citricola_CBS_22188_FJ665256:0.006788,Phytophthora_plurivora_CBS124089_FJ665248:0.001374,Phytophthora_plurivora_PLU92_FJ665251:0.001301)0.92:0.021059,((Phytophthora_capensis_P1819_GU191328:0.001352,Phytophthora_capensis_P1823_GU191327:0.001487)0.99:0.037813,(Phytophthora_sp._emzansi_STEU6269_GU191317:0.001789,Phytophthora_sp._emzansi_STEU6272_GU191316:0.001791)0.97:0.027043)1:0.059076)0.83:0.024893,Phytophthora_citricola_STEU6750_GU133403:0.081116)0.98:0.051256)1:0.028945,(((((Phytophthora_capsici_P10386_EU079544:0.001344,Phytophthora_capsici_P1319_EU079737:0.001318)0.96:0.021803,Phytophthora_glovera_P10619_EU080223:0.028776)1:0.052082,(Phytophthora_tropicalis_P10219_EU079994:0.006066,Phytophthora_tropicalis_P10329_EU080306:0.001653)1:0.060388)0.99:0.064525,(Phytophthora_mengei_P0513_GU191332:0.023178,Phytophthora_mengei_P1165_GU191331:0.016271)1:0.053648)0.98:0.043375,Phytophthora_sp._P1200_CTR2:0.101846)0.77:0.029029)0.68:0.207975,Phytophthora_bisheria_P10117_EU080742:0.207038)1:0.048853,Phytophthora_multivesiculata_CBS54596__DQ988231:0.353042)0.56:0.1485075,(Phytophthora_heveae_P1000_JF273142:0.017717,Phytophthora_katsurae_P6921_HM991942:0.022159)1:0.1485075); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr69033] END;