#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on August 25, 2026; 14:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kvist S., Laumer C.E., Junoy J., & Giribet G. 2013. A further contribution to the phylogeny and systematics of Nemertea: increased sampling for Hubrechtidae and Plectonemertidae, and phylum-wide barcoding gap detection. Invertebrate Systematics, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S14868] [ The following blocks are input data for analysis step 12690 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep12690; DIMENSIONS NTAX=63; TAXLABELS Amphiporidae_IZ132746 Amphiporus_formidabilis_IZ134452 Amphiporus_imparispinosus Amphiporus_lactifloreus Antarctonemertes_riesgoae_IZ134229 Antarctonemertes_valida_IZ134228 Antiponemertes_novaezealandiae Argonemertes_australiensis Argonemertes_sp_IZ135315 Carcinonemertes_carcinophila Drepanophorus_spectabilis Emplectonema_buergeri Emplectonema_gracile Emplectonema_sp_IZ135333 Geonemertes_pelaensis_1 Geonemertes_pelaensis_2 Geonemertes_pelaensis_IZ132534 Gononemertes_parasita Hoplonemertea_sp_IZ135340 Hubrechtella_dubia Hubrechtella_ijimai_IZ135342 Hubrechtidae_sp_IZ25168 Leptonemertes_cf_chalicophora Malacobdella_cf_grossa_IZ25170 Malacobdella_grossa Monostilifera_sp_IZ133023 Nemertea_sp_IZ132533 Nemertea_sp._CAB3 Nemertea_sp._NT46 Nemertea_sp._NT59 Nemertea_sp._NT72 Nemertopsis_bivittata Nipponnemertes_pulchra Nipponnemertes_sp_1 Nipponnemertes_sp_2 Oerstedia_sp_IZ132740 Oerstedia_sp_IZ132743 Ototyphlonemertes_cf._pallida_IZ133745 Ototyphlonemertes_correae Ototyphlonemertes_macintoshi Paradrepanophorus_crassus Plectonemertidae_sp_IZ25166 Plectonemertidae_sp_IZ25167 Plectonemertidae_sp_IZ25169 Plectonemertidae_sp_IZ25173 Plectonemertidae_sp_IZ25174 Plectonemertidae_sp_IZ25175 Polystilifera_sp Potamonemertes_cf_percivali_IZ25172 Prosorhochmus_americanus Prosorhochmus_nelsoni Prostoma_cf_eilhardi Protopelagonemertes_beebei Psammamphiporus_elongatus Reptantia_sp_IZ132526 Reptantia_sp_IZ133024 Tetranemertes_antonina_IZ132747 Tetrastemma_sp_132742 Tetrastemma_vittigera_132742 Tetrastemmatidae_IZ132537 Vieitezia_luzmurubeae Vieitezia_luzmurubeae_IZ133740 Zygonemertes_virescens ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M19866] TITLE Nemertea_extended_Hoplonemertea; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12690; DIMENSIONS NCHAR=3599; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2180 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Amphiporidae_IZ132746 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Psammamphiporus_elongatus 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Vieitezia_luzmurubeae_IZ133740 TTCTTTATATTTTTTGTTTGGTGTTTGGTCAGGTTTGGTAGGTACTGCTTTAAGTTTATTAATTCGTGCTGAATTAGGCCAGCCTGGGGCTTTGTTGGGGGATGATCAGCTATACAATGTGATTGTAACAGCACATGCTTTTGTAATAATTTTTTTTTTAGTTATGCCAGTAATAATTGGTGGGTTTGGTAATTGACTGGTTCCTCTTATGTTAGGGGCTCCTGACATGGCCTTTCCTCGAATAAATAATATGAGGTTTTGGCTTTTACCTCCTGCTTTAACATTATTACTGTCTTCTGCTGCTGTTGAAAGTGGTGCGGGGACCGGTTGAACTGTATACCCTCCTTTATCTAGAAATATTGCCCATTCTGGAGGTTCTGTTGATTTAGCTATTTTTTCTCTACATTTGGCGGGGGTTTCCTCTATTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACTACTATTATCAATATACGATGGTATGGAATACAATTTGAGCGGCTTTCTCTTTTTGTTTGATCTGTTAAAATTACTGCTGTTTTGTTACTTTTGTCTTTGCCTGTACTTGCTGGGGCGATTACTATGCTTTTAACTGATCGAAATTTTAATACTTCTTTTTTTGATCCTGCAGGTGGTGGGGATCCTATTCTTTA-CAACATTTAT-TCCGTAAATCCACTGGTGGAAAGGCTCCACGTAAACA----ATTAGCCACCAAAGCTGCCCGTAAGTCGGCACCGGCTACAGGAGGAGTTAAGAAACCCCATCGTTACAGGCCCGGAACAGTCGCTCTTCGTGAGATCCGTCGTTACCAGAAG-TCCACTGAACTGTTGATCCGCAAACTGCCATTCCAACGTCTAGTACGTGAGATTGCCCAGGATTTCAAGACTGACCTCCGATTCCAGAGTTCTGCCGTCATGGCCCTACAAGAAGCTAGCGAAGCCTACCTCGTCGGTCTATT--TGAAGATACCAACTTGTGCGCTATTCACGCCAAACGC-AGTTTCTTGAGAT---TTTATTA-GAGATGATTTCTGCTCAGTGTTT----ATAAATAGCC-GCAGTAATTTGACTGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGCCTTATAATTGAGGGCTTGTATGAATGGGATTA-CGAAAATTTAGCTGTCTTTTATTTAT--TTATATAATTTGTATTTAGTGTGAAGATACATTAATTTTTTAGTGGGACAAGAAGACCCTTTTGAGCTTTATTCTT-TAGTTTTT---------------------TTT-----------TTGTTAGCATAGAATTTGGTTGGGGCGATCTAGGAAGAAAAT--GTGTGA-TCTTCCT-------TTT----------------------------------------------G-TTTTTAGAGATCCATTTTTAT-TGGTTTATAGATTTAGTTACCAAAGGGATAACAGCGTAATTTTTTTTGAGAGTTCTTATTAAAAAAAAAGATTGCGACCTCGATGTTGACTTA-TAGTTCCCTTTT-GGTGCAGTAGCTAA--TAGG-GTAGGTCTGTTCGACCTTTAAGGCTTT-TCATAAGC-TGTCTC---CAAGATT-AGCCATGCATGTCTAAGTACAAACTT---TTACACGGTGAAACCGC-GAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGTTTATTAGATGGTGCT-ATCCTACTTGG-ATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTACAAAGCTCCGACCCTCGT--TGGAAAGAGCGCTTTTATTAGATCAAGACCAACCGGTA--------------------TTCGCCTTCGGGTG-------------------TTGCCGT-CGGATTGATG-ACTCTGGATAACCTT----------TGCCGATCGTATGGCC-CCGCGCCGACGACGCATCTTTCAAATGTCTGCCCTATCAACTTTCGTTGGTAGGTGATTTGCCTACCAAGGTGTTTACGGGTAACGGGGGATCAGGGTTCGATCCCGGAGAGGGAGCATGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCTTGGCACGAGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATACGGGACTCTTTCGAGGCCCCGTAATTGGAATGAGTACACTCTAAACCCGTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGCTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGATTTCGGGCGGCGGCCAAT---GGTTCGGTTCC----GTGCCGA-TACTGCTGGTCGC-----GGCCTCCACGCCGGTCG--TCTTT---CGGTGCTCTTAGTTG--AGTGCCTTAAGTAGCCGGA-GCGTTTACTTTG-AAAAAATTAGAGTGTTCAAGGCAGGC--CACAAGCCTGAATGATGGTGCATGGAATAATGGAATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTCTTCGGAACTG--GAGGTAATGATTAATAGGGACGGACGGGGGCATTCGTATTGCGGCGTTAGAGGTGAAATTCTTGGATCGTCGCAAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGAATGTTTTCATTGATCAAGAGCGAAAGTCAGAGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTTCTGACCATAAACGATGCCGACTAGCGATCCGGCTCCGTTGCTTCATAAGACTGGCCGGGCAGCTCC-CGGGAAACCAAAGTCTATGGGTTCCGGGGGAAGTATGGTTGCAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTCACCCGGCCCGGACACCGTAA-GGATTGACAGATTGAAAGCTCTTTCTTGATTCGGTGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTAG-CCGGCTAACTAGTCCGTCGATGCC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GTCGTCGG-CGC------AT-ACGACTTCTTAGAGGGACCAGTGGCGTTTAGCCACGCGAGATTGAGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCGGGGCCGCACGCGCGCTACACTGAAGGAATCAACGTGTCCAT------TCTCCCGTTTCGAAA-GGAATGGGTAATCCGTTGAACCTCCTTCGTGCTAGGGATTGGGGCTTGCAATTCTTCCCCATGAACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCGAGTCATAAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTC-GCTACTACCGATTGAATGGTTTAGTGAGGTCCTCGGACTGGT-GGTGTTCG------CATTC-CT-----C--------------GAATGTGGACATCATG-CCGGGAAGACGATCGAACTTGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCC 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; END; BEGIN SETS; CHARSET COI (CHARACTERS = Nemertea_extended_Hoplonemertea) = 1-658; CHARSET 16S (CHARACTERS = Nemertea_extended_Hoplonemertea) = 994-1569; CHARSET 18S (CHARACTERS = Nemertea_extended_Hoplonemertea) = 1570-3599; CHARSET H3 (CHARACTERS = Nemertea_extended_Hoplonemertea) = 659-993; END; [ The following blocks are output data for analysis step 12690 ] BEGIN TREES; TITLE Nemertea_Hoplonemertea; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep12690; TREE TNT_Hoplonemertea.tre = [&R] (Hubrechtella_ijimai_IZ135342:0.0,((Hubrechtella_dubia:120.0,Hubrechtidae_sp_IZ25168:126.0):40.0,((Protopelagonemertes_beebei:136.0,((Drepanophorus_spectabilis:80.0,Paradrepanophorus_crassus:84.0):22.0,(Reptantia_sp_IZ133024:56.0,(Reptantia_sp_IZ132526:13.0,Polystilifera_sp:154.0):21.0):37.0):29.0):46.0,(((Amphiporidae_IZ132746:75.0,Nemertea_sp_IZ132533:53.0):20.0,(Nipponnemertes_sp_1:31.0,(Nipponnemertes_sp_2:32.0,Nipponnemertes_pulchra:42.0):27.0):48.0):38.0,((Prosorhochmus_americanus:86.0,Nemertopsis_bivittata:100.0,Carcinonemertes_carcinophila:236.0,(Tetrastemmatidae_IZ132537:85.0,(Tetrastemma_sp_132742:59.0,Psammamphiporus_elongatus:47.0):47.0):24.0,(Ototyphlonemertes_correae:113.0,(Ototyphlonemertes_cf._pallida_IZ133745:19.0,Ototyphlonemertes_macintoshi:19.0):84.0):39.0,(Hoplonemertea_sp_IZ135340:74.0,(Emplectonema_sp_IZ135333:81.0,Zygonemertes_virescens:58.0):28.0):35.0,((Malacobdella_grossa:0.0,Malacobdella_cf_grossa_IZ25170:12.0):24.0,(Geonemertes_pelaensis_IZ132534:95.0,(Geonemertes_pelaensis_2:3.0,Geonemertes_pelaensis_1:2.0):29.0):65.0):28.0,((Emplectonema_gracile:100.0,Prostoma_cf_eilhardi:91.0):24.0,(Emplectonema_buergeri:68.0,(Amphiporus_imparispinosus:60.0,(Amphiporus_formidabilis_IZ134452:31.0,Amphiporus_lactifloreus:75.0):17.0):22.0):24.0):15.0):17.0,(((Tetranemertes_antonina_IZ132747:60.0,Monostilifera_sp_IZ133023:56.0):33.0,((Oerstedia_sp_IZ132740:106.0,Oerstedia_sp_IZ132743:61.0):45.0,((Prosorhochmus_nelsoni:106.0,(Antarctonemertes_valida_IZ134228:17.0,Antarctonemertes_riesgoae_IZ134229:18.0):122.0):21.0,(Gononemertes_parasita:84.0,(Nemertea_sp._CAB3:32.0,(Tetrastemma_vittigera_132742:27.0,(Vieitezia_luzmurubeae_IZ133740:3.0,Vieitezia_luzmurubeae:8.0):31.0):15.0):23.0):22.0):14.0):17.0):19.0,(Nemertea_sp._NT59:207.0,(((Argonemertes_sp_IZ135315:8.0,Argonemertes_australiensis:18.0):47.0,(Nemertea_sp._NT46:111.0,Nemertea_sp._NT72:69.0):61.0):24.0,((Leptonemertes_cf_chalicophora:15.0,Antiponemertes_novaezealandiae:8.0):8.0,(Potamonemertes_cf_percivali_IZ25172:96.0,((Plectonemertidae_sp_IZ25173:13.0,Plectonemertidae_sp_IZ25174:20.0):55.0,(Plectonemertidae_sp_IZ25175:93.0,(Plectonemertidae_sp_IZ25169:23.0,(Plectonemertidae_sp_IZ25166:0.0,Plectonemertidae_sp_IZ25167:0.0):17.0):64.0):18.0):17.0):30.0):9.0):29.0):29.0):14.0):26.0):31.0):78.0):0.0); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr69159] END;