#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 13:32 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Zhang N., & Blackwell M. 2001. Molecular phylogeny of dogwood anthracnose fungus (Discula destructiva) and the Diaporthales. Mycologia, 93: 355-365. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S808] [ The following blocks are input data for analysis step 1298 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1298; DIMENSIONS NTAX=50; TAXLABELS Ambrosiozyma_platypodis_L36984 Amphiporthe_castanea Apiognomonia_supraseptata Apioplagiostoma_aceriferum Apiosporopsis_carpinea Candida_albicans_E15168 Ceratocystis_fimbriata_U32418 Ceratocystis_virescens_U32419 Cercophora_septentrionalis_U32400 Chaetomium_globosum_U20379 Claviceps_purpurea_U44040 Colletotrichum_gloeosporioides_U76339 Cryphonectria_parasitica_713 Cryptodiaporthe_corni Daldinia_concentrica_U32402 Diaporthe_phaseolorum_L36985 Discula_campestris Discula_destructiva_MD254 Discula_fraxinae Discula_quercina Discula_sp._326 Endothia_eugeniae Endothia_gyrosa_L42443 Gaeumannomyces_graminis_var_graminis Glomerella_cingulata_U48427 Gnomonia_padicola Gnomonia_setacea Hypocrea_pallida_U32408 Hypomyces_polyporinus_U32410 Hypoxylon_atroroseum_U32411 Leucostoma_persoonii_M83259 Linospora_capreae Magnaporthe_grisea_Guy_11 Magnaporthe_salvinii_U78546 Melanconis_marginalis_ATCC56907 Microascus_trigonosporus_L36987 Nectria_cinnabarina_U32412 Neurospora_crassa_X04971 Ophiostoma_piliferum_U20377 Ophiostoma_ulmi_M83261 Petriella_setifera_U32421 Phomopsis_longicolla_U78778 Plagiostoma_euphorbiae Pleuroceras_pleurostylum Pyricularia_grisea_793 Saccharomyces_cerevisiae Sordaria_fimicola_X69851 Valsa_ambiens_subsp._leucostomoides Xylaria_curta_U32417 Xylaria_hypoxylon_U20378 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M220] TITLE SSU_Diaporthales; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1298; DIMENSIONS NCHAR=1133; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Plagiostoma_euphorbiae 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Pleuroceras_pleurostylum 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Pyricularia_grisea_793 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Saccharomyces_cerevisiae TATCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA-TTTATACAGTGAAACTGCGAATGGCT-CATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTTCCTTTACTACATGGTATAACTGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTTAAAATCTCGACCCTTTGGAAGAG-ATGTATTTATTAGATAAAAAATCAATG-TCTTC-GGACTCTTT--GATGATTCATAATAACTTTTCGAATCGCATGGCCTTGTGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCA-GGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATACAGGGCCCATTCGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAATACCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG-CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTTTGGGCCCGGTTGGCCGGTCCGATTTTTT---CGTGTACTGGATTTCCAACGG-GGCCTTTCCTTCTGGCTAACCT-TGAGTCCTT-----GTGGCTCTTGGCGAACCAGG-ACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCGTATTGCTCGAATATATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-TTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCATCGTAATGATTAATAGGGACGGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTC-AGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGACGTTTTCATTAATCAA-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCAGATACCGTCGTAGTCTTAACC-ATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGTGGTGTTTTTTTAAT-GAC-CCACTCGGTACCTTACGAGAAA-TCAAAGTCTTTGGGTTCT Sordaria_fimicola_X69851 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Valsa_ambiens_subsp._leucostomoides ?????????????????TTGTAGT-ATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCAAGTCTAAGTTTAAGCACC--TAAACGGCGAAACTGCGAATGGCT-CATTAAATCAGTTATCGTATATTTGATAGTACCT--ACTACATGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTTAAAATCCCGACTTC--GGAAGGG-ATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCTTCGGGGCTCACT--GGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGCTGGGTCTTGGCCAGCCGTGGTTACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTTGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACAC-GGGGAG-TAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAA?GAGGAACAATAGGAGG?????????????????????GCGGTAATTC-AGCTCCA-TAG-CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCTGCCTCA--CCGCATGCACTGG---TCCGGCCG-GGCCTTTCCCTCTGGGGATCCG-CATGCCCTTCACT-GGGTGTGTCGGGGAACCAGG-ACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-CTATGCTCGAATACATTAGCATGGAATAATAGAATAGGACGTTGCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGATTAATAGGGACAGTCGGGGGCGTCAGTATTCAATCGTC-AGAGGTGAAATTCTTGGATCGATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACC-ATAAACTATGCCGACTAGGGATCGGGCGATGTTATTTCTT--GAC-TCGCTCGGCACCTTACACGAAAGT-AAAGTTTTTGGGTTCT Xylaria_curta_U32417 ????????????????????????????????????????????????CCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACGGCGAAACTGCGAATGGCT-CATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACCTT-ACTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTCA--CGAAGGG-ATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCTCGGGGCTTTCT--GGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCCGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAGGGTCTTGGCCTGCCATGGTTACAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGACCCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGACAC-GGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAG-CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCA--CCGCGTGCACTGG---TCTGGCCG-GGCCTTTTCCCTCTGGGAGCCC-TATGCCCTTCACT-GGGTGTAGTGGGGAACCAGG-ACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAG???TCAAA??AGGC-CTATGCTCGAATAC?TCAGCATGGAAT?ATAGAATAGGA?GT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATG?TTAATAGGGACAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTC-AGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCA??AATCAG-GAACGAAAGTTAGGGG?TC?AAGACG??CAGATACCGTCGTAGTCTTAACC-ATAAACTATGCCGACTAGGGATCGG?CGGTGTTATTTTTT--GAC-TCGTTCGGCACCTTACGA??????????????????????? Xylaria_hypoxylon_U20378 ??????????????????????????????????????AAAGATTAAGCCATGCATGTCTAAGTATAAGCAA--TTATACGGCGAAACTGCGAATGGCT-CATTAAATCAGTTATCGTTTATTTGATAGTACTTT-ATTACTTGG-ATAACCGTGGTAATTCTAGAGCTAATACATGCTAAAAATCCCGACTCA--CGAAGGG-ATGTATTTATTAGATTAAAAACCAATGCCCCTCGGGGCTTATA--GGTGATTCATAATAACTTCTCGAATCGCATGGCCTTGCGCTGGCGATGGTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGCAGGGTCTTGGCCTGCCATGGTTTCAACGGGTAACGGAGGGTTAGGGCTCGA??CCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACATCCAAGGAAGGCAG?AGG?G???AAATTACCCAAT?CCGACAC-GGGGAGGTAGTGACAATAAATACTGATACAGGGCTCTTTTGGGTCTTGTAATTGGAATGAGTACAATTTAAATCCCTTAACGAGGAACAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGC?GTAATTCCAGCTCCAATAG-CGTATATTAAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGG?CCTGGCTGGCCGGT?CGCCTCA--CCGCGTGCACTGG---TCT?GCCG-GGCC?TTTCCTCTGGGGAGCCC-CATGCCCTTCACT-GGGTGTGGTGGGGAACCAGA-ACTTTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC-CTATGCTCGAATACATCAGCATGGAATAATAGAATAGGACGT-GTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGGACCGCCGTAATGAT?AATA????CAGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTC-AGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCA?TAATCAG-GAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACA???AGATACCGTCGTAGTCTT?ACC-ATAAACTATG?CGACTAGGGATCGGACGATG?TATTTTTT--GAC-TCGTTCGGCACCTTA?????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = SSU_Diaporthales) = N: 1-1133; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = SSU_Diaporthales) = N: 1-1133; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1298 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6074; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1298; TREE Fig._1 = [&R] ((Ambrosiozyma_platypodis_L36984,Saccharomyces_cerevisiae),Candida_albicans_E15168,((((((Discula_sp._326,(Phomopsis_longicolla_U78778,Diaporthe_phaseolorum_L36985)),Endothia_eugeniae,Cryphonectria_parasitica_713,(Apiognomonia_supraseptata,(Valsa_ambiens_subsp._leucostomoides,Leucostoma_persoonii_M83259)),Cryptodiaporthe_corni),(Discula_destructiva_MD254,(((Discula_fraxinae,Discula_campestris,Plagiostoma_euphorbiae),(Gnomonia_padicola,Gnomonia_setacea)),Discula_quercina,Amphiporthe_castanea),((Linospora_capreae,Apioplagiostoma_aceriferum,Pleuroceras_pleurostylum),Melanconis_marginalis_ATCC56907),Apiosporopsis_carpinea),Endothia_gyrosa_L42443)Diaporthales,(((Magnaporthe_grisea_Guy_11,Pyricularia_grisea_793,(Magnaporthe_salvinii_U78546,Gaeumannomyces_graminis_var_graminis))Magnaporthaceae,(Ophiostoma_piliferum_U20377,Ophiostoma_ulmi_M83261)Ophiostomatales),(((Cercophora_septentrionalis_U32400,Chaetomium_globosum_U20379),Sordaria_fimicola_X69851),Neurospora_crassa_X04971)Sordariales)),((Xylaria_curta_U32417,Xylaria_hypoxylon_U20378),(Daldinia_concentrica_U32402,Hypoxylon_atroroseum_U32411))Xylariales),(((((Ceratocystis_fimbriata_U32418,Ceratocystis_virescens_U32419),Petriella_setifera_U32421),Microascus_trigonosporus_L36987)Microascales,((Claviceps_purpurea_U44040,(Hypomyces_polyporinus_U32410,Hypocrea_pallida_U32408)),Nectria_cinnabarina_U32412)Hypocreales),(Colletotrichum_gloeosporioides_U76339,Glomerella_cingulata_U48427)Phyllachorales))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1175] END;