#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 04, 2025; 17:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kozak K.M., Wahlberg N., Neild A., Dasmahapatra K., Mallet J., & Jiggins C.D. 2014. Multilocus Species Trees Show the Recent Adaptive Radiation of the Mimetic Heliconius Butterflies. Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15531] [ The following blocks are input data for analysis step 13354 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep13354; DIMENSIONS NTAX=180; TAXLABELS Acraea_encedon_fj55_3 Acraea_encedon_fj556 Acraea_pseudegina_NW116_16 Actinote_stratonice_NW90_14 Actinote_surima_NW136_19 Agraulis_vanillae_8554_P Agraulis_vanillae_NW152_16_DR Argynnis_paphia_NW76_12 Cethosia_cyane_NW100_12 Cethosia_cydippe_NW137_4 Cethosia_myrina_NW106_8 Dione_glycera_PE57_Pe Dione_juno_8727_Pe Dione_moneta_8748a_Pe Dione_moneta_8748b_Pe Dione_moneta_NW2_1_Me Dryadula_phaetusa_2921_P Dryadula_phaetusa_NW108_23 Dryas_iulia_293_FG Dryas_iulia_8648_Pe Dryas_iulia_NW108_24_CR Eueides_aliphera_555_P Eueides_aliphera_8594_Pe Eueides_aliphera_875_P Eueides_aliphera_NW126_2_B Eueides_heliconioides_8947_Pe Eueides_isabella_780_P Eueides_lampeto_8750_Pe Eueides_lineata_2991_P Eueides_lybia_02_2001_Pe Eueides_lybia_556_P Eueides_lybia_8691_Pe Eueides_pavana_C9_B 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21425] TITLE 'Heliconiini, individuals, full dataset'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep13354; DIMENSIONS NCHAR=16457; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Heliconius_antiochus_P326 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Heliconius_besckei_bes110_B 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Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C 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Heliconius_doris_02_1939_Pe 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Heliconius_elevatus_09_270_Pe 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Heliconius_erato_erato_NCS2556_FG 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Heliconius_erato_favorinus_GS012_Pe 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Heliconius_erato_hydara_NCS2609_FG 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Heliconius_erato_lativitta_WOM03_E 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Heliconius_erato_notabilis_BC0140_E 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Heliconius_erato_petiverana_618_P 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Heliconius_hecale_02_1326_Pe 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Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG 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Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG 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Heliconius_melpomene_rosina_546_P 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Heliconius_numata_346_FG 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Heliconius_sapho_2739_P 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Vindula_arsinoe_NW69_4 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ACCTGAAGCAGGTATACAAGAGGTTAGTGAACGCTGTCAATGACATTGAGAAGAGGATTCCTTTCTCCCACCACGATCGTCTCGGTTTCCTTACCTTCTGCCCCACCAACCTGGGAACAACTGTGCGTGCCTCTGTGCACATTAAGCTGCCCAAGCTGGCCGCGGACAAGGCGAAGCTGGAGGAGGTGGCCTCTAAGTACCACTTGCAAGTGCGCGGAACCCGCGGCGAGCACACCGAGGCCGAGGGAGGCGTGTACGACATCTCCAACAAGAGGCGCATGGGCCTCACCGAGTACGACGCGGTGAAGGAGATGTACGAGGG?????????ACTTAGCAAAATTCAATCGAGTTAGTACAAAAATTGGTAGTTCTATGAAAAGCGTTGGAGAAGTTATGGCTATCGGTAGAAACTTTGAAGAAGCTTTTCAAAAAGCGTTACGGATGGTTGATGAGAATGTCAATGGTTTTGATCCTTACATAAAAGAAGTTAATGAAAATGAACTGAGAGAACCAACAGATAAACGAATGTTTGTCTTAGCAGCAGCTCTTAAGAAAAATTACAACATAGATAAGCTATATGAATTAACTAAAATTGATCGATGGTTTCTTGAAAAGCTAAAAAACATTGTAGAATATTATAAAATACTAGAATCGAGTAATTCTGGTTCCATTACATACGAAATTTTAAAAAGCGCAAAACAAATGGGTTTCTCGGACAAACAAATAGCTGTTGCAATTAAAAGTACAGAATTGGCTGTAAGGAAATTAAGAGAAGAATTTAAAATTACACCTTTTGTAAAACAAATTGACACAGTTGCTGCAGAATGGCCTGCATCAACGAACTATCTCTATCTTACATATAACGGTTGTTCTCACGACTTAGAGTTCCCAGGAGAATTCGTTATGGTGCTTGGATCAGGAGTATACCGAATAGGAAGTTCAGTTGAGTTTGACTGGTGTGCTGTAGGTTGCCTCCGAGAGTTAAAGAACCAAAGTAAAAAAACGATTATGGTAAATTATAACCCTGAAACAGTCAGTACAGATTACGATATGAGTGACAGATTGTATTTTGAAGAAATTTCATTTGAAGTTGTAATGGATATATACAATATTGAACAACCTTCCGGTGTCATTCTAT??????????????????????????????????????GTTAGAAGGTGTTGTGATGGAGTTGGCTGACTGTGCCCTGCCTCTTTTAGCTGGCGTATTACCCACTGCCAACCCTGAGGAAGCCTTCAAGGATGTGGCTGCTGCCTTCCTTGTTGGATCCATGCCTAGAAGAGAAGGTATGGAAAGAAAAGACCTCCTTTCTGCCAATGTACGCATTTTCAAAGAACAAGGGCAGGCTCTAGACAAAGTGGCTCGTAAAGATGTTAAAATTCTTGTTGTTGGTAACCCAGCTAACACAAATGCTTTTATTTGCTCTAAATATGCACCATCTATCCCCAAAGAGAACTTCACAGCTATGACCAGGTTGGATCAAAATCGTGCCCAATCTCAAATAGCTGCCAAAATTGGAGTGCCTGTTCAGGACGTAAAGAATGTTATAATTTGGGGAAACCACTCTTCAACCCAGTTCCCTGGTGCGTCTAATGCAGTAGTGAAAGTTGGAGGTGTAGAAAAGCCAGTGTCAGCTGTCATCAATGATGATGAATACTTAAAGTCATCATTTGTATCTATTGTTCAAAAGAGAGGTGCTGCTGTTATTGCAGCTAGGAAAATGTCATCAGCTCTATCTGCTGCCAAGGCTGCATCAGATCACATGAGGGACTGGTTCCTTGGATCTGGGGATCGCTGGGTCAGTATGGGAGTTATCTCAGATGGATCATATGGAGTACCCAGAGATGTTGTTTATTCATTCCCATTGAAAATCAGCAATGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GGTAGAATCCACAGGTGTTTTCACAACCATTGATAAGGCCTCTGCTCACTTGGAGGGTGGTGCCAAGAAAGTCATCATCTCTGCACCCAGTGCTGATGCACCCATGTTTGTTGTTGGTGTCAACCAGGAATCTTACAACCCCTCTTACAAAGTCATCTCCAATGCTTCCTGCACAACCAACTGCTTGGCTCCCCTTGCCAAGGTTATCCATGACAACTTTGAGATTGTTGAGGGTTTGATGACAACAGTCCATGCCACTACTGCTACACAAAAGACTGTAGATGGACCCTCTGGTAAGTTGTGGCGTGATGGCCGTGGTGCCCAGCAAAACATCATTCCAGCAGCCACTGGTGCAGCTAAAGCAGTAGGCAAGGTTATCCCTGCTCTTAATGGAAAACTTACCGGTATGGCTTTCCGTGTGCCAGTTGCTAATGTATCTGTTGTTGACCTTACTGTGCGTTTGGGCAAACCTGCCAGCTATGATGCCATTAAGCAAAAGGTTAAGGAAGCTGCTGAAGGACCAATGAAGGGTATTCTTGGATATACTGAAGACCAAGTTGTATCTACAGACTTCATTGGAGACTCCCACTCCTCTATCTTTGATGCTGCTGCTGGTATCTCTCTTAATGACAACTTTGTCAAACTGATCAGCTGGTATGACAATGAGTATGGTTACTCAAGCCGTGTCATC???????????????????????????????????????????????ATTTTGCCATTTTTGGACATTGAACTACATGTTTATGACTTGGGAATGGAGAATCGTGACAAGACTGATGATCAAGTAACAATTGACTGTGCTAATGCTGTTAAGAAATACAATGTTGGTATTAAATGTGCAACAATCACTCCAGATGAGAAGAGAGTTGAAGAATTCAACTTGAAAAAGATGTGGAAGAGCCCTAACGGTACTATTCGTAATATTTTGGGGGGAACTGTGTTTAGGGAGGCTATTATTTGCAAGAATATTCCGCGACTTGTTACTGGTTGGGACAAACCTATTATTATAGGGCGTCATGCTCATGCTGATCAGTATAAAGCTACTGACTTCGTAGTTCCTGGACCAGGCAAACTGGAACTCGTCTTCTCTCCACCATCTGGAGAACCTATCCGCCATGTTGTGAACGAGTACAAAGGAGCAGGTGTGGCTCTTGGTATGTTCAACACTGACGAGTCTATTGTCGACTTCGCCCACTCTTCCTTCAAATATGCATTGGACAGAAAATACCCTCTATACTTGAGTACTAAGAACACTATTCTCAAAAAGTATGATGGTCGCTTCAAGGATATCTTCCAAGAGATCTATGACAATGAATATAAGAGCCAGTTCGAGAGTGCCGGTATTTGGTACGAACATAGGCGCGGAGGACCTCGTGGTCGTGGACGCGGCCGCGGTCGTGGCCGTGGACGTGGAAAGGAAGACCAGAAAGAATGGGTGCCAGTAACCAAGTTGGGTCGTCTCGTAAGAGAAGGAAAGATTGACAAACTTGAGAGCATTTACTTATTCTCTCTGCCAATTAAAGAGTTTGAGATCATTGACTTCTTCCTGGGAGCTTCATTGAATGATGAAGTGCTTAAGATCATGCCTGTGCAGAAACAAACCCGTGCCGGTCAGCGTACCCGTTTCAAGGCCTTCGTGGCTATTGGGGACAACAATGGACACATTGGTCTTGGCGTTAAATGCAGCAAGGAAGTGGCGACTGCTATTCGAGGAGCCATTATCTTGGCTAAACTCTCCGTACTTCCAGTGCGTAGAGGTTATTGGGGTA????????????????????????????GCATGGCTATTGATAGCATGCCATTGCCACAACCGGCTGACATTCCCGAAATCAAATTGTTCGGAAGATGGAGTTGTTATGACGTTCAAGTGTCTGATATGTCCTTGCAGGATCACATTTCTGT{AT}AAGGAAAAGTTTGCTAAATACTTGCCACACTCGGCAGGACGATATGCTCACAAGAGGTTCCGCAAGGCGCAGTGCCCTATTGTTGAGCGTCTGACCAACTCTCTGATGATGCACGGTCGCAACAATGGCAAGAAGCTAATGGCCGTGCGTATCGTCAAACACGCTTTTGAGATCATCCATCTCCTTACTGGTGAAAACCCTCTCCAAGTACTTGTGACAGCTATCATTAATTCTGGACCTCGTGAAGATTCCACCAGGATTGGTCGTGCTGGTACAGTGCGTCGTCAAGCCGTGGACGTGTCGCCTCTGCGTCGTGTAAACCAGGCGATCTGGTTGTTGTGCACGGGAGCACGAGAGGCAGCATTCAGAAATATTAAGACTATTGCTGAATGTGTCGCTGATGAGCTCATTAACGCTGCTAAGGGCTCATCAAATTCTTATGCTATTAAGAAGAAAGATGAATTGGAACGT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????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; END; BEGIN SETS; CHARSET aact (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 9704-10446; CHARSET dpp (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4409-4723; CHARSET cat (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 10447-11185; CHARSET 16S (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 2312-2845; CHARSET cad (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 5332-6141; CHARSET idh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 7993-8670; CHARSET rps5 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 9089-9703; CHARSET ef1a (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 2846-4034; CHARSET hsp40 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 12122-12660; CHARSET vas (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 14975-15696; CHARSET cox12 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 1-1489; CHARSET cox3 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 1490-2235; CHARSET tada3 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 13541-14297; CHARSET trh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 14298-14974; CHARSET gapdh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 7271-7992; CHARSET hcl (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 15697-16457; CHARSET cmdh (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 6142-6931; CHARSET lam (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 12661-13540; CHARSET argK (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4724-5331; CHARSET tRNA (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 2235-2311; CHARSET rps2 (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 8671-9088; CHARSET ddc (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 6932-7270; CHARSET wg (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 4035-4408; CHARSET gts (CHARACTERS = 'Heliconiini, individuals, full dataset') = 11186-12121; END; [ The following blocks are output data for analysis step 13354 ] BEGIN TREES; TITLE 'Heliconiini_ML'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep13354; TREE ML_tree = [&R] ((((Acraea_pseudegina_NW116_16:0.108543,((Acraea_encedon_fj556:4.31E-4,Acraea_encedon_fj55_3:0.005802):0.081868,(Actinote_surima_NW136_19:0.045639,Actinote_stratonice_NW90_14:0.023413):0.038358):0.069792):0.084687,(Cethosia_cydippe_NW137_4:0.03017,(Cethosia_myrina_NW106_8:0.024441,Cethosia_cyane_NW100_12:0.03617):0.007232):0.092635):0.018673,((((Agraulis_vanillae_NW152_16_DR:0.005319,Agraulis_vanillae_8554_P:0.003329):0.054536,((Dione_juno_8727_Pe:0.025834,Dione_glycera_PE57_Pe:0.016583):0.002732,(Dione_moneta_NW2_1_Me:0.001395,(Dione_moneta_8748b_Pe:4.0E-6,Dione_moneta_8748a_Pe:1.41E-4):0.00191):0.014337):0.032496):0.035826,((((Eueides_aliphera_NW126_2_B:0.007788,(Eueides_aliphera_8594_Pe:0.0027,(Eueides_aliphera_875_P:8.67E-4,Eueides_aliphera_555_P:0.002961):1.81E-4):0.005861):0.026493,((Eueides_tales_2948_E:0.017324,Eueides_tales_09_256_Pe:0.003897):0.026738,(Eueides_lybia_556_P:0.009521,(Eueides_lybia_8691_Pe:0.005607,Eueides_lybia_02_2001_Pe:0.007802):0.004527):0.021395):0.007447):0.007392,((Eueides_heliconioides_8947_Pe:0.022625,(Eueides_lineata_2991_P:0.031402,(Eueides_procula_2933_E:0.016336,(Eueides_isabella_780_P:0.032697,(Eueides_pavana_C9_B:0.012012,(Eueides_lampeto_8750_Pe:0.005379,(Eueides_vibilia_8699_Pe:3.52E-4,Eueides_vibilia_320_FG:0.001655):0.008907):0.001836):0.012443):0.00392):0.002082):0.001228):0.002311,((Eueides_procula_browni_AN8_V:0.001059,(Eueides_procula_browni_AN7_V:0.00767,Eueides_procula_browni_AN9_V:4.0E-6):0.002085):0.011396,Eueides_procula_edias_AN6_V:0.011939):0.011864):0.008284):0.038713,((((Heliconius_egeria_MJ4001_FG:0.017821,(Heliconius_burneyi_8560_Pe:0.012401,((Heliconius_wallacei_04_200_Pe:0.001894,(Heliconius_astraea_MCZ116526_B:0.026424,Heliconius_wallacei_flavescens_8687_Pe:0.002019):4.0E-6):6.78E-4,(Heliconius_wallacei_flavescens_8132_E:3.14E-4,Heliconius_wallacei_286_FG:0.001222):8.32E-4):0.007457):0.009248):0.020471,(((Heliconius_besckei_1C_B:0.001529,Heliconius_besckei_bes110_B:8.9E-5):0.01285,((Heliconius_ismenius_666_P:0.011358,(Heliconius_numata_o203_m05_Pe:4.0E-6,Heliconius_numata_346_FG:0.007967):0.002645):0.003118,((Heliconius_nattereri_C2_B:0.017346,(Heliconius_ethilla_09_67_Pe:0.002861,Heliconius_ethilla_3014_A:0.005426):0.004094):0.002331,((Heliconius_atthis_8162_E:0.007779,(Heliconius_hecale_felix_8682_Pe:0.003574,(Heliconius_hecale_02_1326_Pe:0.003337,((Heliconius_hecale_WOM_P:0.00299,((Heliconius_hecale_261_C:8.9E-4,(Heliconius_hecale_71_C:0.001493,Heliconius_hecale_zuleika_8100_P:5.48E-4):3.43E-4):4.64E-4,Heliconius_hecale_NW70_6:0.003097):4.22E-4):7.94E-4,Heliconius_hecale_665_P:0.002235):0.002195):0.001586):0.001625):0.002268,(((Heliconius_elevatus_09_163_Pe:4.0E-6,Heliconius_pardalinus_sergestus_09_200_Pe:0.001061):0.002524,Heliconius_pardalinus_sergestus_09_202_Pe:0.002113):0.004592,((((Heliconius_elevatus_503_FG:0.002745,Heliconius_elevatus_434_FG:0.002338):1.33E-4,(Heliconius_luciana_AN2_V:0.002976,Heliconius_luciana_AN3_V:0.003703):0.007375):0.003044,Heliconius_elevatus_09_270_Pe:0.006177):0.001161,(Heliconius_pardalinus_09_371_Pe:0.004616,(Heliconius_pardalinus_butleri_09_372_Pe:0.004784,Heliconius_pardalinus_butleri_MJ2021_CR:0.002978):0.001376):0.002074):7.22E-4):0.002419):0.00221):0.002675):5.9E-4):0.003694,((((Heliconius_tristero_C15_C:0.001209,(Heliconius_heurippa_2417_C:9.46E-4,(Heliconius_heurippa_WOM001_C:0.001944,Heliconius_heurippa_8_C:0.001258):7.71E-4):2.84E-4):0.001761,((Heliconius_cydno_alithea_8509_E:0.002147,((Heliconius_cydno_weymeri_221_C:9.98E-4,Heliconius_cydno_weymeri_1690_P:0.00231):0.001028,Heliconius_cydno_cordula_WOM007_C:0.001661):0.001158):0.001623,((Heliconius_cydno_cordula_2096_V:0.004735,(Heliconius_pachinus_3035_P:0.00344,Heliconius_pachinus_3023_P:0.004005):0.001937):8.11E-4,(Heliconius_cydno_chioneus_553_P:2.42E-4,Heliconius_cydno_chioneus_557_P:0.002145):0.001018):6.05E-4):0.001574):9.45E-4,((Heliconius_timareta_9223_Pe:0.001381,(Heliconius_timareta_8520_E:0.003506,Heliconius_timareta_9178_E:0.00232):0.001825):0.001506,Heliconius_timareta_09_57_Pe:0.003201):0.001448):0.003472,((Heliconius_melpomene_malleti_16550_B:0.002137,(Heliconius_melpomene_amandus_2228_Bo:0.003793,(Heliconius_melpomene_ecuadorensis_9111_E:0.002379,Heliconius_melpomene_plesseni_9156_E:0.002692):5.99E-4):8.37E-4):0.002471,((Heliconius_melpomene_melpomene_9317_FG:0.001866,(Heliconius_melpomene_meriana_13819_FG:0.001536,Heliconius_melpomene_rosina_845_P:0.0026):5.18E-4):0.004318,((Heliconius_melpomene_cythera_2856_E:0.001775,Heliconius_melpomene_rosina_546_P:0.0024):8.23E-4,(Heliconius_melpomene_rosina_811_P:0.002561,(Heliconius_melpomene_melpomene_P:0.00247,Heliconius_melpomene_vulcanus_519_C:0.002688):0.00152):1.79E-4):0.002321):0.002416):0.002671):0.006216):0.015739):0.002894,((((Heliconius_doris_02_1939_Pe:3.21E-4,((Heliconius_doris_8645_Pe:1.41E-4,(Heliconius_doris_847_P:0.001038,Heliconius_doris_846_P:0.003492):0.001778):3.32E-4,(Heliconius_doris_8697_Pe:2.5E-4,Heliconius_doris_8684_Pe:4.4E-4):4.5E-4):1.71E-4):0.018429,((Heliconius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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr77497] END;