#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 23, 2026; 16:53 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Xu L., Huang H., Wei W., Zhong Y., Tang B., Yuan H., Zhu L., Huang W., Ge M., Yang S., Zheng H., Jiang W., Chen D., Zhao G., & Zhao W. 2014. Complete genome sequence and comparative genomic analyses of the vancomycin-producing Amycolatopsis orientalis. BMC Genomics, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15601] [ The following blocks are input data for analysis step 13426 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep13426; DIMENSIONS NTAX=30; TAXLABELS Amycolatopsis_balhimycina_DSM44591T Amycolatopsis_kentuckyensis Amycolatopsis_lexingtonensis Amycolatopsis_mediterranei_F1 Amycolatopsis_mediterranei_NRRLB3240 Amycolatopsis_mediterranei_RB Amycolatopsis_mediterranei_S699 Amycolatopsis_mediterranei_U32 Amycolatopsis_methanolica Amycolatopsis_orientalis_HCCB10007 Amycolatopsis_pretoriensis Amycolatopsis_rifamycinica Amycolatopsis_sp_ATCC39116 Bacillus_pumilus_strain_BSH4 Bifidobacterium_longum Bifidobacterium_longum_subsp Corynebacterium_glutamicum Corynebacterium_urealyticum Frankia_EAN1pec Frankia_alni Mycobacterium_smegmatis Mycobacterium_tuberculosis Nocardia_farcinica Rhodococcus_jostii Saccharomonospora_viridis_DSM43017T Saccharopolyspora_erythraea Streptococcus_pneumoniae Streptomyces_avermitilis Streptomyces_coelicolor Streptomyces_griseus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Amycolatopsis_rifamycinica 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Bacillus_pumilus_strain_BSH4 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Bifidobacterium_longum 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TTAACACATGCAAGTCGAACGCTGAAACCAAATGCTTGCATTTGGTGGATGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTACACTTTGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGAATATTCACACCACCGTAGGGGTGGT------GTGGAAAGC-CTTGTG-----CGGTGTGGGATGAGCCTGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGTACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTCCTTTCGCTAGGGACGAA---GCCTATGG-----------------TGACGGTACCTGGAGAAGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATCCCGGGGCTTAACTTCGGGCGTGCAGGCGATACGGGCATAACTTGAGTGCTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGGTGGGCGCTAGGTGTAGGGG-TCTT-CCACGACTTCTGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGCTTGACATGGACCGGATCGGCGTAGAGATACGT-TTTCCCTT-GTGGTCGGTTC-ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCTTATGTTGCCAGCACATT-------ATGGTGGGTACTCATGAGAGACTGCCGGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCAGGGCTTCACACATGCTACAATGGTCGGTACAGCGAGTTGCCACACCGTGAGGTGGAGCTAATCTCTT-AAAGCCGGCCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCATGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCAGTGGCCCAACC 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Frankia_EAN1pec TTAACACATGCAAGTCGAGCGAGGAG--------CTT--GCTC------CTAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCCAAGCTCTGGAATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATGCCGGATA-TGACA--TCATCGGGCATCTGGTGA-TGTGGAAAGA--TTTAT-----CGGCTTGGGATGGGCCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTGATGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAA---GCG--AGAG----------------TGACGGTACCTGCAGAAGAAGCACCGGCCAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCCTGTCGCGTCGGCTGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGCCTGCAGTCGATACGGGCA-GGCTAGAGTCCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCCGGAACTGACGCTAAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGACCTT-CCACGGCCTCCGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGCTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGCAGAGAAATCCTGTAGAGATA-TG-GGGTCCTT-AGGGGCTCTGC-ACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCCTATGTTGCCAGCGAGTC-------ATGTCGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTACGTCCTGGGCTGCACACATGCTACAATGGCCGGTACAATGGGCTGCGATACCGCGAGGTGGAGCGAATCCCAA-AAAGCCGGTCTCAGTTCGGATCGGGGTCTGCAACTCGACCCCGTGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCAACC Frankia_alni TTAACACATGCAAGTCGAGCGAGGGG--------CTTCGGCTC------CTAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCCGAGCTCTGGAATAACCTCGGGAAACCGGGGCTAATGCCGGATA-TGACG--CTACCGGGCATCTGGTGG-TGTGGAAAGA--TTTAT-----CGGCTCGGGATGGGCCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTGATGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGGGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGACGAA---GCG--CAAG----------------TGACGGTACCTGCAGAAGAAGCACCGGCCAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCCTGTCGCGTCGGCTGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGCCTGCAGTCGATACGGGCA-GGCTAGAGTCCGGCAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCCGGAACTGACGCTAAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGTTGGGCGCTAGGTGTGGGGGACCTT-CCACGGCCTCCGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGCGCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGTGGCTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATGCAGGGAAATCTCGTAGAGATA-CG-GGGTCCGT-AAGGGTCCTGC-ACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTCCTATGTTGCCAGCGAGTT-------ATGTCGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTACGTCCTGGGCTGCACACATGCTACAATGGCCGGTACAAAGGGCTGCGATACCGTGAGGTGGAGCGAATCCCAA-AAAGCCGGTCTCAGTTCGGATCGGGGTCTGCAACTCGACCCCGTGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGCAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACC 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Rhodococcus_jostii 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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr72356] END;