#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Padula V., Araújo A., Matthews-cascon H., & Schrödl M. 2014. Is the Mediterranean
nudibranch Cratena peregrina (Gmelin, 1791) present in the Brazilian coast? Integrative
species delimitation and description of Cratena minor n. sp. Journal of
Molluscan Studies, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15602]

[ The following blocks are input data for analysis step 13428 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep13428;
        DIMENSIONS NTAX=12;
        TAXLABELS
            Aeolidiella_alderi_GenBank_HQ616766
            Cratena_minor_MZSP_pending_number
            Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_a
            Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_b
            Cratena_minor_ZSM_Mol_20110345
            Cratena_peregrina_Croatia_ZSM_Mol_20100125
            Cratena_peregrina_France_ZSM_Mol_20020957
            Cratena_peregrina_Spain_ZSM_Mol_Pending
            Learchis_poica_GenBank_JQ699632
            Phidiana_lynceus_GenBank_JX087562
            Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HM162758
            Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HQ010503
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M21607]

	TITLE Padula_et_al_COI_data_matrix;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep13428;
	DIMENSIONS NCHAR=657;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -;

MATRIX
[                                                      10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660]
[                                                       .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .]
Aeolidiella_alderi_GenBank_HQ616766            ACTTTATATGTTCTTTTAGGTATGTGATGCGGGCTGGCTGGGACTGGTTTAAGTTTACTAATTCGATTTGAATTAGGGACTGCAGGAGCCCTTTTAGGTGATGATCATCTTTATAATGTGATTGTTACAGCACATGCATTTGTTATAATTTTTTTTATGGTAATACCTTTAATAATTGGGGGATTTGGTAATTGGATAGTTCCTTTATTAATTGGGGCTCCGGATATAAGATTTCCACGAATAAATAATATAAGATTTTGGCTTTTACCACCCTCTTTTATTTTGTTAATGTCATCAACATTAATAGAGGGAGGTGCTGGAACTGGTTGGACAGTTTATCCACCGCTGTCTGGGCCAGTAGGTCATGGAGGCTGTTCTGTAGACTTGGCCATTTTTTCTCTTCATTTAGCGGGGATGTCTTCTTTATTAGGGGCTATTAACTTTATTACTACAATTTACAATATACGATCCCCTCAGATAACTATAGATCGACTAAGATTGTTTGTGTGATCAGTTTTAGTTACTGCTTTTCTTCTTCTTCTATCTCTTCCTGTATTGGCTGGGGCAATTACTATGTTATTAACAGATCGTAATTTTAACACTAGTTTCTTTGATCCTGCTGGAGGTGGGGATCCTATTTTATATCAACATTTATTT
Cratena_minor_MZSP_pending_number              ACTTTGTATGTGCTATTTGGAATGTGATGCGGTTTAGCAGGAACAGGATTAAGGTTGCTGATTCGATTTGAATTGGGAACAGCTGGTGCTTTGCTAGGGGATGATCACTTGTATAATGTGATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTCATAATTTTTTTTATAGTTATACCATTAATGATTGGAGGGTTTGGTAACTGGATGATTCCTTTAATAATTGGAGCGCCAGATATGAGATTTCCTCGTATGAACAACATAAGATTTTGATTACTCCCTCCTTCTTTTCTTTTACTCATATCTTCAACTTTAATAGAGGGAGGAGCAGGAACAGGGTGGACAGTTTATCCTCCTTTGTCAGGGGCTGTTGGACATGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGTATATCTTCTCTTTTAGGTGCAATTAACTTCATTACTACGATTTATAATATACGAGCTCCTGAGATGACTATGGATCGTTTAAGGTTATTTGTATGATCTGTATTGGTAACTGCTTTTTTACTACTCTTATCATTACCTGTATTAGCCGGTGGAATTACTATACTTCTAACTGATCGGAATTTCAATACTAGGTTCTTTGACCCGGCTGGGGGTGGGGACCCAATTTTATACCAGCACTTATTC
Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_a               ACTTTGTATGTGCTATTTGGAATGTGATGCGGTTTAGCAGGAACAGGATTAAGGTTGCTGATTCGATTTGAATTGGGAACAGCTGGTGCTTTGCTAGGGGATGATCACTTGTATAATGTGATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTCATAATTTTTTTTATAGTTATACCATTAATGATTGGAGGGTTTGGTAACTGGATGATTCCTTTAATAATTGGAGCGCCAGATATGAGATTTCCTCGTATGAACAACATAAGATTTTGATTACTCCCTCCTTCTTTTCTTTTACTCATATCTTCAACTTTAATAGAGGGAGGAGCAGGAACAGGGTGGACAGTTTATCCTCCTTTGTCAGGGGCTGTTGGACATGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGTATATCTTCTCTTTTAGGTGCAATTAACTTCATTACTACGATTTATAATATACGAGCTCCTGAGATGACTATGGATCGTTTAAGGTTATTTGTATGATCTGTATTGGTAACTGCTTTTTTACTACTCTTATCATTACCTGTATTAGCCGGTGGAATTACTATACTTCTAACTGATCGGAATTTCAATACTAGGTTCTTTGACCCGGCTGGGGGTGGGGACCCAATTTTATACCAGCACTTATTC
Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_b               ACTCTGTATGTGCTATTTGGAATGTGATGCGGTTTAGCAGGAACAGGACTAAGGTTGCTGATTCGATTTGAATTGGGAACAGCTGGTGCTTTGCTAGGGGATGATCACTTATATAATGTGATTGTGACTGCTCATGCTTTTGTCATAATTTTTTTTATAGTTATACCACTAATGATTGGAGGGTTTGGTAACTGGATGATTCCTTTAATAATTGGAGCGCCAGATATGAGATTTCCTCGTATGAACAACATAAGATTTTGATTACTCCCTCCTTCTTTTCTTTTACTCATATCTTCAACTTTAATAGAGGGAGGAGCAGGAACAGGGTGGACAGTTTATCCTCCTTTGTCAGGGGCTGTTGGACATGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGTATATCTTCTCTTTTAGGTGCAATTAACTTCATTACTACGATTTATAATATACGAGCTCCTGAGATGACTATGGATCGTTTAAGGTTATTTGTATGATCTGTATTGGTAACTGCTTTTTTACTACTCTTATCATTACCTGTATTAGCCGGTGGAATTACTATACTTCTAACTGATCGGAATTTCAATACTAGGTTCTTTGACCCGGCTGGGGGTGGGGACCCAATTTTATACCAGCACTTATTC
Cratena_minor_ZSM_Mol_20110345                 ACTTTGTATGTGCTATTTGGAATGTGATGCGGTTTAGCAGGAACAGGATTAAGGTTGCTGATTCGATTTGAATTGGGAACAGCTGGTGCTTTGCTAGGGGATGATCACTTGTATAATGTGATTGTTACTGCTCATGCTTTTGTCATAATTTTTTTTATAGTTATACCATTAATGATTGGAGGGTTTGGTAACTGGATGATTCCTTTAATAATTGGAGCGCCAGATATGAGATTTCCTCGTATGAACAACATAAGATTTTGATTACTCCCTCCTTCTTTTCTTTTACTCATATCTTCAACTTTAATAGAGGGAGGAGCAGGAACAGGGTGGACAGTTTATCCTCCTTTGTCAGGGGCTGTTGGACATGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGTATATCTTCTCTTTTAGGTGCAATTAACTTCATTACTACGATTTATAATATACGAGCTCCTGAGATGACTATGGATCGTTTAAGGTTATTTGTATGATCTGTATTGGTAACTGCTTTTTTACTACTCTTATCATTACCTGTATTAGCCGGTGGAATTACTATACTTCTAACTGATCGGAATTTCAATACTAGGTTCTTTGACCCGGCTGGGGGTGGGGACCCAATTTTATACCAGCACTTATTC
Cratena_peregrina_Croatia_ZSM_Mol_20100125     ACTTTATACGTTTTACTTGGCATGTGATGCGGTTTGGCGGGAACTGGTTTAAGATTGCTAATTCGATTTGAGCTGGGGACGGCAGGCGCTTTATTAGGGGATGATCATTTATATAATGTAATTGTAACTGCTCATGCATTTGTGATAATTTTTTTTATAGTAATGCCATTAATGATTGGAGGTTTTGGAAACTGGATGGTTCCCTTGTTGATTGGGGCGCCGGACATGAGATTTCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCATTTATTTTATTAATGTCTT{CT}GACTTTGATAGAGGGAGGTGCTGGTACAGGATGAACAGTTTATCCGCCATTATCCGGCGCTGTGGGACACGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCACTTCATTTGGCCGGTATGTCTTCACTTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACAACAATTTATAATATGCGAGCACCTGAGTTGACTTTTGACCGATTAAGATTATTTGTATGATCAGTTTTGGTCACTGCTTTTCTACTATTGCTGTCTTTGCCTGTTTTAGCGGGAGCTATTACTATACTATTAACTGACCGAAATTTTAATACAAGGTTCTTTGACCCGGCAGGAGGAGGGGATCCTATTCTTTATCAGCACCTATTC
Cratena_peregrina_France_ZSM_Mol_20020957      ACTTTATACGTTTTACTTGGCATGTGATGCGGTTTGGCGGGAACTGGTTTAAGATTGCTAATTCGATTTGAGCTGGGGACGGCAGGCGCTTTATTAGGGGATGATCATTTATATAATGTGATTGTAACTGCTCATGCATTTGTGATAATTTTTTTTATAGTAATGCCATTAATGATTGGAGGTTTTGGAAACTGGATGGTTCCCTTGTTAATTGGGGCGCCGGACATGAGATTTCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCATTCATTTTATTAATGTCTTCGACTTTGATAGAGGGAGGTGCTGGTACAGGATGAACAGTTTATCCGCCATTATCCGGCGCTGTGGGACACGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCACTTCATTTGGCCGGTATGTCTTCACTTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACAACAATTTATAATATGCGAGCACCTGAGTTGACTTTTGACCGATTAAGATTATTTGTATGATCAGTTTTGGTCACTGCTTTTCTACTATTGCTGTCTTTGCCTGTTTTAGCGGGAGCTATTACTATACTATTAACTGACCGAAATTTTAATACAAGGTTCTTTGACCCGGCAGGAGGAGGGGATCCTATTCTTTATCAGCACCTATTC
Cratena_peregrina_Spain_ZSM_Mol_Pending        ACTTTATACGTTTTACTTGGCATGTGATGCGGTTTGGCGGGAACTGGTTTAAGATTGCTAATTCGATTTGAGCTGGGAACGGCAGGCGCTTTATTAGGGGATGATCATTTATATAATGTGATTGTAACTGCTCATGCATTTGTGATAATTTTTTTTATAGTAATGCCATTAATGATTGGAGGTTTTGGAAACTGGATGGTTCCCTTGTTGATTGGGGCGCCGGACATGAGATTTCCTCGAATAAATAATATAAGATTTTGATTATTACCTCCCTCATTCATTTTATTAATGTCTTCGACTTTGATAGAGGGAGGTGCTGGTACAGGATGAACAGTTTACCCGCCATTATCGGGCGCTGTTGGACACGGTGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCACTTCATTTGGCCGGTATGTCTTCACTTTTAGGTGCTATTAATTTTATTACAACAATTTATAATATGCGAGCACCTGAGTTGACTTTTGACCGATTAAGATTATTTGTATGATCAGTTTTGGTCACTGCTTTTCTACTATTACTGTCTTTGCCTGTTTTAGCGGGAGCTATTACTATACTATTAACTGACCGAAATTTTAATACAAGGTTTTTTGACCCGGCAGGAGGAGGGGATCCTATTCTTTATCAGCACCTATTC
Learchis_poica_GenBank_JQ699632                ACTTTATATGTCCTTCTGGGTATATGATGTGGTCTGGCTGGTACAGGTTTAAGACTTTTAATTCGTTTTGAACTTGGAACAGCGGGGGCCCTTTTAGGGGATGATCACTTATATAATGTAATTGTGACAGCTCATGCTTTTGTAATAATTTTTTTCATAGTTATGCCGTTAATGATTGGAGGTTTCGGTAACTGAATGGTTCCCCTTTTAATTGGGGCTCCTGATATGAGATTTCCTCGGATAAATAATATAAGTTTCTGACTTCTTCCACCTTCCTTCATTTTATTAATGTCTTCGACATTAATAGAAGGAGGGGCTGGGACTGGTTGAACAGTGTACCCTCCTCTTTCAGGGGCTGTAGGACACGGAGGTTGTTCAGTGGATTTAGCTATTTTCTCTCTTCATTTGGCAGGTATGTCATCTTTATTAGGGGCGATTAATTTCATTACTACAATTTACAATATACGTTCTCCCGCAATAAGAATAGACCGTCTAAGTTTATTCGTCTGGTCTGTGTTGGTAACAGCCTTTCTACTGCTTTTATCTCTTCCGGTATTAGCAGGAGCTATTACTATGCTTCTAACGGACCGAAATTTTAATACAAGATTCTTCGACCCGGCAGGAGGAGGAGATCCAATTTTATATCAACACTTGTTC
Phidiana_lynceus_GenBank_JX087562              ACTTTGTATGTCCTTTTAGGGATGTGATGCGGTTTAGCGGGGACTGGGTTAAGTTTGTTAATCCGGTTTGAGTTAGGAACTGCAGGGGCTTTATTAGGTGATGATCATTTTTACAATGTGATTGTTACTGCTCATGCTTTCGTAATAATTTTTTTTATGGTTATACCTTTGATAATTGGAGGTTTTGGAAACTGGATAGTTCCTTTATTGATTGGAGCGCCTGATATAAGGTTTCCTCGAATAAATAACATAAGATTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTTTTATTATTAATTTCCTCTACACTTATAGAAGGTGGGGCGGGGACTGGATGAACAGTTTATCCTCCTCTATCAGGGCCAGTGGGCCATGGAGGGTGCTCTGTAGATTTGGCTATTTTTTCTCTTCATTTAGCTGGGATGTCTTCTTTACTTGGGGCGATTAATTTTATTACTACAATTTATAATATACGTTGTCCAAACATAATAATGGACCAGCTAAGATTGTTTGTATGATCTGTAATGGTCACTGCTGTTTTGCTTCTTTTATCATTGCCTGTATTGGCTGGGGCTATTACTATGCTTTTAACAGATCGAAATTTCAATACTAGATTCTTTGACCCTTCAGGGGG-GGTGATCCAATTTTATACCAACATCTGTTC
Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HM162758       ACTTTATATGTTCTACTTGGTATGTGATGTGGCTTAGCAGGTACAGGACTTAGACTTTTAATTCGGTTTGAGTTGGGTACAGCTGGCGCTTTACTAGGGGATGATCATTTATATAATGTAATTGTAACCGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTATAGTTATACCCTTAATAATTGGGGGTTTTGGAAACTGAATGGTTCCTTTATTAATTGGGGCACCTGATATAAGATTCCCTCGAATAAATAATATAAGGTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTCATCTTACTAATATCCTCAACTTTAATGGAAGGAGGTGCTGGTACTGGTTGAACGGTGTATCCTCCCTTGTCAGGAGCAGTTGGACATGGAGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATATCCTCTCTCTTGGGAGCGATTAACTTTATTACTACAATTTATAACATACGTTCACCTCAGATAACTTTTGACCGTTTAAGTTTATTTGTTTGATCAGTTTTAATTACAGCTTTCTTGTTACTTCTTTCTCTACCGGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATGCTTTTAACAGATCGAAATTTTAACACTAGATTTTTTGATCCGGCAGGTGGGGGTGATCCTGTTTTATATCAACATTTATTT
Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HQ010503       ACTTTATATGTTCTACTTGGTATGTGATGTGGCTTAGCAGGTACAGGACTTAGACTTTTAATTCGGTTTGAGTTGGGTACAGCTGGCGCTTTACTAGGGGATGATCATTTATATAATGTAATTGTAACCGCTCATGCTTTTGTTATAATTTTTTTTATAGTTATACCCTTAATAATTGGGGGTTTTGGAAACTGAATGGTTCCTTTATTAATTGGGGCACCTGATATAAGATTCCCTCGAATAAATAATATAAGGTTTTGGTTATTACCTCCTTCTTTCATCTTACTAATATCCTCAACTTTAATGGAAGGAGGTGCTGGTACTGGTTGAACGGTGTATCCTCCCTTGTCAGGAGCAGTTGGACATGGAGGATGTTCTGTTGATCTTGCCATTTTTTCTTTACATTTAGCTGGGATATCCTCTCTCTTGGGAGCGATTAACTTTATTACTACAATTTATAACATACGTTCACCTCAGATAACTTTTGACCGTTTAAGTTTATTTGTTTGATCAGTTTTAATTACAGCTTTCTTGTTACTTCTTTCTCTACCGGTTTTAGCAGGAGCTATTACTATGCTTTTAACAGATCGAAATTTTAACACTAGATTTTTTGATCCGGCAGGTGGGGGTGATCCTGTTTTATATCAACATTTATTT
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 13428 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Padula_et_al._Cratena_paper_COI;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep13428;
      TREE Neighbor_joining_tree = [&R] (Aeolidiella_alderi_GenBank_HQ616766:0.101734,(Phidiana_lynceus_GenBank_JX087562:0.097941,(Learchis_poica_GenBank_JQ699632:0.12657,((Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HM162758:0.0,Sakuraeolis_enosimensis_GenBank_HQ010503:0.0):0.101452,(((Cratena_peregrina_Croatia_ZSM_Mol_20100125:0.003216,Cratena_peregrina_France_ZSM_Mol_20020957:0.001372):0.002786,Cratena_peregrina_Spain_ZSM_Mol_Pending:0.006434):0.090188,(Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_b:0.005478,((Cratena_minor_ZSM_Mol_20110345:0.0,Cratena_minor_ZSM_Mol_20110338_a:0.0):0.0,Cratena_minor_MZSP_pending_number:0.0):0.002171):0.098986):0.014493):0.011314):0.016051):0.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr72579]


END;