#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 09, 2026; 3:27 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bertrand Y.J., Scheen A., Marcussen T., Lidén M., Pfeil B., Sousa F.D., & Oxelman B. 2014. Assignment of Homoeologues to Parental Genomes in Allopolyploids for Species Tree Inference, with an Example from Fumaria (Papaveraceae). Systematic Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16100] [ The following blocks are input data for analysis step 14131 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep14131; DIMENSIONS NTAX=102; TAXLABELS Corydalis_flexuosa_N Dicentra_formosa_N Fumaria_agraria_N1 Fumaria_agraria_N2 Fumaria_agraria_N3 Fumaria_agraria_N4 Fumaria_asepala_N Fumaria_atlantica_N1 Fumaria_atlantica_N2 Fumaria_atlantica_N3 Fumaria_atlantica_N4 Fumaria_ballii_N1 Fumaria_ballii_N2 Fumaria_ballii_N3 Fumaria_barnolae_N1 Fumaria_barnolae_N2 Fumaria_barnolae_N3 Fumaria_barnolae_N4 Fumaria_barnolae_N5 Fumaria_bastardii_N1 Fumaria_bastardii_N2 Fumaria_bastardii_N3 Fumaria_berberica_N1 Fumaria_berberica_N2 Fumaria_berberica_N3 Fumaria_bicolor_N1 Fumaria_bicolor_N2 Fumaria_bracteosa_N Fumaria_capitata_N1 Fumaria_capitata_N2 Fumaria_capreolata_N1 Fumaria_capreolata_N2 Fumaria_capreolata_N3 Fumaria_densiflora_N1 Fumaria_densiflora_N2 Fumaria_faurei_N1 Fumaria_faurei_N2 Fumaria_faurei_N3 Fumaria_faurei_N4 Fumaria_faurei_N5 Fumaria_flabellata_N1 Fumaria_flabellata_N2 Fumaria_flabellata_N3 Fumaria_flabellata_N4 Fumaria_gaillardotii_N1 Fumaria_gaillardotii_N2 Fumaria_gaillardotii_N3 Fumaria_gaillardotii_N4 Fumaria_gaillardotii_N5 Fumaria_gaillardotii_N6 Fumaria_gaillardotii_N7 Fumaria_indica_N1 Fumaria_indica_N2 Fumaria_indica_N3 Fumaria_judaica_N1 Fumaria_judaica_N2 Fumaria_judaica_N3 Fumaria_kralikii_N1 Fumaria_kralikii_N2 Fumaria_macrocarpa_N Fumaria_macrosepala_macrosepala_N Fumaria_marei_N1 Fumaria_marei_N2 Fumaria_mirabilis_N1 Fumaria_mirabilis_N2 Fumaria_mirabilis_N3 Fumaria_montana_N1 Fumaria_montana_N2 Fumaria_munbyi_N1 Fumaria_munbyi_N2 Fumaria_munbyi_N3 Fumaria_muralis_N1 Fumaria_muralis_N2 Fumaria_normanii_N1 Fumaria_normanii_N2 Fumaria_occidentalis_N1 Fumaria_occidentalis_N2 Fumaria_occidentalis_N3 Fumaria_occidentalis_N4 Fumaria_occidentalis_N5 Fumaria_officinalis_cilicica_N Fumaria_officinalis_officinalis_N1 Fumaria_officinalis_officinalis_N2 Fumaria_ouezzanensis_N Fumaria_parviflora_N1 Fumaria_parviflora_N2 Fumaria_petteri_N1 Fumaria_petteri_N2 Fumaria_pugsleyana_N1 Fumaria_pugsleyana_N2 Fumaria_rostellata_N Fumaria_rupestris_N1 Fumaria_rupestris_N2 Fumaria_segetalis_N1 Fumaria_segetalis_N2 Fumaria_segetalis_N3 Fumaria_sepium_N Fumaria_vaillantii_N1 Fumaria_vaillantii_N2 Rupicapnos_africana_N1 Rupicapnos_africana_N2 Rupicapnos_longipes_N ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M23177] TITLE 'Fumaria (Papaveraceae) Nuclear alignment'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep14131; DIMENSIONS NCHAR=765; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Corydalis_flexuosa_N AGGTAGTGATCCTTTTTACTAAATTTGTGTATACTGTTGGAGGTTGCTAATCTATTAACATTATGAGTACTTTTTGACTTTTTCATTAGGCATGTGGCCTGGTCAAGAACCTTGCGTTGATGGTTTACATAACAGTAGGATCGGCAGCAAATCCAATTTTGGAATTCTTAGAAGAATGGAGCACTGAAAATTTTGAGGTACTTCTTTCAGCAGTCTGGTACAGAATTCTGTATATTATTTCCTTTGTGTTTAGTTGACGTT-TCTTTCTTCTTTATATAGGAAATCTCTCCTGCAGTAATTCCTCAATCTACAAAAATTTTCGTCAATGGTTGTTGGGTTGGTATCCACCGCAATCCTGAGCTTTTGGTGAAGACTCTGAGAGCGCTGAGGAGACAGGTTTGTCTGGGGTCAACTTTAACTGTTTTTAAGCTTGAATGAATTCATAGGCCTCATAGTTTTGTACTGTCTATCCTAAGGTCCTAATCAACTACTCTCATCATCCTCCTTTTGCCTTTCCACCTCTACTT---TATTATTCATTCACCATGGAAACTGATTAGGGCTCTTTCCTGTTTTCCCCCGTTCGGAATTTCATGTTTCTGATTCAAAAATTGGGTCCTGAATGTGAGAGCCTTTTAATCTTCTATTTATTATAATACGGGTCTAAATTAAAACTGCAATATGATGTGCTTACATAAGAGGTACATAAGCTTGGTGCTCTT-TTATTATTGTTGGTGTTGTCCATTTATAGCTGATTTTGGAT Dicentra_formosa_N AAGTAGTGGTCCTACTTACTAAATTTATATAAATTGTTGGAGGTTGCCAATCTCTTAACATTATGGGTACTTTTTGGCTTTTACATTAGGCATGTGGACTGGTAAAGAATCTTGCGTTGATGGTTTACATAACAGTAGGATCGGCAGCAAATCCAATTTTGGAATTTTTAGAAGAGTGGAGTACTGAAAATTTTGAGGTATTTCTTTCAGCAGCCTAGTACTGAAAGAACTGTA-TATTTTCTTCGTGTTTAGTTGACGTTCCTTTTCTTCT--GTGTAGGAAATCTCTCCTGCAGTAATTCCTCAATCTACAAAAATTTTTGTCAATGGTTGTTGGGTTGGTATTCACCGTAATCCTGAGCTTTTGGTGAAGACTCTGAGAGCGCTGAGGAGACAGGTCTGTCTG---TCTACATAAATTG-TTTTAAGCTTGAATGAATTCACAGACCTTATAGTTTTGTACTGTATTTTCTAAGGTCCTCATCAACCGCTCGCATCATCCTCTTTATGCCTTTCCACC----------TATTATTCCTTCACCATGGCAACTGATTTGTTTTCTTTTTCATTTGGTCCCGTTTGGAATTTCATGTTTCTGATTCAATTATTGGGTCCTGAACGTGAGAGACTTTTAGTCTTC-ACTGAATGTTATTTTATTTTAATTTAGAATTGCAATCTGATGTGCTTACATATAAGGTACATAAGGTAGGCACTCTTTTTTTTCTT---CCTCTTGTCCTTTTTTAGCTGATTTTGAAT Fumaria_agraria_N1 AGGTAGTTATCCTACTTTCTAAATATGTGTATATTGTTGGAGGTTGCTAATATACTAACATTATGAGTAC-TTCTGAATTTCACATTAGGCATGTGGCCTAGTCAAGAACCTTGCATTGATGGTTTACATAACAGTAGGATCGGCAGCAAATCCAATTTTGGAATTTTTAGAAGAATGGAGCACTGAAAATTTTGAGGTACTTCTTTCAGCAGCCTGGTACTGAATTCTCTATATTATATCCTTTGTGTTCAGTTGACGTTATCTTTCTTCTTCATATAGGAAATCTCTCCTGCAGTAATTCCTCAATCTACAAAAATTTTCGTCAATGGTTGTTGGGTTGGTATCCACCGCAATCCTGAGCTTTTGGTGAAGACTTTGAGACAGCTGAGGAGACAGGTTTGTCTGTGGTCAACTTTAACTG-TTTTAAGCTTGAATGAACTCATACACCTCATAGTTTTGTAGTGTCTATCCTAATGTTCTCATCAACTGCTCTCATCATCC---TTATGCCTTTCCACCTTTACTTTATTATTATTCCTTCACCATGGCAACTGATTAGGTTTTTTCCCCATTTGCTCCCGTTCGGAATTTCATGTTTCTGATTCGATTATT-GGTCCGGAATGTAAGAGCCTTTTAATCTTCTATTTAATGTCGTATTATTCTAAATTAAAACTGCAATATGATATGTTTACATGAGAGGTACATAGGCTTGGTGCTCTTATTATTATTATTGGTGTTGTTCATTTCGAGCTGATTTTGGAT Fumaria_agraria_N2 AGGTAGTTATCCTACTTCCTAAATATGTGTATATTGTTGGAGGTTGCTAATATACTAACATTATGAGTAC-TTCTGA--TTCACATTAGGCATGTGGCCTGGTCAAGAACCTTGCATTGATGGTTTACATAACAGTAGGATCGGCAGCAAATCCAATTTTGGAATTTTTAGAAGAATGGAGCACTGAAAATTTTGAGGTACTTCTTTCAGCAGCCTGGTACTGAATTCTCTATATTATATCCGTTGTGTTTAGTTGACGTTACCTTTCTTCTTCATATAAGAAATCTCTCCTGCAGTAATTCCCCAATCTACAAAAATTTTCGTCAATGGCTGTTGGGTTGGTATCCACCGCAATCCTGAGCTTTTGGTGAAGACTTTGAGACAGCTGAGGAGACAGGTTTGTCTGGGTTCAACTTTAACTG-TTTTAAGCTTGAATGAACTCATACACCTCATAGTTTTGTAGTGTCTATCCTAATGTCCTCATCAACTGCTCTCATCATCC---TTATGCCTTTCCACCTTTACTTTATTATTATACCTTCACCATGGCAACTGATTAGGTTTTTTCCCCATTTGCTCCCGTTCGGAATTTCATGTTTCTGATTCGATTATT-GGTCCTGAATGTGAGAGCCTTTTAATCTTCTATTTAATGTCATATTATTCTAAATTAAAACTGCAATATGATGTGTTTACATGAGAGGTACATAGGCTTGGTGCTCTTATTATTGTTATTGGTG?????????????????????????? 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Fumaria_bicolor_N2 0100000000010001000010000??? Fumaria_bracteosa_N 01?1000000010001000010000000 Fumaria_capitata_N1 0100000000010001001010000000 Fumaria_capitata_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_capreolata_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_capreolata_N2 0100000000011101000010100000 Fumaria_capreolata_N3 0100000000010001001010000000 Fumaria_densiflora_N1 01?1000000010001000010000000 Fumaria_densiflora_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_faurei_N1 0100000000000001000010001000 Fumaria_faurei_N2 01?1000000010001000010000000 Fumaria_faurei_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_faurei_N4 0100000000010001000010000000 Fumaria_faurei_N5 010000000001000100001001?000 Fumaria_flabellata_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_flabellata_N2 0100000000010001001010000000 Fumaria_flabellata_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_flabellata_N4 0100000000010001001010000000 Fumaria_gaillardotii_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_gaillardotii_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_gaillardotii_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_gaillardotii_N4 01?1000000010001000010000000 Fumaria_gaillardotii_N5 0100000000010001000010000000 Fumaria_gaillardotii_N6 0100000000010001001010000000 Fumaria_gaillardotii_N7 0100000000000001000010000000 Fumaria_indica_N1 0100000000000001000010001000 Fumaria_indica_N2 01?1000000010001000010000000 Fumaria_indica_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_judaica_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_judaica_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_judaica_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_kralikii_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_kralikii_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_macrocarpa_N 0100000000010001000010000000 Fumaria_macrosepala_macrosepala_N 0100000000010001000010100000 Fumaria_marei_N1 0100000000010001001010000000 Fumaria_marei_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_mirabilis_N1 01?1000000010001000010000000 Fumaria_mirabilis_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_mirabilis_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_montana_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_montana_N2 01?1000000010001000010000000 Fumaria_munbyi_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_munbyi_N2 0110000000010001000010000000 Fumaria_munbyi_N3 0100000000010001000010000000 Fumaria_muralis_N1 0100000000010001000010100000 Fumaria_muralis_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_normanii_N1 0100000000010001001010000000 Fumaria_normanii_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_occidentalis_N1 01000000000100010001?0100000 Fumaria_occidentalis_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_occidentalis_N3 0100000000010001001010000000 Fumaria_occidentalis_N4 01?1000000010001000010000000 Fumaria_occidentalis_N5 010000000001000100001001?000 Fumaria_officinalis_cilicica_N 0100000000000001000010000000 Fumaria_officinalis_officinalis_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_officinalis_officinalis_N2 0100000000000001000010000000 Fumaria_ouezzanensis_N 0100000000010001000010100000 Fumaria_parviflora_N1 01?1000000010001000010000000 Fumaria_parviflora_N2 0100000000000001000010001000 Fumaria_petteri_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_petteri_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_pugsleyana_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_pugsleyana_N2 0100000000000001000010001000 Fumaria_rostellata_N 1100000000010001000010000001 Fumaria_rupestris_N1 010000000001000100001001?000 Fumaria_rupestris_N2 0100000000010001000010100000 Fumaria_segetalis_N1 0100000000010001000010000000 Fumaria_segetalis_N2 0100000000010001000010000000 Fumaria_segetalis_N3 0100000000000001000010001000 Fumaria_sepium_N 01000000000100010001?0100000 Fumaria_vaillantii_N1 0100000000000001000010001000 Fumaria_vaillantii_N2 0100000000010001000010000000 Rupicapnos_africana_N1 0100110000000001000010000000 Rupicapnos_africana_N2 0100000001000001010010000000 Rupicapnos_longipes_N 0100000000000001000010000000 ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 14131 ] BEGIN TREES; TITLE 'Fumaria (Papaveraceae) Nuclear Figure 4'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep14131; TREE Fig._4 = [&R] ((((((((((Fumaria_sepium_N:0.023023,Fumaria_occidentalis_N1:0.045254):0.066994,Fumaria_agraria_N4:0.022964):0.047654,(Fumaria_muralis_N1:0.064746,Fumaria_capreolata_N2:0.110313):0.067209,(Fumaria_ouezzanensis_N:0.021907,Fumaria_berberica_N2:0.022081):0.042661,Fumaria_rupestris_N2:0.044029,Fumaria_macrosepala_macrosepala_N:0.086522):0.043422,((Fumaria_gaillardotii_N5:0.020799,Fumaria_flabellata_N3:0.020935):0.043379,Fumaria_occidentalis_N2:0.020249,Fumaria_normanii_N2:0.020962,Fumaria_marei_N2:0.021628,Fumaria_capreolata_N1:0.019644,Fumaria_capitata_N2:0.021559):0.098627,(((Fumaria_judaica_N1:0.021732,Fumaria_flabellata_N1:0.041893,Fumaria_bastardii_N2:0.020171):0.088157,Fumaria_bicolor_N2:0.027074):0.087749,(Fumaria_gaillardotii_N3:0.042684,Fumaria_barnolae_N1:0.021549,Fumaria_atlantica_N2:0.021):0.044799):0.043913,((Fumaria_occidentalis_N5:0.021084,Fumaria_faurei_N5:0.043033,Fumaria_ballii_N1:0.021528,Fumaria_agraria_N3:0.021878):0.042548,(Fumaria_rupestris_N1:0.042842,Fumaria_berberica_N1:0.021274):0.045697):0.067946,(Fumaria_munbyi_N3:0.036689,Fumaria_montana_N1:0.030842):0.066095,Fumaria_munbyi_N1:0.12181):0.150089,((Fumaria_occidentalis_N3:0.04161,Fumaria_normanii_N1:0.020575,Fumaria_marei_N1:0.020952,Fumaria_gaillardotii_N6:0.021786,Fumaria_flabellata_N4:0.021132,Fumaria_flabellata_N2:0.040321,Fumaria_capreolata_N3:0.020714,Fumaria_capitata_N1:0.020761):0.105685,(Fumaria_gaillardotii_N2:0.021603,Fumaria_barnolae_N3:0.063953,Fumaria_atlantica_N3:0.021351):0.041871,((Fumaria_ballii_N3:0.020921,Fumaria_agraria_N1:0.043373):0.042767,Fumaria_berberica_N3:0.021559):0.227639,Fumaria_mirabilis_N2:0.062072,Fumaria_faurei_N3:0.087127):0.108809,((((((Fumaria_parviflora_N1:0.021861,Fumaria_densiflora_N1:0.042724):0.065012,(Fumaria_indica_N2:0.020709,Fumaria_bracteosa_N:0.021528):0.043825,Fumaria_montana_N2:0.021751,Fumaria_gaillardotii_N4:0.040862,Fumaria_barnolae_N4:0.021438):0.055746,Fumaria_agraria_N2:0.111842):0.050061,(Fumaria_occidentalis_N4:0.020965,Fumaria_atlantica_N1:0.049352):0.033246):0.062196,(Fumaria_mirabilis_N1:0.066358,Fumaria_faurei_N2:0.132611,Fumaria_ballii_N2:0.08582):0.053339):0.064552,Fumaria_munbyi_N2:0.123159):0.123011,(((Fumaria_segetalis_N2:0.022738,Fumaria_petteri_N1:0.042802,Fumaria_muralis_N2:0.020347,Fumaria_mirabilis_N3:0.020794,Fumaria_kralikii_N1:0.021376,Fumaria_faurei_N4:0.041405,Fumaria_densiflora_N2:0.043218,Fumaria_bastardii_N1:0.021728,Fumaria_barnolae_N2:0.021341):0.097576,Fumaria_officinalis_officinalis_N1:0.230953):0.090432,Fumaria_rostellata_N:0.119215):0.049687,((Fumaria_segetalis_N1:0.020185,Fumaria_pugsleyana_N1:0.021813):0.092505,(Fumaria_vaillantii_N2:0.020512,Fumaria_indica_N3:0.040632):0.115693):0.055176,((Fumaria_bicolor_N1:0.024434,Fumaria_bastardii_N3:0.042863):0.086756,Fumaria_judaica_N3:0.040009):0.114289,(Fumaria_gaillardotii_N1:0.042294,Fumaria_barnolae_N5:0.066474,Fumaria_atlantica_N4:0.023016):0.179686,(Fumaria_petteri_N2:0.062026,Fumaria_kralikii_N2:0.041802):0.192651,(Fumaria_macrocarpa_N:0.020669,Fumaria_judaica_N2:0.021794):0.204871):0.132352,(Rupicapnos_longipes_N:0.109993,Rupicapnos_africana_N1:0.247181):0.232602):0.051309,(((Fumaria_vaillantii_N1:0.021957,Fumaria_indica_N1:0.043324):0.067539,Fumaria_faurei_N1:0.062458):0.045938,(Fumaria_segetalis_N3:0.020206,Fumaria_pugsleyana_N2:0.041131,Fumaria_asepala_N:0.112956):0.064213,Fumaria_parviflora_N2:0.106807):0.125699):0.077437,((Fumaria_officinalis_cilicica_N:0.021508,Fumaria_gaillardotii_N7:0.019671):0.109015,Fumaria_officinalis_officinalis_N2:0.086846):0.253607):0.183646,Rupicapnos_africana_N2:0.706211):0.429726,Dicentra_formosa_N:2.290059,Corydalis_flexuosa_N:0.84106); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr76262] END;