#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 6:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Salzman S.M., Driscoll H.E., Renner T., Andre T., Shen S., & Specht C. 2014. Spiraling into History: A Molecular Phylogeny and Investigation of Biogeographic Origins and Floral Evolution for the Genus Costus. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16238] [ The following blocks are input data for analysis step 14387 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep14387; DIMENSIONS NTAX=80; TAXLABELS Chamaecostus_cuspidatus_RB584184 Chamaecostus_lanceolatus_pulchriflorus_RB550388 Chamaecostus_subsessilis_RB584183 Cheilocostus_globosus_CS02351 Costus_afer_M10205 Costus_aff._afer_WJK943683 Costus_aff._dubius_L920048 Costus_aff._ligularis_19980923003 Costus_aff._ligularis_20050100003 Costus_aff._ligularis_M10226 Costus_aff._phyllocephalus_BB870057 Costus_aff._phyllocephalus_M10389 Costus_aff._tappenbeckianus_20050100001 Costus_aff._tappenbeckianus_20050100002 Costus_aff._tappenbeckianus_Tva3675 Costus_aff._tappenbeckianus_WJK943697 Costus_albiflos_M9968 Costus_allenii_M9563 Costus_amazonicus_M9036 Costus_arabicus_CS98193 Costus_asplundii_R2976 Costus_barbatus_CS01256 Costus_beckii_CS99232 Costus_bracteatus_M9409 Costus_chartaceus_WJK903124 Costus_claviger_M9306 Costus_comosus_var._bakeri_19990126011 Costus_curvibracteatus_M9381 Costus_deistelii_M9298 Costus_dinklagei_TvA3549 Costus_dirzoi_19960228002 Costus_dubius_M10206 Costus_erythrocoryne Costus_erythrophyllus_R2847 Costus_erythrothyrsus_M9317 Costus_gabonensis_M10291 Costus_geothyrsus_BS6782 Costus_glaucus_Delft46325 Costus_guanaiensis_var._guanaiensis_R2666 Costus_guanaiensis_var._macrostrobilus_CS00253 Costus_guanaiensis_var._tarmicus_KMN2811 Costus_laevis_CS01257 Costus_lasius_M9155 Costus_lateriflorus_M10331 Costus_letestui_CS02331 Costus_leucanthus_19961105001 Costus_liliaceus_M9995 Costus_lima_R3014 Costus_lima_var._scabremarginatus_BTM750400 Costus_loangensis_M10184 Costus_longibracteolatus_R3003 'Costus lucanusianus (yellow) Breteler5297 ' Costus_lucanusianus_M10000 Costus_maboumiensis_M10227 Costus_malortieanus_M9791 Costus_montanus_R2972 Costus_nitidus_M9524 Costus_osae_M9501 Costus_phaeotrichus_CS02323 Costus_pictus_WJK943691 Costus_plicatus_WJK945376 Costus_productus_R2693 Costus_pulverulentus_WJK943680 Costus_quasiappendiculatus_CS99233 Costus_ricus_R2970 Costus_scaber_R2253 Costus_spectabilis_WJK976118 Costus_spicatus_WJK027143 Costus_spiralis_M9335 Costus_stenophyllus_L750305 Costus_talbotii_20030109009 Costus_varzearum_WJK945379 Costus_villosissimus_KMN632 Costus_vinosus_M9568 Costus_wilsonii_M9507 Costus_woodsonii_CS01264 Costus_zingiberoides_BTM860001 Dimerocostus_strobilaceus_CS01272 Monocostus_uniflorus_WJK750065 Tapeinochilos_queenslandia_Davis_B68168 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M23628] TITLE 'Costus concatenated alignment of ITS ETS CaM rps16 and trnL-F'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep14387; DIMENSIONS NCHAR=4654; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Costus_aff._tappenbeckianus_20050100002 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Costus_claviger_M9306 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Costus_deistelii_M9298 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Costus_talbotii_20030109009 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Costus_woodsonii_CS01264 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 14387 ] BEGIN TREES; TITLE 'Costus -23899.35952 ML'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep14387; TREE 'Costus Maximum Likelihood tree -23899.35952LL' = [&R] (((Monocostus_uniflorus_WJK750065:0.08555434999999997,Dimerocostus_strobilaceus_CS01272:0.05909945):0.058234499999999995,((Cheilocostus_globosus_CS02351:0.016591240000000007,Tapeinochilos_queenslandia_Davis_B68168:0.01933804):0.022983509999999985,(Chamaecostus_cuspidatus_RB584184:0.02526893999999999,(Chamaecostus_subsessilis_RB584183:0.03213679,Chamaecostus_lanceolatus_pulchriflorus_RB550388:0.036230719999999994):0.01376055000000001):0.040819170000000016):0.027573970000000003):0.043401214999999986,((Costus_spectabilis_WJK976118:0.03894048,(Costus_talbotii_20030109009:0.021288410000000008,(Costus_letestui_CS02331:0.00928061999999999,(Costus_liliaceus_M9995:0.0023355800000000038,Costus_lateriflorus_M10331:0.01125754000000001):0.00619328999999999):0.008846419999999994):0.008241290000000012):0.00610392999999998,(((Costus_aff._tappenbeckianus_20050100002:0.004369740000000011,Costus_phaeotrichus_CS02323:0.003274489999999991):0.005727430000000006,(Costus_aff._tappenbeckianus_20050100001:0.009820490000000015,(Costus_aff._tappenbeckianus_WJK943697:0.0030586699999999856,Costus_aff._tappenbeckianus_Tva3675:0.002437889999999998):0.0032776600000000156):0.0054320599999999886):0.005847799999999986,(((Costus_aff._phyllocephalus_M10389:0.023462700000000003,Costus_gabonensis_M10291:0.011067360000000026):0.007298260000000001,(Costus_aff._ligularis_19980923003:0.00654397000000001,(Costus_aff._ligularis_M10226:0.006397920000000001,Costus_loangensis_M10184:0.0037500599999999995):0.0021475000000000244):0.00561043):0.0060518199999999855,(Costus_aff._ligularis_20050100003:0.007265660000000007,(Costus_aff._phyllocephalus_BB870057:0.004075599999999985,(((Costus_afer_M10205:0.007875859999999985,Costus_lucanusianus_M10000:0.0028815199999999985):0.001683640000000014,(Costus_albiflos_M9968:0.0027586,(Costus_dinklagei_TvA3549:0.0024202899999999916,Costus_maboumiensis_M10227:0.0012879299999999927):0.0012185299999999955):0.008366310000000016):2.9999999984209325E-8,((('Costus 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':0.0023604700000000034,Costus_deistelii_M9298:3.00000000119649E-8):0.001380309999999968,(Costus_aff._dubius_L920048:0.0027262200000000014,(Costus_dubius_M10206:0.01851026,Costus_aff._afer_WJK943683:0.012159859999999995):0.006960290000000008):4.6967999999997234E-4):0.003063090000000046,(Costus_stenophyllus_L750305:0.006274050000000031,(Costus_pictus_WJK943691:0.0024751899999999605,((Costus_barbatus_CS01256:0.00557168999999999,(Costus_osae_M9501:0.004577959999999992,Costus_montanus_R2972:0.005449019999999999):9.983100000000023E-4):0.0014293000000000222,((Costus_beckii_CS99232:0.0027859800000000212,Costus_vinosus_M9568:0.006533800000000006):0.0010897500000000004,(((Costus_dirzoi_19960228002:0.004972089999999985,(Costus_productus_R2693:0.003133280000000016,(Costus_guanaiensis_var._macrostrobilus_CS00253:0.0037023700000000104,Costus_erythrothyrsus_M9317:0.003719960000000022):2.824399999999949E-4):2.932099999999882E-4):6.781899999999952E-4,(Costus_comosus_var._bakeri_19990126011:0.0022065299999999843,(Costus_longibracteolatus_R3003:0.0036712600000000095,((Costus_nitidus_M9524:0.004998980000000014,(Costus_malortieanus_M9791:0.007569399999999976,Costus_spicatus_WJK027143:0.0018529599999999868):0.0020216900000000204):0.0018868099999999888,((Costus_geothyrsus_BS6782:0.005434749999999988,Costus_glaucus_Delft46325:0.00363042999999999):2.884300000000062E-4,(Costus_lima_var._scabremarginatus_BTM750400:3.4400000000001096E-4,Costus_lima_R3014:0.001075820000000005):0.004854639999999993):3.142800000000001E-4):2.000000001722846E-8):3.0039999999997846E-4):6.029399999999963E-4):0.008793030000000035,((((Costus_laevis_CS01257:6.157099999999915E-4,Costus_wilsonii_M9507:0.002989249999999999):0.0030974100000000226,(Costus_lasius_M9155:0.002104790000000023,(Costus_allenii_M9563:8.206900000000128E-4,Costus_bracteatus_M9409:0.0022562700000000047):6.132400000000149E-4):9.804199999999819E-4):2.0000000044984034E-8,(Costus_villosissimus_KMN632:0.003143969999999996,(Costus_guanaiensis_var._guanaiensis_R2666:0.005965969999999987,((Costus_leucanthus_19961105001:0.001834009999999997,Costus_guanaiensis_var._tarmicus_KMN2811:0.0034741300000000197):2.9999999984209325E-8,(Costus_spiralis_M9335:0.0017846200000000145,(Costus_erythrophyllus_R2847:7.015700000000402E-4,Costus_varzearum_WJK945379:0.0010993800000000387):0.001398759999999999):2.945999999999782E-4):3.5738000000001824E-4):5.160399999999954E-4):5.273799999999662E-4):3.6036999999999875E-4,((Costus_asplundii_R2976:0.003020159999999994,((Costus_arabicus_CS98193:0.002337649999999969,Costus_amazonicus_M9036:0.001008969999999998):5.63120000000028E-4,(Costus_plicatus_WJK945376:0.0049313099999999666,Costus_erythrocoryne:0.002832049999999975):4.5144000000002515E-4):3.1399999999998096E-4):0.001015939999999993,(Costus_claviger_M9306:0.003424959999999977,((Costus_chartaceus_WJK903124:0.004835479999999948,Costus_zingiberoides_BTM860001:0.008507879999999968):3.844900000000151E-4,(Costus_quasiappendiculatus_CS99233:0.003118220000000005,(Costus_ricus_R2970:0.0033070500000000336,(Costus_curvibracteatus_M9381:9.358899999999948E-4,(Costus_scaber_R2253:0.0021650800000000414,(Costus_pulverulentus_WJK943680:0.0024655099999999486,Costus_woodsonii_CS01264:9.382299999999844E-4):3.0000000039720476E-8):3.064399999999634E-4):3.0000000039720476E-8):9.28490000000004E-4):8.981899999999654E-4):1.9999999989472883E-8):3.697400000000073E-4):1.9999999989472883E-8):3.575099999999498E-4):9.465800000000302E-4):1.0718999999997925E-4):3.0000000039720476E-8):4.743599999999515E-4):0.0018446500000000032):0.0017724600000000312):0.004636119999999994):0.0037286099999999933):0.0014714100000000063):0.0023295600000000083):0.008852899999999997):0.043401215); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr76992] END;