#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 11, 2025; 19:41 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Schwartz T., Nylinder S., Ramadugu C., Antonelli A., & Pfeil B. 2014. The origin of oranges: a multi-locus phylogeny of Rutaceae subfamily Aurantioideae. Systematic Botany, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16378] [ The following blocks are input data for analysis step 14650 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep14650; DIMENSIONS NTAX=67; TAXLABELS Aegle_marmelos_1 Aeglopsis_chevalieri_2 Afraegle_paniculata_67 Atalantia_buxifolia_3 Atalantia_ceylanica_4 Atalantia_citroides_5 Atalantia_monophylla_6 Balsamocitrus_dawei_7 Bergera_koenigii_8 Bergera_koenigii_9 Burkillanthus_malaccensis_10 Choisya_ternata_62 Citropsis_daweana_11 Citropsis_schweinfurthii_12 Citrus_gracilis_18 Citrus_maxima_20 Citrus_maxima_21 Citrus_maxima_22 Citrus_medica_24 Citrus_medica_25 Citrus_reticulata_29a Citrus_reticulata_29b Citrus_reticulata_30 Citrus_reticulata_31 Citrus_reticulata_32a Citrus_reticulata_32b Citrus_reticulata_33a Citrus_reticulata_33b 'Citrus sp. Amboin, New Guinea 13a' 'Citrus sp. Amboin, New Guinea 13b' Citrus_xaurantium_66c Citrus_xaurantium_66d Clausena_excavata_40 Clausena_harmandiana_41 Clymenia_polyandra_28 Eremocitrus_glauca_17 Feronia_limonia_68 Feroniella_oblata_42 Flindersia_australis_63 Glycosmis_mauritiana_43a Glycosmis_mauritiana_43b Glycosmis_pentaphylla_44 Glycosmis_trichanthera_45 Merrillia_caloxylon_46 Microcitrus_australasica_14a Microcitrus_australasica_14b Microcitrus_papuana_39 Micromelum_minutum_47 Monanthocitrus_cornuta_48 Murraya_paniculata_49 Murraya_paniculata_50 Murraya_paniculata_51 Naringi_crenulata_52 Oxanthera_neocaledonica_27 Oxanthera_sp._35 Pamburus_missionis_53 Paramignya_lobata_55 Paramignya_scandens_56 Pleiospermium_latialatum_57 Poncirus_trifoliata_36a Poncirus_trifoliata_36b Poncirus_trifoliata_37a Poncirus_trifoliata_37b Ruta_graveolens_64 Swinglea_glutinosa_58 Triphasia_trifolia_60 Wenzelia_dolichophylla_61 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M24108] TITLE Aurantioideae_MDH_alignment; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep14650; DIMENSIONS NCHAR=998; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aegle_marmelos_1 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Amboin, New Guinea 13b' 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Naringi_crenulata_52 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(Ruta_graveolens_64:0.115809,((Choisya_ternata_62:0.045989,Flindersia_australis_63:0.086975):0.007875,((Clausena_excavata_40:0.015904,Clausena_harmandiana_41:0.016672):0.022906,(Micromelum_minutum_47:0.037841,(Bergera_koenigii_8:0.003256,Bergera_koenigii_9:0.010467):0.029219):0.007289,(Glycosmis_trichanthera_45:0.025966,(Glycosmis_pentaphylla_44:0.011214,(Glycosmis_mauritiana_43a:0.002023,Glycosmis_mauritiana_43b:0.0011):0.00612):0.01813):0.009381,((Merrillia_caloxylon_46:0.018482,(Murraya_paniculata_51:0.003374,(Murraya_paniculata_50:0.009786,Murraya_paniculata_49:0.006662):0.002122):0.009634):0.011841,((Pamburus_missionis_53:0.024133,(Paramignya_lobata_55:0.009893,Paramignya_scandens_56:0.005414):0.01243):0.002988,((Triphasia_trifolia_60:0.023201,(Wenzelia_dolichophylla_61:0.00389,Monanthocitrus_cornuta_48:0.00693):0.015112):0.006099,((Aegle_marmelos_1:0.004442,Balsamocitrus_dawei_7:0.002187):0.010709,(Aeglopsis_chevalieri_2:0.00504,Afraegle_paniculata_67:0.003576):0.023221):0.028345,((Pleiospermium_latialatum_57:0.022642,(Swinglea_glutinosa_58:0.021126,(Burkillanthus_malaccensis_10:0.030563,Feronia_limonia_68:0.027716):0.002467):0.004563):0.002121,(((Naringi_crenulata_52:0.020615,(Citropsis_daweana_11:0.010775,Citropsis_schweinfurthii_12:0.012726):0.010558):0.005474,(Atalantia_buxifolia_3:0.016573,(Atalantia_ceylanica_4:0.014154,(Atalantia_citroides_5:0.001087,Atalantia_monophylla_6:0.002158):0.014192):0.008581):0.004955):0.004318,(Eremocitrus_glauca_17:0.005369,Citrus_gracilis_18:0.006221,Microcitrus_australasica_14a:0.001064,Microcitrus_australasica_14b:0.002128,Microcitrus_papuana_39:0.004234,Oxanthera_neocaledonica_27:0.01173,(Citrus_medica_24:0.001153,Citrus_medica_25:0.00207):0.006429,(Citrus_maxima_20:0.00101,Citrus_maxima_21:0.001033,Citrus_maxima_22:0.002149):0.003155,(Oxanthera_sp._35:0.006501,(Clymenia_polyandra_28:0.008824,'Citrus sp. Amboin, New Guinea 13a':0.007511):0.002248):0.004297,(Poncirus_trifoliata_36a:0.001147,Poncirus_trifoliata_37b:0.001145,(Poncirus_trifoliata_36b:0.00114,Poncirus_trifoliata_37a:0.001151):0.002161):0.00731,('Citrus sp. Amboin, New Guinea 13b':0.001088,(Citrus_reticulata_29a:0.0011,(Citrus_reticulata_29b:0.001081,Citrus_reticulata_31:0.001101,Citrus_reticulata_32a:0.003199,Citrus_reticulata_32b:0.001077,Citrus_reticulata_33b:0.001058,Citrus_xaurantium_66c:0.001066,(Citrus_reticulata_30:0.001053,Citrus_reticulata_33a:0.001005,Citrus_xaurantium_66d:0.001059,Feroniella_oblata_42:0.001079):0.002041):0.002074):0.004895):0.002118):0.010703):0.00293):0.002186):0.002779):0.006635):0.011313):0.034078):0.005809); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr77660] END;