#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 14:23 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lavin M., Thulin M., Labat J., & Pennington R. 2000. Africa, the odd man out: molecular biogeography of dalbergioid legumes (Fabaceae) suggests otherwise. Systematic Botany, 25: 449-467. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S887] [ The following blocks are input data for analysis step 1474 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1474; DIMENSIONS NTAX=41; TAXLABELS Adesmia_volckmannii Aeschynomene_pfundii Aeschynomene_virginica Amicia_glandulosa Arachis_major Arachis_pintoi Arachis_triseminata Chaetocalyx_nigricans Chapmannia_floridana Chapmannia_gracilis Chapmannia_gracilis1 Chapmannia_prismatica Chapmannia_sericea Dalbergia_congestiflora Dalbergia_foliolosa Dalbergia_sissoo Dalbergia_sp Diphysa_americana Diphysa_floribunda Diphysa_ormocarpoides Diphysa_thurberii Fiebrigiella_gracilis1 Fiebrigiella_gracilis2 Machaerium_sp Ormocarpopsis_calcicola Ormocarpopsis_itremoensis Ormocarpum_bernierianum Ormocarpum_coeruleum Ormocarpum_keniense Ormocarpum_kirkii Ormocarpum_muricatum Ormocarpum_yemenense Pictetia_aculeata2 Pictetia_aculeata3 Pictetia_angustifolia Pictetia_marginata Pterocarpus_indicus Pterocarpus_macrocarpus Stylosanthes_capitata Stylosanthes_hamata Zornia_sp ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Stylosanthes_hamata GCTTTTAAGTGCGACTCCATTTTTTATTTTACACATTTTTATGAAGCAATTGTTTCGTCCATAACCTCGGTAGGG-----TTTGTAAGACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGAATGGAAAAAGCAGCATGTCGTATCAATAGCGAATCCTAAAAGGATTTCATTCTTATTGGTTGGATCGGACCATTTTTTTTTTTGTTTTGTTTGAATTCGT--GGCTCGGAACAAAAAA-GATTCTGTTGGG-----------TTTAAGTAATAAAGGGATAGAACTTGGCAACTCCAATTATAGAGAAAC--TAAAAGCAACGAGCTTTCATTTTTTT--TAATCGAATGATTACCCC-ATCTAATTGGACGTTAAAAATATA-TTAGTGCTTGATGCGGGAAAAGCTTTTCCCATGAA-----TGGATTATTTCTTTTTGTTATGAGTCCTAATTAT-TAGCTATTCTCCATTAT-------GGGGTGGC-GATCAA----TGTGTAGAAAAAAGAGTATATTGATAAAAATATCTTTTTT-------CCAAAA-TCAAAAGAGCGATTAGGCTGATAAA----------------ATAAAGGATTTCGAACTAGCTTGTTATCCTAGAACAATTAGGTGGAAAGA-GCAAGTGGAGAGAATCCGTTGATCA---TTT----TTTTCTAGGTATCTAGTCAAAATTCG---------TTTTAATTCGAATATCTAG------------------------------------------------------------------AAATACCCCGTTTTGACTGTATCGCACTATGTATTGTATTGGTAATCCAATAAATCTTTGATCC-TTTGAC-AAGATTGAATTTTAAAA--------ATGAAAAAATATCAAAGATATTTAGAACTAGATAGATCTCAGCAACAGAACTTCCTATACCCACTTATTTTTCGGGAGTATATTTATGGACTCGCCCCTAGTCATGATCTTAATAGAAATCGATATATTTTGTCGGAAAATGTGGATTATGATAAGAACTCTAGCTTACTAATTGTAAAACGGTTAATTACTCGAATATATCAACAGAATCATTTGATTCTTTTTGATAACGATTCAAGTAAA---AATCAATTTTGGGGGTATAACAAGAATTTGTATTCTCAAATAATATCAGAGGGTTTTGCCATTGTCATGGAAATTCCATTTTCCCGACAATTA------AGTTCTTCTTTAGAGGAGGCGGGAATCGTAAAATCTTTTAATAATTTGGAATCAATTCATTCCATTTTTTCCTTTTTCGAGGATAAATTTACATATTTAAAATTTTTTTCCGATGTACGAATACCCTATCCTATCCATCTGGAAATCTTAGTTCAAACT????????????????????????CCCCTCCTTCATTTATTAAGATTGTTTCTTTATGAGTATTGTAATTGGACT------AGTCTTATTACTCAAAAAAAGATT------ATTTTTACTTTTTCAAAAAGTAATCCAAGATTTTTCTTGTTCCTATATAATTTTTATGTATGTGAACACGAATCCATCTTCCTTTTTTTACGTAAAAAATCCTCTCATTTACGATTAAACTCTTTTAGCGTTTTTTTTGAGCGAATCTATTTCTATACAAAACTAGAACATCTTGTAGAAGTCTTTTCTAAAAATTTTTCGTCTACCCTATCATTCTTCAAGGATCCTTTGATTCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCCATTTTTGCTTCAAAGAATGCGCCCTTTTTGATGAATAAATGGAAATACTATTTCATTTATTTCTGGCAATGTTATTTTGATATTTGGTCTCAACCCCGAATGATCCAAATAAACGAATTATT---TGAG---------AATTCATTTCATTTTTTTTGGGGGGGCTATCTTTCAAATGTACGACTAAACTTTTCAGTGGTACGGAGTCAAATGCTAGAAGATTCATTTCTAATAGAAATTGTTATGAAAAAACTTGATACAATAGTCCCAATTATTCCCTTAATAAGATCTTTGGCTAAAGCGAAATTTTGTAATAGATTAGGGCATCCCATTAGTAAGCCCGTTTGGACCGATTCATCTGATTTTGATATAATTGACCGGTATTTGCGGATATGCAGAAATCTTTCTCATTATTATAATGGATCCTCAAAAAAA---AGTTTGTATCGAATAAAATATATAATTCGGCTTTCTTGTATTAAAACTTTGGCTCGTAAACACAAGAGGACTTTACGCGCTTTTTTGAAAAGATTAGATTCCGAAGAATTATTAGAAGAATTCTTTACCGAGGAAGAAGAGATTCTTTCTTTGATCTTTCCAAGATCTTCGGCGACTTTGCGCAGGTTATATAGAAGTCGGATTTGGTATTTGGATATTCTTTTCAGTAACGATACAATCAAT------------------------------GTAAATTGATAAATCAAAA-----TCATCCTTAACTAAAA-CAAATTGGGATAACAAAATTCATTTCTTTTTGATT-----------------------------------TCGAATAGTATGC----TCTATAGGATTCTGAAACGTTTATGTAATGTAG--------------GGGGGATTTGAGATTCATCAACACTGAGTATTTCACTTTT---GGAGAGTATTGT---TCTGGATAAG--------------TTTAGATGGATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGCTTGGGGAGAGATTTCTTATTGTTTTACTGTTT-------CAATTCATTAACAAATCC???? Zornia_sp GCTTTTAAGTGCGACTCCATTTTTT-----ACACATTTCTATGAAGCAATTGTTTCGTCCATACCCTCGGTAGAG-----TTTGAAAGACCACGACTGATCCAGAAAGGAATGAATGGAAAAAGCAGCATGTCGTATCAATGGCGAATTCTAAAAATATTTTTTTCTTA---------TCCGACTATAA---TCGTTC-----TTTGAATTCTT--GGCTCGGAACAAAAAAA-TAACAATTAAGTTGTAAGTTGGGTTAATTAATAAAGGGATAGAGCTTGGCAACTCC-ATCATAGGGAAAC--AAAAAGCAACGAGCTTTCATTTTT----CATTCGAATGATTACCCC-ATCTAATTGTACGTTAAAAATATA-TTAGTGCTTGATGCGGGAAAAGCTTTTCCCACGAA-----TGGATTTTTTATTTTTGTTATGGGTCCTAACTAT-TAG-TATCAGCTATTCTCCATTATGGGGTGGC-GATAAA----TGTGTAGAAGAAAGAGTATATTGATAAAGATATCTTTTTTTTTT---CCAAAA-TCAAAAGAGCGATCGGGCTGAAAAA----------------ATAAAGGAGTTCCAACTAGCTTGTTATCCTAGAACAATTAGGTGAAATAA-GTGAGTGGAGAGAGTCCGTTGATGGGTTTTA----TTTTCTAGGTATCTATTCTT-ATTCG---------TTCGAATTCGAATAACGAATATTTAAAATAATTTCAATTTTATTTAATTTATTAACTTATTAACTTTCAAATTGATAATTATCAAAAATACTCTGTCTTGACT????????????????????????????????????????????????????????????TCAAATAAAAAA-------ATGGAGGAATATCAAATCTATTTAGAACTAGATGGATCTTTCCAACGGAACTTCCTATACCCACTTATTTTTCGGGAGTATATTTATGGACTCGTCTATGGTCATGATTTAAAGAAAAATAGATCTATTTTGGTGGAAAATGTGGATTATGATAAGAAATATAGTTTCCTAATTGTAAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATCATTTGCTTCTTTTTGCTAATGATTCGAAAAAA---AATCTATTTTTAGGGTATAACAAGAATTTGTATTCTCAAATAATATCAGAAGGTTTTGCCATCGTTGTGGAAATTCCATTTTCCCAACAATTGAAATTGAGTTCTTCCTTAGAGGAGGTCGAAATCCTAAAATCTTTTCAAAATTTGCGATCAATTCATTCCATTTTTTCCTTTTTCGAGGATAAATTTACATATTTAAATTTTGTTTCAAATGTACGAATACCCTATCCTATCCATTTCGAAATCTTGGTTCAAACC????????????????????????CCCTTCTTTCATTCTTTAAGATTGTTTGTTTATGAGTATGACTATTCGAATTGGAATAGTCTTATTACTCAAAAAAAACTT------TTTTCTACTTTATCAAGAAGTAATCCAAGATTTTTCTTATTCCTATATAATTTTTTTGTATGTGAACACGAATCCATCTTCCTTTTTCTACGTAATAAATCCTCTCATTTACGATTCAATTCTTTTAGCCTTCTTTTTGAGCGAATCCAATTATATGCAAAAATTGAACATCTTGTCGAAGTCTTTGCTAAGGATTTTTCATCTACCTTATCATTCTTCAAGGATCCTTTGATTCATTATGTTAGATATCAAGGAAAATCCATTCTGGCTTCAAAGAATGTGCCTCTTTTGCTGAATAAATGGCAATACTATCTCATCTATTTCTGGCAATGTCATTTTAATGTTTGGTCTCAAGCAGGAACGATCCATATAAAACAATTATTATCCGAG---------CATTCATTTCACTTTTTTTGGGGGGGCTATCTTTCAAATGTACGGCTCAATTTTTCACTGGTACGGAGTCAAATGTTAGAAAATTCATTTCCAATCG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TTGGCTCGTAAACACAAGAGTACTGTACGCGCTTTTTTGAAAAGATTAGATTCACAAGAATTATTGGAAGAATTCTTTACAGAAGACGAAGAGATTCTTTCTTTGATCTTTCCAAGAGCTTCTTCCACTTTGCAGAGGTTATATAGGGGTCGTATTTGGTATTTGGATATTATTTTCAGTAACGATCTAGTCAATCACCAATGATTGGGTTTGATACTATGTAATGGAAATGGATAAATAGAAA-----TTATCCTT-AAAACGGGATAAAAAAATGAAAA---TGAATTTCTATTAGTATTCTATATTTA------------------------------------TCT--ATT-AGAAGATTTTGAAATGCTTATGTAGTAAGAGAGTAAGAAAGAGTGGGG-ATTCGGGATTCATCAAC--TGAGTAGTTCACTTTC---GTAGAGTCTTGCTCT---GGGTAAGTAACT-GAGGTTTATTTAGATGTATACATAGGGAAAGCCGTGTGCAATGAAAAATGCAAGCACGGCTTGGGGAGAGATTTTTTATTGTTTTACTGTTT-------CAATTCAGC-AACAAATAAGAT ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1474 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6250; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1474; TREE Fig._3 = [&R] ((Adesmia_volckmannii,((Amicia_glandulosa,Zornia_sp),Chaetocalyx_nigricans)),((((Aeschynomene_virginica,Aeschynomene_pfundii),(((Ormocarpopsis_itremoensis,Ormocarpopsis_calcicola),(((Ormocarpum_muricatum,Ormocarpum_keniense),Ormocarpum_kirkii),Ormocarpum_bernierianum))Dalbergioid_legumes_Clade_VI,(Ormocarpum_coeruleum,Ormocarpum_yemenense)Dalbergioid_legumes_Clade_V,(Diphysa_floribunda,((Diphysa_americana,Diphysa_thurberii),Diphysa_ormocarpoides))Dalbergioid_legumes_Clade_IV,(Pictetia_aculeata2,Pictetia_aculeata3,(Pictetia_marginata,Pictetia_angustifolia))Dalbergioid_legumes_Clade_III)),(Machaerium_sp,(((Dalbergia_sp,Dalbergia_congestiflora),Dalbergia_sissoo),Dalbergia_foliolosa))),((Pterocarpus_macrocarpus,Pterocarpus_indicus),((Fiebrigiella_gracilis1,Fiebrigiella_gracilis2),(((Chapmannia_prismatica,Chapmannia_floridana)Dalbergioid_legumes_Clade_I,(Chapmannia_sericea,(Chapmannia_gracilis,Chapmannia_gracilis1))Dalbergioid_legumes_Clade_II),((Stylosanthes_hamata,Stylosanthes_capitata),(Arachis_pintoi,(Arachis_major,Arachis_triseminata)))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5704] END;