#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 08, 2024; 21:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hu M., Lavin M., Wojciechowski M., & Sanderson M. 2002. Phylogenetic analysis of nuclear ribosomal ITS/5.8 S sequences in the tribe Millettieae (Fabaceae): Poecilanthe-Cyclolobium, the core Millettieae, and the Callerya group. Systematic Botany, 27: 722-733. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S891] [ The following blocks are input data for analysis step 1480 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1480; DIMENSIONS NTAX=72; TAXLABELS Abrus_precatorius Aganope_heptaphylla Aganope_thyrsiflora Apios_americana Austrosteenisia_blackii Brachypterum_robusta Canavalia_brasiliensis Capassa_violacea Centrosema_pubescens Chadsia_grevei Chadsia_versicolor Clitoria_ternatea Craibia_brevicaudata Cyamopsis_senegalensis Dahlstedia_pinnata Dalbergiella_nyasae Dendrolobium_lanceolatum Derris_caudatilimba Derris_laxiflora Derris_trifoliata Dolichopsis_paraguarensis Fordia_splendidissima Galactia_striata Glycine_canescens Glycine_tomentella Indigofera_suffruticosa Lonchocarpus_emarginatus Lonchocarpus_hidalgensis Lonchocarpus_hughesii Lonchocarpus_lanceolatusL1 Lonchocarpus_lanceolatusL5 Lonchocarpus_lanceolatusL8 Lonchocarpus_minimifolius Lonchocarpus_muehlbergianus Lonchocarpus_phaseolifolius Lonchocarpus_phlebophyllus Lonchocarpus_rugosus Lonchocarpus_santarosanus Lonchocarpus_sp.L13 Lonchocarpus_spectabilis Lonchocarpus_subglaucescens Millettia_grandis Millettia_grandis2 Millettia_ichthyochtona Millettia_lasianthus Millettia_leptobotrya Millettia_pachyloba Millettia_pulchra Millettia_sp.Hu1159 Millettia_thonningii Mundulea_sericea Mundulea_stenophylla Neodunnia_richardiana Ophrestia_radicosa Ostryocarpus_stuhlmanii Paraderris_elliptica Phaseolus_tuerckheimii Philenoptera_eriocalyx Philenoptera_laxiflora Phylloxylon_perreri Piscidia_mollis Piscidia_piscipula Platycyamus_regnellii Pongamia_pinnata Pongamiopsis_amygdalina Tephrosia_heckmanniana Tephrosia_leiocarpa Tephrosia_obovata Tephrosia_tenella Tephrosia_villosa Vigna_speciosa Willardia_parviflora ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M361] TITLE core_Millettieae; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1480; DIMENSIONS NCHAR=773; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TCATTGTCGATGCCTCG--CCACCAGTCCGACCC-GCGAATTCGTTT----AACTACCTGG----------------------GAACGCCTC-GGCC----TCCCTT--CTG---TCGGGAGGGG---------------TCACG--CCCCGCG--CGA--------------TCTCCTCC--CGGCTAAAAAACACAAA-CCCCGGCGCGACA-CGCGCCAAGGAA-AATG-AAACT---GTTTATGACG-CGCCCGTGGGC-CCGGAGACGGTGCTCCTGCGG-GCGCTGTCGCGACGCA--ACT----AACAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACGCAT-CGTTGCCCC-AACGCC--AACGCCC--CGTATC------------GGGCTTGAGCGGCAGGGGCGAATGCTGACCTCCCGCGGGCACT-GTCTCGCGGTTGGTTCAAAAA-CGAGTCC-ACGACG-GAGTGCCCCGTGATAAA-TGGTGGTTGAGTGA-----TGCTCGAG------ACCAATCACGCGC--GGCTTCCCGTC-----CCACGTGGACTGCGC---GACCC-GTGT-GTTC----CTTC-----------GAACGCTCACAATGAGACCTCAGGTCAGGCGG Millettia_grandis2 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TCATTGTCGATGCCTC----AATCAATTTGACCC-GCGAACTTGTTT----AACCGTGCGGCGTCGGCTC-GAGGCGTT----CACAGCCTC-AGCC----TCGCTT--CGG---CAAGGAGGGG---------------TCACGCCCCCGGCG--TGA--------------TTTCCCCC--TGCC---AAAACACAAA-CCCCGGCGCGGCA-TGCGCCAAGGAA-TATG-AAATT---GTTAATGACG-CGCTCGTGGGC-CCGGAGACGGTGCTCCTGCGA-GCGTCGTCGTGACGCG--TTA----CACAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTGCCCC-AACGCC--AACGCCTGAAAG------------AAGGTATT--GAC----GGGGCGACCGTTGACTTCCCGCGAGCACC-GCCTCGTGGTTGGTTGAAAAG-TGAGTCC-TTTGCG-GAGAGCCCCGTGATAAA-TGGTGGTTGAGTGA-----CACTCGAG------ACCAATCACGTGC--GGCTTTTCCTC-----ATACGTGACTCGTGC---GACCC-TTGC-GTTC----TGCA-----------GAACGCTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Millettia_lasianthus 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TCATTGTCGATACCTC----AATCAAATTGACTT-GTGAATTTGTTT----AACCACTTAGTGTTAGCCT-GGGTCTT-----TATGGCCTT-GGCT----TCACTT--TGG--TACTGGATGGT---------------TCATG--CCTTGTG--TGA--------------GCTTTTCC--TGCC---AATTTACAAA-CCCCGGCGCATTG-TGCGCCAAGGAA-CATG-AAACT---GTTGATGATG-TGCTCAGGGAC-CCGGAAACGGTGTTTTG-TGA-GTGGCATTGTGACACA--TAA----TACTAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTACCCC-AATGCA--ATATCCTGGCTT------------AGGGTGTT--GGT----AGGGTGTAAGTTGACCTCCCGCATGCATT-GTGTTGTGGTTGGTTGAAAAT-TGAGTCC-TTCGTG-GAGAGCTCCATGATAAA-TGGTGGTTGAGTAA-----CCCTCGAG------ACCAGTCATGTGT--GGCTCTTT--------ACTCATGGCTCAGGT---GACCC-TTGT-GTTC----TTTA-----------GAACGCTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Tephrosia_leiocarpa -CATTGTCGATACCTT----AATCAAATTGACCC-GTGAATTTGTTT----AATCACTTAGTGTTAGCTT--AGTCT------TACGGCTTT-GGCT----TCACTT--TGG---TAAAGATGGT---------------TCATG--CCTTGTG--TGA--------------ACTTCTTT--TGCC---AACATACAAA-CCCCGGCGCATTG-TGCGCCAAGGAA-CATG-AAACT---GTTGATGATG-TGCTTAGGGAC-CCGGAAACGGTGTTTTT-TGA-GTGCCATCGTGACACA--TAA----TACTAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTACCCC-AATGCA--ATATCCTAGCTT------------AGGGTGTT--GGA----AGGGTGTAAGTTGACCTCCTGCATGCAT--GTCTTGCGGTTGGTTGAAAAT-TGAGTCC-TTTGTG-GAGAGCCCCATGATAAA-TGGTGGTTGAGTAA-----CCCTCGAG------ACCAATCATGTGT--GGCCTTTTT-------ACTCATGACTCAGGT---GACCC-TTGT-GTTC----TTTA-----------GAACACTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Tephrosia_obovata TCATTGTCGATACCTC----AATCAAATTGACTT-GTGAATTAGTTT----ATACATGTAGTGTTAGCCT-GAGTCTC-----TATGGCTTT-GGCT----TCACTT-TTGG---TAAGGATGGT---------------TCATG--CCTTGTG--TGA--------------ACTTCTCC--TGCC---AATATACAA--CCCCGGCGCATTG-TGCGTCAAGGAA-CATG-AAATT---GTTTATGATG-TGCTCGTGGAC-CCGGAGACGGTGTTTTT-TGA-GCAGCATCGTGACACA--TAA----TACCAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAGAT-CGTTACCC--AATACA--ATATCTTGACAT------------AAGGTGTT--GGT----AGGGTGTAAGTTGACTTCCCGCATGCATT-GTCTTGTGGTTGGTTGAAAAT-TGAGTCT-TTCGTG-GAAAGCCCCATGATAAA-TGGTGGTTGAGTAT-----CCCTCGAG------ACCAATCATGTGT--GGCTCTTT--------ACTAGTGGCTCAGGT---GACCC-TTGT-GTTC---TTTTA-----------GAACGCTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Tephrosia_tenella -CATTGTCGATACCTC----AACCAAATTGACCT-GTGAATTTGTTT----AACCACTTGGTGTTAGTCC-TGGTCTT-----TATGGCCTT-GGCT----TCACTT--TGG---TAAGGATGGT---------------TCATG--CCTTGCA--TGA--------------ACTTCTCC--TGCT---AATGTACAAA-CCCCGGCGCATTG-TGCGCCAAGGAA-CATG-AAATT---GTTGATGATG-TGCTCATGGAC-CCGGGGACGGTGTTCTT-TGA-GTGGCATCGTGACACA--TAA----TACTAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTACCCC-AATGCA--ATATCTTAACTT------------AAGGTGTT--GGT----AGGGTGTAAGTTGACCTCCCGCATGCACT-GTCTTGTGGTTGGTTGAAAAT-TGAGTCC-TTCGTG-GAGAGCCCCATGATAAA-TGGTGGTTGAGTAA-----CCCTCGAG------ACCAATCATGTGT--GGCTTTTT--------ACTCATGGCTCAGGT---GACCC-TGGT-GTTC----TTTA-----------GAACGCTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Tephrosia_villosa TCATTGTCGATACCTT----AATCAAATTGACCC-GTGAACTTGTTA----AACCACATAGTGTTAGCCT-GGGTCTT-----TACGGCTTT-GGCT----TCACTT--TGG---TAAGGATGGT---------------TCATG--CCTCGTG--TGA--------------ATTTATCT--TGCC---AATATACAAA-CCCCGGCGCATTG-TGCG{CT}CAAGGAA-CATG-AAACT---GTTGATGATG-TGCTCATGGAC-CCGGAGACGGAGTCTTTCTGA-GTGGCATCGTGACACA--TAA----TACTAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTACCCC-AATGCA--ATATCTTAACTT------------AGGGTATT--GGT----AGGGTGTAAGTTGACCTCCCGCATGCATC-GTCTTGTGGTTGGTTGAAAAT-TGAGTCC-TTTGTG-GAGAGCCCCATGATAAA-TGGTGGTTGAGTAA-----CCCTCGAG------ACCAATCATGTGC--GGCTCTTT--------ACTCATGGCTCAGGT---GACCC-TTGT-GTTC----TTTA-----------GAACGCTCACAACGAGACCTCAGGTCAGACGG Vigna_speciosa TCATTGTCGATACCTCAATCAACCAGTTTGACCG-GTGAATCTGTCC----ATATCCAC-----ACTGC-AAGGGTCCGG---------CTC-GTCC----GCCCTTGTGGG---TCGGGAGGGGAGGGAG--------TCACTG--CCTCGTGCAGTTGGCC----AAG--TCTCTCTCT--CGAC---AAAACACTAA-CCCCGGCGCTTCA-TGCGCCAAGGAA-TTTG-AACCT---GTTAGGTGCGACACTCGG---------GGACGTTG-TCCCACGGGTTGTCGTCACGAGACATGTTAAGTATGTAAAATGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACAT-CGTTACCCC-CCC-----ACTTAAA---------------------TGTG--CAAT---GGGGTGAAAGTTGACTTCCCGCGAGCTTGGTCCTCGTGGTTGGTTGAAAAG-TAAGTTC-ACGGTG-GAGTTCCCCGCGATATA-TGGTGGATGAGCAA-----TGCTCGAG------ACCAATCGTGCTT--GGTTGACTCCA-----TCGTATAGACTTCTT---GACCC--TAT-GCGT---CCTCTGTGTAAGCTGAGGGTGCTATTAGCGAGACCTCAGGTCAGGCGG Willardia_parviflora TCATTGTCGATGCCTC----AATCAATTCGACCC-GCGAACTAGTTTT---ATGCACGCGGCGTTGGCTC-GGGGCC------AAAAGCCTC-GGCC----TCGCCC--CGG---CGGGGCAGGGG--------------TCGTG--CCGTGCG--CGG-----------CTCCTCCTCCC--TGCC---AAAACACAAA-CCCCGGCGCATCG-TGCGCCAAGGAA-CATG-AAATT---GTTAACGACG-CCCTCCCGGAC-CCGGGGACGGTGCTCCTGCGA-GGGCGGTCGTGACGCA--TTA-TTACACAAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACAAAT-CGTTGTCCC-AACGCC--AACGCCCGACCCAAC----AAATCGCGGCGCT--GTC----GGGGACCATGCTGGCCTCCCGCAAGCACC-GCCTTGCGGTTGGTTGAAAAA-CGAGTCC-TACGCG-GAGAGCCCCATGATAAA-CGGTGGATGAGCGA-----CCCTCGAT------ACCAATCATGCGC--GGCCCCTCCCC-----GGGCACGACTCACGC---GACCC-TGGC-GCTC----CTGC-----------GAGCGCTCATAACGAGACCTCAGGTCAGACGG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1480 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6256; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1480; TREE Fig._2 = [&R] (Indigofera_suffruticosa,((Cyamopsis_senegalensis,Phylloxylon_perreri),(((((((Dendrolobium_lanceolatum,(((Glycine_tomentella,Ophrestia_radicosa),Glycine_canescens),((Dolichopsis_paraguarensis,Vigna_speciosa),Phaseolus_tuerckheimii))),Apios_americana),Centrosema_pubescens)'Phaseoleae-containing clade',Platycyamus_regnellii),Craibia_brevicaudata),(Ostryocarpus_stuhlmanii,(Aganope_heptaphylla,Aganope_thyrsiflora))),((Dalbergiella_nyasae,(((Galactia_striata,Canavalia_brasiliensis),(Abrus_precatorius,((Millettia_leptobotrya,(((Millettia_grandis,Millettia_grandis2),(Capassa_violacea,(Philenoptera_laxiflora,Philenoptera_eriocalyx))),(((Piscidia_mollis,Piscidia_piscipula),((((Dahlstedia_pinnata,(Lonchocarpus_muehlbergianus,Lonchocarpus_subglaucescens)),(((((Lonchocarpus_sp.L13,Willardia_parviflora),Lonchocarpus_hughesii),Lonchocarpus_emarginatus),(((Lonchocarpus_spectabilis,Lonchocarpus_santarosanus),Lonchocarpus_phaseolifolius),(Lonchocarpus_phlebophyllus,(Lonchocarpus_rugosus,Lonchocarpus_hidalgensis)))),(Lonchocarpus_lanceolatusL1,((Lonchocarpus_lanceolatusL5,Lonchocarpus_lanceolatusL8),Lonchocarpus_minimifolius))))New_World_Lonchocarpus_clade,Brachypterum_robusta),(((((Fordia_splendidissima,((Paraderris_elliptica,((Derris_caudatilimba,Derris_laxiflora),Derris_trifoliata)),((((Tephrosia_heckmanniana,(Tephrosia_leiocarpa,Tephrosia_villosa)),Tephrosia_obovata),Tephrosia_tenella),((Chadsia_versicolor,Chadsia_grevei),(Mundulea_stenophylla,Mundulea_sericea)))Tephrosia_clade)),Millettia_pulchra),Pongamia_pinnata),((Millettia_pachyloba,Millettia_sp.Hu1159),Millettia_thonningii)),(Neodunnia_richardiana,Pongamiopsis_amygdalina)))),Millettia_ichthyochtona))),Millettia_lasianthus)core_Millettieae_clade)),Clitoria_ternatea)),Austrosteenisia_blackii)))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5715] END;