#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 08, 2025; 22:57 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Raja H.A., El-elimat T., Shearer C., Miller A.N., Tanaka K., Hashimoto A., Fournier J., & Oberlies N. 2015. Minutisphaerales (Dothideomycetes, Ascomycota): a new order of freshwater ascomycetes including a new family, Minutisphaeraceae, and two new species from North Carolina, USA. Mycologia, 107(4): 845–862. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16824] [ The following blocks are input data for analysis step 15264 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep15264; DIMENSIONS NTAX=330; TAXLABELS Aliquandostipite_crystallinus_EF175631 Aliquandostipite_crystallinus_EF175631 Aliquandostipite_crystallinus_GU266221 Aliquandostipite_crystallinus_GU266221 Aliquandostipite_crystallnius_EF175630 Aliquandostipite_crystallnius_EF175630 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175625 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175625 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175626 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175626 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175627 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175627 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175628 Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175628 Aliquandostipite_siamensiae_EF175645 Aliquandostipite_siamensiae_EF175645 Allewia_eureka_DQ677994 Allewia_eureka_DQ677994 Alternaria_alternata_DQ678031 Alternaria_alternata_DQ678031 Alternaria_sp._DQ678016 Alternaria_sp._DQ678016 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M25363] TITLE Minutisphaeraceae_SSU_LSU_data; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep15264; DIMENSIONS NCHAR=2050; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Pseudocercospora_fijiensis_DQ767652 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Pyrenophora_tritici_repentis_AY544716 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(Aliquandostipite_crystallinus_GU266221,(Aliquandostipite_crystallinus_EF175631,(((Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175625,(Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175627,Aliquandostipite_siamensiae_EF175645)),(Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175626,Aliquandostipite_khaoyaiensis_EF175628)),(((((((((((((((((((((((Allewia_eureka_DQ677994,((Alternaria_alternata_DQ678031,Alternaria_sp._DQ678016),(Lemonniera_pseudofloscula_DQ267631,Lemonniera_pseudofloscula_DQ267632))),((Cochliobolus_heterostrophus_AY544727,Cochliobolus_sativus_DQ677995),(Dendryphiella_arenaria_DQ471022,(Pleospora_herbarum_var_herbarum_DQ767648,Pleospora_herbarum_var_herbarum_DQ247812)))),(Pyrenophora_phaeocomes_DQ499595,Pyrenophora_tritici_repentis_AY544716)),Coniothyrium_obiones_DQ678001),((Coniothyrium_palmarum_DQ678008,Cucurbitaria_elongata_DQ678009),((Ophiosphaerella_herpotricha_DQ678010,Ophiosphaerella_herpotricha_DQ767650),(Phaeosphaeria_avenaria_AY544725,Phaeosphaeria_eustoma_DQ678011)))),Leptosphaeria_maculans_DQ470993),((Ascochyta_pisi_var_pisi_DQ678018,Phoma_herbarum_DQ678014),Didymella_cucurbitacearum_AY293779)),(((((Aquaticheirospora_lignicola_AY736377,Lentithecium_arundinaceum_DQ813513),(Lentithecium_aquaticum_FJ795477,((Tingoldiago_graminicola_AB521726,Tingoldiago_graminicola_AB521727),Tingoldiago_graminicola_AB521728))),((Ascorhombispora_aquatica_EU196548,Cheirosporium_triseriale_EU413954),Kirschsteiniothelia_elateascus_AY787934)),(Massaria_platani_DQ678013,Xylomyces_elegans_GU266234)),(((Bimuria_novae_zelandiae_AY016338,Phaeodothis_winteri_DQ678021),Montagnula_opulenta_AF164370),((Massarina_eburnea_AB521718,Massarina_eburnea_AF164367),Massarina_eburnea_AF164366)))),(Byssothecium_circinans_AY016339,(Herpotrichia_diffusa_DQ678019,((Herpotrichia_juniperi_DQ678029,(Lophiostoma_glabrotunicatum_FJ795481,Pleomassaria_siparia_DQ678027)),Trematosphaeria_pertusa_DQ678020)))),(((((Lophiostoma_arundinis_DQ782383,(Lophiostoma_crenatum_DQ678017,(Lophiostoma_macrostomum_AB521731,Lophiostoma_macrostomum_AB521732))),Trematosphaera_hydrophila_GU261721),(Massarina_australiensis_AF164364,Lophiostoma_heterospora_AY016354)),Massarina_bipolaris_AF164365),((Melanomma_radicans_U43461,Quintaria_lignatilis_QLU43462),(Preussia_terricola_AY544726,(Sporormiella_minima_DQ678003,Westerdykella_cylindrica_AY016355))))),(((Amiculicola_immersa_SSU_LSU_1,((Amniculicola_lignicola_EF49386,Amniculicola_parva_GU296134),Anguillospora_longissima_GU266222)),Semimassariosphaeria_typhicola_GU296174),Wicklowia_aquatica_GU266232)),((Lepidosphaeria_nicotiae_DQ678067,(Trematosphaeria_wegeliniana_GU261720,Ulospora_bilgramii_DQ678025)),Verruculina_enalia_DQ678028)),(((Lindgomyces_breviappendiculatus_AB521733,Lindgomyes_breviappendiculatus_AB521734),((Lindgomyces_cinctosporus_AB522430,Lindgomyces_cinctospora_R56_3),(((Lindgomyces_ingoldianus_AB521719,Lindgomyces_ingoldiana_AB521720),Lindgomyces_sp_AB521721),(Lindgomyces_rotundatus_AB521725,(Lindgomyces_rotundatus_AB521723,(Lindgomyces_rotundatus_AB521724,Lindgomyces_rotundatus_AB521722)))))),((Massariosphaeria_typhicola_AB521729,Massariosphaeria_typhicola_AB521730),Taeniolella_typhoides_GU266231))),Delitschia_winteri_DQ678026),((((Gloniopsis_praelonga_FJ161134,Gloniopsis_smilacis_FJ161135),(Mytilinidion_andinense_FJ16115,Mytilinidion_mytilinellum_FJ161144)),Lophium_mytilinum_DQ678030),Lepidopterella_palustris_GU266227)),((((Minutisphaera_aspera_G427_a,Minutisphaera_aspera_G427_b),((Minutisphaera_japonica_France,(Minutisphaera_japonica_AB733432,Minutisphaera_japonica_AB733433)),Minutisphaera_japonica_AB733434)),((Minutisphaera_fimbriatispora_HM196374,Minutisphaera_fimbriatispora_JX474865),Minutisphaera_fimbriatispora_HM196373)),(((Minutisphaera_parafimbriatispora_G156_4a,Minutisphaera_parafimbriatispora_G156_1b),Minutisphaera_parafimbriatispora_G156_4b),Minutisphaera_sp_G156_a))),(((Botryosphaeria_dothidea_DQ677998,(Botryosphaeria_ribis_DQ678000,Botryosphaeria_viticola_DQ678036)),Botryosphaeria_tsugae_AF271127),Guignardia_bidwellii_DQ678034)),((Aquaphila_albicans_DQ341093,((Helicomyces_roseus_DQ678032,Tubeufia_helicomyces_DQ767649),Tubeufia_cerea_DQ471034)),((((Capnodium_coffeae_DQ247808,Capnodium_salicinum_DQ677997),((Pseudocercospora_fijiensis_DQ767652,(Mycosphaerella_graminicola_DQ678033,Ramularia_endophylla_DQ471017)),Piedraia_hortae_AY016349)),((Elsinoe_phaseoli_DQ678042,Myriangium_duriaei_AY016347),Elsinoe_veneta_DQ678007)),((Dothidea_insculpta_DQ247810,Dothidea_sambuci_AY544722),Dothiora_cannabinae_DQ479933)))),(Hysteropatella_clavispora_DQ678006,Hysteropatella_elliptica_EF495114)),(Roccellographa_cretacea_DQ883705,Schismatomma_decolorans_AY548809)),(((Dendryphiopsis_atra_DQ677996,Kirschsteiniothelia_aethiops_AY016344),Sporidesmium_sp._GU266230),((Natipusilla_bellaspora_JX474868,(Natipusilla_bellaspora_JX474869,Ocala_scalariformis_GU266229)),((Natipusilla_decrospora_HM196376,((Natipusilla_limonensis_JX474870,Natipusilla_limonensis_JX474867),Natipusilla_limonensis_HM196377)),(Natipusilla_naponensis_HM196378,Natipusilla_naponensis_HM196379))))),((((Jahnula_aquatica_EF175632,Jahnula_aquatica_EF175633),Jahnula_granulosa_EF175638),Jahnula_rostrata_GU266226),(Jahnula_potamophila_GU266225,(Megalohypha_aqua_dulces_GU266228,Megalohypha_aqua_dulces_EF175668)))),((Brachiosphaeria_tropicalis_GU266223,Jahnula_seychellensis_EF175644),((Jahnula_appendiculata_GU266224,(((Jahnula_bipolaris_EF175637,Jahnula_seychellensis_EF175643),Jahnula_seychellensis_EF175642),Xylomyces_chlamydosporus_GU266233)),((Jahnula_bipileata_EF15634,Jahnula_bipileata_EF175635),(Jahnula_sangamonensis_EF175639,(Jahnula_sangamonensis_EF175640,Jahnula_sangamonensis_EF175641)))))))),Aliquandostipite_crystallnius_EF175630); 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr80155] END;