#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 13:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Skaloud P., Steinova J., Ridka T., Vancurova L., & Peksa O. 2015. Assembling the challenging puzzle of algal biodiversity: species delimitation within the genus Asterochloris (Trebouxiophyceae, Chlorophyta). Journal of Phycology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16886] [ The following blocks are input data for analysis step 15375 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep15375; DIMENSIONS NTAX=127; TAXLABELS Asterochloris_echinata_Peksa_185 Asterochloris_echinata_Peksa_185 Asterochloris_echinata_Peksa_186 Asterochloris_echinata_Peksa_186 Asterochloris_echinata_Peksa_551 Asterochloris_echinata_Peksa_551 Asterochloris_erici_Normore_375 Asterochloris_erici_Normore_375 Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910 Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910 Asterochloris_excentrica_UTEX_1714 Asterochloris_excentrica_UTEX_1714 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974 Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974 Asterochloris_friedlii_Peksa_225 Asterochloris_friedlii_Peksa_225 Asterochloris_friedlii_Peksa_234 Asterochloris_friedlii_Peksa_234 Asterochloris_friedlii_Peksa_235 Asterochloris_friedlii_Peksa_235 Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877 Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877 Asterochloris_gaertneri_Peksa_886 Asterochloris_gaertneri_Peksa_886 Asterochloris_gaertneri_Peksa_900 Asterochloris_gaertneri_Peksa_900 Asterochloris_glomerata_Peksa_498 Asterochloris_glomerata_Peksa_498 Asterochloris_glomerata_SAG_33_85 Asterochloris_glomerata_SAG_33_85 Asterochloris_glomerata_UTEX_1712 Asterochloris_glomerata_UTEX_1712 Asterochloris_glomerata_UTEX_895 Asterochloris_glomerata_UTEX_895 Asterochloris_irregularis_Talbot_153 Asterochloris_irregularis_Talbot_153 Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences Asterochloris_italiana_Hammer_7090 Asterochloris_italiana_Hammer_7090 Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204 Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204 Asterochloris_leprarii_Peksa_183 Asterochloris_leprarii_Peksa_183 Asterochloris_leprarii_Peksa_207 Asterochloris_leprarii_Peksa_207 Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_ Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_ Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences Asterochloris_lobophora_Peksa_192 Asterochloris_lobophora_Peksa_192 Asterochloris_lobophora_Peksa_194 Asterochloris_lobophora_Peksa_194 Asterochloris_lobophora_Peksa_233 Asterochloris_lobophora_Peksa_233 Asterochloris_lobophora_Peksa_866 Asterochloris_lobophora_Peksa_866 Asterochloris_magna_Ridka_PA3 Asterochloris_magna_Ridka_PA3 Asterochloris_magna_T51501 Asterochloris_magna_T51501 Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518 Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518 Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences Asterochloris_sp_Nelsen_2181b Asterochloris_sp_Nelsen_2181b Asterochloris_sp_Nelsen_2211a Asterochloris_sp_Nelsen_2211a Asterochloris_sp_Nelsen_2233f Asterochloris_sp_Nelsen_2233f Asterochloris_sp_Nelsen_2585 Asterochloris_sp_Nelsen_2585 Asterochloris_sp_Normore_4728 Asterochloris_sp_Normore_4728 Asterochloris_sp_Peksa_495 Asterochloris_sp_Peksa_495 Asterochloris_sp_Peksa_796 Asterochloris_sp_Peksa_796 Asterochloris_sp_Peksa_815 Asterochloris_sp_Peksa_815 Asterochloris_sp_Peksa_855 Asterochloris_sp_Peksa_855 Asterochloris_sp_Peksa_860 Asterochloris_sp_Peksa_860 Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870 Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870 Asterochloris_sp_Peksa_873 Asterochloris_sp_Peksa_873 Asterochloris_sp_Peksa_921 Asterochloris_sp_Peksa_921 Asterochloris_sp_Peksa_OP787 Asterochloris_sp_Peksa_OP787 Asterochloris_sp_Ridka_IH20 Asterochloris_sp_Ridka_IH20 Asterochloris_sp_Talbot_101 Asterochloris_sp_Talbot_101 Asterochloris_sp_Talbot_281 Asterochloris_sp_Talbot_281 Asterochloris_sp_Talbot_400 Asterochloris_sp_Talbot_400 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_ Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_ Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402 Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402 Asterochloris_woessiae_MACB_95602 Asterochloris_woessiae_MACB_95602 Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b Asterochloris_woessiae_Peksa_1008 Asterochloris_woessiae_Peksa_1008 Asterochloris_woessiae_Peksa_888 Asterochloris_woessiae_Peksa_888 Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 mask ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M25535] TITLE 'Asterochloris concatenated ITS rDNA - actin alignment'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep15375; DIMENSIONS NCHAR=1142; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Asterochloris_echinata_Peksa_185 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Asterochloris_erici_Normore_375 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Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATACTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTCTCACATCTTGTGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACATTTCAAATTAGCCAGCTAGCTTCATTGCTACCAAGTTGCTGATGCGCCTCTTTCGTCCTCT-TGTATGTGCGCAAGGCTGTAGGCACAAGCACCTGTCCTGGTGCTGCTTCTCTAGGATATGTTGACAGCTCCGTGTGCAGCTGTT-----TGCTTTGCTGGTGCATGTCACCCTCTCACAGTTGGAAGGCTGCTTCTCTGTGGATTGCATGCAGAGCGTGAAATAGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATTGAGAAGAGTTATGAGCTGCCTGACGGTCAGGTGGGCGGGGCAGGCTGCAATGCTGGCCTGCTGTCAGGATGTCAGCTACAGGC--------------TATTCTTGAGGGGTCTACAGAGCCTGCTGCGGGCCTCTGCGTGTGTTATCCAGGCCTGCAGGGCCTTGAGTTGCCGCAGTGGTGCTGTGGCAGGCTTGCCAATGTATTTGCTGGCTG-----ACCGAGCAGCACTGGTACTCACC?GCCTGCAGGCTGCGTTGCCCGCCTCTCCGCTGCCAGGTA------AACCCTGTGCTCACACCACCCTGCCTCTGCAGGT Asterochloris_excentrica_UTEX_1714 GCCTGGCAGCCAGAGGTTCTCCCTTTGGCGGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATAC--TGTGAAATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCGTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCTAGCTTCATTGCC-AAACTTTGCTGGTCTGTCTCGTTCACCCTCTCCTTGTGTGTGCAAGGCTCTCTGCGCAAGCACCTGCTCTGCTGCTTGGTGTCCAGGATGTGTTGGCAGCTTTGTGTGCAGCAGGCAGCTGTGCTCTTTTGGTGCATGGCGCCCCCATGTGGGCGATGGGCTGCTGCTCCACGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGCGACATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCGGGCCAGACTGCACTGCCAGCCTGCAGATGGATTGA-------------------------------------------ATGGCCGGGTTCCAGCCATGGCGCTTCCCAAGCGCATCTGCT---GCCAG-TCAGTAAAGCCGTGAGCA----------------GCAGATGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCACGGGTGCTCATCTGCATGCAGGATGCACTGCCCCCCTCCCCGCTACTGAGAACTGTGCAACCCTGTGCTCACACCACCCTGCTGCTGCAGGT Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960 GCCTGGCTGCCATAGGTTCACCCTTTGACAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCTCACTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGGCTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTCTCACATAC--TGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTCGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCCGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAACTT???????????????????????????????????????????????????????????--------------???????ACACCTGCCCTGCTGCTGGTGCCCCAGAATGCGTTGTCAGCTCTGTGTGCAGCCAGTGTCTGTGCTCTGCCGGTGCATGGCCCACTTCAACAGTCGGCAGCCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATCGAAAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGTCCGCACAGCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAATTCAGAGAGCACAAGTT--GAGACGATCATGGAGCTTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTCCAGGCCTGCAGCGGCTGGAATGGCCGTGTTGTGGCCATGGCAGGCTTGCAAGCATATCTGCTGCCAGTTAGTAGTGACTAGCACCGGTGCTCATCGGCATGCAGGAAGCACC-CTCGC????????????????????????????????????????????????????????? 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Asterochloris_friedlii_Peksa_234 GCCTGGCTGCCAGAGGTTCACCCTTTGACAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCTCACTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTCTCACATAC--TGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTCGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCCGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAACTT???????????????????????????????????????????????CCTCTCCTTGTG--------------TGCGCAGACACCTGCCCTGCTGCTGGTGCCCCAGAATGCGTTGTCAGCTCTGTGTGCAGCCAGTGTCTGTGCTCTGCCGGTGCATGGCCCACTTCAACAGTCGGCAGCCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATCGAAAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGTCCGCACAGCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAATTCAGAGAGCACAAGTT--GAGACGATCATGGAGCTTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTCCAGGCCTGCAGCGGCTGGAATGGCCGTGTTGTGGCCATGGCAGGCTTGCAAGCATATCTGCTGCCAGTTAGTAGTGACTAGCACCGGTGCTCATCGGCATGCAGGAAGCACC-CTCGCATCTCCGCTACTGGAGGCTGGGCAACCCTTTGATCACACCACCCGGCCGCTGCAGGT Asterochloris_friedlii_Peksa_235 GCCTGGCTGCCATAGGTTCACCCTTTGACAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCTCACTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTCTCACATAC--TGTGAGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTCGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCCGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAACTT???????????????????????????????????????????????CCTCTCCTTGTG--------------TGCGCAGACACCTGCCCTGCTGCTGGTGCCCCAGAATGCGTTGTCAGCTCTGTGTGCAGCCAGTGTCTGTGCTCTGCCGGTGCATGGCCCACTTCAACAGTCGGCAGCCTGCTTGTCTGTGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCAACCATCGAAAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGTCCGCACAGCCAGCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAATTCAGAGAGCACAAGTT--GAGACGATCATGGAGCTTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTCCAGGCCTGCAGCGGCTGGAATGGCCGTGTTGTGGCCATGGCAGGCTTGCAAGCATATCTGCTGCCAGTTAGTAGTGACTAGCACCGGTGCTCATCGGCATGCAGGAAGCACC-CTCGCATCTCCGCTACTGGAGGCTGGGCAACCCTTTGATCACACCACCCGGCCGCT?????? Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877 GCCTGGCTGCCAAAGGTTCACCCTTTGGCAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATACACTGTGAAATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTACAGGGACCGTTAGTCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCCAGCTGCATTGCC-----------GGTCTGCCTCATCCGCCCTCT-CTTGTGCCTGCAAGCCTTTCTGCACAAGCACCTGCCCTGCTGTTATGTCTCTAGGATGTATTGGCAGCTCTGTGTGCAGCAGGCTGCTGTGCTTTTCTGGTGCATGGTACCCTCTCACAGGTAGCAGGCTGCTTGTCTC-----TGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCTAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCGGGCCAGACTGCACTGCCATCATGCTGTCAGAGCGCCAGCCAGAGGC--------------AACTTTTGAGGAGTTC--AGTGTCTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTTCAGCCCTGCAGGGGCTTGAATGGC-GGGTTTTGGCCATGGCAGGCGTGCAAGCGTGTCTGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCACTGGTGCTCACCTGCATGCAGGATGCACTGCCACCATCCCAGCTACTGAGGACTGTGCAACCCCTTGCTCACACCACCCTGCCGCTGCAGGT Asterochloris_gaertneri_Peksa_886 GCCTGGCTGCCAAAGGTTCACCCTTTGGCAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATACACTGTGAAATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTACAGGGACCGTTAGTCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTT??????????????????????TTGCC-----------GGTCTGCCTCATCCGCCCTCT-CTTGTGCCTGCAAGCCTTTCTGCACAAGCACCTGCCCTGCTGTTATGTCTCTAGGATGTATTGGCAGCTCTGTGTGCAGCAGGCTGCTGTGCTTTTCTGGTGCATGGTACCCTCTCACAGGTAGCAGGCTGCTTGTCTC-----TGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCTAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCGGGCCAGACTGCACTGCCATCATGCTGTCAGAGCGCCAGCCAGAGGC--------------AACTCTTGAGGAGTTC--AGTGTCTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTTCAGCCCTGCAGGGGCTTGAATGGC-GGGTTTTGGCCATGGCAGGCGTGCAAGCGTGTCTGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCACTGGTGCTCACCTGCATGCAGGATGCACTGCCACCATCCCAGCTACTGAGGACTGTGCAACCCCTTGCTCACACCACCCTGCCGCTGCAGGT Asterochloris_gaertneri_Peksa_900 GCCTGGCTGCCAAAGGTTCACCCTTTGGCAGTCACCTGCAGCCCGGCTGGCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATTTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTGTCACATACACTGTGAAATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCCGAAATTCAGTGATACTACAGGGACCGTTAGTCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAATTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCCAGCTGCATTGCC-----------GGTCTGCCTCATCCGCCCTCT-CTTGTGCCTGCAAGCCTTTCTGCACAAGCACCTGCCCTGCTGTTATGTCTCTAGGATGTATTGGCAGCTCTGTGTGCAGCAGGCTGCTGTGCTTTTCTGGTGCATGGTACCCTCTCACAGGTAGCAGGCTGCTTGTCTC-----TGCATGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCTAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCGGGCCAGACTGCACTGCCATCATGCTGTCAGAGCGCCAGCCAGAGGC--------------AACTTTTGAGGAGTTC--AGTGTCTGCTGCTGGCCTCTGCGTGTGGTGTTCAGCCCTGCAGGGGCTTGAATGGC-GGGTTTTGGCCATGGCAGGCGTGCAAGCGTGTCTGCTGCCAGTCAGTAGTGAGCAGCACTGGTGCTCACCTGCATGCAGGATGCACTGCCACCATCCCAGCTACTGAGGACTGTGCAACCCCTTGCTCACACCACCCTGCCGCTGCAGGT Asterochloris_glomerata_Peksa_498 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGGCCGGCTGTCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTCCCATTCAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATAT--AGTGGGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCTGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAAGTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCTCGCTTCATTGCT-TGAAGTTGCTGGTCTGCCTGTTTTGCCCTCT-TTTGTGCGCGCAAGGCTGTCTGGGCCAGCACCTGTATTGCTGCCACTTTCCAAGGATCTGTTGGCATCTCTGTGTGCAGCTGGTTGCTGTGCTCTGCTGTTGCATAGTACCCTCTGACAGGCTGAAGGCTGATTTTCTGCAATTTGCACGCAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCTTCCAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGACTGCAATGCCAGCTTGCTGCCAGGGCGTCAGCCACATGC--------------AGTTCTTGAGGAGTCCACAGAGCCTGGTGCTGGCCTCTTTCTGTGGTGTCCAGGTCTGCAGGGGCATG--------------------GGTTGCCAGG-------ATTGGCTGCCTGTCAGTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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Asterochloris_glomerata_UTEX_895 GCCTGGCTGCCAAAGGT-C-CCCTTTGGCGGTCACCTGCAGGCCGGCTGTCTTGCCAGCCCGACTGTGGGGGCCGGGTTCACACCTGGCCGGCTGTTTCTTCCATTGAAACCAATATCTGAAGGCAATTGCTTGCTCACACGAGCGGCGACTAACAAAGACAACTCTCAACAACGGATATCTTGGCTCCCGCAACGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATACGTAGTGTGAATTGCAGAATTCCGTGAACCATCGAATCTTTGAACGCATATTGCGCCCCACGGCCTCGGCCCAGGGCATGTCTGCCTCAGCGTCTGTTTACCCCCTCTCCCCCCTTTCACATAT--AGTGGGATCGGGAAGGTTGTGGTCTTGTGCTGCGGCACTTGGCTGAAATTCAGTGACACTGCAGGGACCGTTAATCGGACTCCAGCTTGGTAGGCTTTTCCCTTGTGGAAGTATGCATGCCGCTGTTGGCCGTGGACCACTGCAGCTGTCAAGCAGGGAAACCTTTCAAATTAGCCAGCTCGCTTCATTGCT-TGAAGTTGCTGGTCTGCCTGTTTTGCCCTCT-TTTGTGCGCGCAAGGCTGTCTGGGCCAGCACCTGTATTGCTGCCACTTTCCAAGGATCTGTTGGCATCTCTGTGTGCAGCTGGTTGCTGTGCTCTGCTGTTGCATAGTACCCTCTGACAGGCTGAAGGCTGATTTTCTGCAATTTGCACACAGAGCGTGAAATTGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCTTCCAGCTCAACCATCGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGTGGGCTGGGCAGACTGCAATGCCAGCTTGCTGCCAGGGCGTCAGCCACATGC--------------AGTTCTTGAGGAGTCCACAGAGCCTGGTGCTGGCCTCTTTCTGTGGTGTCCAGGTCTGCAGGGGCATG--------------------GGTTGCCAGG-------ATTGGCTGCCTGTCAGTAGTGAGTGGCACGGATGCTCACCCGCCTGCAGGATGCACTGCTCCCCACTCAGCTGCCAGGGACTGTGCAACCCTTTGCTCACACTGCCCTGCCTCTGTAGGT Asterochloris_irregularis_Talbot_153 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Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences 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Asterochloris_woessiae_Peksa_888 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTGCATGGCACACT-CTCACAGTTGGCA-GGCTGCTTGTCTG-ACAT-CATG-G--TGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGCTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGT----GGGCTGAGCAGACTGCACACCCA-GCA-GCATGCTGTCAGGGTGTCAGCCACAGGCAACAGAAACAGCAGATGCTGAGAGAAGACCATGGGGCCTGCTG-CTGGCCACCGT--GTGTGTGGTCCAGGCCTGCTGCT-GCTGG-AATGGCCGTGTTGTGGCT---GGCAGGCTAGCAAGCATGCTTGCTGCCAGTCAGTAGAGCTGTGAGCAGCAGGC----TTGGCACTCACCAGCAGGCATGAAGATCCGCCCTGCTCTCCGC??????????????????????????????????????????????????????????????????? Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187 ???????????????????????GATCTTGCTGT-GTCTGCCATTTTGACC-----CTCTCCTTGTGTGCGCAATGC--TGTCTGCGCATGCACCTGCCCGGCTGCTGGTTCT-TG-CCAGGATGTGTTG--GCAGCTCTGCGTGCAGCT-GCGGCTGTCCT-GCA--------TTGCCGGTGCATGGCACACT-CTCACAGTTGGCA-GGCTGCTTGTCTG-ACAT-CACG-G--TGGACTGCATGCAGAGCGTGAAATCGTGCGGGATATCAAGGAGAAGCTGGCATATGTGGCTCTGGACTATGAGCAGGAGCTGGCCACAGCTGCGTCCAGTTCCACCATTGAGAAGAGCTATGAGCTGCCTGACGGACAGGT----GGGCTGGGCAGACTGCACACTCA-GCA-GCATGCTGTCAGGGTATCAGCCACAGGCAAC-----------ATGCTGAGAGAAGGCCATGGGGCCTGCTG-CTGGCCACCAT--GTGT----------------------------------------GGCT---GGCAGGCTAGCAAGCCTGTTTGCTGCCAGTCAGCAGAACTATGAGCAGCAGGC----CTGGTGCTCACCGGCAGGCATGAAGATCCGCCCTGCTCTCCGCTTT----GA---AGCTGTACA------ACCCTT---GGCTCACA-TG???????????????????? mask CCCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCCCC-----CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC----CCCCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC------------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCCCC-CCCC---------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC----CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCC----CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCC--CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----CCCCCCCCCC-------CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-----CCCCCCC------CCCCCC---CCCCCCCC----CCCCCCCCCCCCCCCCCCC ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 15375 ] BEGIN TREES; TITLE 'Bayesian analysis of concatenated ITS rDNA - actin alignment of Asterochloris'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep15375; TREE Fig._2 = [&R] (((((Asterochloris_glomerata_UTEX_895:0.028519,Asterochloris_glomerata_UTEX_1712:0.012776):0.006324,Asterochloris_glomerata_Peksa_498:0.006976):0.054731,Asterochloris_glomerata_SAG_33_85:0.031134):0.6396809999999999,(Asterochloris_sp_Talbot_281:0.107322,(Asterochloris_irregularis_Talbot_153:0.012634,Asterochloris_irregularis_UTEX_2236_and_2_additional_sequences:0.01262):0.039208):0.524506,((Asterochloris_magna_UTEX_902_and_Peksa_518:0.098517,(Asterochloris_magna_T51501:0.032176,Asterochloris_magna_Ridka_PA3:0.070658):0.069624):0.32327,(Asterochloris_erici_Normore_375:0.10805,Asterochloris_erici_UTEX_911_and_UTEX_910:0.045618):0.317451):0.1642):0.0750715,(((Asterochloris_sp_Peksa_860:0.416252,(Asterochloris_excentrica_UTEX_1714:0.768404,(Asterochloris_sp_Normore_4728:0.289421,((Asterochloris_leprarii_Peksa_207:0.013206,Asterochloris_leprarii_Peksa_183:0.004774):0.012172,Asterochloris_leprarii_Peksa_173_and_Peksa_204:0.005406):0.169255):0.218121):0.025371):0.05306,((Asterochloris_sp_Peksa_872_and_Peksa_870:0.004473,Asterochloris_sp_Peksa_873:0.012195):0.121207,(Asterochloris_gaertneri_Peksa_886:0.006782,(Asterochloris_gaertneri_Peksa_900:0.01305,Asterochloris_gaertneri_Peksa_236_and_Peksa_877:0.005098):0.01324):0.063724):0.268147):0.145298,((((Asterochloris_sp_Peksa_796:0.005664,Asterochloris_sp_Peksa_OP787:0.019989):0.326506,(Asterochloris_sp_Nelsen_2211a:0.243679,(Asterochloris_sp_Ridka_IH20:0.332529,(Asterochloris_sp_Nelsen_2181b:0.163309,Asterochloris_sp_Nelsen_2233f:0.103307):0.155757):0.064427):0.248623):0.055516,((((((Asterochloris_woessiae_Bayerova_3401_and_2_additional_sequences_:0.005393,Asterochloris_woessiae_Peksa_1008:0.011705):0.007687,Asterochloris_woessiae_Bayerova_3402:0.015603):0.029458,Asterochloris_woessiae_MACB_95602:0.02836):0.086755,Asterochloris_woessiae_Talbot_KIS_187:0.131904):0.026902,(Asterochloris_woessiae_Nelsen_2166a:0.060166,(Asterochloris_woessiae_Peksa_888:0.007237,Asterochloris_woessiae_Nelsen_3637b:0.015735):0.012142):0.076582):0.371114,(Asterochloris_friedlii_Peksa_225:0.026671,((Asterochloris_friedlii_Nelsen_3960:0.014691,Asterochloris_friedlii_Nelsen_3966:0.032433):0.00585,((Asterochloris_friedlii_Nelsen_3965:0.014387,Asterochloris_friedlii_Nelsen_3974:0.020559):0.005939,(Asterochloris_friedlii_Peksa_235:0.005567,Asterochloris_friedlii_Peksa_234:0.013145):0.005453):0.006072):0.015119):0.478136):0.037521):0.040676,(Asterochloris_sp_Nelsen_2585:0.500601,(((Asterochloris_sp_Peksa_921:0.013503,Asterochloris_sp_Peksa_815:0.017662):0.022381,Asterochloris_sp_Talbot_101:0.061714):0.388973,((Asterochloris_italiana_CCAP_519_5B_and_2_additional_sequences:0.076601,Asterochloris_italiana_Hammer_7090:0.028617):0.270915,((((Asterochloris_echinata_Peksa_551:0.012411,Asterochloris_echinata_Peksa_185:0.005718):0.008436,Asterochloris_echinata_Peksa_186:0.009484):0.264826,(Asterochloris_sp_Peksa_495:0.01091,Asterochloris_sp_Peksa_855:0.005707):0.344284):0.039213,(Asterochloris_sp_Talbot_400:0.113309,(Asterochloris_phycobiontica_and_3_additional_sequences:0.079915,((Asterochloris_lobophora_Nelsen_3950_:0.027345,Asterochloris_lobophora_Peksa_192:0.004742):0.012035,((Asterochloris_lobophora_Peksa_866:0.011441,Asterochloris_lobophora_Peksa_194:0.011764):0.005091,(Asterochloris_lobophora_Peksa_233:0.018618,Asterochloris_lobophora_Peksa_182_and_2_additional_sequences:0.004893):0.004999):0.019069):0.04715):0.072844):0.208728):0.026253):0.04193):0.046988):0.013292):0.130681):0.0750715); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr80712] END;