#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 10, 2024; 19:21 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sherwood A., & Sheath R. 2003. Systematics of the Hildenbrandiales (Rhodophyta): gene sequence and morphometric analyses of global collections. Journal of Phycology, 39(2): 409-422. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S921] [ The following blocks are input data for analysis step 1542 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1542; DIMENSIONS NTAX=36; TAXLABELS Apophlaea_lyallii Apophlaea_sinclairii Hildenbrandia_angolensis_CR20 Hildenbrandia_angolensis_CR24 Hildenbrandia_angolensis_FL63 Hildenbrandia_angolensis_PHI1 Hildenbrandia_crouanii_GERSW1 Hildenbrandia_crouanii_SCOSW1 Hildenbrandia_crouanii_SCOSW4 Hildenbrandia_crouanii_URUSW1 Hildenbrandia_lecannellieri_CHIS Hildenbrandia_lecannellieri_SASW Hildenbrandia_occidentalis_BCSW4 Hildenbrandia_rivularis_GER1 Hildenbrandia_rivularis_IR11 Hildenbrandia_rivularis_SPA2 Hildenbrandia_rivularis_WAL2 Hildenbrandia_rivularis_WAL3 Hildenbrandia_rubra_BCSW2 Hildenbrandia_rubra_CASW1 Hildenbrandia_rubra_CRSW2 Hildenbrandia_rubra_FRASW1 Hildenbrandia_rubra_MASW1 Hildenbrandia_rubra_MEXSW2 Hildenbrandia_rubra_NEDSW1 Hildenbrandia_rubra_NFSW1 Hildenbrandia_rubra_NORSW1 Hildenbrandia_rubra_NSSW1 Hildenbrandia_rubra_ORSW2 Hildenbrandia_rubra_SWESW1 Hildenbrandia_rubra_WALSW3 Hildenbrandiales_outgroup_1 Hildenbrandiales_outgroup_2 Hildenbrandiales_outgroup_3 Hildenbrandiales_outgroup_4 Hildenbrandiales_outgroup_5 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M411] TITLE rbcL_Hildenbrandiales; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1542; DIMENSIONS NCHAR=1010; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Hildenbrandiales_outgroup_3 AGTCCTGATCAATATTTCGCATATATCGCTTATGATATTGACCTATTTGAAGAAGGTTCAATTGCTAACTTAACAGCTTCAATCATCGGTAACGTATTCGGTTTCAAAGCAGTTAAAGCTCTTCGTCTAGAAGACATGCGTATCCCTGTAGCTTACTTAAAAACATTCCAAGGTCCAGCTACTGGTGTTGTTGTAGAACGTGAACGTATGAACAACTTTGGTCGTCCTTTACTAGGTGCTACTGTAAAACCTAAATTAGGTTTATCTGGTAAAAACTATGGCCGTGTAGTTTACGAAGGTCTAAAAGGCGGTCTAGATTTCCTAAAAGATGACGAAAACATTAACTCACAACCATTTATGCGTTGGAGAGAACGTTTCCTATTCTGTATGGAAGGTGTTAACCGTGCTTCAGCTTCAAGCGGTGAAGTAAAAGGACACTACCTAAACGTAACTGCTGCTACAATGGAAGATATGTACGAACGTGCAGAATTTTCTAAAGAAGTTGGTAGCATCATTTGTATGATCGACTTAGTAATCGGTTATACTGCGATTCAATCAATGGCAAAATGGGCTCGTAAGAATGATATGATTCTTCACTTACACCGTGCAGGTAACTCTACTTATTCTAGACAAAAGAACCATGGTATGAATTTCCGTGTAATTTGTAAGTGGATGCGTATGGCAGGTGTTGACCATATTCACGCAGGTACTGTTGTAGGTAAACTAGAAGGGGATCCTCTAATGATTAAAGGTTTCTATAACACTCTTCTAGAGCCACATCTAAATATTAACCTTCCTGAAGGTCTATTCTTCGAACAAAACTGGGCTTCTTTAAGAAAAGTAATGCCAGTTGCTTCTGGTGGTATTCATTGTGGTCAAATGCACCAACTTATTGATTATCTAGGTGATGACGTTGTATTACAATTCGGTGGTGGTACTATTGGTCACCCAGATGGTATTCAAGCAGGTGCTACTGCAAACCGTGTTGCTTTAGAATCTATGCTTTTAGC Hildenbrandiales_outgroup_4 GTTGCAGATCAATACTTTGCTTATATCGCTTATGATATTGATTTATTTGAAGAAGGTTCAATTGCAAACTTAACTGCTTCCATTATTGGTAACGTTTTTGGATTTAAAGCTGTTAAAGCTCTTCGCCTAGAAGATATGCGTATGCCAGTAGCTTATCTGAAAACTTTCCAAGGTCCAGCAACTGGACTAATTGTAGAACGTGAGCGTATGGACAAATTCGGTAGACCTTTCCTAGGTGCTACAGTAAAACCTAAATTAGGTCTTTCTGGTAAAAACTACGGAAGAGTTGTATATGAAGGTCTTAAAGGTGGACTAGATTTCCTTAAAGATGATGAAAATATTAACTCCCAGCCATTTATGCGTTGGAGAGAAAGATATCTTTACTCTATGGAAGGTGTTAACAAAGCATCTGCTGCTGCTGGTGAAATTAAGGGACACTACCTTAACGTAACTGCTGCAACTATGGAAGATATGTACGAAAGAGCAGAATTCTCTAAAGTAGTTGGTAGTATCATCTGTATGATCGACCTTGTAATTGGTTATACTGCAATTCAAAGTATGGCAATCTGGGCTCGTAAAAATGATATGATTCTCCATTTACATAGAGCAGGTAACTCTACTTACTCTCGTCAAAAGAATCATGGTATGAACTTCCGAGTTATCTGTAAATGGATGCGTATGGCAGGTGTTGACCATATTCACGCAGGAACAGTTGTAGGTAAATTAGAAGGTGATCCTTTAATGATTAAAGGTTTCTACAATACTCTACTTGAAAGTGAAACAGATATTAACCTACCTCAAGGTTTATTCTTTGCTCAAAACTGGGCATCTCTACGTAAAGTTGTACCTGTAGCTTCTGGCGGTATTCACGCTGGTCAAATGCACCAACTTCTAGATTACTTAGGTGATGATGTAGTTCTTCAGTTTGGTGGTGGTACAATTGGACACCCTGATGGTATTCAAGCCGGTGCGACTGCGAATAGAGTAGCATTAGAATCCATGGTTATGGC Hildenbrandiales_outgroup_5 TCTGACGACCAATTCTTTGCATACATTGCGTACGACATCGACTTATTTGAAGAAGGTTCTATCGCAAACCTTACAGCATCTATTATCGGTAACGTATTTGGATTTAAAGCTGTTAAAGCTTTACGTCTAGAAGATATGCGCCTGCCAGTTGCATACCTAAAGACTTTCCAAGGTCCAGCAACAGGTGTTGTTGTAGAACGTGAACGTATGAATAACTACGGTCGTCCTCTACTTGGTGCTACTGTTAAACCTAAATTAGGTCTATCTGGTAAGAACTACGGGCGAGTTGTATACGAAGGACTTAAAGGCGGTCTTGACTTCCTTAAGGACGATGAAAACATTAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGAGCGTTATTTATTTGCGATGGAAGGTGTAAATCGTGCCAGCGCAGGTACCGGTGAAACTAAGGGGCACTACCTTAACATCACAGCTGCTACAATGGAAGATATGTACGAACGTGCAGAATTTTCGAAAGAAGTAGGAAGCATCATATGTATGATCGACCTTGTAATCGGCTATACCGCGATCCAATCAATGGCTAAATGGTCTCGTGCAAATGACATGATCCTTCACTTACACAGAGCTGGTAACTCAACCTACTCTCGTCAGAAGAATCATGGTATGAACTTCCGCGTAATCTGTAAGTGGATGCGTATGGCTGGTGTTGACCACATTCACGCTGGTACAGTGGTGGGTAAACTAGAGGGTGATCCTTTAATGATTAAAGGTTTCTACAACACTCTACTTTGTGGCAGAACAGAAATAAACCTTCCAGAAGGTATTTTCTTTGACCAAGATTTCGCATCTCTACGTAAGGTAATGCCAGTAGCTTCTGGTGGTATCCACGCTGGTCAAATGCACCAATTGCTTCACTACTTAGGTGACGACGTAGTCCTACAATTTGGTGGTGGTACAATTGGTCATCCAGACGGAATTCAAGCAGGTGCAACTGCTAATCGTGTAGCACTAGAATGCATGGTGATAGC ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_Hildenbrandiales) = N: 1-1010; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = rbcL_Hildenbrandiales) = N: 1-1010; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1542 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6318; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1542; TREE Fig._4 = [&R] (Apophlaea_sinclairii,(Apophlaea_lyallii,(((Hildenbrandia_rubra_BCSW2,(Hildenbrandia_rubra_FRASW1,((Hildenbrandia_rubra_CASW1,(Hildenbrandia_rubra_MEXSW2,Hildenbrandia_rubra_ORSW2)),Hildenbrandia_rubra_CRSW2))),Hildenbrandia_rubra_WALSW3),(((((Hildenbrandia_lecannellieri_CHIS,Hildenbrandia_lecannellieri_SASW),(((Hildenbrandiales_outgroup_5,Hildenbrandiales_outgroup_1),Hildenbrandiales_outgroup_3),(Hildenbrandiales_outgroup_4,Hildenbrandiales_outgroup_2))),(Hildenbrandia_angolensis_FL63,Hildenbrandia_rubra_SWESW1)),(((Hildenbrandia_rubra_NEDSW1,(Hildenbrandia_rubra_MASW1,Hildenbrandia_rubra_NORSW1)),(Hildenbrandia_crouanii_GERSW1,(Hildenbrandia_rubra_NFSW1,Hildenbrandia_crouanii_SCOSW1))),(Hildenbrandia_rubra_NSSW1,Hildenbrandia_crouanii_SCOSW4))),((((Hildenbrandia_angolensis_CR20,Hildenbrandia_angolensis_CR24),((Hildenbrandia_rivularis_GER1,(Hildenbrandia_rivularis_IR11,(Hildenbrandia_rivularis_SPA2,Hildenbrandia_rivularis_WAL3))),Hildenbrandia_rivularis_WAL2)),Hildenbrandia_angolensis_PHI1),(Hildenbrandia_occidentalis_BCSW4,Hildenbrandia_crouanii_URUSW1)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr798] END;