#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 05, 2025; 18:15 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Trappe M.J., Smith M.E., & Hobbie E. 2015. Exploring the phylogenetic affiliations and the trophic mode of Sedecula pulvinata (Sedeculaceae). Mycologia, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S16950] [ The following blocks are input data for analysis step 15441 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep15441; DIMENSIONS NTAX=32; TAXLABELS Athelia_arachnoidea_AF518702 Austropaxillus_sp_DQ534578 Austropaxillus_statuum_AD001616 Boletellus_projectellus_DQ534582 Boletinellus_merulioides_DQ534581 Boletus_edulis_HQ326879 Bondarcevomyces_taxi_DQ534583 Chalciporus_piperatoides_AD001576 Chroogomphus_vinicolor_AD001578 Coniophora_arida_AD001579 Coniophora_puteana_AD001580 Fibulorhizoctonia_sp_DQ534586 Hygrophoropsis_aurantiaca_AD001595 Leccinum_manzanitae_HQ326881 Leucogyrophana_mollusca_DQ534590 Melanogaster_tuberiformis_AD001609 Phylloporus_rhodoxanthus_AD001618 Pisolithus_arhizus_AD001620 Pseudomerulius_aureus_DQ534591 Rhizopogon_subcaerulescens_AD001629 Scleroderma_citrinum_AF393149 Sedecula_pulvinata_KJ882294 Sedecula_pulvinata_KJ882295 Sedecula_pulvinata_KJ882296 Serpula_himantioides_AD001636 Serpula_incrassata_AD001638 Serpula_incrassata_AD001639 Suillus_granulatus_DQ534592 Tapinella_panuoides_AD001645 Truncocolumella_citrina_AD001655 Tylopilus_felleus_HQ326885 Xerocomus_chrysenteron_AD001659 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M25736] TITLE Sedecula_mtLSU_dataset; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep15441; DIMENSIONS NCHAR=377; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Athelia_arachnoidea_AF518702 TCATAAGTTTGACGACAAGA-GGAACCTAT-------ATGCTACAAGTTACGTTTACTAATTTGT--ACTACATGTAGGTGTCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACATAAATCGCTGCAATCATGTAAATGATAGTATAGCGATTGAAATTTGCCCGATGCCATTAACTAAAG-AGAGGTGATAG-GAAACTGTTACTGATTAAACGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATGTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--ATCTGATG Austropaxillus_sp_DQ534578 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CCAC----TTTCTAACTTTA-ATAACTCCT-------GTTAA----------------TGTAAGTCTTAAAAAAGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGCAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCAATGCCATCAGCATAAG-AGACGTAATAG-GAAACTGTTAAATATCGAAAGCCTGGTTAATAGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCAGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTG?AATTGAATTGTGAGTGCAGATGCTCACT--ACTCGCAG Pseudomerulius_aureus_DQ534591 TCAT----AGTTTGAAATAA-CCAAATTCTATTAGTAATTATAAAA----------CTAAGTTATTTTCTTATAGT-GATGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAA-AGAGGTAATAG-GTCACTGTTACTAATTGAAAGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--ACCTCCAG Rhizopogon_subcaerulescens_AD001629 CCAT---TTTTAAGAAATTA-ATAACTCC--------ATTGAA------------TTTTATTAATCTCTTTT--GT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAACGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAG-AGAAGTGATGG-GTAACTGTTAATTATCGAAAATCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCACCAG Scleroderma_citrinum_AF393149 CCAC-----TTTCTAATTTTAATAACTCCT-------GTTAA----------------TATTAGTCTTA---AAGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCACGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCAATGCCATCAGCATAAG-AGACGTAATGG-GAAACTGTTAAATATCGAAAGCCTGGTTAATAGCGGTCTTAACCATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTGTGAGTGCAGATGCTCACT--ACTCGCAG Sedecula_pulvinata_KJ882294 CTATTAGTATTTAGAATAAATATAAGACTTCTTCCTTATTC------------------------TTTATATTAGT-AGTGGCACAAAAATGGGAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAAAGACGTAAGTCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCTCAATGTCCGTAGCATAAA-ATTAGTAATTG-GCAACAGTTACGACTTGAAAGCCGGATGAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATCAATTGGCCGTTAAATGCGGTCCGGAATCAATAATTTAACGATGGCTCTGCTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTGCACGTGCAGATGCGTGCGCAACCATCAG Sedecula_pulvinata_KJ882295 CTATTAGTATTTAGAATAAATATAAGACTTCTTCCTTATTC------------------------TTTATATTAGT-AGTGGCACAAAAATGGGAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAAAGACGTAAGTCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCTCAATGTCCGTAGCATAAA-ATTAGTAATTG-GCAACAGTTACGACTTGAAAGCCGGATGAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATCAATTGGCCGTTAAATGCGGTCCGGAATCAATAATTTAACGATGGCTCTGCTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTGCACGTGCAGATGCGTGCGCAACCATCAG Sedecula_pulvinata_KJ882296 CTATTAGTATTTAGAATAAATATAAGACTTCTTCCTTATTC------------------------TTTATATTAGT-AGTGGCACAAAAATGGGAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAAAGACGTAAGTCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCTCAATGTCCGTAGCATAAA-ATTAGTAATTG-GCAACAGTTACGACTTGAAAGCCGGATGAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATCAATTGGCCGTTAAATGCGGTCCGGAATCAATAATTTAACGATGGCTCTGCTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTGCACGTGCAGATGCGTGCGCAACCATCAG Serpula_himantioides_AD001636 CCAC-----TTTTTGAATAA-ATAACTCC--------ATTGGAATAT------TTTCTAATTATTCTCTTAACTGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAG-AGAGGTAATGG-GTAACTGTTACTTATCGAAAGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCTCCAG Serpula_incrassata_AD001638 -----------------TAA-ATAACTCC--------ATTAGAAAATTTAATTTTTCTAATTATTCTCTAAAATGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACT?TTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCAATGCCATTAATATAAG-AGAGGTAATAG-GTAACTGTTACTTATCGAAAGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTG---------------------- Serpula_incrassata_AD001639 CCAC-----TTTTCGAATAA-ATAACTCC--------ATTAGAAAATTTAATTTTTCTAATTATTCTCTAAAATGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCAATGCCATTAATATAAG-AGAGGTAATAG-GTAACTGTTACTTATCGAAAGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCTCCAG Suillus_granulatus_DQ534592 CCAT---TTTTAAGAAATTA-ATAACTCC--------ATTGAA------------TTTTATTAATCTCTTTT--GT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAACGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAG-AGAAGTGATGG-GTAACTGTTAATTATCGAAAATCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCACCAG Tapinella_panuoides_AD001645 CCAC-----TTTTTGAATAA-ATAACTCC--------ATTGGAATAT------TTTCTAATTATTCTCTTAACTGT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAG-AGAGGTAATGG-GTAACTGTTACTTATCGAAAGTCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCAAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCTCCAG Truncocolumella_citrina_AD001655 CCAT---TTTTAAGAAATTA-ATAACTCC--------ATTGAA------------TTATATTAATCTCTTTT--GT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAGCTATCTGCAACGATGTAAATCATAGTATAGGTAGTGAGGTTTGCCCGATGCCATTAATATAAG-AGAAGTGATGG-GTAACTGTTAATTATCGAAAATCTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--GCCACCAG Tylopilus_felleus_HQ326885 CCAAGAATCTTAGTAAATTA-ATAACTCCT-------ATTAA-----------------------TTTATTTATAT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATTATGAAAATAATAGTATAGGTAGTGAGATTTGCCCAATGCCATATTAATAAGTAATAATAATAG-GTAACTGTTTCTTTACAAAAAATTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCGGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGACTTACCAATGCAGATGC---TT---------- Xerocomus_chrysenteron_AD001659 CCATGAATTTTAGTAATTTA-ATAACTCCT-------ATTAA-----------------------TTTATTTATAT-GGTGGCACAAAATCGGAAGCCCCGACTGTTTACTAAAAACACAACTATCTGCAATTATGAAAATAATAGTATAGGTAGTGAGATTTGCCCAATGCCATATTCATAAGTAATAATAATGG-GTAACTGTTTCTTTACAAAAAATTGGTTAATAGCGGTCTTAACTATGAGGATCCTAAGGTAGCAAAATAAATTGGCCATTAAATGTGGTCCAGTATCAATAATTTAACGATGGCTTCACTGTCTCTACAACTTGCTCAGTGAAATTGAATTACCCGTGCAGATGCGGGTT--ACCTCAAA ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 15441 ] BEGIN TREES; TITLE Sedecula_mtLSU; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep15441; TREE best = [&R] ((Pseudomerulius_aureus_DQ534591:0.0516026,(((Tapinella_panuoides_AD001645:1.0E-8,Serpula_himantioides_AD001636:1.0E-8):0.00961876,((Austropaxillus_statuum_AD001616:0.02022539,Austropaxillus_sp_DQ534578:0.01788809):0.02612878,(Serpula_incrassata_AD001638:1.0E-8,Serpula_incrassata_AD001639:1.0E-8):0.0066352):0.00643804):0.00766891,((Hygrophoropsis_aurantiaca_AD001595:0.06350363,Leucogyrophana_mollusca_DQ534590:0.00268765):0.01756257,((((Suillus_granulatus_DQ534592:1.0E-8,((Chroogomphus_vinicolor_AD001578:1.0E-8,Melanogaster_tuberiformis_AD001609:1.0E-8):1.0E-8,Truncocolumella_citrina_AD001655:0.00324682):1.0E-8):1.0E-8,Rhizopogon_subcaerulescens_AD001629:1.0E-8):0.0250042,(((Bondarcevomyces_taxi_DQ534583:0.01263337,(Tylopilus_felleus_HQ326885:0.01232075,Leccinum_manzanitae_HQ326881:0.00937119):0.00653268):0.00428808,(Boletellus_projectellus_DQ534582:1.0E-8,((Boletus_edulis_HQ326879:0.00333419,Phylloporus_rhodoxanthus_AD001618:0.00994459):1.0E-8,Xerocomus_chrysenteron_AD001659:0.00669623):0.00325572):0.00312507):0.00884976,Chalciporus_piperatoides_AD001576:0.03867052):0.11430747):0.01492112,((Coniophora_puteana_AD001580:0.02375762,(Coniophora_arida_AD001579:1.0E-8,(Sedecula_pulvinata_KJ882296:1.0E-8,(Sedecula_pulvinata_KJ882294:1.0E-8,Sedecula_pulvinata_KJ882295:1.0E-8):1.0E-8):0.03033146):0.00655558):0.29081877,(Boletinellus_merulioides_DQ534581:0.06491263,(Scleroderma_citrinum_AF393149:0.00978884,Pisolithus_arhizus_AD001620:0.03346788):0.05520736):0.03829523):0.03570619):0.02194714):0.00831988):0.0465173):0.11979441,(Athelia_arachnoidea_AF518702:1.0E-8,Fibulorhizoctonia_sp_DQ534586:0.01494189):0.11979441); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr81026] END;