#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 27, 2024; 21:39 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Lavin M., Wojciechowski M., Gasson P., Hughes C., & Wheeler E. 2003. Phylogeny of robinioid legumes (Fabaceae) revisited: Coursetia and Gliricidia recircumscribed, and a biogeographical appraisal of the Caribbean endemics. Systematic Botany, 28(2): 387-409. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S935] [ The following blocks are input data for analysis step 1571 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1571; DIMENSIONS NTAX=178; TAXLABELS Anthyllis_vulneraria Coursetia_andina Coursetia_axillaris_121087 Coursetia_axillaris_271287 Coursetia_brachyrhachis_2169 Coursetia_brachyrhachis_2173 Coursetia_brachyrhachis_32032 Coursetia_brachyrhachis_40537 Coursetia_brachyrhachis_Lewis Coursetia_cajamarcana Coursetia_caribaea_1064 Coursetia_caribaea_1065 Coursetia_caribaea_4603 Coursetia_caribaea_892 Coursetia_caribaea_chiap_011288 Coursetia_caribaea_chiap_4514 Coursetia_caribaea_ochroleuca Coursetia_caribaea_trifoliolata Coursetia_chiapensis Coursetia_dubia_924 Coursetia_dubia_925 Coursetia_dubia_926 Coursetia_elliptica Coursetia_ferruginea_613 Coursetia_ferruginea_Hughes Coursetia_fruticosa_920 Coursetia_fruticosa_921 Coursetia_glabella Coursetia_glandulosa_195 Coursetia_glandulosa_4671 Coursetia_glandulosa_5347 Coursetia_gracilis Coursetia_grandiflora_1066 Coursetia_grandiflora_1067 Coursetia_grandiflora_616 Coursetia_grandiflora_928 Coursetia_grandiflora_929 Coursetia_hassleri_13478 Coursetia_hassleri_5805 Coursetia_hassleri_5809 Coursetia_hassleri_6937 Coursetia_hidalgoana Coursetia_hintonii_1030 Coursetia_hintonii_1038 Coursetia_insomniifolia_5732 Coursetia_insomniifolia_5732a Coursetia_madrensis Coursetia_maraniona_1011 Coursetia_maraniona_745 Coursetia_maraniona_779 Coursetia_maraniona_948 Coursetia_maraniona_958 Coursetia_mollis_1031 Coursetia_mollis_1039 Coursetia_mollis_1048 Coursetia_mollis_1049 Coursetia_oaxacensis Coursetia_paniculata Coursetia_planipetiolata Coursetia_polyphylla Coursetia_pumila_5006 Coursetia_pumila_5029 Coursetia_rostrata_1062 Coursetia_rostrata_611 Coursetia_rostrata_930 Coursetia_vicioides Genistidium_dumosum_1501 Genistidium_dumosum_210890 Genistidium_dumosum_Powell Gliricidia_brenningii_1009 Gliricidia_brenningii_1012 Gliricidia_brenningii_1015 Gliricidia_brenningii_1194 Gliricidia_brenningii_1199 Gliricidia_brenningii_993 Gliricidia_ehrenbergii_114_92 Gliricidia_ehrenbergii_92_92 Gliricidia_maculata_42_85 Gliricidia_maculata_42_87 Gliricidia_maculata_42_87_1 Gliricidia_maculata_43_87 Gliricidia_robusta_1186 Gliricidia_robusta_Sousa Gliricidia_sepium_11_86 Gliricidia_sepium_12_96 Gliricidia_sepium_41_85 Hebestigma_cubense_5611 Hebestigma_cubense_7144a Lennea_melanocarpa Lennea_modesta Lennea_viridiflora Lotus_unifoliolatus Olneya_tesota_011288 Olneya_tesota_121088 Olneya_tesota_877 Olneya_tesota_AF450158 Ornithopus_compressus Peteria_glandulosa_1502 Peteria_glandulosa_1504 Peteria_scoparia Peteria_thompsoniae_6157 Peteria_thompsoniae_7048_2 Poissonia_heterantha_5785 Poissonia_heterantha_5800 Poissonia_heterantha_5832 Poissonia_heterantha_5843 Poissonia_heterantha_5856 Poissonia_heterantha_5860 Poissonia_heterantha_5862 Poissonia_hypoleuca_121088 Poissonia_hypoleuca_231089 Poissonia_hypoleuca_5787 Poissonia_hypoleuca_5814 Poissonia_orbicularis_922 Poissonia_orbicularis_923 Poissonia_weberbaueri_917 Poissonia_weberbaueri_918 Poissonia_weberbaueri_949 Poissonia_weberbaueri_950 Poitea_campanilla_8032_1 Poitea_campanilla_8032_2 Poitea_campanilla_8033_1 Poitea_campanilla_8033_3 Poitea_carinalis_011288 Poitea_carinalis_7150 Poitea_dubia Poitea_florida_8005 Poitea_florida_8012 Poitea_florida_8014 Poitea_florida_8015 Poitea_florida_8017 Poitea_galegoides_8021 Poitea_galegoides_8031_1 Poitea_galegoides_8031_2 Poitea_glyciphylla_8030_1 Poitea_glyciphylla_8030_4 Poitea_gracilis_7138 Poitea_gracilis_7142 Poitea_gracilis_7146_3 Poitea_gracilis_7146_4 Poitea_immarginata_7104 Poitea_immarginata_7105 Poitea_multiflora Poitea_paucifolia_8006 Poitea_paucifolia_8008 Poitea_paucifolia_8009 Poitea_paucifolia_8024 Poitea_paucifolia_8026 Poitea_punicea_8003 Poitea_punicea_8004 Poitea_punicea_8007 Poitea_stenophylla Robinia_hispida_010688 Robinia_hispida_140588 Robinia_neomexicana_190789 Robinia_neomexicana_717 Robinia_neomexicana_rusbyi_1598a Robinia_neomexicana_rusbyi_1598b Robinia_neomexicana_rusbyi_1598c Robinia_neomexicana_rusbyi_1598d Robinia_neomexicana_rusbyi_1598e Robinia_pseudoacacia_220488 Robinia_pseudoacacia_Hu Robinia_viscosa Securigera_varia Sesbania_cannabina Sesbania_drummondii Sesbania_emerus Sesbania_grandiflora Sesbania_tomentosa_oricola_1 Sesbania_tomentosa_oricola_2 Sesbania_tomentosa_oricola_3 Sesbania_tomentosa_polihaliensis_1 Sesbania_tomentosa_polihaliensis_2 Sesbania_vesicaria Sphinctospermum_constrictum_5120 Sphinctospermum_constrictum_5120a Sphinctospermum_constrictum_98_547 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M433] TITLE ITS_5.8s; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1571; DIMENSIONS NCHAR=751; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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TCATTGTCGATGCCTCA--AAAGCAAATCGACCCGTGAACTCGTT-AGCTA---CACATCCACCAA------------CGCTGGCCCCGTATGCC------CTGTGCCCAGGCTCAGGCACACG{AG}GGCT--------------------------------GGCTA---AAACACAAA-CCCC-GGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTACAAC-----TCGTATGCTGCCCCCGTTG--ACCCG-----GAGACGGTGCTCGTGCGGGGGGAGCAACACGTCA-TTACT-AAACACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCTCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACATCGTTGCCCC--AAC----GCCAACCACACAC----------GTGTG-TGTGTCGTGACGTGCGGGGTG-GAA-GTTGGCCTCCCGTGAGCG--AGGCCTCATGGATGGTTGAAAA-TTGAGCCCTTGGTGCAGTCTGTGCCATGACATC{CT}GGTGG-AT-GAGTCATCACATGCTC-GAGA-CCGA-TCATGCA-CAAACCCA-CCTATTTTTGGCTCCAAGA---GTAACCCACA--CGCGTCCCATTTCATAGGAACGCTC-TTAACGAGACCTCAGGTCAGGCGG Sesbania_tomentosa_polihaliensis_2 TCATTGTCGATGCCTCA--AAAGCAAATCGACCCGTGAACTCGTT-AGCTA---CACATCCACCAA------------CGCTGGCCCCGTATGCC------CTGTGCCCAGGCTCAGGCACACG{AG}GGCT--------------------------------GGCTA---AAACACAAA-CCCC-GGCGCTGAATGCGCCAAGGAACTACAAC-----TCGTATGCTGCCCCCGTTG--ACCCG-----GAGACGGTGCTCGTGCGGGGGGAGCAACACGTCA-TTACT-AAACACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCTCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACATCGTTGCCCC--AAC----GCCAACCACACAC----------GTGTG-TGTGTCGTGACGTGCGGGGTG-GAA-GTTGGCCTCCCGTGAGCG--AGGCCTCATGGATGGTTGAAAA-TTGAGCCCTTGGTGCAGTCTGTGCCATGACATC{CT}GGTGG-AT-GAGTCATCACATGCTC-GAGA-CCGA-TCATGCA-CAAACCCA-CCTATTTTTGGCTCCAAGA---GTAACCCACA--CGCGTCCCATTTCATAGGAACGCTC-TTAACGAGACCTCAGGTCAGGCGG Sesbania_vesicaria TCATTGTCGATGCCTCA--AAAGCAATCCGACCCGTGAACTCGTTCTCTCA---CAGTAAT-TGAA------------CGCTGGCCGCGCGG---------CCCGGCCTCGGT--GGGTCGTGCGTGCT--------------------------------GGCCA---TAACACAAA-CCCC-GGCGCTGAATGCGCCAAGGAACCACAACAAG--CATGGTGC-GCCCCCGTCG--ACCCG-----GAGACGGTGCTCGTGCGGGGGACGCAACACGTCA-TTACT-AAACACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACACATCGTTGCCCC--AAC----GCCGAGCCCACACACTCGC--GTGTGTG-CGTGCCGTGCCGTGAGGGGTG-GAA-GCTGGTCTCCCGTGAGCA--ACGCCTCACGGTTGGCTGAAAA-TCGAGTCCTGGGTGCGGTTCGTGCCACGATATCTGGTGG-AT-GAGTCATCACGCACTC-GAGA-CCGA-TCGTGCG-CGATCCCG-CCCGTTCGGCGCTCCTTGA---GTAACCCACA--AGCG-------------AAACGCTC-TTGACGAGACCTCAGGTCAGGCGG Sphinctospermum_constrictum_5120 TCATTGTCAATGCCTC---AAAAGCAATCGACCCGTGGACCCGTC--CCTTCGGTTAATCGGGG-CTGGC-TCGGGGTGCTTAGCTCC-TCGA--------CCACCCCTGTG--CTAGGGGGTGTGGGTCACCT-------CGTGGCCCCCATCCTC--TCAGCCTCG--AACAAAAAACCCC-GGCGCGGAAAGCGTCAAGGAATCGAAATTC-----TTTACACGTGCTCGCGTCTACCCG------GGGGCGTT-GCCCGCACGGG-TGGCGTTGCAGC-ACGTT-ATGTACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACGCTGTTGCCCC--GAA----GCCAATCGCCTCACCGCGC------GTG---GGCA-TTTGCCAGGGG---TGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCC--TCGTCTCGCGGTTGGTTGAAAC-TCGAGTGCATGGTGTTGGGTG-GCCATGATGGATGGTGG-CT-GAGCGA-----TGCTC-GAGA-CCAA-TCATGTG--CGACCCC-TCC------GTGATCGCGCTCGGAGACCCACA--TGCATCC-------CAGGATGCTCC-TAGATGAGACCTCAGGTCAGGCGG Sphinctospermum_constrictum_5120a TCATTGTCAATGCCTC---AAAAGCAATCGACCCGTGGACCCGTC--CCTTCGGTTAATCGGGG-CTGGC-TCGGGGTGCTTAGCTCC-TCGA--------CCACCCCTGTG--CTAGGGGGTGTGGGTCACCT-------CGTGGCCCCCATCCTC--TCAGCCTCG--AACAAAAAACCCC-GGCGCGGAAAGCGTCAAGGAATCGAAATTC-----TTTACACGTGCTCGCGTCTACCCG------GGGGCGTT-GCCCGCACGGG-TGGCGTTGCAGC-ACGTT-ATGTACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACGCTGTTGCCCC--GAA----GCCAATCGCCTCACCGCGC------GTG---GGCA-TTTGCCAGGGG---TGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCC--TCGTCTCGCGGTTGGTTGAAAC-TCGAGTGCATGGTGTTGGGTG-GCCATGATGGATGGTGG-CT-GAGCGA-----TGCTC-GAGA-CCAA-TCATGTG--CGACCCC-TCC------GTGATCGCGCTCGGAGACCCACA--TGCATCC-------CAGGATGCTCC-TAGATGAGACCTCAGGTCAGGCGG Sphinctospermum_constrictum_98_547 TCATTGTCAATGCCTC---AAAAGCAATCGACCCGTGGACCCGTC--CCTTCGGTTAATCGGGG-CTGGC-TCGGGGTGCTTAGCTCC-TCGA--------CCACCCCTGTG--CTAGGGGGTGTGGGTCACCT-------CGTGGCCCCCATCCTC--TCAGCCTCG--AACAAAAAACCCC-GGCGCGGAAAGCGTCAAGGAATCGAAATTC-----TTTACACGTGCTCGCGTCTACCCG------GGGGCGTT-GCCCGCACGGG-TGGCGTTGCAGC-ACGTT-ATGTACAA-----TGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTTGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGCCTGCCTGGGTGTCACACACTGTTGCCCC--GAA----GCCAATCGCCTCACCGCGC------GTG---GGCA-TTTGCCAGGGG---TGAATGTTGGCCTCCCGTGAGCC--TCGTCTCGCGGTTGGTTGAAAC-TCGAGTGCATGGTGTTGGGTG-GCCATGATGGATGGTGG-CT-GAGCGA-----TGCTC-GAGA-CCAA-TCATGTG--CGACCCC-TCC------GTGATCGCGCTCGGAGACCCACA--TGCATCC-------CAGGATGCTCC-TAGATGAGACCTCAGGTCAGGCGG ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = ITS_5.8s) = N: 1-751; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = ITS_5.8s) = N: 1-751; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1571 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6347; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1571; TREE 'Fig. 1-3' = [&R] ((((Lotus_unifoliolatus,Ornithopus_compressus),Securigera_varia),Anthyllis_vulneraria),(((((Sesbania_cannabina,((Sesbania_tomentosa_polihaliensis_1,Sesbania_tomentosa_polihaliensis_2,Sesbania_tomentosa_oricola_1),Sesbania_tomentosa_oricola_2,Sesbania_tomentosa_oricola_3)),Sesbania_emerus),Sesbania_grandiflora),(Sesbania_drummondii,Sesbania_vesicaria)),(((Hebestigma_cubense_7144a,Hebestigma_cubense_5611),((Lennea_modesta,Lennea_melanocarpa),Lennea_viridiflora)),(((((Poitea_immarginata_7104,Poitea_immarginata_7105),((((Poitea_galegoides_8021,Poitea_stenophylla),(Poitea_galegoides_8031_1,Poitea_galegoides_8031_2)),(Poitea_campanilla_8032_1,Poitea_campanilla_8033_1,Poitea_campanilla_8032_2,Poitea_campanilla_8033_3)),(Poitea_multiflora,Poitea_glyciphylla_8030_4,Poitea_glyciphylla_8030_1))),(((Poitea_florida_8015,Poitea_florida_8005,Poitea_florida_8012,Poitea_florida_8014,Poitea_florida_8017,Poitea_punicea_8003,Poitea_punicea_8004,Poitea_punicea_8007,Poitea_carinalis_011288,Poitea_carinalis_7150),(Poitea_paucifolia_8006,Poitea_paucifolia_8008,Poitea_paucifolia_8009,Poitea_paucifolia_8024,Poitea_paucifolia_8026,Poitea_dubia)),((Poitea_gracilis_7146_3,Poitea_gracilis_7146_4),(Poitea_gracilis_7142,Poitea_gracilis_7138)))),((((Gliricidia_robusta_1186,Gliricidia_robusta_Sousa),((Gliricidia_maculata_43_87,Gliricidia_maculata_42_87,Gliricidia_maculata_42_85,Gliricidia_maculata_42_87_1),Gliricidia_sepium_41_85,Gliricidia_sepium_12_96,Gliricidia_sepium_11_86)),(Gliricidia_ehrenbergii_92_92,Gliricidia_ehrenbergii_114_92)),(Gliricidia_brenningii_1194,Gliricidia_brenningii_1012,Gliricidia_brenningii_993,Gliricidia_brenningii_1199,Gliricidia_brenningii_1015,Gliricidia_brenningii_1009))),(((((((Coursetia_elliptica,(Coursetia_polyphylla,Coursetia_chiapensis)),(Coursetia_oaxacensis,Coursetia_madrensis,Coursetia_planipetiolata,Coursetia_paniculata)),(((Coursetia_ferruginea_613,Coursetia_ferruginea_Hughes),((Coursetia_brachyrhachis_Lewis,Coursetia_brachyrhachis_2169,Coursetia_brachyrhachis_2173,Coursetia_brachyrhachis_32032,Coursetia_brachyrhachis_40537),((Coursetia_fruticosa_921,Coursetia_fruticosa_920),((((Coursetia_maraniona_948,Coursetia_maraniona_958),Coursetia_maraniona_779,Coursetia_maraniona_1011),Coursetia_maraniona_745),Coursetia_cajamarcana))),((((Coursetia_glandulosa_4671,(Coursetia_glandulosa_5347,Coursetia_glandulosa_195)),(((Coursetia_dubia_926,Coursetia_dubia_925,Coursetia_dubia_924),(Coursetia_grandiflora_929,Coursetia_grandiflora_928,Coursetia_grandiflora_1066,Coursetia_grandiflora_1067,Coursetia_grandiflora_616)),Coursetia_gracilis)),(((((Coursetia_pumila_5006,Coursetia_pumila_5029,Coursetia_hidalgoana),Coursetia_glabella),Coursetia_caribaea_trifoliolata),Coursetia_caribaea_4603,((Coursetia_caribaea_1064,Coursetia_caribaea_1065),Coursetia_caribaea_892),(Coursetia_caribaea_chiap_011288,Coursetia_caribaea_chiap_4514),Coursetia_andina),Coursetia_caribaea_ochroleuca,(Coursetia_hassleri_5809,Coursetia_hassleri_5805),(Coursetia_hassleri_13478,Coursetia_hassleri_6937),(Coursetia_mollis_1031,(Coursetia_mollis_1039,(Coursetia_mollis_1049,Coursetia_mollis_1048))))),(Coursetia_vicioides,(Coursetia_rostrata_930,(Coursetia_rostrata_1062,Coursetia_rostrata_611))))),(Coursetia_hintonii_1030,Coursetia_hintonii_1038))),((Coursetia_axillaris_271287,Coursetia_axillaris_121087),(Coursetia_insomniifolia_5732a,Coursetia_insomniifolia_5732))),((((Sphinctospermum_constrictum_5120,Sphinctospermum_constrictum_5120a),Sphinctospermum_constrictum_98_547),(Genistidium_dumosum_210890,Genistidium_dumosum_Powell,Genistidium_dumosum_1501)),(((Peteria_scoparia,(Peteria_thompsoniae_7048_2,Peteria_thompsoniae_6157)),Peteria_glandulosa_1504),Peteria_glandulosa_1502))),((((Poissonia_hypoleuca_231089,Poissonia_hypoleuca_5787,Poissonia_hypoleuca_121088,Poissonia_hypoleuca_5814),(Poissonia_orbicularis_923,Poissonia_orbicularis_922)),(((Poissonia_heterantha_5785,Poissonia_heterantha_5860,Poissonia_heterantha_5800),Poissonia_heterantha_5843,Poissonia_heterantha_5856,Poissonia_heterantha_5862,Poissonia_heterantha_5832),(Poissonia_weberbaueri_918,Poissonia_weberbaueri_917,Poissonia_weberbaueri_949,Poissonia_weberbaueri_950))),((((Robinia_hispida_010688,Robinia_hispida_140588),Robinia_viscosa),(Robinia_pseudoacacia_220488,Robinia_pseudoacacia_Hu)),((Robinia_neomexicana_190789,Robinia_neomexicana_rusbyi_1598a,Robinia_neomexicana_rusbyi_1598b,Robinia_neomexicana_rusbyi_1598c,Robinia_neomexicana_rusbyi_1598d,Robinia_neomexicana_rusbyi_1598e),Robinia_neomexicana_717)))),(Olneya_tesota_011288,Olneya_tesota_121088,Olneya_tesota_877,Olneya_tesota_AF450158)))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr826] END;