#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 12, 2025; 0:01 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Farmer S., & Schilling E. 2002. Phylogenetic analyses of Trilliaceae based on morphological and molecular data. Systematic Botany, 27(4): 674-692. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S953] [ The following blocks are input data for analysis step 1610 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1610; DIMENSIONS NTAX=26; TAXLABELS Daiswa_fargesii Daiswa_polyphylla Daiswa_thibetica Daiswa_violacea Kinugasa_japonica Paris_incompleta Paris_tetraphylla Paris_verticillata Trillium_camschatcense Trillium_chloropetalum Trillium_decipiens Trillium_discolor Trillium_erectum Trillium_govanianum Trillium_grandiflorum Trillium_lancifolium Trillium_maculatum Trillium_ovatum Trillium_petiolatum Trillium_pusillum Trillium_recurvatum Trillium_reliquum Trillium_rivale Trillium_rugelii Trillium_sessile Trillium_undulatum ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M470] TITLE matK.nex; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1610; DIMENSIONS NCHAR=1578; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= #; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Daiswa_fargesii 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Trillium_decipiens 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Trillium_reliquum ATGGAAGAATTACAA------GGATATTTAGAAAAAGATGGATCTCGGCAACAAAACTTCCTATATCCGCTTATATTTCAAGAGTATATTTACACACTTGCTCATGATCATGGGTTAAATATAAATAGTTCGATTTTTTACGAACCCATGGAAATTGTGGGTTTAGGTTATGACAATAAATCCAGTTCCGTACTTGTAAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTCATTGATTTATTCAATGAATGACTTTAACCAAAATCGATTCGTTGGGCACAACAATTCTTTTTATTCAAATTTTGATTCTCAAATGGTATCAGAAGGTTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTTCGATTAGTACCTTCCTCCGAAGAAATA------CCCAAATCTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTCTAGAGGACAAATTGTCGCATTTCAATTATGTCCTAGATATACTAATACCCTATCCTATTCATCTAGAAATCTTAGTTCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTTTTGCGATTATTTCTCCATGAATTTCATAATTGGAATAATTTGA------TTACTCCGACTAA------TTCCGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTCCGGATCCTGTATAATTCTTATGTATCTGAATATGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTATTATTTACGATCAACATCTTCCCGAGCCTTTCTTGAACGAACACATTTCTATGTAAAAATAGAACATCTTATAGAT------GTGTGTCATAATCATTTTCAGAAAATCCTATGGTTCTTCAAAGATTCTTTCATGCATTATGTTCGATATAAAGGAAAAGCTATTCTGGCTTCCAGGGGGACTTATCTTCTGATAAAGAAATGGAAATGTTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATAATTTTCACTTTTGGTCTAAACCATACAGGATCCATATAAATCCATTCTCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTCGGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAAAATTTTTATCTAGTGGATACTCTGACTCAAAAATTCGATACCATAGTCCCGGTTATTCCTCTTATTGGATCGTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTATATTGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGAGTTATCAGATTCTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTGTATCGAATCAAATATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCAATCTTTTGCAAAGATTAGGTTCGGGATTGTTAGAAGAATTCTTTACGGAAGAAGAACAAGTTCTTTCTCCGATCTTCCCAAAAACAACCCTTTTTCCTTTACATGGATCGCATAAAGAACGTATTTGGTATTTGGACATTATCCGTATCAATGACTTGGCCAATTATTTAGATTGGTCATGA Trillium_rivale ATGGAAGAATTACAATTACAAGGATATTTAGAAAAAGATGGATCTCGGCAACAAAACTTCCTATATCCGCTTATATTTCAAGAGTATATTTACACACTTGCTCATGATCATGGGTTAAA------TAGTTCGATTTTTTACGAACCCATGGAAATTGGGGGTTTAGGTTATGACAATAAATCTAGTTCCGTACTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTCATTGATTTATTCAATGAATGATTTTAACCAAAATCGATTCGTTGGGCACAACAATTCTTTTTATTCAAATTTTTATTCTCAAATGGTATCAGAAGGTTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTTCGGTTAGTACCTTCCTCCGAAGAAATA------CCCAAATCTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTCTAGAGGACAAATTGTCGCATTTAAATTATGTCTTAGATATACTAATACCCTATCCTATTCATCTAGAAATCTTAGTTCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTTTTGCGATTCTTTCTCCATGAATTTCATAATTGGAGTAATTTTA------TTACTCCGACTAAATCTATTTCCGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTCCGGATCCTGTATAATTCTTATGTATCTGAATATGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTATTATTTACGATCAACATCTTCCGGAGTCTTTCTTGAACGAACACATTTCTATGTAAAAATAGAACATCTTATAGAT------GTGTGTCATAATCATTTTCAGAAAATCCTATGGTTCTTCAAAGATTCTTTCATGCATTATGTTCGATATAAAGGAAAAGCTATTCTGGCTTCCAGGGGGACTTATCTTCTGATAAAGAAATGGAAATGTTACCTTGTAAATTTCTGGCAATATCATTTTCACTTTTGGTCTAAACCATACAGGATCCATAGAAATCCATTCTCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTCGGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAAAATTTTTATCTAGTGGATACTCTGACTCAAAAATTCGATACCATAGTCCCGGTTATTCCTCTTATTGGATCGTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTATATTGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGAGTTATCAGATTCTGATATTATTGATCGATTTGGTCGAATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCAATCTTTTGCAAAGATTAGGTTCGGGATTGTTAGAAGAATTCTTTACGGAAGAAGAACAAGTTATTTCTTCAAAATTCCCAAAAACAACCCTTTTTCCTTTACATGGATCACATAGAGAACGTATTTGGTATTTGGACATTATCCGTATTAATGACTTGGCCAATTATTTAGATTGGTCATGA Trillium_rugelii ATGGAAGAATTACAATTACAAGGATATTTAGAAAAAGATGGATCTCGGCAACAAAACTTCCTATATCCGCTTATATTTCAAGAGTATATTTACACACTTGCTCATGATCATGGGTTAAA------TAGTTCGATTTTTTACGAACCCATGGAAATTGTGGGTTTAGGTTATGACAATAAATCCAGTTCCGTACTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTCATTGATTTATTCAATGAATGACTTTAACCAAAATCGATTCGTTGGGCACAACAATTCTTTTTATTCGAATTTTGATTCTCAAATGGTATCAGAAGGTTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTTCGATTAGTACCTTCCTCCGAAGAAATACAAATACCCAAATCTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTCTAGAGGACAAATTGTCGCATTTAAATTATGTCTTAGATATACTAATACCCTATCCTATTCATCTAGAAATCTTAGTTCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTTTTGCGATTCTTTCTCCATGAATTTCATAATTGGAATAATTTAAATTTGATTACTCCGACTAAATCTATTTCCGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTCTGGATCCTGTATAATTCTTATGTATCTGAATATGAATTTTTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTATTATTTACGATCAACATCTTCCCGAGCCTTTCTTGAACGAACACATTTCTATGTAAAAATAGAACATCTTATAGAT------GTGTGTCATAATCATTTTCAGAAAATCCTATGGTTCTTCAAAGATTCTTTCATGCATTATGTTCGATATAAAGGAAAAGCTATTCTGGCTTCCAGGGGGACTTATCTTCTGATAAAGAAATGGAAATGTTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATAATTTTCACTTTTGGTCTAAACCATACAGGATCCATATAAATCCATTCTCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTCGGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAAAATTTTTATCTAGTGGATACTCTGACTCAAAAATTCGATACCATAGTCCCGGTTATTCCTCTTATTGGATCGTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTATATTGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGAGTTATCAGATTCTGATATTATGGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCAATCTTTTGCAAAGATTAGGTTCGGGATTGTTAGAAGAATTCTTTACGGAAGAAGAACAAGTTATTTCTCCGATCTTCCCAAAAACAACCCTTTTTCCTTTACATGGATCGCATAGAGAACGTATTTGGTATTTGGACATTATTCGTATCAATGACTTGGCCAATTATTTAGATTGGTCATGA Trillium_sessile ATGGAAGAATTACAA------GGATATTTAGAAAAAGATGGATCTCGGCAACAAAACTTCCTATATCCGCTTATATTTCAAGAGTATATTTACACACTTGCTCATGATCATGGGTTAAA------TAGTTCGATTTTTTACGAACCCATGGAAATTGTGGGTTTAGGTTATGACAATAAATCCAGTTCCGTACTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTCATTGATTTATTCAATGAATGACTTTAACCAAAATCGATTCGTTGGGCACAACAATTCTTTTTATTCGAATTTGGATTCTCAAATGGTATCAGAAGGTTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTTCGATTAGTACCTTCCTCCGAAGAAATA------CCCAAATCTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTCTAGAGGACAAATTGTCGCATTTAAATTATGTCCTAGATATACTAATACCCTATCCTATTCATCTAGAAATCTTAGTTCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTTTTGCGATTATTTCTCCATGAATTTCATAATTGGAATAATTTGA------TTACTCCGACTAAATCTATTTCTGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTCCGGATCCTGTATAATTCTTATGTATCTGAATATGAATTTGTATTCGTTTTTCTTCGTAAACAATCCTATTATTTACGATCAACATCTTCCCGAGCCTTTCTTGAACGAACACATTTCTATGTAAAAATAGAACATCTTATAGAT------GTGTGTCATAATCATTTTCAGAAAATCCTATGGTTCTTCAAAGATTCTTTCATGCATTATGTTCGATATAAAGGAAAAGCTATTCTGGCTTCCAGGGGGACTTATCTTCTGATAAAGAAATGGAAATGTTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATAATTTTCACTTTTGGTCTAAACCATACAGGATCCATATAAATCCATTCTCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTCGGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAAAATTTTTATCTAGTGGATACTCTGACTCAAAAATTCGATACCATAGTCCCGGTTATTCCTCTTATTGGATCGTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTATATTGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGAGTTATCAGATTCTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTGTATCGAATCAAATATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCAATCTTTTGCAAAGATTAGGTTCGGGATTGTTAGAAGAATTCTTTACGGAAGAAGAACAAGTTATTTCTCCGATCTTCCCAAAAACAACCCTTTTTCCTTTACATGGATCGCATAAAGAACGTATTTGGTATTTGGACATTATCCGTATCAATGACTTGGCCAATTATTTAGATTGGTCATGA Trillium_undulatum ATGGAAGAATTACAA------GGATATTTAGAAAAAGATGGATCTCGGCAACAAAACTTCCTATATCCGCTTATATTTCAAGAGTATATTTACACACTTGCTCATGATCATGGGTTAAA------TAGTTCGATTTTTTACGAACCCATGGAAATTGTGGGTTTAGGTTATGACAATAAATCCAGTTCCGTACTTGTGAAACGTTTAATTACTCGAATGTATCAACAGAATTCATTGATTTATTCAATGAATGACTTTAACCAAAATCTATTCGTTGGGCACAACAATTCTTTTTATTCGCATTTTTATTCTCAAATGGTATCAGAAGGTTTTGCAGTCATTGTGGAAATTCCATTCTCGCTTCGATTAGTACCTTCCTCCGAAGAAATA------CCCAAATCTCAGAATTTACGATCTATTCATTCAATATTTCCCTTTCTAGAGGACAAATTGTCGCATTTAAATTATGTCTTAGATATACTAATACCCTATCCTATTCATCTAGAAATCTTAGTTCAAATCCTTCAATGCTGGATCCAAGATGTTCCCTCTTTGCATTTTTTGCGATTCTTTCTCCATGAATTTCATAATTGGAATAATTTTC------TTACTCCGACTAAATCTATTTCCGTTTTTTCAAAAGAAAATAAAAGACTATTCCGGATCCTGTATAATTCTTATGTATCTGAATATGAATTTGTATTCTTTTTTCTTCGTAAACAATCCTATTATTTACGATCAACATCTTCCGGAGCCTTTCTTGAACGAACACATTTCTATGTAAAAATAGAACATCTTATAGAT------GTGTGTCATAATCATTTTCAGAAAATCCTATGGTTCTTCAAAGATTCTTTCATGCATTATGTTCGATATAAAGGAAAAGCTATTCTGGCTTCCAGGGGGACTTATCTTCTGATAAAGAAATGGAAATGTTACCTTGTCAATTTCTGGCAATATTATTTTCACTTTTGGTCTAAACCATACAGGATCCATATAAATCCATTCTCAAACTATTCCTTCTATTTTCTGGGTTATATTTCAAGTGTACTAATAAATCCTTCGGCGGTAAAGAATCAAATGCTAGAAAATTTTTATCTAGTGGATACTCTGACTCAAAAATTCGATACCATAGTCCCGGTTATTCCTCTTATTGGATCGTTGTCTAAAGCTAAATTTTGTACTATATTGGGGCATCCTATTAGTAAGCCGATCTGGGCCGAGTTATCAGATTCTGATATTATTGATCGATTTGGTCGGATATGTAGAAATCTTTCTCATTATCACAGTGGATCTTCAAAAAAACAAAGTTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGACTTTCGTGTGCTAGAACTTTGGCTCGTAAACATAAAAGTACGGTACGCAATCTTTTGCAAAGATTAGGTTCGGGATTGTTAGAAGAATTCTTTACGGAAGAAGAACAAGTTATTTCTCCGATCTTCCCCAAAACAACCCTTTTTCCTTTACATGGATCGCATAGAGAACGTATTTGGTATTTGGACATTATTCGTATCAATGACTTGGCCAATTATTTAGATTGGTCATGA ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = matK.nex) = N: 1-1578; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = matK.nex) = N: 1-1578; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1610 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6386; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1610; TREE Fig.1c = [&R] (Trillium_rivale,((((Daiswa_fargesii,Daiswa_polyphylla,Daiswa_violacea),Daiswa_thibetica,Kinugasa_japonica)Daiswa_plus_Kinugasa,(Paris_incompleta,Paris_tetraphylla),Paris_verticillata)Paris_s.l.,((((((Trillium_chloropetalum,(Trillium_lancifolium,Trillium_recurvatum),Trillium_maculatum,Trillium_sessile),((Trillium_decipiens,Trillium_reliquum),Trillium_discolor),Trillium_petiolatum)Trillium_subg._Phyllantherum,(Trillium_grandiflorum,Trillium_ovatum)Grandiflorum_Group),Trillium_pusillum),(Trillium_camschatcense,(Trillium_erectum,Trillium_rugelii))Erectum_Group),Trillium_govanianum,Trillium_undulatum)Trillium_plus_Trillidium)); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr868] END;