#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Ito Y., Ohi-toma T., Tanaka N., Murata J., & Muasya A. 2015. Phylogeny of Ruppia
(Ruppiaceae) revisited: Molecular and morphological evidence for a new species from
Western Cape, South Africa. Systematic Botany, .

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17736]

[ The following blocks are input data for analysis step 16250 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep16250;
        DIMENSIONS NTAX=28;
        TAXLABELS
            Potamogeton_maackianus
            Ruppia_bicarpa
            Ruppia_martima_A
            Ruppia_megacarpa
            Ruppia_polycarpa
            Ruppia_sp._ANA01
            Ruppia_sp._DEV01
            Ruppia_sp._DUB0201
            Ruppia_sp._DUB0202
            Ruppia_sp._FAL0111
            Ruppia_sp._FAL0113
            Ruppia_sp._GRA01
            Ruppia_sp._MAH02
            Ruppia_sp._MAR01
            Ruppia_sp._SKA0202
            Ruppia_sp._TUA0100
            Ruppia_sp._TUA0114
            Ruppia_sp._TUE0101
            Ruppia_sp._TUE0102
            Ruppia_sp._YHO01
            Ruppia_sp._YI1549_1
            Ruppia_sp._YI1567_2
            Ruppia_sp._YI1571_1
            Ruppia_sp._YI1571_2
            Ruppia_sp._YI1575_2
            Ruppia_sp._YI1988_2
            Ruppia_sp._YI1988_3
            Syringodium_isoetifolium
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M31731]

	TITLE Ruppia_phyB_MP;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
	DIMENSIONS NCHAR=1050;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= -;

MATRIX
[                                    10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350       360       370       380       390       400       410       420       430       440       450       460       470       480       490       500       510       520       530       540       550       560       570       580       590       600       610       620       630       640       650       660       670       680       690       700       710       720       730       740       750       760       770       780       790       800       810       820       830       840       850       860       870       880       890       900       910       920       930       940       950       960       970       980       990       1000       1010       1020       1030       1040       1050]
[                                     .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .]
Potamogeton_maackianus       AGGTTGCAGGCGCTGCCTGGTGGGGATATCAATCTTTTATGTGACACAGTTGTGGACCATGTTAGGGAACTCACAGGATATCACAGGGTCATGGTCTACAAGTTCCATGAGGATGAACATGGCGAGGTTGTTGCAGAGAGTAAAAGGGACGACTTAGAACCATATATGGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCAAGCCTCAAGATTCTTGTTCAAACAAAATAGAGTTAGGATGATAGCAGATTGTCGTGCAACCCCTGTTCGAGTCATACAAGATGAGAATCTGATGCAACCACTTTGCCTTGTGGGTTCCACTCTACGAGCTCCCCATGGTTGCCATGCACAGTATATGGCCAACATGGGATCAATTGCATCTCTTGCCATGGCTGTAATTATCAATGGAGGTGAAGAAGAGGGTACGAAGAACTCGATGAAGTTATGGGGTCTCGTTGTTTGTCACCACACTTCTCCGAGGTTCATACCCTTCCCATTGCGGTATGCATGCGAGTTCCTTATGCAGGCTTTTGGCCTTCAGTTGAATATGGAACTCCAGTTGGCCTCCCAAATGTCTGAGAAGCATATCTTGAGAACCCAGACCCTTTTGTGCGATATGATCCTTCGAGATTCACCTACTGGAATTGTCACACAAAGCCCTAGCATAATGGATCTTGTGAAGTGTGACGGCGCAGCGCTTTATTACCATGGAAAGTATTGGCCACTAGGTGTAACTCCTTCAGAATCACAAATTAAGGATATCGTGGAATGGCTGTTGGCAACCCACGGAGACTCCACAGGCCTGAGCACAGATAGTTTGGCTGATGCCGGATACCCTAGTGCTGCATCACTTGGTGATGCTGTTTGTGGTATGGCTGTGGCTTACATCACATCAAGAGATTTCTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACAGCTAAAGAGGTTAAGTGGGGTGGTGCAAAACATCACCCTGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGGATGCATCCTCGGACATCTTTTAATGCTTTCCTCGAAGTAGTGAAAAGTGAGAGCCTTCCG
Ruppia_bicarpa               -------------------------ATGTTAAGTTTCTGTGTGACACAGTTGTTGACCATGTTAGGGAACTCACTGGATATGATAGGGTCATGGTCTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCGTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTATTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGTCGTTCAACTCCTGTTCGCATGATACAAGATGAGAACTTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCACATGGCTGCCATGCACAATACATGGCCAACATGGGGTCAATTGCCTCTCTTGTTATGGCCGTTATCATTAATGGTGGTGAAGAAGATGGCACAAGAAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTCGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAATTCCTCATGCAGGCTCTGGGCCTTCAGCTTAATATGGAACTTCAGTTGGCTGCGCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTAACGCAAAGTCCTAGTATAATGGATCTTGTGAAGTGTGACGGTGCAGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTTGGTGTTGCTCCTTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATCATTGGATGGTTACTGGCGAGTCATGGAGATTCCACCGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGGTGCTGCATCTCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGGTAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_martima_A             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACAAATTCCACGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATTTAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACATTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATATCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTAAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCGAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_megacarpa             CGGTTACAGGCTTTGCCAGGTGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGACACAGTTGTGGACCATGTTAGGGAACTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTCTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTTGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCGTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTATTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCACTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGGTCAGTTGCTTCTCTTGTTATGGCTGTTATCATTAATGGGGGAGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAAACCCTTTTATGTGATATGCTTCTTCGTGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCGAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAAAAAATTAAAGATATCATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACAGATAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGGTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAAGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_polycarpa             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACTGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGGTATGACAGGGTTATGGTGTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTTGCTGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCTTACATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCACTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGTGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATTAATGGGGGTGAAGAAGATGGCACACGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTAATGCAGGCTCTAGGCCTCCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCGCTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCGTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGAGCTAAACATCACCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._ANA01             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTCCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCACGCACGTCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._DEV01             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._DUB0201           CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCGAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCGTGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGCTATCATCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAATCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._DUB0202           CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTGCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._FAL0111           CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTTTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTGGCCGAGAGTAAAAGAAATGACTTGGAACCTTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGCCATGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCACTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTTTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCCGAAAAGCACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTATTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCGCTCGGTGTTGCCCCGTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAACTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCTGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATCAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTAGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCG
Ruppia_sp._FAL0113           CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAGGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTTTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCACTGCGCTATGCCTGTGAGTTCTTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGTTAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCTCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._GRA01             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCTCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACGGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
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Ruppia_sp._MAR01             CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGATAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACGGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTCCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._SKA0202           CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCATGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGTTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATAGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGATATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._TUA0100           CGGTTGCAGGCTCTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTCCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTTACTGGTTATGATAGAGTTATGGTTTATAAGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCTTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGATTTGGAGCCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCAGGCGTCGAGGTTCTTGTTTAAGCAGAATAGAGTTAGGATGATCGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAGGATGAGAATCTTATGCAGCCTCTTTGCCTTGTCGGATCGACGCTACGAGCGCCTCATGGTTGTCATGCGCAGTACATGGCTAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATCATTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGACTAGGAACTCTATGAAGCTTTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTTCCGTTGCGCTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAGACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTAAAGTGTGATGGTGCGGGGCTCTGTTACCATGGGAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATTATTGGGTGGTTGTTGACGAGTCATGGAGACTCCACGGGGTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCACGAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._TUA0114           CGGTTGCAGGCTCTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTCACTGGGTATGATAGAGTTATGGTGTATAAGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCTTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGATTTGGAGCCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCAGGCGTCGAGGTTCTTGTTCAAGCAGAATAGAGTTAGGATGATTGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAGGATGAGAATTTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTCGGATCGACGCTGCGAGCACCTCATGGTTGTCATGCGCAGTACATGGCGAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATTATTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGTCAAGGAACTCTATGAAGCTGTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTCCCATTGCGCTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAGGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAGACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGATCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCGCTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTTGGGGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATTATTGGCTGGTTGTTGACGAGTCATGGAGACTCCACGGGGTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCTCGAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAGGTAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCCGCGCATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
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Ruppia_sp._TUE0102           CGCTTGCAGGCTTTGCCTGGGGGAGATATTAAGTTTCTGTGTGATACTGTTGTGGATCATGTTAGGGAGCTGACTGGGTATGATAGGGTTATGGTTTATAAGTTTCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTGCCTGCTGAGAGTAAGAGGAGTGACTTGGAACCGTATATTGGGCTCCATTATCCTGCGACGGATATTCCCCAGGCGTCGAGGTTCTTGTTTAAGCAGAATAGAGTTAGGATGCTTGCTGATTGTCGTGCGACTCCGGTTAGTATGATACAAGATGAGAATTTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTTGGATCGACGCTACGAGCACCTCATGGGTGCCACGCGCAGTACATGGCGAACATGGGGTCGATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTTATTATTAATGGGGGTGAGGAGGATGGGACAAGGAACTCTATGAAGCTTTGGGGGCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCGAGATGCATTCCGTTTCCGTTGCGCTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCTTTGGGTCTTCAGCTTAATATGGAGGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAGAAGCACATATTGAGAACTCAGACGCTTCTGTGTGATATGCTTCTTAGAGATTCTCCTACTGGGATTGTTACACAGAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCTGCGCTCTGTTATCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCTGAGGAGAAGATTAAGGATATCATTGGCTGGTTGTTGACAAGTCACGGAGACTCCACGGGGTTGAGCACAGACAGCTTGGCGGATGCTAGCTACCCTGGTGCTGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCGTATATCACCTCGAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCACATACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGACGACGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAACGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAAAGTAGGAGCCTTCCA
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Ruppia_sp._YI1571_2          CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTATAAATTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGTGACTTGGAACCCTATATAGGTCTCCATTACCCTGCCACAGACATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGACTGTCGTGCAACTGCAGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGCTGCCATGCACAATACATGGCTAACATGGGCTCAATTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATGGGGGTGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAACTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCTGAAGACAAGGATGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._YI1575_2          CGTTTACAGGCTTTGCCGGGTGGGGATATTAAGTTTCTGTGTGACACGGTTGTTGACCATGTTAGGGAGCTCACTGGATATGACAGGGTTATGGTGTACAAGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAAGTTCTCGCCGAGAGTAAAAGAAGCGACTTGGAACCTTATATAGGTCTTCACTACCCTGCCACAGATATACCCCAAGCCTCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGAATGATAGCTGACTGTCATGCAACGCCTGTTAGCATGATACAAGATGAGAACCTGATGCAGCCGCTTTGCCTTGTAGGATCCACACTACGAGCTCCTCATGGATGCCATGCGCAATACATGGCTAACATGGGTTCAGTTGCTTCTCTTGTCATGGCTGTTATCATCAATAGGGGCGAAGAAGACGGCACAAGGAACTCTATGAAGCTATGGGGCCTTGTTGTTTGCCACCATACTTCTCCCAGATGCATTCCATTTCCATTGCGATATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCAGCGCTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCTTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCACTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCATACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAACACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._YI1988_2          ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCTCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAACACATATTAAGAACTCAAACCCTTCTATGTGATATGCTTCTTCGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGCGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCGCTCGGTGTTGCTCCCTCCGAGGAAAAGATTAAAGATATTATTGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACGGGCTTGAGCACGGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCGGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTTTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAGATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCATCCGGAAGACAAGGACGATGGACAGCGTATGCATCCCCGCACATCGTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCCA
Ruppia_sp._YI1988_3          ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGATGCATTCCATTTCCATTGCGCTATGCCTGTGAGTTCCTCATGCAGGCCCTAGGCCTTCAGCTTAATATGGAAGTTCAGTTGGCTGCCCAGATGTCTGAAAAGCACATATTGAGAACTCAAACCCTTCTAAGTGATATGATTCTTAGGGATTCTCCTACTGGAATTGTTACACAAAGTCCTAGTATAATGGACCTTGTGAAGTGTGATGGTGCGGCACTCTATTACCATGGTAAGTATTGGCCACTCGGTGTTGCCCCCTCTGAGGAAAAGATTAAAGATATTATCGGCTGGTTATTGGCAAGTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCGGATGCTAGCTACCCAGCTGCCGCTTCCCTTGGGGATGCAGTTTGTGGCATGGCAGTGGCATATATCACCTCAAGAGATTTCTTGTTTTGGTTTAGATCCCACACTGCAAAAGAAATAAAGTGGGGTGGTGCTAAACATCACCCAGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGTATGCATCCCCGCACATCTTTTAATGCCTTCCTGGAAGTTGTGAAGAGTAGGAGCCTTCTA
Syringodium_isoetifolium     CGGCTGCAAGCTCTACCTGGTGGAGACATCAAGCTTCTCTGTGACACGGTTGTGAACCACGTCAGGGAGCTCACGGGCTACGACAGGGTCATGGTCTACAGGTTCCATGAGGATGAGCATGGGGAGGTTGTCGCAGAGAGCAAAAGGGGCGACTTGGAGCCGTATATAGGACTCCATTATCCTGCCACCGACATACCTCAGGCCGCAAGGTTCTTGTTTAAACAGAACAGAGTTAGGATGATAGCTGATTGCCGGGCAACGCCCGTCCGAATGGTACAAGATGAGAATCTAATGCAGCCCCTCTGCCTTGTTGGATCCACTTTGCGAGCTCCACATGGTTGCCATGCACAATACATGGCCAACATGGGCTCAATTGCTTCGCTTGTTATGGCTGTAATCATTAATGGAGGTGAAGAGGAGAGCTCCAGGAAATCCATGAAGCTATGGGGCCTAGTTGTCTGTCATCACACTTCCCCTAGATGCATTCCATTTCCACTGCGATATGCCTGCGAGTTCCTCATGCAGGCCTTTGGGCTTCAGCTAAATATGGAACTTCATTTGGCATCTCAGCTGTCCGAGAAGCACATCTTGCGGACTCAGACACTTTTGTGTGACATGCTTCTTCGTGATTCTCCCACTGGAATTGTCACACAGAGTCCTAGCATAATGGATCTTGTTAAGTGTGATGGGGCTGCGCTCTATTACCAGGGTAGTTATTGGCCACTTGGTGTTACTCCTTCTGAGGCAGAGATTAAGGATATTATTGGGTGGCTGTTGGAAAGTCATGGAGACTCCACAGGCTTGAGCACAGACAGTTTGGCTGATGCTGGCTATCCAGGAATTGCTTCCTTTGGTGATGCAGTTTGTGGTATTGCGGTGGCCTACATCGCCCCAGGGGACTTCTTGTTTTGGTTCAGATCACATACAGAAAAAGAGATAAAATGGGGTGGTGCAAAGCACCATCCTGAAGACAAGGATGATGGGCAGCGTATGCACCCACGCACATCTTTCAATGCCTTCCTGGAAGTAGTGAAAAGTAGAAGCCTTCCA
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 16250 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_19 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,(Ruppia_sp._DUB0202:0.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):1.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):6.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88301]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_7 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,Ruppia_sp._DUB0202:0.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):6.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88289]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_4 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0)63:1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0)83:2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0)65:1.0,Ruppia_sp._DUB0202:1.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0)51:2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0)57:2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0)93:9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0)98:4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0)99:6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0)59:11.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0)57:6.0)69:7.0)94:20.0)64:9.0)83:25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0)100:9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0)78:9.0)100:54.0)100:56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88286]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_23 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,(Ruppia_sp._DUB0202:1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):4.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):7.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88305]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_12 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,(Ruppia_sp._DUB0202:1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):4.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:17.0):6.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88294]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_26 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,Ruppia_sp._DUB0202:0.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):4.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):7.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88308]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_20 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,(Ruppia_sp._DUB0202:1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):6.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88302]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_8 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,(Ruppia_sp._DUB0202:1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):4.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:17.0):6.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88290]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_28 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,(Ruppia_sp._DUB0202:1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:15.0):7.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88310]


END;
BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
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      TREE PAUP_25 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,Ruppia_sp._DUB0202:1.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:15.0):7.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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      TREE PAUP_1 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,Ruppia_sp._DUB0202:1.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:17.0):6.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_22 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,(((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):2.0,Ruppia_sp._DUB0202:0.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:0.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:15.0):7.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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      TREE PAUP_29 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,(Ruppia_sp._DUB0202:0.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):1.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:15.0):7.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
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      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_16 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,(Ruppia_sp._DUB0202:0.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):1.0):1.0):2.0,(Ruppia_martima_A:7.0,Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):2.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:6.0):9.0,(((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):4.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):11.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):6.0):7.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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BEGIN TREES;
      TITLE Ruppia_phyB;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16250;
      TREE PAUP_15 = [&R] (Potamogeton_maackianus:46.0,(Syringodium_isoetifolium:80.0,((Ruppia_bicarpa:29.0,(Ruppia_megacarpa:8.0,(Ruppia_polycarpa:13.0,(((((((Ruppia_sp._ANA01:1.0,Ruppia_sp._YHO01:0.0):1.0,Ruppia_sp._MAH02:0.0):2.0,((Ruppia_sp._GRA01:1.0,Ruppia_sp._MAR01:0.0):1.0,Ruppia_sp._DUB0202:1.0):1.0,Ruppia_sp._YI1571_2:1.0):4.0,(Ruppia_sp._DEV01:0.0,Ruppia_sp._FAL0113:6.0):0.0):1.0,Ruppia_martima_A:6.0):3.0,Ruppia_sp._YI1988_3:7.0):9.0,((((Ruppia_sp._DUB0201:3.0,Ruppia_sp._YI1549_1:0.0,Ruppia_sp._YI1567_2:1.0,Ruppia_sp._YI1571_1:1.0):1.0,(Ruppia_sp._SKA0202:0.0,Ruppia_sp._YI1575_2:1.0):3.0):6.0,Ruppia_sp._YI1988_2:4.0):10.0,Ruppia_sp._FAL0111:16.0):7.0):6.0):20.0):9.0):25.0,((Ruppia_sp._TUE0101:1.0,Ruppia_sp._TUE0102:4.0):9.0,(Ruppia_sp._TUA0100:19.0,Ruppia_sp._TUA0114:12.0):9.0):54.0):56.0):70.0);
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