#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 22, 2026; 12:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Mctaggart A.R., Shivas R.G., Van der nest M.A., Roux J., Wingfield B.D., & Wingfield M.J. 2015. Host jumps shaped the diversity of extant rust fungi (Pucciniales). New Phytologist, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17850] [ The following blocks are input data for analysis step 16381 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep16381; DIMENSIONS NTAX=71; TAXLABELS Achrotelium_ichnocarpi_BRIP55685 Ceratocoma_jacksoniae_BRIP57762 Chrysomyxa_cassandrae Chrysomyxa_ledi_DAOM149959 Chrysomyxa_ledicola Chrysomyxa_nagodhii Chrysomyxa_pyrolae Coleosporium_tussilaginis_BRIP56944 Cystopsora_notelaeae_BRIP58325 Dasyspora_amazonica_BPI0116382 Dasyspora_echinata_PURN6196 Dasyspora_gregaria_ZTMyc3397 Dasyspora_guianensis_ZTMyc3413 Dasyspora_mesoamericana_PUR42390 Dasyspora_nitidae_ZTMyc3409 Dasyspora_segregaria_PMAMP4941 Dasyspora_winteri_SF30078 Endoraecium_acaciae_BPI871098 Endoraecium_auriculiformae_BRIP55609 Endoraecium_carnegiei_BRIP57924 Endoraecium_disparrimae_BRIP55626 Endoraecium_falciforme_BRIP57583 Endoraecium_holosericiae_BRIP55631 Endoraecium_irroratae_BRIP57286 Endoraecium_koae_BPI871071 Endoraecium_maslinii_BRIP57872 Endoraecium_parvum_BRIP53616 Endoraecium_phylliodorum_BRIP57578 Endoraecium_podalyriifoliae_BRIP57576 Endoraecium_tierneyi_BRIP27071 Endoraecium_tropicae_BRIP56555 Endoraecium_violae_faustae_BRIP56540 Eocronartium_muscicola Gerwasia_rubi_BRIP58369 Hamaspora_acutissima_BRIP55606 Helicobasidium_purpureum Hemileia_sp_BRIP57470 Hemileia_vastatrix_BRIP61233 Maravalia_cryptostegiae_BRIP56898 Masseeella_capparis_BRIP56844 Melampsora_abietis_canadensis Melampsora_aecidioides Melampsora_medusae_fsp_tremuloides Melampsora_populnea Phakopsora_annonae_sylvaticae_PUR87311 Phakopsora_cherimoliae Phakopsora_crucis_filii_ZTMyc48990 Phakopsora_myrtacearum_PREM61155 Phakopsora_pistila_ZTMyc49000 Phakopsora_rolliniae_ZTMyc49000 Phragmidium_barnardii_BRIP56945 Phragmidium_potentillae_BRIP60089 Puccinia_lagenophorae_BRIP57563 Puccinia_myrsiphylli_BRIP57782 Puccinia_psidii_BRIP7793 Puccinia_stylidii_BRIP60107 Puccinia_ursiniae_BRIP57993 Sphaerophragmium_acaciae_BRIP56910 Sphenorchidium_polyalthiae_ZTHeRB251 Thekopsora_minima_BRIP57654 Uromyces_lomandracearum_BRIP59022 Uromycladium_acaciae_BRIP60092 Uromycladium_falcatarium_BRIP57477 Uromycladium_fusisporum_BRIP57526 Uromycladium_naracoortensis_MEL2359562 Uromycladium_notabile_BRIP59234 Uromycladium_robinsonii_BRIP57538 Uromycladium_simplex_BRIP59214 Uromycladium_sp_BRIP59239 Uromycladium_tepperianum_BRIP56928 Uromycladium_tepperianum_BRIP56963 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Chrysomyxa_pyrolae 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Helicobasidium_purpureum 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Phakopsora_cherimoliae 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Uromycladium_tepperianum_BRIP56963 TTCCCCTAGTAACGGCGAGTGAAGAGGGAAAAGCCCAAATTTGTAATCTGGCTCTGTTTA-TTTAGAGTCTGAGTTGTAAACTTGAGAACTGTTTTC-AGTGCTGGACCATGTATAAGTCTTGTTGAAATGCAGCATCATTGAGGGTGAAAGTCCCGTTG-ATGACATGGACTACCAGTGCCC----TATGATACAGT-CCCTAAGAGTCGAGTTGTTTGGGAATGCAGCTCAAAGTGGGTGGTAAATTCCATCTAAGGCTAAATATGGGTGAGAGACCGATAGCAAACAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAAAGAACTTTGGAAAGAGAGTTAACAGTACGTGAAATTGTTAAAAGGGAAACATTTGAAGTTAGTCTTGTTGTGTTATCA-GTCTCAACT-CTCTA-----TATTAGGGTGTATTCTGGTGAT-CAACAGATCAGCATCAATT--TATAAGTGTTGGATAAGGGTT--CTTAAAATGTAGCAGCCCC-----TGGCTGTG--TTATAGTTT---TGGACTTTG--A-TACAATGCT----TAAGATTGAGGA---AGGCAGTAACCCTCACTT----TTTTT--TGTGGGGTGGACCTTTTTTTTTAAG-----AAAAAAAAAGTTCTTG-TTACTGAGGATGCTGATGT-----AATAGCTTTAAGTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTAACATGCTTGCGAGTATTTGGGTG--TTGAAACCCTTGTGCAGAATGAAAGTAAATGTAAATGGGACCTTATAT--------------------ATAAGTGCACCATTGACCAGTCCAGATTATTTATATGATGGTACTGAGTAAGAGCAAGTATGCTGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCTCGTAGCGGTTCTGACGTGCAAATCGATCGTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAGACTC--ACATCAGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCCTTGGGGATGAAACATCCTTAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTAAGACGTTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAATTGTTGACGTTAAAAAGCTCGTAGTCGAACTTCAGCCTCTGGCAGTTGGTCCGCCTTTTGGTGTGTACTGATTTGTTGGAGGCTTACCTCTTGGTGAACTTCAATGCACTTTACTGTGTGTTGGGGGGAACCAGGACTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCATATGTCTGAATACATTAGCATGGAATAATAAAATAGGACGTGTGATCCTATTTTGTTGGTTTCTAGGATTACCGTAATGATTAATAGGGTCAGTTGGGGGCATTTGTATTACATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTAATGTAAGACAAACTACTGCGAAAGCATCTGCCAAGGATGACTTCATTGATCAAGAACGAAGGTTAAGGGTTCAAAAACGATCAGATACCGTTGTAGTCTTAACAGTAAACTATGCCGACTGGGGATCAGACAAGGATTTATAATGACTTGTTTGGCACCCAAAGGGAAACCTGAAGTTTAGGTTCGTGGGGGAGTACGGTCACAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGTGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTCACCAGGTCCAGACACAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTTTTTCTTGATTTTGTGGTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACCTTCTCCTGCTAAATAGTCCAGCTGGCTATGGCTGGCTGCTGACTTCTTAGAGGGACTATCAACGTTTAGTTGATGGAAGTTGGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGACCAAGCCAGCGAGTATATCACCTTATCTGAAAGGATTGGGTAATCTTGTGAAACTTGGTCGTGATGGGGATAGAGCATTGCAATTATTGCTCTTCAACGAGGAATACCTAGTAAGCACATGTCATCAGCATGTGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGGTGACTTAGTGAGGCGTTTGGAGAGCCTATAGGGAGCTGGTGTAGAAGGTAGTGGTTATGGGGTAGCACTAGGTTTTGTAAGCACAGTAGGTGTAATAAGTCTATGATTTAGGGATGTAAGTGCAGAAGGAGCACTAGGAGGGTATCATACGTTTGATGTACAGCGTTCTCTAAATATGGGAGTAGTACTATTTATTGTAAGTGAGATCTTTTTTTTTGTATCCATTTTTTGGGCTTATTTTCATTCAGCTCTAAGTCCTACGGTTGAGCTAGGTTCTCAATGGCCTGCACCAGGTGTGGAGCCGCTGAATGCATTTGAGATTCCACTTCTAAATACAATTCTACTACTAACCTCAGCGAGCTCACTAACTTATGCTCATCAAGCTCTAATTAATGGGAATAGGAAGTCATGTCTAATTGGTTTTGTGGTGACTATGGCACTGGCAGTAACTTTCACAGGGTTTCAAGCACTAGAGTATATTGAAGCACCCTTTACCATTTCAGATGGGGCATTTGGTAGTACTTTTTTCTTTAGTACAGGTTTTCATGGGATTCACGTAATTATTGGAACGATTTTTCTAACAGTAGCGCTAGCTCGAATTATTAGTTACCAACTAACGGACCATCACCATCTAGGGTTTG ; END; [ The following blocks are output data for analysis step 16381 ] BEGIN TREES; TITLE 'Pucciniales LSU, SSU, CO3'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep16381; TREE Bayesian_Inference = [&R] (Achrotelium_ichnocarpi_BRIP55685:0.011662,(Cystopsora_notelaeae_BRIP58325:0.029714,((Eocronartium_muscicola:0.061766,Helicobasidium_purpureum:0.027513):0.079295,(((((((((Uromycladium_sp_BRIP59239:0.002253,Uromycladium_fusisporum_BRIP57526:0.013026):0.0017,(Uromycladium_acaciae_BRIP60092:3.2E-4,Uromycladium_naracoortensis_MEL2359562:3.19E-4):0.001949):0.004406,Uromycladium_simplex_BRIP59214:0.003901):0.001639,(Uromycladium_notabile_BRIP59234:0.015388,((Uromycladium_tepperianum_BRIP56963:0.002737,Uromycladium_tepperianum_BRIP56928:0.001893):0.003545,Uromycladium_falcatarium_BRIP57477:0.008932):0.011738):0.004456):0.007473,Uromycladium_robinsonii_BRIP57538:0.010252):0.038389,((((Phakopsora_annonae_sylvaticae_PUR87311:0.003817,(((Phakopsora_crucis_filii_ZTMyc48990:7.03E-4,Phakopsora_pistila_ZTMyc49000:3.26E-4):0.004129,Phakopsora_rolliniae_ZTMyc49000:0.02018):0.008025,Phakopsora_cherimoliae:0.010148):0.002814):0.004051,Phakopsora_myrtacearum_PREM61155:0.006683):0.019827,Masseeella_capparis_BRIP56844:0.067533):0.022625,(((((((Endoraecium_disparrimae_BRIP55626:0.005998,Endoraecium_violae_faustae_BRIP56540:0.007762):0.001317,Endoraecium_phylliodorum_BRIP57578:0.003315):0.002031,Endoraecium_holosericiae_BRIP55631:0.005834):8.33E-4,Endoraecium_auriculiformae_BRIP55609:0.002101):0.00312,(Endoraecium_tropicae_BRIP56555:0.001544,Endoraecium_parvum_BRIP53616:7.94E-4):0.006115):0.009851,((Endoraecium_irroratae_BRIP57286:0.009248,(Endoraecium_podalyriifoliae_BRIP57576:0.001196,Endoraecium_carnegiei_BRIP57924:7.97E-4):0.00207):0.002601,(Endoraecium_falciforme_BRIP57583:0.002833,Endoraecium_maslinii_BRIP57872:0.001321):0.004856):0.046188):0.005415,(Endoraecium_tierneyi_BRIP27071:9.51E-4,(Endoraecium_koae_BPI871071:8.57E-4,Endoraecium_acaciae_BPI871098:3.64E-4):0.003166):0.0366):0.068764):0.005271):0.018792,(((Sphenorchidium_polyalthiae_ZTHeRB251:0.030849,(Puccinia_psidii_BRIP7793:0.018373,(((Dasyspora_echinata_PURN6196:3.42E-4,Dasyspora_gregaria_ZTMyc3397:0.001743):0.001175,Dasyspora_segregaria_PMAMP4941:0.001545):0.025248,((Dasyspora_amazonica_BPI0116382:0.005205,(Dasyspora_nitidae_ZTMyc3409:0.003499,Dasyspora_guianensis_ZTMyc3413:0.006352):8.41E-4):0.001276,(Dasyspora_winteri_SF30078:0.003894,Dasyspora_mesoamericana_PUR42390:0.005575):0.001211):0.024874):0.047311):0.006967):0.007856,Sphaerophragmium_acaciae_BRIP56910:0.018547):0.031652,(((Puccinia_stylidii_BRIP60107:0.001652,Puccinia_lagenophorae_BRIP57563:9.36E-4):0.009435,Puccinia_ursiniae_BRIP57993:0.012883):0.023659,((Uromyces_lomandracearum_BRIP59022:0.015587,Ceratocoma_jacksoniae_BRIP57762:0.015436):0.006502,Puccinia_myrsiphylli_BRIP57782:0.006414):0.01018):0.013548):0.015757):0.004901,((Hamaspora_acutissima_BRIP55606:0.040538,Gerwasia_rubi_BRIP58369:0.037832):0.019202,(Phragmidium_barnardii_BRIP56945:0.001699,Phragmidium_potentillae_BRIP60089:0.003067):0.040377):0.024459):0.013455,((Thekopsora_minima_BRIP57654:0.032,(((Melampsora_populnea:0.005405,Melampsora_medusae_fsp_tremuloides:0.008585):0.002584,Melampsora_abietis_canadensis:0.003925):0.007351,Melampsora_aecidioides:0.012203):0.077652):0.013481,((Coleosporium_tussilaginis_BRIP56944:0.02707,Chrysomyxa_pyrolae:0.008664):0.005922,((Chrysomyxa_nagodhii:5.7E-4,Chrysomyxa_cassandrae:0.003673):0.001983,(Chrysomyxa_ledicola:0.002646,Chrysomyxa_ledi_DAOM149959:0.004131):0.009461):0.026594):0.016671):0.021119):0.048282):0.059587):0.015147,(Maravalia_cryptostegiae_BRIP56898:0.013867,(Hemileia_vastatrix_BRIP61233:0.015373,Hemileia_sp_BRIP57470:0.024304):0.015416):0.004163); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr88777] END;