#NEXUS
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TreeBASE (cc) 1994-2008

Study reference:
Marston M., & Villalard-bohnsack M. 2002. Genetic variability and potential sources
of Grateloupia doryphora (Halymeniaceae, Rhodophyta), an invasive species in
Rhode Island waters (USA). Journal of Phycology, 38: 649-658.

TreeBASE Study URI:  http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S971]

[ The following blocks are input data for analysis step 1668 ]
BEGIN TAXA;
        TITLE  TaxaForAnalysisStep1668;
        DIMENSIONS NTAX=21;
        TAXLABELS
            Grateloupia_doryphora_England_1
            Grateloupia_doryphora_England_2
            Grateloupia_doryphora_FortBloque_3
            Grateloupia_doryphora_Herault_10
            Grateloupia_doryphora_Herault_4
            Grateloupia_doryphora_Netherlands_1
            Grateloupia_doryphora_Netherlands_2
            Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_10
            Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_11
            Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_4
            Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_6
            Grateloupia_doryphora_Roscoff_1
            Grateloupia_doryphora_Roscoff_2
            Grateloupia_doryphora_Roscoff_4
            Grateloupia_doryphora_Roscoff_5
            Grateloupia_sp_California
            Grateloupia_sp_Herault_1
            Grateloupia_sp_Herault_3
            Grateloupia_sp_Oregon
            Grateloupia_sp_Spain_3
            Grateloupia_sp_northcarolina_1
            ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
[! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M508]

	TITLE COX_spacer_region;
	LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1668;
	DIMENSIONS NCHAR=350;
	FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= .;

MATRIX
[                                                10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220       230       240       250       260       270       280       290       300       310       320       330       340       350      ]
[                                                 .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .         .      ]
Grateloupia_doryphora_England_1          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_England_2          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_FortBloque_3       ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACA{CT}TCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Herault_10         ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Herault_4          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Netherlands_1      ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Netherlands_2      ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_10     ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGTTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_11     ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGTTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_4      ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGG{AG}CAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGTTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_6      ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGCGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGTTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCA{AT}A
Grateloupia_doryphora_Roscoff_1          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGA{AG}AATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAA{AT}ATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Roscoff_2          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATT{AG}CAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Roscoff_4          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_doryphora_Roscoff_5          ATACCTGGTCGTTTAAACCAAACTTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGCTTGTATTATGGGCAATGTAGTGAGATTTGTGGAATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGGATTTCTAACAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAATTTCTGTATTGCAACTGACTTTACTGGTTGTTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATCGTTAAAAACATTCGTGAGTTGATTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTGA.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTGCAAA
Grateloupia_sp_California                ATACCTGGCCGCTTAAACCAAACTTCGTTATTTATAAAAAGGGAAGGTTTATACTACGGGCAATGTAGCGAGATTTGTGGGATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCAGTTTCATTACCAAATTACATTACCTGAATTTCCAATAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAGTTTCCGTAGTACAACTAACTTTATTGGTTATTTTATTTTTATTACTTTTTAATTCAAATTCGCAAGTTGTTAAAAATCTTCGCGAGTTAGTTAAACAGTTCTTCAAACAAATGTCAAAATAGTAATTG..AAAAATGACCTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCTGTGCAAA
Grateloupia_sp_Herault_1                 ATTCCTGGCCGTTTAAATCAAACTTCATTGTTTATAAAACGAGAAGGATTGTATTATGGGCAATGCAGCGAGATTTGTGGAATTAATCATGGGTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTCTCATTACCAAATTATATTACTTGAATCTCTAATAAATTAAGCGAATAGATTTATGAGAATTTCTGTAATACAATTAATTTTATTAATTATTTTATTTTTATTATTTTTTAATTCAAATTCACAAATTGTTAAAAACTTTCGTGAATTGATCAAACAATTTTTCAAACAAATATCAAAATAGTAATTGT.AAAAATGGCTTTTTTAACTCAGATTTCAAAATCTATACAAA
Grateloupia_sp_Herault_3                 ATTCCTGGCCGTTTAAATCAAACTTCATTGTTTATAAAACGAGAAGGATTGTATTATGGGCAATGCAGCGAGATTTGTGGAATTAATCATGGGTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCGGTCTCATTACCAAATTATATTACTTGAATCTCTAATAAATTAAGCGAATAGATTTATGAGAATTTCTGTAATACAATTAATTTTATTAATTATTTTATTTTTATTATTTTTTAATTCAAATTCACAAATTGTTAAAAACTTTCGTGAATTGATCAAACAATTTTTCAAACAAATATCAAAATAGTAATTGT.AAAAATGGCTTTTTTAACTCAGATTTCAAAATCTATACAAA
Grateloupia_sp_Oregon                    ATACCTGGTCGCTTAAACCAAACTTCGTTATTTATAAAAAGGGAAGGTTTATACTACGGGCAATGTAGCGAGATTTGTGGGATTAATCATGGTTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCAGTTTCATTACCAAATTACATTACCTGAATTTCCAATAAATTAAGCGAGTAAATTTATGAGAGTTTCCGTAGTACAACTAACTTTATTGGTTATTTTATTTTTATTACTTTTTAATTCAAATTCGCAAGTTGTTAAAAATCTTCGCGAGTTAGTTAAACAGTTCTTCAAACAAATATCAAAATAGTAATTG..AAAAATGACCTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCTGTGCAAA
Grateloupia_sp_Spain_3                   ATTCCCGGCCGCTTAAACCAAACTTCGTTATTTATAAAAAGAGAAGGTTTATACTATGGACAATGTAGTGAGATTTGTGGGATTAATCATGGTTTTATGCCCATTGTTGTTGAAGCAGTTTCGTTACCAAATTATATTACTTGAATTTCTAATAAATTAAGCGAGTAAATTTATG{CT}GATTTTCTATAATGCAATTAATTTTATTGGTTATTTTATTTTTATTACTTTTTAACTCAAATTCACAAATTGTTAAAAATCTTCGTGAATTTATTAAACGGTTCTTTAATCAAATATCAAAACAATAATTG..TAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCTGTGCAAA
Grateloupia_sp_northcarolina_1           ATTCCTGGTCGTTTAAATCAAACCTCATTATTTATAAAAAGAGAAGGTTTATATTACGGACAATGTAGCGAGATTTGTGGAATTAATCACGGCTTTATGCCTATTGTTGTTGAAGCAGTTTCGCTACCAAATTACATTACTTGAATTTCTAATAAATTAAGCGAGTAAGTTTATGAAAATCTCTGTAGTGCAACTAATTTTATTAGTTATTTTATTTTTGTTACTTTTTAATTCGAATTCACAAATAGTTAAAAATTTTCGTGAGTTGATTAAACAGTTTTTCAAACAAATATCAAAACAGTAATTAC.AAAAATGACTTTTTTAACTCAAATTTCAAAATCCGTACAAA
;
END;

[ The following blocks are output data for analysis step 1668 ]
BEGIN TREES;
      TITLE Tb6444;
      LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1668;
      TREE Fig._5 = [&R] (Grateloupia_sp_Herault_1,(Grateloupia_sp_Herault_3,(((((Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_6,Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_10,Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_11,Grateloupia_doryphora_RhodeIsland_4),Grateloupia_doryphora_England_2,Grateloupia_doryphora_FortBloque_3,Grateloupia_doryphora_Netherlands_1,Grateloupia_doryphora_Netherlands_2,Grateloupia_doryphora_England_1),Grateloupia_doryphora_Roscoff_4,Grateloupia_doryphora_Roscoff_5,Grateloupia_doryphora_Herault_4,Grateloupia_doryphora_Herault_10,Grateloupia_doryphora_Roscoff_2,Grateloupia_doryphora_Roscoff_1),((Grateloupia_sp_California,Grateloupia_sp_Oregon),Grateloupia_sp_Spain_3)),Grateloupia_sp_northcarolina_1)));
[!  TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5776]


END;