#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 22, 2024; 5:44 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Matos-maraví P., Clouse R.M., Sarnat E.M., Economo E.P., Lapolla J.S., Borovanska M., Rabeling C., Czekanski-moir J., Wilson E.O., & Janda M. 2018. An ant genus-group (Prenolepis) illuminates the drivers of insect diversification in the Indo-Pacific. Molecular Phylogenetics and Evolution, 123: 16-25. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18335] [ The following blocks are input data for analysis step 17125 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep17125; DIMENSIONS NTAX=135; TAXLABELS Acropyga_acutiventris Anoplolepis_gracilipes Brachymyrmex_depilis Camponotus_ Euprenolepis_procera Euprenolepis_wittei Formica_moki Lasius_californicus Myrmecocystus_flaviceps Myrmelachista_ Myrmoteras_ Notoncus_ Nylanderia_AUST001 Nylanderia_BOR001 Nylanderia_BOR002 Nylanderia_BOR003 Nylanderia_BOR004 Nylanderia_BOR005 Nylanderia_BOR006 Nylanderia_CHR01 Nylanderia_CLM011001 Nylanderia_CLM011004 Nylanderia_CLM011005 Nylanderia_CLM013001 Nylanderia_DMR01 Nylanderia_FJ03 Nylanderia_GUY01 Nylanderia_GUY02 Nylanderia_GUY03 Nylanderia_MAD01 Nylanderia_NYLA002 Nylanderia_NYLA003 Nylanderia_NYLA004 Nylanderia_NYLA005 Nylanderia_NYLA009 Nylanderia_NYLA012 Nylanderia_NYLA020 Nylanderia_NYLA021 Nylanderia_NYLA022 Nylanderia_NYLA023 Nylanderia_NYLA024 Nylanderia_NYLA025 Nylanderia_NYLA026 Nylanderia_NYLA027 Nylanderia_NYLA029 Nylanderia_NYLA030 Nylanderia_ORI003 Nylanderia_ORI004 Nylanderia_ORI005 Nylanderia_PALA001 Nylanderia_PALA002 Nylanderia_PER01 Nylanderia_PER02 Nylanderia_PHIL003 Nylanderia_PR1 Nylanderia_TIMO001 Nylanderia_VANU001 Nylanderia_amblyops Nylanderia_arenivaga Nylanderia_bourbonica Nylanderia_concinna Nylanderia_dodo Nylanderia_faisonensis Nylanderia_fulva Nylanderia_glabrior Nylanderia_helleri Nylanderia_hystrix Nylanderia_madagascarensis Nylanderia_microps Nylanderia_nuggeti Nylanderia_obscura Nylanderia_parvula Nylanderia_phantasma Nylanderia_pubens Nylanderia_steinheili Nylanderia_terricola Nylanderia_vaga Nylanderia_vitiensis Nylanderia_vividula Nylanderia_wojciki Oecophylla_smaragdina Opisthopsis_ Paraparatrechina_CLM013002 Paraparatrechina_CLM013004 Paraparatrechina_ORI001 Paraparatrechina_PARA001 Paraparatrechina_PARA002 Paraparatrechina_PARA003 Paraparatrechina_PARA004 Paraparatrechina_PARA006 Paraparatrechina_PARA010 Paraparatrechina_PARA011 Paraparatrechina_PARA012 Paraparatrechina_PARA013 Paraparatrechina_PARA014 Paraparatrechina_PARA015 Paraparatrechina_PARA016 Paraparatrechina_PARA018 Paraparatrechina_PARA019 Paraparatrechina_PARA020 Paraparatrechina_PARA021 Paraparatrechina_PARA022 Paraparatrechina_PARA023 Paraparatrechina_PARA024 Paraparatrechina_PARA025 Paraparatrechina_PARA026 Paraparatrechina_PARA027 Paraparatrechina_PARA028 Paraparatrechina_PARA029 Paraparatrechina_VANU002 Paraparatrechina_VANU003 Paraparatrechina_glabra Paraparatrechina_lecamopteridis Paraparatrechina_minutula Paraparatrechina_oceanica Paraparatrechina_opaca Paraparatrechina_pallida Paraparatrechina_weissi Paratrechina_longicornis Polyergus_breviceps Polyrhachis_ Prenolepis_imparis Prenolepis_melanogaster Prenolepis_nitens Pseudolasius_ORI002 Pseudolasius_PHIL002 Pseudolasius_PSEU002 Pseudolasius_PSEU003 Pseudolasius_PSEU004 Pseudolasius_PSEU005 Pseudolasius_australis Pseudolasius_typhlops Zatania_albimaculata Zatania_cisipa Zatania_gloriosa ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Camponotus_ 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Euprenolepis_procera 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Lasius_californicus 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Nylanderia_NYLA020 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Nylanderia_NYLA021 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Nylanderia_NYLA022 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Nylanderia_NYLA023 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Nylanderia_PALA002 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Nylanderia_PER01 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Nylanderia_PER02 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Nylanderia_PHIL003 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Nylanderia_PR1 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Nylanderia_TIMO001 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Nylanderia_bourbonica 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Nylanderia_concinna 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Nylanderia_glabrior 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Nylanderia_helleri 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Nylanderia_obscura 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Nylanderia_parvula 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Nylanderia_phantasma 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Nylanderia_pubens 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Nylanderia_steinheili 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Nylanderia_terricola 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Nylanderia_vaga 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Nylanderia_vitiensis 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Nylanderia_vividula 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Nylanderia_wojciki 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Oecophylla_smaragdina 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Paratrechina_longicornis 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Zatania_cisipa ??????????????????????????????????CAATTACCGGCTGATTGGGAAGTACTCTTTACCAACACTAATGACAACAGTAATGAGGGTATAATTCATTCAAATCTGCCGTATTTCTCCGTTCAATTTCATCCAGAGCACACAGCAGGACCTGAAGATCTCGAATGTCTCTTCGATGTATTTTTGGAGATCGTGAAAGACGAGATCGAGAATCGGTCTTGGATC---TCTATAAAAGATAGATTCACTCAAAAG---CTAATCTATGAATCTTCGGCTCTAATT---ACACTCGAACGGCCTAAGAAAGTGCTAATTTTGGGCTCCGGAGGACTCAGCATCGGCCAAGCCGGAGAATTCGATTATTCGGGCTCTCAAGCAATAAAAGCATTAAAGGAAGAATCAATACAAACTCTTTTGATAAATCCTAATATCGCCACGGTACAAACATCAAAAGGCATGGCTGATAAAGTGTATTTCTTGCCAATTACACCAGAATATGTCGAACAGGT?ATACGATCGGAGAGGCCGGATGGCGTACTATTAACATTTGGTGGACAAACCGCTCTTAATTGCGGCGTAGAACTTGAGAGAAACGGCGTGTTTGCGAAATACAATGTTAAAATTCTAGGAACGCCGATCGAATCTATCATACAAACTGAAGACAGAAAGATATTTGCAGATCGTGTCAGCGAGATAAATGAAAGAATCGCACCAAGTGCTGCCGTGTATTCCGTTCAAGAGGCATTAGAAGCCGCTGAAAAACTGGGTTATCCTGTAATGGCACGTGCTGCGTTCTCGCTCGGTGGTCTTGGATCAGGTTTTGCTAATACGAAGGAAGAACTTAGAAAGCTAGCGCAACAAGCTTTAGCTCACTCCAGCCAACTAATAATTGACAAATCCTTGCAAGGCTGGAAGGAGGTAGAGTACGAGGTTGTCCGCGACGCATATGATAACTGTATCACGTGAAATCCGTCGAGATGCATCACGAAGCGCTGACGGAAGCCCTGCCCGGCGACAACGTCGGCTTCAACGTGAAGAACATCTCCGTGAAGGAGCTGAGGCGCGGCTACGTGGCCGGCGACTCCAAGAATCAGCCGCCGCGCGGTGCCGCCGACTTCACCGCCCAGGTGATCGTGCTGAATCACCCGGGACAGATCAGCAACGGTTACACGCCGGTGCTCGATTGTCACACCGCCCACATCGCGTGCAAGTTCGCCGAGATTAAGGAGAAATGCGACCGTCGTACCGGCAAGACTACCGAGGAGAATCCGAAGAGTATAAAGAGCGGCGACGCGGCCATCGTGATGTTGCAGCCGACCAAGCGATATTGCCCTATGGAAATTCGAAACCTCCAAATACTACGTCACCATCATCGACGCTCCTGGACACAGAGATTTTATCAAGAACATGATCACTGGTACCTCGCAAGCTGATTGCGCTGTACTCATTGTCGCCGCTGGTACTGGCGAATTCGAGGCTGGTATCTCGAAGAATGGACAGACTCGTGAGCACGCTTTGCTCGCCTTTACTCTCGGCGTCAAACAGCTGATCGTCGGAGTTAACAAGATGGATTCCACCGAGCCTCCGTACTCCGAGACTCGATTCGAGGAAATCAAGAAGGAAGTCTCCTCGTACATCAAAAAGATCGGCTACAACCCGGCCGCAGTCGCGTTTGTTCCCATTTCCGGCTGGCACGGAGACAATATGTTGGAGCCATCCGCCAAGATGCCCTGGTTCAAGGGATGGGCTGTGGAACGCAAGGAAGGCAAAGCCGACGGTAAATGCCTTATCGAAGCTCTCGATGCTATCCTGCCACCCACCAGGCCGACCGACAAGGCTTATCCTTTATTTTTTATTTGCTATCTGAGCAGGGATAATTGGATCATCAATAAGAATAATTATCCGTTTAGAACTAGGATCTTCAAACTCTTTAATCAATAATGATCAAATTTATAATTCTATAGTAACTAGACACGCCTTTATCATAATTTTTTTTATAGTTATACCCTTTATAATCGGAGGATTTGGAAATTTTTTAATCCCTTTAATATTAGGATCTCCTGATATAGCTTACCCTCGAATAAATAATATAAGGTTTTGATTACTTCCCCCCTCTATTACATTACTTTTATTAAGAAATTTTATTAATGATGGTGTAGGTACAGGATGAACTGTTTATCCGCCATTAGCTTCAAATATCTTTCATAATGGTCCTTCAATCGACCTTGCTATTTTTTCCCTTCATATTGCTGGAATGTCATCAATCCTTGGGGCAATTAATTTTATTTCTACTATTCTTAATATACATCATAAAAATTTCTCAATTGATAAAATTCCTCTTCTTGTTTGATCAATTTTAATCACAGCAATTTTACTTTTACTATCTCTTCCAGTATTAGCAGGGGCTATTACTATATTATTAACTGACCGAAATCTAAATACTTCATTTTTTGATCCCTCTGGAGGTGGGGACCCAATTCTCTACCAACATTTATTT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGCCAAGCTTCCGCGTGGTCGGCGATAATCTGAAGGATCGGTTCGACGGCGCCTCCCGGGTAATGGTCAGCAATTCGGATCGCGTGCGC---------------AGTAACGTGCACGCC------AACTCGGCGAGCAACTCCGTGCACCAGCACCGCGACGGTCTCGCACGTCGGCAGCGCTACAACTTTCAGCTGAAGCCGTACAATCCGGAGCACAAGCCGCCCGGGCCGAAGGACCTGGTCTACCTGGAGCAGTCGCCGCCGTTCTGCGAAAAGAATCCCGCCCTAGGAATCCTGGGCACCCACGGACGACTGTGCAACGACACCAGCCTCGGCGTCGACGGCTGCGACCTGATGTGCTGCGGCAGGGGCTACAAGACTCAGGAGGTGAGTGTGATCGAGAGGTGCGCCTGCATC Zatania_gloriosa 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; END; BEGIN SETS; CHARSET LCO (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 1847-2505; CHARSET CAD (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 1-970; CHARSET LWR (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 2506-2963; CHARSET wingless (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 2964-3384; CHARSET EF1 (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 971-1329; CHARSET EF2 (CHARACTERS = Prenolepis_CAD_EF1_EF2_LCO_LWR_WNT) = 1330-1846; END; [ The following blocks are output data for analysis step 17125 ] BEGIN TREES; TITLE Prenolepis_Lognormal_calibration_distribution; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep17125; TREE TREE1 = [&R] ((((((((Brachymyrmex_depilis:40.390305062783085,Myrmelachista_:40.390305062783085):25.546754322478833,(Lasius_californicus:18.539393678637552,Myrmecocystus_flaviceps:18.539393678637552):47.39766570662435):5.658550048081409,((((Zatania_albimaculata:15.448878722143817,Zatania_cisipa:15.448878722143817):1.8861894858193438,Zatania_gloriosa:17.33506820796316):22.318907002332793,(((((Paraparatrechina_CLM013002:7.632175787702835,(Paraparatrechina_opaca:5.628025600502845,Paraparatrechina_ORI001:5.628025600502845):2.00415018719999):5.607081718661306,(((Paraparatrechina_PARA001:1.1350769182724463,Paraparatrechina_PARA002:1.1350769182724463):0.8050241866714742,Paraparatrechina_PARA004:1.9401011049439063):2.9668501375839895,Paraparatrechina_PARA003:4.90695124252791):8.332306263836244):7.4978515238938,(Paraparatrechina_CLM013004:18.773869257875184,(Paraparatrechina_glabra:13.764505409006702,Paraparatrechina_weissi:13.764505409006702):5.0093638488684675):1.9632397723827708):8.863567082808345,(((Paraparatrechina_lecamopteridis:15.91170800646239,(((Paraparatrechina_pallida:5.015091484325907,Paraparatrechina_PARA006:5.015091484325907):4.068320273894372,Paraparatrechina_PARA021:9.08341175822028):4.3460155172271016,Paraparatrechina_VANU002:13.429427275447381):2.4822807310150097):1.0090445930954388,(((((Paraparatrechina_minutula:4.292078916704668,Paraparatrechina_PARA024:4.292078916704668):1.1484840614354965,Paraparatrechina_PARA023:5.440562978140164):2.2726841883133915,((((Paraparatrechina_oceanica:2.409323452622118,Paraparatrechina_PARA026:2.409323452622118):3.225301114345598,((Paraparatrechina_PARA010:3.404354600417392,Paraparatrechina_PARA025:3.404354600417392):1.0277424551264076,(Paraparatrechina_PARA027:2.08601058161328,Paraparatrechina_VANU003:2.08601058161328):2.3460864739305194):1.2025275114239165):1.079765516434378,((Paraparatrechina_PARA013:5.126549622424392,Paraparatrechina_PARA015:5.126549622424392):0.7210265686665736,Paraparatrechina_PARA016:5.847576191090965):0.8668138923111286):0.45226957346593366,((Paraparatrechina_PARA011:2.304902519509838,Paraparatrechina_PARA028:2.304902519509838):2.6917990142943466,(Paraparatrechina_PARA022:3.5409763767081017,Paraparatrechina_PARA029:3.5409763767081017):1.455725157096083):2.169958123063843):0.5465875095855282):0.4771416223714624,Paraparatrechina_PARA014:8.190388788825018):1.2871421827738914,Paraparatrechina_PARA012:9.47753097159891):7.443221627958934):1.3571048571354467,((Paraparatrechina_PARA018:6.941867824981983,Paraparatrechina_PARA019:6.941867824981983):3.636418738601975,Paraparatrechina_PARA020:10.578286563583958):7.699570893109318):11.322818656373009):7.282356549161783,((Prenolepis_imparis:5.029236790640006,Prenolepis_nitens:5.029236790640006):1.678704837510132,Prenolepis_melanogaster:6.707941628150138):30.17509103407793):2.770942548067886):3.767422988160078,(((((((((Nylanderia_amblyops:3.217414421730865,Nylanderia_MAD01:3.217414421730865):5.5189555477421095,Nylanderia_dodo:8.736369969472975):1.101553678411662,(((((Nylanderia_AUST001:2.642073814795566,Nylanderia_VANU001:2.642073814795566):1.610104181137359,((((Nylanderia_FJ03:2.727738869937454,((Nylanderia_NYLA029:1.456338491578137,Nylanderia_obscura:1.456338491578137):0.8251353400698846,Nylanderia_NYLA030:2.2814738316480216):0.4462650382894324):0.6065535802888462,Nylanderia_NYLA027:3.3342924502263003):0.36114706875379454,((Nylanderia_NYLA003:1.749601462694173,(Nylanderia_NYLA024:1.3564045917177054,(Nylanderia_NYLA025:0.9965594555149124,Nylanderia_NYLA026:0.9965594555149124):0.359845136202793):0.3931968709764675):1.0555622885244489,Nylanderia_NYLA005:2.805163751218622):0.890275767761473):0.36525705732385916,Nylanderia_NYLA020:4.060696576303954):0.19148141962897114):0.39810287375722453,(Nylanderia_glabrior:3.783487071304876,Nylanderia_NYLA004:3.78348707130489):0.8667937983852596):2.1271007782233653,(((((Nylanderia_bourbonica:3.1694264865940767,Nylanderia_CHR01:3.1694264865940767):1.1978616230496257,Nylanderia_ORI004:4.367288109643702):0.6027603483577693,Nylanderia_ORI005:4.970048458001472):0.8079617645823092,Nylanderia_CLM011005:5.778010222583781):0.5694566849404552,((Nylanderia_PALA001:1.474292041689381,Nylanderia_PHIL003:1.474292041689381):2.926788991331989,Nylanderia_vaga:4.40108103302137):1.946385874502866):0.4299147403892647):1.7542377246898866,Nylanderia_TIMO001:8.531619372603387):1.3063042752812493):1.7170275752780668,((((Nylanderia_DMR01:7.202195181949037,((Nylanderia_fulva:1.2800381653134707,Nylanderia_pubens:1.2800381653134707):5.569281377221664,((((Nylanderia_GUY01:2.5854243900829346,Nylanderia_steinheili:2.5854243900829346):1.0717049331665294,Nylanderia_PER01:3.657129323249464):1.2736857947959663,Nylanderia_GUY02:4.93081511804543):0.549253155973787,Nylanderia_PER02:5.480068274019217):1.3692512685159173):0.3528756394139023):1.9473982652475712,(Nylanderia_microps:5.861051908140723,Nylanderia_PR1:5.861051908140723):3.2885415390558848):0.3409670384396861,Nylanderia_GUY03:9.490560485636294):1.0380866596127163,N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[! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr91243] END;