#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 12:59 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Kingsley E.P., Kozak K.M., Pfeiffer S., Yang D., & Hoekstra H.E. 2015. The ultimate and proximate mechanisms driving the evolution of long tails in forest deer mice. Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18261] [ The following blocks are input data for analysis step 17328 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep17328; DIMENSIONS NTAX=106; TAXLABELS Peromyscus_leucopus_ON_53 Peromyscus_maniculatus_abietorum_ME_1 Peromyscus_maniculatus_angustus_VI_87 Peromyscus_maniculatus_angustus_VI_88 Peromyscus_maniculatus_austerus_WA_12 Peromyscus_maniculatus_austerus_WA_90 Peromyscus_maniculatus_austerus_WA_91 Peromyscus_maniculatus_austerus_oreas_BC_45 Peromyscus_maniculatus_austerus_oreas_BC_46 Peromyscus_maniculatus_bairdii_NE_76 Peromyscus_maniculatus_bairdii_NE_77 Peromyscus_maniculatus_blandus_CH_69 Peromyscus_maniculatus_blandus_CH_70 Peromyscus_maniculatus_borealis_AB_47 Peromyscus_maniculatus_borealis_AB_48 Peromyscus_maniculatus_borealis_AB_72 Peromyscus_maniculatus_borealis_AB_73 Peromyscus_maniculatus_borealis_AB_74 Peromyscus_maniculatus_coolidgei_BS_23 Peromyscus_maniculatus_fulvus_VZ_86 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_2 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_29 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_3 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_30 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_31 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_32 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_4 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_5 Peromyscus_maniculatus_gambelii_CA_6 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_57 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_58 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY10 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY12 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY13 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY14 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY15 Peromyscus_maniculatus_gambelii_OR_DSY16 Peromyscus_maniculatus_gracilis_MI_108 Peromyscus_maniculatus_gracilis_MI_109 Peromyscus_maniculatus_gracilis_MI_111 Peromyscus_maniculatus_gracilis_MI_112 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_43 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_44 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_51 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_52 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_55 Peromyscus_maniculatus_gracilis_ON_56 Peromyscus_maniculatus_gracilis_VT_7 Peromyscus_maniculatus_keeni_AK_104 Peromyscus_maniculatus_keeni_AK_105 Peromyscus_maniculatus_labecula_TL_84 Peromyscus_maniculatus_luteus_CO_100 Peromyscus_maniculatus_luteus_CO_101 Peromyscus_maniculatus_luteus_CO_98 Peromyscus_maniculatus_luteus_CO_99 Peromyscus_maniculatus_luteus_NE_102 Peromyscus_maniculatus_luteus_NE_103 Peromyscus_maniculatus_nebrascensis_MT_11 Peromyscus_maniculatus_nebrascensis_UT_27 Peromyscus_maniculatus_nebrascensis_UT_28 Peromyscus_maniculatus_nebrascensis_WY_79 Peromyscus_maniculatus_nubiterrae_PA_92 Peromyscus_maniculatus_nubiterrae_PA_93 Peromyscus_maniculatus_nubiterrae_VA_9 Peromyscus_maniculatus_rubidus_CA_26 Peromyscus_maniculatus_rubidus_CA_38 Peromyscus_maniculatus_rubidus_CA_39 Peromyscus_maniculatus_rubidus_CA_40 Peromyscus_maniculatus_rubidus_CA_41 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_34 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_42 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY02 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY03 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY04 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY05 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY06 Peromyscus_maniculatus_rubidus_OR_DSY07 Peromyscus_maniculatus_rufinus_AZ_94 Peromyscus_maniculatus_rufinus_AZ_95 Peromyscus_maniculatus_rufinus_NM_13 Peromyscus_maniculatus_rufinus_NM_14 Peromyscus_maniculatus_rufinus_NM_15 Peromyscus_maniculatus_rufinus_NM_68 Peromyscus_maniculatus_rufinus_UT_59 Peromyscus_maniculatus_rufinus_UT_60 Peromyscus_maniculatus_santacruzae_CA_35 Peromyscus_maniculatus_santacruzae_CA_36 Peromyscus_maniculatus_santacruzae_CA_37 Peromyscus_maniculatus_serratus_ID_66 Peromyscus_maniculatus_serratus_ID_67 Peromyscus_maniculatus_serratus_ID_75 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_AZ_19 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_AZ_20 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_CA_24 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_CA_25 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_CA_33 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_CA_96 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_CA_97 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_NM_21 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_NV_63 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_NV_64 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_17 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_18 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_61 Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_62 Peromyscus_polionotus_GA_106 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34221] TITLE Peromyscus_maniculatus_mt_ND3CO3; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep17328; DIMENSIONS NCHAR=1190; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_NM_21 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Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_17 ??CCACCAAACCCATGCTTATCACATAGTAAACCCAAGCCCATGACCACTAACAGGAGCATTCTCAGCCCTCCTACTTACATCAGGCTTAGTAATATGATTTCACTATAATTCATACACCCTAATAACTATTGGTTTATTAGCAAATATCCTAACAATATATCAATGATGACGAGATATTGTACGAGAAGGGACCTATCAAGGCCACCACACACCAATTGTACAAAAAGGACTTCGCTACGGAATAATCCTATTTATCGTATCAGAAGTCTTCTTCTTCGCCGGATTCTTCTGAGCCTTCTACCACTCTAGCCTAGCACCAACCCATGACTTAGGGGGATGCTGACCTCCTACAGGAATCACCCCCTTAAACCCATTAGAAGTTCCCTTACTTAACACATCAGTACTTCTAGCATCCGGAGTATCCATCACATGAGCTCACCACAGCCTAATAGAAGGAAAACGCAATAATATAAATCAAGCTCTTATTATTACAATCCTACTTGGAATCTATTTCACTATTCTTCAAGCCTCAGAATATTTTGAAACCCCATTCTCTATCTCAGATGGAATTTATGGGTCTACATTCTTTATAGCAACTGGATTCCACGGCCTCCATGTAATTATTGGGACTACCTTCCTAATAGTATGCTTACTACGCCAACTCAAATACCACTTTACATCTAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACACTTCGTTGACGTAGTATGATTATTCCTATATGTATCTATTTATTGATGAGGATCATACTTTCTTAGTATAATAAGTACAACTGACTTCCAATCAGTTAGATCTAGACCTAACCTAGAAGAAAGTAATAAATATACTAACAGCCCTATTAGTAAATATTACGCTATCAATACTCCTAATCATCATTGCCTTCTGACTACCCCAACTTAATTTATATACTGAAAAAGCAAACCCGTATGAGTGCGGATTTGACCCCATAGGCTCTGCTCGCCTCCCATTCTCAATAAAATTTTTCCTAGTAGCAATCACTTTCTTACTATTTGACCTAGAAATTGCACTTCTACTTCCACTACCATGAGCTATCCAAATATATAATATTAACATCATAATATTAACAGCTTTCATCCTAGTCTCCGTATTAGCATTAGGCTTAGCCTACGAGTGACTACAAAAAGGACTAGAATGAA Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_18 ??CCACCAAACCCATGCTTATCACATAGTAAAC????GCCCATGACCACTAACAGGAGCATTCTCAGCCCTCCTACTTACATCAGGCTTAGTAATATGATTTCACTATAATTCATACACCCTAATAACTATTGGCTTATTAGCAAATATCCTAACAATATATCAATGATGACGAGATATTGTACGAGAGGGGACCTATCAAGGCCACCACACACCAATTGTACAAAAAGGACTTCGCTACGGAATAATCCTATTTATCGTATCAGAAGTCTTCTTCTTCGCTGGATTCTTCTGAGCCTTCTACCACTCTAGCCTAGCACCAACCCATGACTTAGGAGGATGTTGACCTCCTACAGGAATCACCCCCTTAAACCCATTAGAAGTCCCCTTACTTAACACATCAGTACTTCTAGCATCCGGAGTATCCATCACATGAGCTCACCACAGCCTAATAGAAGGAAAACGCAATAATATAAATCAAGCTCTTATTATTACAATCCTACTTGGAATCTATTTCACTATTCTTCAAGCCTCAGAATATTTTGAAACCCCATTCTCTATCTCAGATGGAATTTATGGGTCTACATTCTTTATAGCAACTGGATTCCACGGCCTCCATGTAATCATTGGGACTACCTTCCTAATAGTATGCCTACTACGCCAACTCAAATACCACTTTACATCTAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACACTTCGTTGACGTAGTATGATTATTCCTATATGTATCTATTTATTGATGAGGATCATACTTTCTTAGTATAATAAGTACAACTGACTTCCAATCAGTTAGATCTAGACCTAATCTAGAAGAAAGTAATAAATATACTAACAGCCCTATTAGTAAATATTACGCTATCAATACTCCTAATCATCATTGCCTTCTGACTACCCCAACTTAATTTATATACTGAAAAAGCAAACCCGTATGAGTGCGGATTTGACCCCATAGGCTCTGCTCGCCTCCCATTCTCAATAAAATTTTTCCTAGTAGCAATCACTTTCTTACTATTTGACCTAGAAATTGCACTTCTACTTCCACTACCATGAGCTATCCAAATATATAATATTAACATCATAATATTAACAGCTTTCATCCTAGTCTCCGTATTAGCATTAGGCTTAGCCCACGAGTGACTACAAAAAGGACTAGAATGAA Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_61 ??CCACCAAACCCATGCTTATCACATAGTAAACC???GCCCATGACCACTAACAGGAGCATTCTCAGCCCTCCTACTTACATCAGGCTTAGTAATATGATTTCACTATAATTCATACACCCTAATAACTATTGGTTTATTAGCAAATATCCTAACAATATATCAATGATGACGAGATATTGTACGAGAAGGGACCTATCAAGGCCACCACACACCAATTGTACAAAAAGGACTTCGCTACGGAATAATCCTATTTATCGTATCAGAAGTCTTCTTCTTCGCTGGATTCTTCTGAGCCTTCTACCACTCTAGCCTAGCACCAACCCATGACTTAGGAGGATGCTGACCTCCTACAGGAATCACCCCCCTAAACCCATTAGAAGTCCCCTTACTTAACACATCAGTACTTCTAGCATCCGGAGTATCCATCACATGAGCTCACCACAGCCTAATAGAAGGAAAACGCAATAATATAAATCAAGCTCTTATTATTACAATCCTACTTGGAATCTATTTCACTATTCTTCAAGCCTCAGAATATTTTGAAACCCCATTCTCTATCTCAGATGGAATTTATGGGTCTACATTCTTTATAGCAACTGGATTTCACGGCCTCCATGTAATTATTGGGACTACCTTCCTAATAGTATGCCTACTACGCCAACTCAAATACCACTTTACATCTAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACACTTCGTTGACGTAGTATGATTATTCCTATATGTATCTATTTATTGATGAGGATCATACTTTCTTAGTATAATAAGTACAACTGACTTCCAATCAGTTAGATCTAGACCTAACCTAGAAGAAAGTAATAAATATACTAACAGCCCTATTAGTAAATATTACGCTATCAATACTCCTAATCATCATTGCCTTCTGACTACCCCAACTTAATTTATATACTGAAAAAGCAAACCCGTATGAGTGCGGATTTGACCCCATAGGCTCTGCTCGCCTCCCATTCTCAATAAAATTTTTCCTAGTAGCAATCACTTTCTTACTATTTGACCTAGAAATTGCACTTCTACTTCCACTACCATGAGCTATCCAAATATATAATATTAACATCATAATATTAACAGCTTTCATCCTAGTCTCCGTA??AGCATTAGGCTTAGCCCACGAGTGACTACAAAAAG?A?TAGAATGAA Peromyscus_maniculatus_sonoriensis_UT_62 ???????????????????????????????????????CCATGACCACTAACAGGAGCATTCTCAGCCCTCCTACTTACATCAGGCTTAGTAATATGATTTCACTATAATTCATACACCCTAATAACTATTGGCTTATTAGCAAATATCCTAACAATATATCAATGATGACGAGATATTGTACGAGAAGGGACCTATCAAGGCCACCACACACCAATTGTACAAAAAGGACTTCGCTACGGAATAATCCTATTTATCGTATCAGAAGTCTTCTTCTTCGCTGGATTCTTCTGAGCCTTCTACCACTCTAGCCTAGCACCAACCCATGACTTAGGAGGATGCTGACCTCCTACAGGAATCACCCCCTTAAACCCATTAGAAGTCCCCTTACTTAACACATCAGTACTTCTAGCATCCGGAGTATCCATCACATGAGCTCACCACAGCCTAATAGAAGGAAAACGCAATAATATAAATCAAGCTCTTATTATTACAATCCTACTTGGAATCTATTTCACTATTCTTCAAGCCTCAGAATATTTTGAAACCCCATTCTCTATCTCAGATGGAATTTATGGGTCTACATTCTTTATAGCAACTGGATTCCACGGCCTCCATGTAATCATTGGGACTACCTTCCTAATAGTATGCCTACTACGCCAACTCAAATACCACTTTACATCTAAACATCACTTCGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACACTTCGTTGACGTAGTATGATTATTCCTATATGTATCTATTTATTGATGAGGATCATACTTTCTTAGTATAATAAGTACAACTGACTTCCAATCAGTTAGATCTAGACCTAATCTAGAAGAAAGTAATAAATATACTAACAGCCCTATTAGTAAATATTACGCTATCAATACTCCTAATCATCATTGCCTTCTGACTACCCCAACTTAATTTATATACTGAAAAAGCAAACCCGTATGAGTGCGGATTTGACCCCATAGGCTCTGCTCGCCTCCCATTCTCAATAAAATTTTTCCTAGTAGCAATCACTTTCTTACTATTTGACCTAGAAATTGCACTTCTACTTCCACTACCATGAGCTATCCAAATATATAATATTAACATCATAATATTAACAGCTTTCATCCTAGTCTCCGTA??AGCATTAGGCTTAGCCCACGAGTGACTACAAAAAG?A?TAGAA???? Peromyscus_polionotus_GA_106 ????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACAAAAAGGA?TTCGCTACGGAATATTCCTTTTTTTCGTATCAGAAGTCTTTTT?TTCGCTGGGTTTTT??GAGCCTTCTACCACTCTAGTCTAGCACCAACCCACGACTTAGGGGGATGCTGACCTCCTACAGGAATTACCCCTTTAAACCCACTAGAAGTTCCCTTACTTAACACATCAGTACTTCTAGCATCCGGAGTATCCATCACATGAGCCCACCACAGCCTAATAGAAGGAAAACGCAGTAATATAAATCAAGCTCTTCTTATTACAATCCTACTTGGAATCTATTTCACCATTCTTCAAGCCTCAGAATATTTTGAAACCCCATTCTCTATCTCAGACGGGGTTTATGGATCTACATTCTTTATAGCAACTGGATTTCACGGCCTCCATGTAATTATTGGAACCACCTTCCTAATAGTATGCTTAATACGCCAACTCAAATACCACTTTACATCTAAACATCACTTTGGATTTGAAGCCGCAGCATGATACTGACACTTCGTTGACGTAGTATGATTATTCCTATATGTATCTATTTATTGATGAGGATCATACTTTCTTAGTATAATAAGTACAACCGACTTCCAATCAGTTAGATCTAGACTTAACCTAGAAGAAAGTAATAAACATATTAACAGCCCTACTAGTAAATATTACACTATCAATACTACTAATCATTATTGCCTTCTGATTACCCCAACTTAATTTATACACTGAAAAAGCAAACCCGTACGAGTGCGGGTTTGACCCTATAGGCTCTGCTC?CCTCCCGTTCTCAATAAAATTTTTCCTAGTAGCAATCACTTTCTTACTATTTGACCTAGAAATTGCACTTCTACTTCCACTACCATGAGCCATCCAAATATATAATATTAACATCATAATATTAACAGCTTTCATCCTAGT????????????ATTAGGCCTAGCCTACGAATGACTACAAAAAGGACTAGAATGAA 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr91825] END;