#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 13:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Plotkin A., Voigt O., Willassen E., & Rapp H.T. 2016. Molecular phylogenies challenge the classification of Polymastiidae (Porifera, Demospongiae) based on morphology. Organisms Diversity and Evolution, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18487] [ The following blocks are input data for analysis step 17339 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep17339; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Polymastia_andrica_ZMBN98057 Polymastia_arctica_ZMBN98062 Polymastia_bartletti_ZMBN98111 Polymastia_boletiformis_ZMBN98047 Polymastia_boletiformis_ZMBN98089 Polymastia_cf_bartletti_GNM904_1 Polymastia_cf_conigera_BELUM_MC3722 Polymastia_corticata_ZMBN98097 Polymastia_euplectella_ZMBN98044 Polymastia_grimaldii_ZMBN98064 Polymastia_invaginata_ZMBN98046 Polymastia_invaginata_ZMBN98094 Polymastia_littoralis_KJ129611 Polymastia_mamillaris_ZMBN98078 Polymastia_penicillus_BELUM_MC6505 Polymastia_sp1_ZMBN98091 Polymastia_sp2_ZMBN98080 Polymastia_sp3_ZMBN98106 Polymastia_thielei_ZMBN98052 Polymastia_uberrima_ZMBN98066 Quasillina_brevis_ZMBN98049 Radiella_cf_sarsi_ZMBN98103 Radiella_hemisphaerica_ZMBN98043 Radiella_hemisphaerica_ZMBN98056 Radiella_sarsi_ZMBN98039 Sphaerotylus_antarcticus_POR21125 Sphaerotylus_antarcticus_ZMBN98045 Sphaerotylus_borealis_ZMBN98059 Sphaerotylus_capitatus_ZMBN98042 Sphaerotylus_sp2_BELUM_MC5015 Suberites_ficus_BELUM_MC4322 Tentorium_papillatum_SMF10571 Tentorium_papillatum_ZMBN98096 Tentorium_semisuberites_ZMBN98054 Tentorium_semisuberites_ZMBN98099 Tethya_citrina_BELUM_MC5113 Weberella_bursa_ZMBN98051 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M34249] TITLE 'CO1 from Polymastiidae appended with 2 nucleotides from primer sequence on 5''-end (to get complete codon)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep17339; DIMENSIONS NCHAR=660; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Polymastia_andrica_ZMBN98057 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under codon model)'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep17339; TREE CO1_codon_model = [&R] ((((((((((Polymastia_arctica_ZMBN98062:0.03804374,Polymastia_andrica_ZMBN98057:0.036085)85.93559489835583:0.02173399,Polymastia_grimaldii_ZMBN98064:0.05498596)100.0000000000000:0.09937098,(((Radiella_hemisphaerica_ZMBN98056:0.01219658,Radiella_hemisphaerica_ZMBN98043:0.005069322)76.15423204574071:0.01104977,Polymastia_thielei_ZMBN98052:0.007085634)99.97707648811798:0.05916939,Polymastia_mamillaris_ZMBN98078:0.117885)56.02556137687250:0.03028734)99.91013318892628:0.07378063,Polymastia_uberrima_ZMBN98066:0.06459001)100.0000000000000:0.2234163,(Sphaerotylus_antarcticus_ZMBN98045:0.004838438,Sphaerotylus_antarcticus_POR21125:0.01849788)100.0000000000000:0.1915751)61.30494583074475:0.07170111,(Polymastia_bartletti_ZMBN98111:0.01794904,Polymastia_cf_bartletti_GNM904_1:0.005138441)100.0000000000000:0.2204789,((Polymastia_cf_conigera_BELUM_MC3722:0.09092701,Weberella_bursa_ZMBN98051:0.01425337)99.93604672409726:0.03407853,Sphaerotylus_borealis_ZMBN98059:0.01974047)68.83681449563290:0.01177645,((Polymastia_euplectella_ZMBN98044:0.02587615,Polymastia_penicillus_BELUM_MC6505:0.03028451,(Polymastia_sp1_ZMBN98091:0.040034,(Polymastia_sp2_ZMBN98080:0.04148386,Polymastia_sp3_ZMBN98106:0.0117503)99.99950166278517:0.09489264)100.0000000000000:0.2950922)71.91853183212016:0.01908774,Polymastia_littoralis_KJ129611:0.01219644)71.75009385350879:0.02232289,(Sphaerotylus_capitatus_ZMBN98042:0.01192203,Sphaerotylus_sp2_BELUM_MC5015:0.005288968)100.0000000000000:0.1544757)73.55075232308198:0.04097617,Polymastia_corticata_ZMBN98097:0.1463662)92.12278364523705:0.04163156,(((Quasillina_brevis_ZMBN98049:0.01174608,Polymastia_boletiformis_ZMBN98047:0.005005052)95.18556416756090:0.02207571,Polymastia_boletiformis_ZMBN98089:0.02393696)99.97259145318453:0.1135668,(Polymastia_invaginata_ZMBN98046:0.03174094,Polymastia_invaginata_ZMBN98094:0.1248678)99.88139574287129:0.326642)98.68704755133704:0.08762547,((Radiella_sarsi_ZMBN98039:0.03288305,Radiella_cf_sarsi_ZMBN98103:0.03398973)99.97475091444878:0.06653636,(Tentorium_semisuberites_ZMBN98054:0.01721289,Tentorium_semisuberites_ZMBN98099:0.00698304)100.0000000000000:0.08702819)99.99950166278517:0.08133165)99.58986847219776:0.1989066,(Tentorium_papillatum_SMF10571:0.2093391,Tentorium_papillatum_ZMBN98096:0.1642371)100.0000000000000:0.1863159)100.0000000000000:0.4459482,Tethya_citrina_BELUM_MC5113:0.8012527,Suberites_ficus_BELUM_MC4322:0.9390959); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr91845] END;