#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on April 17, 2026; 6:35 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Le pechon T., He H., Zhang L., Zhou X., Gao X., & Zhang L. 2015. Using a multilocus phylogeny to test morphology-based classifications of Polystichum (Dryopteridaceae), one of the largest fern genera. BMC Evolutionary Biology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S18607] [ The following blocks are input data for analysis step 17844 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep17844; DIMENSIONS NTAX=177; TAXLABELS Arachniodes_denticulata_Kromer2550 Arachniodes_standishii_Zhang3468 Cyrtomium_caryotideum_LBZ5847 Cyrtomium_grossum_LJM028Kun Cyrtomium_hemionitis_LJM012Kun Cyrtomium_macrophyllum_LBZ5771 Cyrtomium_omeiense_LBZ5957 'Cyrtomium urophyllum LuSG/J28' Dryopteris_bissetiana_Moran Dryopteris_chinensis_Zhang2399 Dryopteris_scottii_RBC_202 Phanerophlebia_nobilis_Rothfels_5 Phanerophlebia_umbonata_Yatskievych_16 Polystichum_acanthophyllum_LBZHE64 Polystichum_acutipinnulum_LBZHE5401 Polystichum_alcicorne_HE919 Polystichum_alcicorne_LBZ816 'Polystichum alcicorne SGLu/EM33' Polystichum_alfaroi_Barrington_1978 Polystichum_ammifolium_TLP1216 Polystichum_ammifolium_TLP1226 Polystichum_ammifolium_TLP1229 Polystichum_andersonii_Sessa_39 Polystichum_atkinsonii_LBZ4735 Polystichum_attenuatum_DJM4942 Polystichum_auriculum_LBZHE5014 Polystichum_bakerianum_HG065 Polystichum_balansae_TNS771175 Polystichum_biaristatum_DJM4739 Polystichum_bifidum_351LBZHE5012 Polystichum_bonseyi_Driscoll319 Polystichum_braunii_TNS765677 Polystichum_californicum_87005918A Polystichum_caruifolium_LBZCL4795 Polystichum_castaneum_HG091 Polystichum_cf._sinense_HG004 Polystichum_chingiae_LBZHE4921 'Polystichum christii SGLu/H13' Polystichum_chunii_LBZHE586 Polystichum_concinnum_Kluge1441 Polystichum_craspedosorum_TNS764000 Polystichum_craspedosorum_ZZM568 Polystichum_crinigerum_LBZHE4847 Polystichum_cyclolobum_LBZ704 Polystichum_cystostegia_P20465 Polystichum_deltodon_He933 Polystichum_deltodon_LBZ4737 Polystichum_deltodon_LBZ4749 Polystichum_deltodon_LBZHE94 Polystichum_dielsii_LBZHE447 Polystichum_discretum_LBZHE4774 Polystichum_dracomontanum_Roux2715 Polystichum_duthiei_HG087 Polystichum_ekmanii_Wieczorek_215 Polystichum_erosum_LBZ4775 Polystichum_falcatilobum_LBZ4757 Polystichum_fallax_WeltP20472 Polystichum_fibrillosopaleaceum_TNS769191 Polystichum_fimbriatum_LBZHE773 Polystichum_formosanum_Ranker2073 Polystichum_formosanum_TNS763920 Polystichum_fraxinellum_LJM002 Polystichum_frigidicola_HG071 Polystichum_glaciale_FWL1395 Polystichum_gracilipes_var._gemmiferum_TNS776367 Polystichum_grandifrons_LBZHE5025 Polystichum_grandifrons_TNS771415 Polystichum_haleakalense_Driscoll301 Polystichum_hancockii_TNS763908 Polystichum_hecatopterum_LBZ5717 Polystichum_hecatopterum_Zls.n. 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TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M35285] TITLE Polystichum_3218_characters_and_4_DNA_markers; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep17844; DIMENSIONS NCHAR=3218; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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2190 2200 2210 2220 2230 2240 2250 2260 2270 2280 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 2590 2600 2610 2620 2630 2640 2650 2660 2670 2680 2690 2700 2710 2720 2730 2740 2750 2760 2770 2780 2790 2800 2810 2820 2830 2840 2850 2860 2870 2880 2890 2900 2910 2920 2930 2940 2950 2960 2970 2980 2990 3000 3010 3020 3030 3040 3050 3060 3070 3080 3090 3100 3110 3120 3130 3140 3150 3160 3170 3180 3190 3200 3210 3220 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Arachniodes_denticulata_Kromer2550 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Polystichum_auriculum_LBZHE5014 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Polystichum_californicum_87005918A 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'Polystichum christii SGLu/H13' 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Polystichum_chunii_LBZHE586 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Polystichum_deltodon_He933 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Polystichum_duthiei_HG087 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Polystichum_formosanum_TNS763920 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Polystichum_hancockii_TNS763908 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Polystichum_kungianum_HEYang016 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'Polystichum lepidocaulon NYBG570/76' 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Polystichum_mayebarae_TNS765125 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Polystichum_platyphyllum_Barrington_2099 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Polystichum_semifertile_LBZHE4903 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Polystichum_talamancanum_Barrington299 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Polystichum_yuanum_ZHUHEsn GGTGTCCAATGAGATGAAGGTTCATTCGGTAG------------------------------AACGAATGAAAAGAATGATAACAGCTTCTCACAATTTCACGATTATC-----AGTTTCCAACCTTAAATTCTGAAAACT----ATTTGGGAATATCCTT------CTGCGATTTAATAGATTACGAAGTTTCCTAC----------TCCGATTTGCAGAATGCTT-----GCAATCCCCCACCCCAATC-----TTTTGGATAAAAGAAGGAGTGTATTC-----CTCATTTCAAAGATTTTCTATTGTCTTGTTATATACATACAGCTAATATGTATGTGTATCAACCGAAGGACCTATCTAGATTGCTTAACAGA-----TAGATCTTGTTCACGTC-----------CGGAGGGGG------AGCCAACTAAAT-------CAACCCAACTAAATCAGCAGGGGGGGTTATCGATTGACCTATTACACCCCCGAATACAAGACCAAAGATACCGATATCTTAGCAGCCTTCAGAATGACCCCACAACCCGGAGTACCGGCTGAGGAAGCCGGAGCTGCGGTAGCTGCGGAATCCTCCACGGGTACGTGGACCACTGTATGGACAGATGGGTTGACCAGTCTTGACCGTTACAAGGGCCGATGCTACGACATCGAACCCGTCGCCGGGGAAGAAAACCAATATATCGCGTATGTAGCTTATCCCTTGGATCTATTCGAAGAAGGTTCCGTCACCAATTTGTTCACCTCTATTGTAGGTAATGTTTTCGGATTTAAGGCTCTACGCGCTTTACGCTTGGAAGATCTTCGAATTCCTCCTGCTTATTCCAAAACTTTCATCGGACCGCCTCACGGTATTCAGGTCGAAAGGGATAAACTGAACAAATATGGACGTCCTTTATTGGGATGTACAATCAAACCAAAATTAGGTCTGTCTGCTAAAAATTATGGTAGAGCCGTCTACGAATGCCTTCGCGGCGGACTTGATTTTACAAAAGATGATGAAAA-TGTGAATTCTCAGCCATTCATGCGTTGGAGAGATCGCTTCCTATTCGTAGCAGAAGCTCTTTTCAAATCCCAGGCTGAAACAGGAGAAATCAAGGGGCATTACTTAAATGCTACTGCAGGTACGTGTGAGGAAATGTTGAAGAGAGCTGTTTTTGCTAGA-----GAGTTGGGTGCACCAATTGTCATGCATGACTACCTGACCGGAGGGTTTACCGCAAATACCAGCTTAGCTTATTACTGTAGAGACAATGGGCTGCTTCTTCATATTCACCGTGCGATGCATGCTGTGATCGATAGGCAACGAAATCACGGTATGCATTTTCGTGTATTGGCCAAAGCATTACGCATGTCCGGTGGGGATCATGTACATGCCGGAACTGTAGTAGGTAAACTAGAGGGGGAACGGGAAGTAACCCTGGGTTTCGTCGATTTACTTCGCGACGATTACATTGAAAAAGATCGTAGTCGTGGTATCTATTTCACACAAGATTGGGTATCTATGCCGGGTGTACTCCCCGTAGCTTCGGGGGGTATCCACGTCTGGCACATGCCTGCTCTAACCGAAATCTTCGGGGACGACTCCGTATTACAGTTCGGTGGAGGAACCTTGGGACATCCTTGGGGAAACGCACCTGGTGCGGTAGCTAACCGAGTCGCATTAGAAGCTCGAAAAAA-TTAATCAGAAAAATTGGAGG-----TCTCTGCAACGGAAAACTAAGCAAAGGA----CTTGAG-ATGATGAAATTCAATAAGCAGATTACTTAGGAAGTGGCAAAA-TTTTTTGATCTAG---CTTGTTCCTTTTTT--GGGGCAAAAATTAA----ATCATAATAA-TTTACTTCATAGAAATATTCT---ACTTCTGAGCAAATTAATTTAGTACA-------------------------------TGAAGTATCTGAATTACCTGTCCACATCACTTCAACTAAATTC-GTACCGAGGG-----------------ATTATCTATTTATTATTATTGCTTCCATTGAGACGATCCTT-CGGCTTCTCTAAAGTTGGATGACTTGATTTGAAATCCC-----------GGC-TTCTTCAAATTGGCAATTTAGCTAGATTCCGAT-----GGGGGAAGGGAAAATAATCTTTGATTAATCAAATGAATTTCGGGCGATCAGACGAGATAGGTACAGAGACTCGACGGGGGCCATTCGAACGAGCGATTTGTTAGTTA----CTAGTTCTCGGAAGAACTGAATATGGAACTA-----TTTTGTTTGACTAACTGCATGAGGTAAATTGGATAAATATAA-GACTGAGACTTAG------TAAAGGTAAA--------GAAATAAATTTTTACTTTTTTTTGTTTGAACTTGGACGTAAATCCCTCGGTTTGGGGACAGCATTCAGTCACAAAATCACGACAATTTATTCTCCATTACTT-----------------------AGTAATAAAACACTAAGAAGACTCTCTTTACTACA------------------------TGTTAATCCACATTTTTCTATCTTATCTATTGT---------GGAATCCCA---CTTCATTTCGACGAAAACTGTTAAACAAATGAGCCGGTAGCGAAAAACAATACTTTCGCGAATGGAGGTAGAGTCCCATTCTACGCACCTAAT----AGGAGTAA-GAAGTA--------------GCGGCGCAAGTTGCAGTAGAACGAAAATCCGTTGGTTTTTCAAGACCGTGAGGGTTCGACTCCCTCTATCCCCAACGAGACAATTTAGTTAACCCATTTTCAGGTTGTTTGGATCCACATAATTTGTT-CAGAAACAAAATATGGAAACCACTTCAATCTATTTTCCGTGT----AGTCTTTCGAAAACGATTTGCAAGTGAGCCATTCAGGC-TTTTAATATGCCTGAATGGCTCAACCTAGTCCCCCTC------------ATAATTTATTGGC-----TACAAGCGATATT-----GTATTAAACATATCGATAAAAGCGAGATCAACGATTT-----------------------------GAC----------------------------TAGGTAAAAAA-CTAGAGTTGAGAAATATACTTAACTGATTTCTAGC-----TAACTTTTATCCGTAAA 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr93872] END;