#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 19, 2025; 23:38 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Bailey C., Hughes C., & Harris S. 2004. Using RAPDS to develop DNA sequence loci for species level phylogeny reconstruction: an example from Leucaena (Fabaceae). Systematic Botany, 29(1): 4-14. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1034] [ The following blocks are input data for analysis step 1805 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1805; DIMENSIONS NTAX=15; TAXLABELS Leucaena_collinsii_ssp._collinsi Leucaena_collinsii_ssp._zacapana Leucaena_cuspidata Leucaena_esculenta Leucaena_greggii Leucaena_lanceolata_var._sousae Leucaena_lempirana Leucaena_macrophylla_ssp.__macro Leucaena_matudae Leucaena_multicapitula Leucaena_pueblana_a Leucaena_pueblana_b Leucaena_pulverulenta Leucaena_retusa Leucaena_salvadorensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M632] TITLE a9; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1805; DIMENSIONS NCHAR=1242; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Leucaena_collinsii_ssp._collinsi 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Leucaena_collinsii_ssp._zacapana 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Leucaena_cuspidata 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Leucaena_esculenta 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Leucaena_greggii 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Leucaena_lanceolata_var._sousae 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Leucaena_lempirana 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Leucaena_macrophylla_ssp.__macro 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Leucaena_matudae 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Leucaena_multicapitula 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Leucaena_pueblana_a ?GGATCAGATTCAGGGTGACAGGGTTCTAGGGTTTTGTATACCCGAAATTGCGTCAG??????????TGGGGTGGTGTGGTGAGGTG?AAAGGGAAAGACGGAAGAAAGGGG?AAGATGGGCGGGGAG?AGAGAAGGCTTTGTTTGTGCTATGGGTGACGGTGATGGACAAAGAAGGACATACATGCAACTTGTACCCTTCAAACTTTTTTTC??CCAAAATT?TTTTTCTTAATAATTCTATTTTTGGATTTAATCATGCTTAATTAATGTGTTGATACATTCTTATTGGTTGAATGTGTCGTGGGGTCCAAGCCATGTGGCGGTCAGAGAGGGGCTATGATCTGCTGCATTAAAACCTGCTGGTACCTGCTTTAGAGGTTTGTGCCTTGTGGTACCTGTCGTACAGGGCGGC?TCCTCATGTGGCTTAAGAGCATATCATCTTATCCTCTATTACTTCTCATCCCTTCTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATCCTAA??TCCTGACACTCCAGATAATCTGAAGGCTGACAATATTTCCCCATCAACCTTCGGCTTCTCTCT?????????CTTCTTCCCCCCCCCCCCCCAAAACGTTGGTTCATCTCTCTC?TCAACCTTCGGCTTCTCTCTCC?TTTTCCACCCCATTTCGAACCACCGATTCCTTGAGTGCGTCGCTGG?GAAAGAGAAAA Leucaena_pueblana_b ?GGATCAGATTCAGGGTGACAGGGGTCTAGGGTTTTGTATACCCGAAATTGCGTCAG??????????TGGGGTGGTGTGGTGAGGTG?AAAGGGAAAGACGGAAGAAAGGGG?AAGATGGGCGGGGAG?AGAGAAGGCTTTGTTTGTGCTATGG?TGACGGTGATGGACAAAGAAGGACATACATGCAACTTGTACACTTCAAACTTTTTTTC??CCAAAATT?TTTTTCTTAATAATTCTATTTTTGGATTTAATCATGCTTAATTAATGTGTTGATACATTCTTATTGGTTGAATGTGTCGTGGGGTCCAAGCCATGTGGCGGTCAGAGAGGGGCTATGATCTGCTGCATTAAAACCTGCTGGTACCTGCTTTAGAGGTTTGTGCCTTGTGGTACCTGTCGTACAGGGCGGC?TCCTCATGTGGCTTAAGAGCATATCATCTTATCCTCTATTACTTCTCATCCCTTCTA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ATCTTAA??TCCTGACACTCCAGATAATCTGAAGGCTGACAATATTTCCCCATCAACCTTCGGCTTCTCTCT?????????CTTCTTCCCCCCAAAA????????CGTTGGTTCATCTCTCTC?TCAACCTTCGGCTTCTCTCTCC?TTTTCCACCCCATTTCGAACCACCGATTCCTTGAGTGCGTCGCTGG?GAAAGAGAAGA Leucaena_pulverulenta 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Leucaena_retusa 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Leucaena_salvadorensis 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; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = a9) = N: 1-1242; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = a9) = N: 1-1242; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1805 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6580; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1805; TREE a9_tree = [&R] (Leucaena_cuspidata,(((Leucaena_lempirana,(Leucaena_collinsii_ssp._collinsi,Leucaena_collinsii_ssp._zacapana),(Leucaena_lanceolata_var._sousae,Leucaena_macrophylla_ssp.__macro)),(Leucaena_multicapitula,Leucaena_salvadorensis)),((Leucaena_matudae,(Leucaena_esculenta,(Leucaena_pueblana_a,Leucaena_pueblana_b))),(Leucaena_pulverulenta,(Leucaena_greggii,Leucaena_retusa))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1248] END;