#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 20, 2025; 2:26 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Wang C., Moeller M., & Cronk Q. 2003. Phylogenetic position of Titanotrichum oldhamii (Gesneriaceae) inferred from four different genes. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1066] [ The following blocks are input data for analysis step 1868 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1868; DIMENSIONS NTAX=28; TAXLABELS Antirrhinum_majus Besleria_labiosa Calceolaria_arachnoidea Chrysothemis_pulchella Cyrtandra_apiculata Didymocarpus_citrinus Epithema_benthamii Epithema_taiwanense Fieldia_australis Gesneria_humilis Jovellana_punctata Kohleria_eriantha Loxostigma_sp. 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GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Antirrhinum_majus 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GTGAAAATTATCGAATTCAAAAT-----AAAGTGTCCAAGAGCACATCGATCAGTTAATTCGCTA-----AGAAATGGAAGTTAGCACTCGATT-TTGTT------GGTGCTGT----------TGAATCCAATTTAATTGTTTACTTATT-CAA----------------TGAGTGAATTTGAAAGTTCGACGAAGCTA-----------TTTTGAAAATTGCAAGTGTCTGAATAGGGATCTTGATAAAGTTTTTCATTTGTCTATCATTATA--------GACAATCCCTTATAT-------------ATTATATAAAAT-------------CATATATGGAATTCGAACCCGAACTCTATTTAGA----------------TTACGATTCCATA-TTTC-----TATCTTATT------GGCTCTTCATT-------ATTGTTT-------ATTT------CAACATATG------GATTTACGTCTCTAACCTA-AGCCTATTCTTTT-----CGTTTTTTT---------ATACCCT---------------------------TTCATAGAGGAATTCCGCCTATTTTCACATCTA--GGATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGGGAATTTTTTATTAGTTAGGTT----AAATATTTTGATGAAAAAAAAAAA------------GAAC---TGGGG--TTGCGCTATATATAGGAAAGGGTATACAATAATGATGTGTTTGGTAAATCAAATGGCATGGTCTAATAATCAAACATTCTGAGTAGTTGATAATATTAGTAATTAATACTG--GTTGGGAAGTTTGTGAAAGATTCCTATGAAAAGTTTCATTAACGCCCAATTCATTCTTGTCGAGTAGACCTTGTTGTTGTCAGAATTCTTAATTCATGAGTTGTAGGGAGGGATTT Schizanthus_x_wisetonensis 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GTGAAAATTTTCGAATTTAAAA------TAAGTGTCCGATAGCACGTCGATCAGTTAATTTAATA-----AGAAATGGGAGTTAGCACTCGATT-TCGTT------GGTGCTATCCA-AT----CGAATCCAATTCAATTGTTTACTTATTTGAA----------------GGAGTTAATTTACAAGCTCAACCAAGCTT-----------TTTTGAAAATCCCAAGGG--------AGGATCTTGAGAAAATTTTTCATTTGTCTATCATTATA--------GAAAATCCCATCTAT-------------ATTATATAAAAT-------------AGTCTATGGAATTCGAACCTGAACTATATTTACA----------------TTACGATTCATTA-TTTC-----TATCTTATT------GGCTCTTC-TT-------ATTGTTT-------ATTT------CAGCATATC------GATTTACGACTATA-------GCCTATATTTT-----------GTTT---------ATAC-GTTTT--CAT------------------------AGACGAATTCCGCCTATTTTCACATCTA--GGATTTACATATACAACATATATCACTGTCAAGAGATAATTTCTTATTAGTTAACTT----AAATATTTCAATAAAAAAAAAA---------------------GGGGGGGTTGCGCTATAGATATGAAAGAATATAGAATAATGATGTGTTTGGTAAATCAAAAACCAAGGTCTAATAATCAAACATTCTGATTAGTTGCTAATATTAGC-ATTA--------GTTGGGGAGTTTGTAAAAGATTCCTGTGAAAAGTTTCATTAACGCCTAATTCATTCTTGTCGAGTAGACCTTGTTGTTGTCAGAATTCTTAATTCATGAGTTGTAGGGAGGTTTTT Tetranema_mexicana GTGAAAATTATCGAATTCAAAA------GAAATGTCTGATAGCACGTCGATCAGTTAATTCAATA-----AGAAATGGGAGTTAGTACTCAATT-TCGTT------GGTGCCATCCA-AT----CGAATCCAATTCAATTGTTTACTTATT-TAA----------------TAAGTGAATTTGAAAGCTCAACCAAGCTA-----------TTTTGAAAACGTCAAGTGGAT-------GATCTTGAGAAAGTTTTTGATTTGTCTATCATTATA--------GACAATCCCATCTAT-------------ATTATATAAAAT-------------ATTCTATGGAATTCGAACCCGAACTCTATTTACA----------------TTACGATTCATTA-TTTC-----TATCTTATTCTTATTGGCTCTTCGT--------ATTTTTT-------ATTT------CAGCATATT------GATTTACGCCTATA-------GCCTATTCTTTT-----CGTTTTTTT---------ATATCTTTT---CGTTTTTTTTATACCCTTTCATTTCCTAGACGAATTCCGCCTATTTTCACATCTA--GGATTTACATATACAACATATACCACTGTCAAGAGGGAATTTCTTATTAGTTAGGTT----AGGTATTTTGATTCCAAAAA-------GGTCAAAAAGAAAAA-TGGGG--TTGCGCTATATATATGAAAGAGTATACAATAATGATGTGTTTGGTAAATCAAATGCCGTGGTCTAATAATCAAACATTCTGATTAGTTGATAATATTAGT-ATTA--------GTTGGGAAGTTTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAGTTTCATTAACGCCTAATTCATTCGTGTCGAGTAGACCTTGTTGTTGTCAGAATTCTTAATTCATGAGTTGTAGGGAGGGATTT Titanotrichum_oldhamii 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GTGAAAATTATCGAATTCAAAAT-----TAAGTGTCCAATAGCGCGTTGATCAGTTAATTCAATA-----AGAAATGGGAGTTAGCACTCAATC-TTTTT------GGTGCTATCCA-AT----CGAATCCAATTCAATTGTTTACTTATT-CAA----------------TGAGTGAATTTGAAAGCTCAACCAAGCTC-----------TTTTGAAAATTTCAAGTGTAT------GGATCTTGATTAAGTTTGTCCTTTGTCTATTATTATA--------GACAATCCCATTTTT-------------TTTATATAAAAT-------------ATTCTATGGAATTCGAACTCGAACTCTATTTACA----------------TTACGATTCATTAATTTA-----TATCTTGTT------TGCTCTTC-TT-------ATTGTTT-------ATTT------CAGCATATG------GATTTACGCCTATA-------GCCTATTCTTTTCTTTTCGTTTTTTT---------ATACCCTTT-GACAT-------------------TTCATCGACGAATTCCGCCTTTTTTCACATCTA--GGATTTACATATACAACATATACCACTGTCAAGTGGGAATTTATTATTACTTAGGTT----AAGTATTTCGATTAAAAAAAA------GGTAAAAAATAAAAA-TGGGG--TTGCGCTATAGATATGAAAGGGTATACAATAATGATGTGTTTGGTAAATCAAATGGCATGGTCTAATAATCAAACATTCTGATTAGTTGATAATATTAGT-ATTG--------GTTGGGAAGTTTTTGAAAGATTCCTATGAAAAGTTTCATTAACGCCTAATTCATTCTTGTCGAGTAGACCCTGTTGTTGTCAGAATTCTTAATTCATGAGTTGTAGGGAGGGATTT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'AtpB Table 2,3') = N: 1-946; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'AtpB Table 2,3') = N: 1-946; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1868 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6643; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1868; TREE atpB_ML = [&R] (Schizanthus_x_wisetonensis,(Nicotiana_tabacum,(((Antirrhinum_majus,(Paulownia_tomentosa,Rehmannia_glutinosa)),(Tetranema_mexicana,Scrophularia_canina)),(Peltanthera_floribunda,(Calceolaria_arachnoidea,Jovellana_punctata),((Besleria_labiosa,Napeanthus_reitzii,Titanotrichum_oldhamii,(((Mitraria_coccinea,Kohleria_eriantha),Chrysothemis_pulchella,Sinningia_schiffneri),Gesneria_humilis),((Rhynchoglossum_hologlossum,(Whytockia_sasakii,(Epithema_taiwanense,Epithema_benthamii))),(Ramonda_myconi,(Streptocarpus_holstii,((Didymocarpus_citrinus,Cyrtandra_apiculata),Loxostigma_sp.))))),Fieldia_australis))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5830] END;