#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 21, 2025; 4:45 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Percy D., Cronk Q., & Page R. 2004. Plant-insect interactions: double-dating associated insect and plant lineages reveals asynchronous radiations. Systematic Biology, 53(1): 120-127. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1073] [ The following blocks are input data for analysis step 1891 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1891; DIMENSIONS NTAX=53; TAXLABELS Arytaina_adenocarpi Arytaina_devia_G Arytaina_devia_insularis_C Arytaina_devia_insularis_P Arytaina_genistae Arytaina_nubivaga Arytaina_vittata Arytainilla_atlantica Arytainilla_cytisi Arytainilla_delarbrei Arytainilla_montivaga Arytainilla_serpentina Arytainilla_spartiophila Arytainilla_sulci Arytainilla_telonensis Arytinnis_berber Arytinnis_canariensis Arytinnis_cognata Arytinnis_diluta Arytinnis_dividens Arytinnis_equitans Arytinnis_fortunata Arytinnis_gomerae Arytinnis_hakani Arytinnis_hupalupa Arytinnis_incuba Arytinnis_menceyata Arytinnis_modica_Cham._H Arytinnis_modica_Cham._P Arytinnis_modica_Teline_H Arytinnis_modica_Teline_P Arytinnis_nigralineata Arytinnis_occidentalis_H Arytinnis_occidentalis_P Arytinnis_ochrita Arytinnis_pileolata Arytinnis_proboscidea Arytinnis_prognata Arytinnis_romeria Arytinnis_umbonata Cacopsylla_alaterni Cyamophila_prohaskai Livilla_adusta Livilla_baetica Livilla_blandula Livilla_caprifuga Livilla_complexa Livilla_ima Livilla_maura Livilla_monospermae_G Livilla_monospermae_P Livilla_retamae Livilla_variegata ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M710] TITLE 'psyllid 12S+CO'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1891; DIMENSIONS NCHAR=981; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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Arytinnis_canariensis 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Livilla_complexa GAGTAGTAAAAGTTAAGA-TCTCGAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTATTAATTGATATTCCACAACTTTAATTTACTTTCATAAGATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAAT--AATTTTCAGAGAGTTTT-A-TTTAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTGAAAGAA-AAAAATGGGTTACATTATTTATTATGAATGGAAATTACTAT-A-AAATT-AGTAATAGAAATAGGATTTAATAGTA---AGTAAA------CTAAAGATTTTTTATGAATAG-AGAT{AT}CTAAAATATGTCCTCAACACTTCTTAGGACTAATAGGTATACCTCGACGATACTCAAATTATCCTGACTTATTAATTTCTTGAAATATTATTTCTTCAATTGGATCAATAATTTCTCTATTTTCAGTTATTTTGTTTATTACCATTATTTGAGAAGCTCTTATCTCTAAACGATTAATTATTTTTAATACAAATTTTTCTATAATTGAATGAGCTCAAAATTTTCCCCCTATTGAACATAGTTACTCTGAAATTCCTGCAATTTTAGTTAAATA---ACTATTGTGTCAGACC-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAAATATGAA----ATTT-TA---TTCCTTTAGTAATAGACTGAAAAAAAATTTCACTTTTTGATAATGCTTCACCTATTATAGAACAATTAATTTTATTTCATGACTACAGTATACTTATTATTTCTAGAATTTTATCTATTGTATCTTTCATTATAATTAAAATAATTTTAAATAAATTTACTAGAAAAAAAATTCTAGAAAACCAAATAATTGAACTTATTTGAACTTTAATCCCTACAATTATTCTTAGATTTATTGCTCTTCCCTCTCTTCACCTCCTTTATTTAATAGATGAATTAAATAACCCATTATTAACAATTAAAATTATTG Livilla_ima GAGTAGTAAAGGTTAAAATTCT-GAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTATTAGAGGAACCTGTTTATTAATTGATATTCCACAACTTTAATTTACTTTTATTATGTT--ACTTGTATATCGTTGTCATGAATCTATTAAAAAAT--AATTTTCAGAATTTTTT-A-TGGAATATATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAA-AAAAATGGGTTACATTATTTAGTATGAATGGAAATTATTGTTA-ATTT--ATTAATAGAAATAGGATTTAATAGTA---AATATAA----TTAAAAGATTTTTTATGAATAA-AGATTCTGAAATATG??????????????TAGGACTTATAGGAATGCCTCGACGCTATTCTAATTACCCTGATTTACTTATTTCTTGAAATATTATTTCCTCAATTGGATCAATAATTTCGTTATTTTCAGTAATTATGCTTCTTATTATTATTTGAGAAGCTTTAATTTCTAAACGTCTAATCATTTTTCATACAAATTTTTCTATAATTGAATGAATACAAAATTTTCCTCCTACAGAACACAGTTACTCTGAAATTCCTACAATTTTAGTTAAGTA---ACTAATGTGTCAGACC-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAATTATGAA----ATTT-TA---TTCCTTTAGTAATAGACTGAATAAAAATTTCTCTTTTTGATAATGCTTCTCCAATTATAGAACAATTAATTTTATTTCATGATTATAGTATATTAATTATTTCAAGAATTTTATCTATTGTATCTTTTACTATAATAAAAATAATTTTAAACAAATTTACCAGAACAAAAATTCTTGAAAATCAAATAATTGAACTTGCATGAACCCTTATTCCTACTATTATTCTCAGATTTATTGCACTTCCCTCACTTCATATTCTTTACCTTATAGACGAATTAAATAATCCTCTTTTAACTATTAAAATTATTG Livilla_maura GAGTAGTAATAGATAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTGTTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATATTCCACGACTTTAATTTACTTTTATTAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATAAATATACTAAAAAGT--AATTTTTAAGGATTTTT-A-TATAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTGATAATGAATGAAAATTATTGTTA-GAGC--AGTAGTAGAAATAGGATTTAAAAGTA---AAAAAAA--CTATTAAAGATTTTATATGAATAA-AGATTCTAAAGTATGTCCTCAACATTTCTTAGGTCTTATAGGAATACCCCGGCGTTATTCCAACTATCCAGATCTTTTAATCTCATGAAATATCATATCATCTATTGGATCAATAATCTCTTTATTTTCAGTAATTTTATTTATTGTAATTATTTGAGAATCATTAGCTTCGAAACGATTAGTTATCTTCACTACGAATTTTTCTATAATTGAGTGAGCCCAAAATTTTCCTCCTATTGAACATAGTTACTCTGAAATTCCTACAATTTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAAC-C-AATGTATTAAATTTAAGATTTAACTATGAA--ATTTTT-A----TTCCTTTAGTAATAGACTGAATAAAAATTTCTTTATTTGATAATGCCTCTCCAATTATAGAACAATTAACTTTATTTCATGATTATACTATACTAATTATTTGCAGAATCCTTTCTGTTGTCTCTTTCATTATAGTAAAAATAATTTTTAACAACTTCCTTAGAACTAAAATTCTTGAAAATCAATTAGTTGAACTCATCTGAACTCTCATTCCTACAATTATTCTTACATTTATTGCCCTCCCATCACTTCATCTTCTCTACATTATAGATGAATTAGACAATCCTCTTTTAACAATTAAAATTATTG Livilla_monospermae_G ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCCTCAACATTTCTTAGGTCTAATAGGAATACCTCGACGCTATTCCAATTACCCCGATCTTTTAATTTCCTGAAATATTGTTTCTTCTATTGGATCAATAATTTCCCTCTTTTCAGTTATCTTATTTATTATCATTGTATGAGAATCTTTACTCTCTAAACGGCTCCTAATTTTTAATAGAACCTTTTCAATAATTGAATGAATTCAAAATTCCCCTCCTATTGAGCATAGTTACTCTGAGATCCCTGCAGTTTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAAG-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAATTATGAA--ATTTTT-A----TTCCTTTAGTAATAGATTGAATAAAGATTTCACTCTCTGACAATGCTTCCCCAATTATAGAACAATTAATTCTGTTTCACGACTACAGTATATTAATCATTACCAGAATTCTTTCTATTGTTTCTTTTTTCATAGTTAAAATAATGTTTAGCACTTTTATTAGAACAAAAATTATTGAAAATCAAATAGTTGAACTTGTATGAACCCTAATTCCTACAATCATTCTTAGCTTTATTGCTCTTCCCTCTCTGCATCTTCTTTACTTAATAGATGAACTTAGAAATCCTTTATTAACAATTAAAATTATCG Livilla_monospermae_P GAGTAGTAAAAGGTAATA-TCTAGAAACTCAAAAGATTTGGCGGTATTTCATCTTATTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATGTTCCACAACTTTAACTTACTTTTATGAGATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGT--AATTTTCGGGAGTTTAT-A-TAGAATTAATGTTAGATCAAGGTGCAGTA-TTTAAAAGAA-AAAAGTGGGTTACATTATTTATTATGAATGAAATTTATGTGTA-GAT--AATTAAAGGAAATGGGATTTAAAAGTA---AAACAGA-ATAATTAAAGATTTTTTATGAATAA-AGATTCTGAAATATGTCCTCAACATTTCTTAGGTCTAATAGGAATGCCTCGACGCTACTCCAACTACCCCGATCTTTTAATTTCCTGAAATATCATTTCTTCTATCGGGTCAATAATTTCCCTCTTTTCAGTTATTTTATTTGTTATCATTGTATGAGAATCTTTACTCTCTAAACGGCTCCTAATTTTCAATACAACCTTTTCAATAATTGAATGAATCCAAAATTCTCCTCCTATTGAACATAGTTACTCTGAAATCCCTGCAGTTTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAAG-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAATTATGAA--ATTTTT-A----TTCCTTTAGTAATAGATTGAATAAAAATTTCACTCTCTGACAACGCTTCTCCAATTATAGAACAATTAATTCTGTTTCATGACTACAGTATATTAATTATTACCAGAATTCTTTCTATTGTTTCTTTTTTCATAATTAAAATAATGTTTAGTACCTTTATTAGAACAAAAATTATTGAAAATCAAATAATTGAACTCGTATGAACCCTCATTCCTACAATCATTCTTAGCTTTATTGCTCTTCCCTCTCTGCATCTCCTATATTTAATAGATGAACTTAATAAC????????????????????????? Livilla_retamae GAGTAGTAAAAGGTAATA-TCTAGAAACTCAAAAGATTTGGCGGTATTTCATCTTATTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATATTCCACAACTTAAATTTACTTTTATGAAATT--ATTTGTATACCGTTGTCATGAATCTACTAAAAAGT--AATTTTCGGGAGTTTTT-A-TAGAATTCATGTTAGATCAAGGTGCAGTA-TTTAAAAGAA-AAAAGTGGGTTACATTATTTATTATGGATGAAATTTATGTTTA-GAG--AATTAAAGGAAATGGGATTTAAAAGTA---AAATAGA-ATAATTAAAGATTTTGTATGAATTA-AGATTCTGAAATATG???????????TCTTAGGTCTGATAGGCATGCCTCGACGCTACTCCAACTATCCCGATCTTTTAATTTCTTGAAACATTATTTCTTCTATTGGATCTATAATTTCTCTCTTTTCAGTTATTTTATTTATTATTATTGTATGAGAATCTTTTGTTTCTAAACGACTCCTAATTTTCAATAGAACATTCTCAATAATCGAATGAATTCAAAATTCTCCCCCCATTGAACATAGTTACTCTGAGATCCCTGCAGTTTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAGA-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAACCATGAA----ATTA-TA---TTCCTTTAGTAATAGATTGAATAAAAATTTCACTCTCTGACAATGCTTCCCCAATTATAGAACAATTAATTCTGTTTCATGATTATAGTATACTAATTATTTCAAGAATTCTTTCTATCGTCTCTTTTTTCATAATTAAAATAATCTTAAACACCTTTATTAGAACAAAAATTCTTGAAAATCAAATAATTGAACTTGTATGAACACTAATTCCTACAGTTATTCTTAGATTTATTGCTCTGCCTAGACTCCA{AT}CTCCTGTACTTAATAGATGAACTTAGTAACCCTCTACTAACCATTAAAATTATCG Livilla_variegata GAGTAGTAAGAGGTAAGA-TCTTTAAACTCAAAAAATTTGGCGGTATTTTATCTTGTTAGAGGAACCTGCTTATTAATTGATGTTCCACGACTTTAATTTACTTTTATTAAGTT--ATTTGTATACCGTTGTCATAAATCTACTAAAAAGT--AATTTTTGAGGATTTTT-A-TAGAATTTATGTTAGATCAAGGTGCAGTT-TTTAAAAGAT-TAAAGTGGGTTACATTTTTTATAATGAATGAAAATTATTATTA-AAGT--AATAATGGAAATAGGATTTGAGAGTA---AGAGGAG--CTATTAAAGATTTTATATGAATAA-AGATTCTAAAGTATG???????????TCCTAGGCCTCATAGGAATACCTCGACGATATTCTAACTATCCAGATCTTTTAATTTCATGAAATATTATTTCTTCTATTGGATCAATAATTTCTTTATTTTCAGTAGTTCTATTTGTCGTAATTATTTGAGAATCATTAGTTTCTAAACGATCTATTATTTTCAGTACAAATTTTTCTATAGTTGAATGAGTCCAAAATTTTCCTCCTATTGAACACAGTTACTCTGAGATTCCTGCAATCTTAATTAAGTA---ACTAATGTGTCAGAGT-T-AATGTATTAAATTTAAGATTTAAGTATGAA--AAAGTT-TT--ATTCCTTTAGTAATAGACTGAATAAAAATTTCACTTTCTGATAACGCTTCTCCTATTATAGAACAATTAATTTTATTTCATGATTACACTATATTAATTATTTGCACAATTTTATCCGTAGTTTTCTTCATTATAATAAAAATAATTTATAATAATCTTATTAGAACTAAAATTCTTGAAAATCAAATAGTAGAACTTGTATGGACTCTAATTCCTACAATTATTCTCACATTTATTGCTCTTCCCTCCCTTCACCTTTTATACATTATAGATGAATTAAGTATTCCTCTATTAACAATTAAAATTATTG ; END; BEGIN SETS; CHARSET poor_align (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 152-154 254-264 300-305; CHARSET 12S (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 1-342; CHARSET CO (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = 343-981; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = N: 1-981; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'psyllid 12S+CO') = N: 1-981; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1891 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6666; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1891; TREE 'psyllid 12S+CO' = [&R] (((((((Arytaina_adenocarpi,((Arytaina_devia_G,Arytaina_devia_insularis_P),Arytaina_devia_insularis_C)),(Arytaina_nubivaga,Arytaina_vittata)),Arytaina_genistae),Arytainilla_sulci),((((((((((Arytinnis_cognata,Arytinnis_berber),((Arytinnis_hakani,Arytinnis_incuba),Arytinnis_umbonata)),(((((Arytinnis_dividens,(((Arytinnis_modica_Teline_P,Arytinnis_modica_Cham._P),(Arytinnis_modica_Teline_H,Arytinnis_modica_Cham._H)),Arytinnis_hupalupa)),Arytinnis_ochrita),Arytinnis_menceyata),(Arytinnis_nigralineata,Arytinnis_proboscidea)),Arytinnis_fortunata)),((((Arytinnis_equitans,Arytinnis_gomerae),(Arytinnis_occidentalis_P,Arytinnis_occidentalis_H)),Arytinnis_canariensis),Arytinnis_pileolata)),Arytinnis_romeria),Arytinnis_prognata),Arytinnis_diluta),(((Livilla_adusta,Livilla_variegata),(Livilla_blandula,Livilla_maura)),((Livilla_monospermae_G,Livilla_monospermae_P),Livilla_retamae))),((Livilla_ima,(Livilla_caprifuga,Livilla_baetica)),(Arytainilla_montivaga,Livilla_complexa))),(((Arytainilla_cytisi,Arytainilla_telonensis),((Arytainilla_delarbrei,Arytainilla_serpentina),Arytainilla_spartiophila)),Arytainilla_atlantica))),Cyamophila_prohaskai),Cacopsylla_alaterni); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr5854] END;