#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 15, 2026; 3:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Sanchez-monge G.A., Janssen T., Fang Y., Couvreur M., Karssen G., & Bert W. 2016. mtCOI successfully diagnoses the four main plant-parasitic Aphelenchoides species (Nematoda: Aphelenchoididae) and supports a multiple origin of plant-parasitism in this paraphyletic genus. European Journal of Plant Pathology , . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S20079] [ The following blocks are input data for analysis step 19458 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep19458; DIMENSIONS NTAX=128; TAXLABELS Aphelenchoides_besseyi_EU983281 Aphelenchoides_besseyi_HQ540530 Aphelenchoides_besseyi_HQ540531 Aphelenchoides_besseyi_HQ540532 Aphelenchoides_besseyi_HQ540533 Aphelenchoides_besseyi_KX356844 Aphelenchoides_besseyi_KX356845 Aphelenchoides_besseyi_KX356846 Aphelenchoides_besseyi_KX356847 Aphelenchoides_besseyi_KX356848 Aphelenchoides_besseyi_KX356849 Aphelenchoides_besseyi_KX356850 Aphelenchoides_besseyi_KX356851 Aphelenchoides_besseyi_KX356852 Aphelenchoides_besseyi_KX356853 Aphelenchoides_besseyi_KX356854 Aphelenchoides_besseyi_KX356855 Aphelenchoides_besseyi_KX356856 Aphelenchoides_besseyi_KX356862 Aphelenchoides_besseyi_KX356863 Aphelenchoides_besseyi_KX356864 Aphelenchoides_fragariae_KX356857 Aphelenchoides_fujianensis_FJ520226 Aphelenchoides_fujianensis_KT782797 Aphelenchoides_fujianensis_KT782802 Aphelenchoides_fujianensis_KT782809 Aphelenchoides_heidelbergi_EU287592 Aphelenchoides_heidelbergi_KJ564292 Aphelenchoides_paradalianensis_GU367865 Aphelenchoides_ritzemabosi_GU367869 Aphelenchoides_ritzemabosi_KT82812 Aphelenchoides_ritzemabosi_KX356906 Aphelenchoides_sp._KX356839 Aphelenchoides_sp._KX356840 Aphelenchoides_sp._KX356841 Aphelenchoides_sp._KX356842 Aphelenchoides_sp._KX356843 Aphelenchoides_sp._KX356858 Aphelenchoides_sp._KX356866 Aphelenchoides_sp._KX356867 Aphelenchoides_sp._KX356868 Aphelenchoides_sp._KX356869 Aphelenchoides_sp._KX356870 Aphelenchoides_sp._KX356871 Aphelenchoides_sp._KX356872 Aphelenchoides_sp._KX356873 Aphelenchoides_sp._KX356874 Aphelenchoides_sp._KX356875 Aphelenchoides_sp._KX356876 Aphelenchoides_sp._KX356878 Aphelenchoides_sp._KX356879 Aphelenchoides_sp._KX356881 Aphelenchoides_sp._KX356882 Aphelenchoides_sp._KX356883 Aphelenchoides_sp._KX356884 Aphelenchoides_sp._KX356885 Aphelenchoides_sp._KX356886 Aphelenchoides_sp._KX356887 Aphelenchoides_sp._KX356888 Aphelenchoides_sp._KX356889 Aphelenchoides_sp._KX356890 Aphelenchoides_sp._KX356891 Aphelenchoides_sp._KX356892 Aphelenchoides_sp._KX356893 Aphelenchoides_sp._KX356894 Aphelenchoides_sp._KX356895 Aphelenchoides_sp._KX356896 Aphelenchoides_sp._KX356897 Aphelenchoides_sp._KX356899 Aphelenchoides_sp._KX356900 Aphelenchoides_sp._KX356901 Aphelenchoides_sp._KX356902 Aphelenchoides_sp._KX356903 Aphelenchoides_sp._KX356904 Aphelenchoides_sp._KX356905 Aphelenchoides_subtenuis_KX356859 Aphelenchoides_subtenuis_KX356860 Aphelenchoides_subtenuis_KX356861 Aphelenchoides_xylocopae_AB252222 Bursaphelenchus_abietinus_AY508037 Bursaphelenchus_africanus_JF317265 Bursaphelenchus_anatolius_AY508056 Bursaphelenchus_arthuroides_HQ599191 Bursaphelenchus_borealis_AY508038 Bursaphelenchus_braaschae_JF317264 Bursaphelenchus_corneolus_HQ407407 Bursaphelenchus_debrae_EF488816 Bursaphelenchus_doui_FJ520228 Bursaphelenchus_eggersi_AY508040 Bursaphelenchus_fraudulentus_AY508042 Bursaphelenchus_fungivorus_AY508045 Bursaphelenchus_gerberae_AY508055 Bursaphelenchus_hellenicus_AY508046 Bursaphelenchus_hofmanni_AY508047 Bursaphelenchus_hylobianum_AY508048 Bursaphelenchus_kevini_EU325687 Bursaphelenchus_luxuriosae_AB097863 Bursaphelenchus_mucronatus_AB646227 Bursaphelenchus_paraburgeri_HQ727728 Bursaphelenchus_paracorneolus_AY508058 Bursaphelenchus_paraluxuriosae_JF966207 Bursaphelenchus_paraparvispicularis_JF317263 Bursaphelenchus_platzeri_AY508057 Bursaphelenchus_poligraphi_AY508059 Bursaphelenchus_populi_HQ699854 Bursaphelenchus_rufipennis_AB368527 Bursaphelenchus_ryfipennis_AB368528 Bursaphelenchus_seani_AY508060 Bursaphelenchus_sexdentati_AY508065 Bursaphelenchus_sp._KX356877 Bursaphelenchus_sp._KX356898 Bursaphelenchus_tusciae_AY508067 Bursaphelenchus_xylophilus_JF317250 Bursaphelenchus_xylophilus_JF317257 Bursaphelenchus_xylophilus_KF025330 Ficophagus_microcarpus_GU392235 Laimaphelenchus_belgradiensis_KF881747 Laimaphelenchus_pannocaudatus_KX356907 Laimaphelenchus_preissii_EU287594 Laimaphelenchus_sp._KX356865 Martininema_guangzhouensis_EU419757 Martininema_sp._KC250364 Martininema_sp._KM817191 Neodiplogaster_sp._KX356880 Schistonchus_caprifici_EU287604 Schistonchus_caprifici_EU287607 Schistonchus_caprifici_EU287608 Schistonchus_hirtus_GQ849474 ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M38744] TITLE Aphelenchoides_COI_NU_CODED; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep19458; DIMENSIONS NCHAR=711; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? 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analysis step 19458 ] BEGIN TREES; TITLE Aphelenchoides_COI_NU_CODED; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep19458; TREE COINU = [&R] (Neodiplogaster_sp._KX356880:0.4527944,((((((Martininema_sp._KC250364:0.1912481,(Martininema_guangzhouensis_EU419757:0.005738258,Martininema_sp._KM817191:0.01261611)94:0.08279881)100:0.7238176,((Aphelenchoides_subtenuis_KX356859:0.001882869,Aphelenchoides_subtenuis_KX356860:0.001913795,Aphelenchoides_subtenuis_KX356861:0.001903358)100:0.5088192,Aphelenchoides_sp._KX356893:0.3909379)57:0.08795548)86:0.07069384,Aphelenchoides_sp._KX356872:0.4189082)93:0.08939232,((((((Aphelenchoides_sp._KX356869:0.00688405,Aphelenchoides_sp._KX356870:0.006124338)97:0.004298824,Aphelenchoides_sp._KX356868:0.001761975,Aphelenchoides_sp._KX356871:0.003811441,Aphelenchoides_sp._KX356867:0.002170096)100:0.3577927,(((Aphelenchoides_sp._KX356896:0.001793988,Aphelenchoides_sp._KX356895:0.001720729)67:0.003621855,Aphelenchoides_sp._KX356894:0.001847771)65:0.0035998,Aphelenchoides_sp._KX356897:0.001798842)100:0.1803621)99:0.1192815,((Aphelenchoides_heidelbergi_KJ564292:0.0175461,Aphelenchoides_heidelbergi_EU287592:0.01940212)65:0.02442955,Laimaphelenchus_belgradiensis_KF881747:0.03439144)100:0.3077028)81:0.07773461,(Aphelenchoides_sp._KX356900:0.6040017,((Aphelenchoides_sp._KX356883:0.01928682,Aphelenchoides_sp._KX356889:0.002810284)53:0.004240224,Aphelenchoides_sp._KX356885:0.002894342)100:0.2370266)97:0.1466358)54:0.0488807,(((Aphelenchoides_sp._KX356903:0.00165636,Aphelenchoides_sp._KX356904:0.001662255,Aphelenchoides_sp._KX356902:0.00300469,Aphelenchoides_sp._KX356905:0.00241216)100:0.3526529,(Aphelenchoides_sp._KX356841:0.002985406,Aphelenchoides_sp._KX356840:0.001256546,Aphelenchoides_sp._KX356842:0.002533562,Aphelenchoides_sp._KX356843:0.002995545)100:0.2600478)61:0.06112384,(Aphelenchoides_sp._KX356881:0.00177042,Aphelenchoides_sp._KX356882:0.001836716)100:0.2817097)78:0.08535352)69:0.0424673,(Aphelenchoides_sp._KX356884:0.3795645,Aphelenchoides_sp._KX356839:0.3856439)64:0.1406757,(((((Aphelenchoides_sp._KX356879:0.1035284,Aphelenchoides_sp._KX356875:0.05574741)76:0.006686189,Aphelenchoides_sp._KX356876:0.007347918)81:0.006621799,Aphelenchoides_sp._KX356873:0.005373261)100:0.1363302,(Aphelenchoides_sp._KX356874:0.0034014,Aphelenchoides_sp._KX356901:0.003067505)89:0.029856)100:0.3503106,(Aphelenchoides_sp._KX356899:0.4425776,Aphelenchoides_fragariae_KX356857:0.3022504,Aphelenchoides_sp._KX356858:0.31176,Aphelenchoides_sp._KX356878:0.1674227)51:0.06247359)100:0.103721,Ficophagus_microcarpus_GU392235:0.4764653,Aphelenchoides_sp._KX356866:0.3446183,Laimaphelenchus_pannocaudatus_KX356907:0.4189304)99:0.1364183,Aphelenchoides_xylocopae_AB252222:0.3128601)61:0.09250307,(((((Schistonchus_caprifici_EU287604:0.0270159,Schistonchus_caprifici_EU287608:0.02597312)100:0.05874463,Schistonchus_caprifici_EU287607:0.01234658)100:0.4768402,((Aphelenchoides_sp._KX356888:0.02109534,Aphelenchoides_sp._KX356886:0.001831792,Aphelenchoides_sp._KX356887:0.001759619)100:0.3766555,Laimaphelenchus_sp._KX356865:0.5179499,Laimaphelenchus_preissii_EU287594:0.1903973)56:0.1420615)55:0.1058012,Schistonchus_hirtus_GQ849474:0.4030569)94:0.1194532,Aphelenchoides_paradalianensis_GU367865:0.3180314,(((Aphelenchoides_ritzemabosi_KX356906:0.006157233,(Aphelenchoides_ritzemabosi_KT82812:0.00563598,Aphelenchoides_ritzemabosi_GU367869:0.002647591)55:0.004156195)100:0.4537902,(Aphelenchoides_besseyi_KX356844:0.005908749,Aphelenchoides_besseyi_KX356851:0.001921195,Aphelenchoides_besseyi_KX356846:0.00348046,Aphelenchoides_besseyi_HQ540530:0.006114918,Aphelenchoides_besseyi_KX356855:0.01414543,(Aphelenchoides_besseyi_KX356854:0.002727887,Aphelenchoides_besseyi_KX356856:0.002007717)85:0.005780988,Aphelenchoides_besseyi_KX356852:0.001798943,Aphelenchoides_besseyi_HQ540531:0.001855137,Aphelenchoides_besseyi_KX356845:0.001841467,Aphelenchoides_besseyi_KX356850:0.001745551,Aphelenchoides_besseyi_KX356849:0.001756772,Aphelenchoides_besseyi_KX356848:0.001860953,Aphelenchoides_besseyi_KX356853:0.001785033,Aphelenchoides_besseyi_KX356847:0.001754794,(Aphelenchoides_besseyi_KX356863:0.001920531,Aphelenchoides_besseyi_KX356864:0.001956333)82:0.004810997,Aphelenchoides_besseyi_KX356862:0.02463715)100:0.1863263)76:0.1513763,(((Aphelenchoides_fujianensis_KT782797:0.001662858,Aphelenchoides_fujianensis_KT782809:0.001632416)100:0.1814429,(Aphelenchoides_besseyi_EU983281:0.001501102,Aphelenchoides_besseyi_HQ540532:0.00150652)100:0.3794532)98:0.1453091,((Aphelenchoides_sp._KX356890:0.001692957,Aphelenchoides_sp._KX356891:0.001757286,Aphelenchoides_sp._KX356892:0.00169708,Aphelenchoides_fujianensis_KT782802:0.003887491)100:0.273596,Aphelenchoides_fujianensis_FJ520226:0.3041052)84:0.09314558)85:0.08975102,Aphelenchoides_besseyi_HQ540533:0.3333983)100:0.09144984)99:0.07498496)100:0.1559544,(((((Bursaphelenchus_abietinus_AY508037:0.5008279,Bursaphelenchus_hellenicus_AY508046:0.2361891)100:0.3245056,(Bursaphelenchus_tusciae_AY508067:0.21161,Bursaphelenchus_eggersi_AY508040:0.2716252)100:0.140377)53:0.05278953,((((Bursaphelenchus_braaschae_JF317264:0.3933415,(Bursaphelenchus_arthuroides_HQ599191:0.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