#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on September 09, 2025; 23:10 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Gottlieb A., Giberti G., & Poggio L. 2003. Molecular analyses of the genus Ilex (Aquifoliaceae) in southern South America, evidence from AFLP and ITS sequence data. American Journal of Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1091] [ The following blocks are input data for analysis step 1947 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1947; DIMENSIONS NTAX=48; TAXLABELS Helwingia_chinensis Helwingia_japonica Ilex_amelanchier Ilex_anomala Ilex_argentina Ilex_argentina_Gbk Ilex_beecheyi Ilex_brasiliensis Ilex_brevicuspis Ilex_buergeri Ilex_canariensis Ilex_cassine Ilex_collina Ilex_cornuta Ilex_crenata Ilex_decidua Ilex_dimorphophylla Ilex_dumosa_dumosa Ilex_dumosa_guaranina Ilex_glabra Ilex_integerrima Ilex_integra Ilex_kiusiana Ilex_latifolia Ilex_liukiuensis Ilex_macropoda Ilex_maximowicziana Ilex_mertensii Ilex_micrococca Ilex_microdonta Ilex_microdonta_Gbk Ilex_mitis Ilex_mucronata Ilex_mutchagara Ilex_opaca Ilex_paraguariensis Ilex_pedunculosa Ilex_percoriacea Ilex_pseudobuxus Ilex_rotunda Ilex_rugosa Ilex_serrata Ilex_taubertiana Ilex_theezans Ilex_theezans_Gbk Ilex_vomitoria Ilex_warburgii Ilex_yunnanensis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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C--AAAGTAGAC-CCGGCGAACT-TGTT-----AAA--AT--A--T--G--CC-T---GGGGGTTTGAG--A--A--GGGGTGCGCGAG--C--CCCCCC-GA--CACACT--CCCC-CA------CC-T--C--GG-GATT-TT--GGC--TTG---CG---T-TC-CCC--T-AGC-GG-GG-A--C-TCGGCC--AGG-CTC--CCG-AA---AACGAAC--CCCCGGCGC-TGTCTGCGCCAAGGAACCTTAAC-TGAAG-AGCTGG-CCCCCCG-ACGT-CCCGTTCGCGGTGTGC--ACG---G-GGAGGCATG-TGCGTC-TTTTG---AATC----TAAAACGACTCTCGGCAACGGCTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTTTTTGAACGCAAGTTGCGCCCAAAGCCATTAGGCTAAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACGCATCACGTCG--------CC-C-CAA----CCC--C----AATGC-----CTAGCT-------A-G----C-TG-GATATTGT--GG-G-AG--TT------G---GG-G-CGGAAATTGGCCTCCCGT---C---C---A-C----G---ACCGTGCGCGGTTGG-CCC--A---A--A-AAAAAAA---GGAGTTCT-TG-A-CGACGGA-CGTCACGACAAGTGGTGGTTGAA-A-GAC-CTA-TTGCATC-AA--GTCGTGAGGC-A-CCGAGTCTGTAGCGAGCTCTGACCGT-GACCC--TGC-G-CA--C-C--------TT-C---T-T-TAA--C-G-----G-A-ATGGTGCTC-CGACC Ilex_mucronata 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following blocks are output data for analysis step 1947 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6722; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1947; TREE strict_121 = [&R] (Helwingia_japonica,(Helwingia_chinensis,(Ilex_anomala,(((Ilex_amelanchier,Ilex_mucronata),((Ilex_collina,(Ilex_decidua,Ilex_vomitoria)),((Ilex_opaca,(Ilex_argentina_Gbk,Ilex_cassine)),(Ilex_paraguariensis,((Ilex_crenata,Ilex_mutchagara),(Ilex_dumosa_dumosa,Ilex_dumosa_guaranina)))))),(Ilex_rugosa,((Ilex_integra,Ilex_kiusiana,(Ilex_beecheyi,Ilex_mertensii,Ilex_percoriacea)),((Ilex_maximowicziana,(Ilex_cornuta,Ilex_dimorphophylla)),(Ilex_buergeri,Ilex_latifolia,(Ilex_liukiuensis,Ilex_warburgii))))),(Ilex_pedunculosa,((Ilex_glabra,(Ilex_canariensis,Ilex_rotunda)),(Ilex_serrata,(Ilex_yunnanensis,(Ilex_mitis,(Ilex_macropoda,Ilex_micrococca)))),(Ilex_argentina,(((Ilex_brasiliensis,Ilex_theezans),(Ilex_integerrima,Ilex_theezans_Gbk)),((Ilex_brevicuspis,Ilex_taubertiana),(Ilex_microdonta,(Ilex_pseudobuxus,Ilex_microdonta_Gbk))))))))))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1267] END;