#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2024; 15:33 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Hall J., Iltis H., & Sytsma K. 2004. Molecular phylogenetics of core Brassicales, placement of orphan genera Emblingia, Forchhammeria,Tirania, and character evolution. Systematic Botany, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1095] [ The following blocks are input data for analysis step 1958 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1958; DIMENSIONS NTAX=37; TAXLABELS Aethionema_grandiflora Aethionema_saxatile Apophyllum_anomalum Arabidopsis_thaliana Batis_maritima Bretschneidera_sinesis Capparis_hastata 'Capsella bursa-pastoris' Capsella_rubella Carica_papaya Cleome_pilosa Cleome_viridiflora Crateva_palmeri Emblingia_calceoliflora Forchhammeria_pallida Forchhammeria_sessifolia Forchhammeria_spnov Forchhammeria_trifoliata Forchhammeria_watsonii Gyrostemon_sp Gyrostemon_tepperi Koeberlinia_spinosa Maerua_kirkii Moringa_oleifera Nasturtium_officinale Oligomeris_linifolia Pentadiplandra_brazzeana Podandrogyne_chiriquensis Polanisia_dodecandra Reseda_lutea Salvadora_angustifolia Stanleya_pinnata Tersonia_cyathiflora Tirania_purpurea Tovaria_pendula Tropaeolum_majus Wislizenia_refracta ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M760] TITLE 'Figures 2b, 2d, and 3'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1958; DIMENSIONS NCHAR=1096; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=N GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Aethionema_grandiflora NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACTTATTTTCTGAATTATAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCCGTCTATTCAATCTCTTTATGGGGTAAAGAAGACGGAAAAAAAATTAATAGAAATTTTTGTTTAGTACCATTATTAACAATGAATAATAAGAAAGGAGCT---------TCTTTTTTTTCCAANAAAACATATCAAATTAATAATAA---TGTAAGAAATCAAACTTTGATTACTGTTGCAAATTGTGCACTTAAT------AAAAAAATTTATTATTATCCCCATGAATCAGACAATACTATTTTATTTCCTATGCTTGTATTACTTTTATTTACTTTGTTTATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTGAAT------CAAGAAGGA------TTTAATATATTATCAAAATTATTCACGCCATCGATAAACCTTTTGCATAAAAATTCAACAAATTTTGTGGATTGGTATGAATTTTTTAGAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATACTGGTTGTATAAGCCTTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAACCTTACTTAATTCATTTCAAAAATGGAATTCTAACCCAA------GTTGTTGGGAAAAACTAATAAATTGTGTATATAATTGGTCGTATAATCGTGGTTACATAGATACTTTTTATAAAAAATCCTTAACTGAAAGTATAAGAAGATTAGCAAAACAAATTAATTTTTTTGATA--------------------------------------------------------------------------------- Aethionema_saxatile 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Apophyllum_anomalum 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Arabidopsis_thaliana 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Batis_maritima 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Bretschneidera_sinesis 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Capparis_hastata 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'Capsella bursa-pastoris' 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Carica_papaya 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Cleome_pilosa 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Emblingia_calceoliflora 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Forchhammeria_pallida 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Forchhammeria_sessifolia 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Forchhammeria_spnov 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Forchhammeria_trifoliata 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Forchhammeria_watsonii ATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGGTACTCTCCAGATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATATTCCGATTACAAAAACTTTTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCGATTTTTGCAATAATAGCTTGTTTCACAGCTGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGAATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTCAACATTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAACAAATAGTTCGTTCTATTCAATATCTATGTGGGGTAAAGAAGAACAAAAAA---TTAACAGTAATTTTCCTTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATAACGAAAGAGCT---------TCTTTTTTTTGTAAGAAAGCATATCAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAAGAGAACTTTTCTCACTATTACTAATTTGGGAGTTAAT------ACAAGAACTTTCTCTTATCCTCATGAATCGGACAATACTATCCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCTTTTAAT------CAAGAAAGAATAGATTTTGATATATTATCAAAATTATTAACTCC------AAAGCATTTGAATTTTGATTCAAATGCTTTTGCGGATTGGTATGAATTTTTGAAAAATGCAACTTTTTCAGTTAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCGTATTGTTTTTATAAGCCTTTTTATTCATCTTTACTAAATTTAAACCTACTTAATTCATTTGATAAATGGAATTCTAAAAGAA------TTCTGNGGGACAAAGTAATAAATTNGATATATGATTGGTCATATAAT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Gyrostemon_sp ATTATCCATTCAATGGAAGGTATAGTTGGGTACTCTCCAGATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAATATGTGCCAATTACTAAAACTTTTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATACTTTGTTGTATTCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCTACAGCTGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTTATTTTCAAAATTAC---------AAAAATAACTCATTCTGTTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAGAAGAAATAAAAATTAACAGAAATTTTTATTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATAATGAAAGAACT---------TCTTTT---------AAAGCGTATAAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAATAGAACTTTTCTTACTATTACTAAGAGTGCAGTTAGT------ACAACAACTTTTTCTTATCCTCATGAATCGGACAATACTATCCTCTTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCTATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAGAAGTTAATAATTTGGATATATTATCCAAATTATTAACTCCATCAATAAACCTTTTGCATAAAAATGCAAATAGTTTCGTGGATTGGTATGAATTTTTGACAAATGCAACTTTTTCAGTTGGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCGTATTCTTTCTATAAACCTTTTTATTCATCTTTACTCAATTTAAACTTACTTAGTTCATTTCAGAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTCTGGGACAAAGTAATAAATTTTATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAAAATATTTTTAACTGAAAATATCAGAGGATCCGCAGAACTAACTCATTTTTTTGATGGACGAATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTAGGTATTATGAGTTTTTTT------------------------------- Gyrostemon_tepperi ATTATCCATTCAATGGAAGGTATAGTTGGGTACTCTCCAGATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAATATGTGCCAATTACTAAAACTTTTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATACTTTGTTGTATTCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTCTTCTACAGCTGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTTATTTTCAAAATTAC---------AAAAATAACTCATTCTGTTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAGAAGAAAAAAAAATTAACAGAAATTTTTATTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATAATGAAAGAACT---------TCTTTT---------AAAGCGTATAAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAATAGAACTTTTCTTACTATTACTAAGAGTGCAGTTAGT------ACAACAACTTTTTCTTATCCCCATGAATCGGACAATACTATCCTCTTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCTATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAGAAGTTAATAATTTGGATATATTATCCAAATTATTAACTCCATCAATAAACCTTTTGCATAAAAATGCAAATAGTTTCGTGGATTGGTATGAATTTTTCACAAATGCAACTTTTTCAGTTGGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCGTATTCTTTCTATAAACCTTTTTATTCATCTTTACTCAATTTAAACTTACTTAGTTCATTTCAGAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTCTGGGACAAAGTAATAAATTTTATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAAAATATTTTTAACTGACAGTATCAGAGGATTCGCAGAACTAACTCATTTTTTTGATGGACGAATAATTGATGGAATTCCAAATGGAGTAGGTATTATGAGTTTTTTT------------------------------- Koeberlinia_spinosa ATTATTCATTCAATGGAAGCTATTGTTGGCTATTCTCCAGATAAAAGCCAAAATATGGTTATTATGGGTGGTTTAACAAAGCATATACCAACTACAAAAACCGCTTTTTTTTTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGCTTTTGGTCTAAAGATGAAATTATTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCGTGTTCCACCGCGGGATTAACTGGATTTTATATGTTTCGGATTTTTTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTCATTTTCAAAATTACAGTGGTAAAAAGAGTAGCTCATTCTATTCAATATCTCTATGGGGAAAACAAGAAAAAAAAA---TTAACAGAAATTTTCATTTAGTAGCATTATTAACAATGAATACTAATGAAAAAGTT---------TCTTTTTTGTGTAAGACGGCATATGAAATTACTAGTAA---TGTAAGAAATCGAATTTCTCTTAGTATTCCTCATTTTAGTGAAAAA------ATGGCCACTTTTTCTTATCCCTACGAATCAGACAATACTATCATATTTCCTATGGTTGTATTGGTTCTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCCTTCAAT------CAAGAAGGAGTGGATTTTGATATATTATCAAAATTCTTAAATCCAGCAATAAACCTTTTACATCAAAATTCAAATAATTTTGTAGATTGGTATGAATTTGTGACAAATGCTATTTTTTCAGTCAGTATAGCCCTTTTTGGAATATTTATAGCCTACTTTTTATATAAACCTTTTTATTCATCTTTCTTAAAATTTAACTTACTTAATTCATTTGCGGAATGGGGC--TAAGAGAA------TTCTATGGGACAAAATCAAAAATTTGATATA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Maerua_kirkii ATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCAATAAAAGCCAGAATATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAGCATGTGCCGATTACAAAAACTGCCTTTTTATTAGGAACACTTTCCCTTTGTGGTATTCCCCCCTTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTCTTTTTTTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCAGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAACTCGTTCTATTCCATCTCTCTATGGGGTAAAGAAGAAGAAAAAAAAATTAACAGAAATTTTTGTTTAGTAACATTATTAACAATGAATAATAACAAAAGAACC---------TCTTTTTTTTGCAAGAAAGCATATAAGGTTAGTAATCA---TCTAAGAAATAGAACTTTTCTTACTGTTGATAATTTTAGCCTTAAT---------ACAACTTTCTCTTATCCCCATGAATCGGACAATACTATTCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTATTTATTGGAACCATAGGAATTCCTTTCAATCAAGATCAAGAAGGAATATACTTTGATATATTATCAAAATTATTGACCCCATCCATAAATCTTTTCTATAAAAATTCAAATAATTTTGTGGATTGGTATGAATTTTTGAGAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATATCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATACTCTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTAGTAAATTTAAACTTACTTAATTCATTTCAAAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTGTGGGAAAAACTAATAAATTTGGTATATAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAGAACATCTTTAACTGAAAGTATAAGAAGATTAGCAAAACAAACTCATTTTTTTGATAGACGAATAATTGATGGAATTATAAAT------------------------------------------------------- Moringa_oleifera ATTATTCATTCAATGGAAGCTATTGTTGGATATTCTCCCGTTAAAAGCCAGAATATAGTTCTTATGGGTGGTTTAAGAAAGCATGTGCCAATTACAAAAACTGCTTTTTTATTAGGTGCGCTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGAGGAAATTATTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCGATTTTTGCAGTAATAGCTTGTTCCACAGCCGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATATATGTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCTTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAAAAAGAACCAAAAAGGATTAACAGAAATTTTCGTTTAGTACCTTTATTAACAATCAATAATACCGAAAGAGCT---------TCTTTTTTTTGGAAAAAGGCATATCGAATTGTTAGTAA---TGTAAGAAATAGAACTTTTATTACTATTACTCATTTTGGCGTTAAG---------ACGACTTTGTCTTATCCCCATGAATCGAACAATACTATCCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTATATTTACTTTGTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCTTTTACT------CACGAAGGAATAGATTTTGATATATTATCAAAATTGTTAACTCCGTCTATAAACCTTTTACATCAAAATTCAAAAAACAAAATTGATTGGTATGAATTTTTGACAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTACAGCTTATTTCGGAATATTTATAGCATCTTTTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTACAGAATTTAAACTTACTTAATTCATTTTTGAAAAAAGGTCCTAAGAGAA------TTCTGTGGGACAAAATAAAAAATTGGATATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATACTTTTTATGCAATATCTTTAACTGATGGTATAAGAGGATTAGCGAAAATAACTCATTTTTTTGATAGACGAGTAATTGATGG-AATT------------------------------------------------------------ Nasturtium_officinale ATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAATATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTCCCGATTACAAAAATAGCCTTTTTAGTAGGAACCCTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTGTTGTTTTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTTTTCAACAGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACTTATTTTATAAATTACAGTGGAAAAAAAAGCAGCTCCGTCTATTCAATCTCTTTATGGGGTAAAGAAGAAGAAAAAAAACTTAATAGAAATTTTGGGTTAGTACCATTATTAACAATGAATAATACGAAAAGAGCT---------TCTTTTTTTTGTAAGAAAACATATAAAATTAGTAATAA---TGTAAGAAATCAAACTTTTATTACTGTTGAAAATTTTGGACTTAAT------CCAAGAACTTTCTATTATCCCCACGAATCAGACAATACTATTCTATTTCCGATGCTTGTATTGCTTTTATTTACTTTGTTTATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTTACT------CAAGAAGGCCTAGACTTTGATATATTATCAAAATTATTCACACCGTCGATAAACCTTTTGCATAAAAATTCAGAAAGTTTTGTAGATTGGTATGAATTTTTGAGAAATGCAACTTTTTCAGTTAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATACTATTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAACCTTACTTAATTCATTTCAAAAATTGAATTCTAAACGAA------TTCGTTGGGAAAAACTAATAAATTTTGTATATAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTTTAAAACATCTTTAATTGAAAGTATAAGAAGATTAGCAAAACAAACTAATTTTTTTGATAAACGA---------------------------------------------------------------------------- Oligomeris_linifolia NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGATATTTCAATATTCATTTTCAAAATTACACTGGAAAAAAAAATAGTGTGTTCTATTCAATATCTATGTGGGGTAAAGAAAAAAAAAAAA---TTAAGAGTCATTTTGGTTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATACCGAAAGAACT---------TCTTTTTTTTGCAAAAAAGGATATCAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAACAGAACTTTTCTTACTATTAATAATTTTGGAGTTAAT------ACAACAACTTTTTCTTATCCTTATGAATCAGATAATACTATCCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTTAAT------CAAGAAGGAATAGATTTTGATATATTATCAAAATTATTAAATCCATCAATAAACTATTTGAATAAAAATGCGGATGGTGCTGTAAATTGGTATGAATTTTTGCAAAATGCAACTTTTTCAGTGAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATATTGTTTATATAAGCCTTTTTATTTATCTTTACTAAATTTAAATCTACTTAATTCATTTGATAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TGCTGTGGGACAAAGTAATCAATTTGATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTATATCGATGCTTTTTTTAAAATATTCTTCACTGAAAGTATCAGAAGATTTGCAAAACTAACTCATTTTTTTGATAGACGAATCATTGATGGAATTACAAATGGAGCAGGTATTATTACTTTTTTTGTTGGAGAAGTAACAAAATATATAGGTGG-- Pentadiplandra_brazzeana ATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGGTACTCTCCAGATAAAAACCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTGCCGATTACAAAAACTACTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCAAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCCACAGCTGGATTAACAGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTCATTTTCAAAATTATAGTGGCAAAAAAAGTAGCTCGTTCTATTCAATATCTCTATGGGGTAAAAAAGAAGAAAAAAAAATTAACCGAAATTTTCGTTTAGTACCATTATTAACAATGAATAATAAAGAAAGAGTT---------TCTCTTTTATGCAAGAAAGCATATCAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAATAGAACTTTTCTTACTATTACTAATTTTGGCGTTAAT------ACAACAACTTTCTCTTATCCCCATGAATCGGACAATACTATCCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCTATAGGAATTCCTTTC---------------CGAATTGATTTTGATATATTATCAAAATTATTAACTCCATCGATAAACCTTTTGCATAAAAATTCAAATAATATTGTTGATTGGTATGAATTTTTGAAAAATGCAACTTTTTCAGTTAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCCTATTGTTTATATAAACCTTTTTATTCATCTTTACTAAATTTGAAATTACTTAATTCATTTGAGAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTTTGTGGGAAAAAGTAATAAATTTGATATATGATTGGTCATATAATCGTGCTTACATAGATTCTTTTTATAGAATATCTTTAACTGAAAATATAAGAGGATTAGCAGAACTAACTCATTTTTTTGATAGACGAATAATTGATATAATTACAAA-------------------------------------------------------- Podandrogyne_chiriquensis ATTATCCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAATCTTATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTGCCGATTACAAAAACTGCCTTTTTATTAGGGACGCTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTGTTGTTTTCGCCTATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTTAACACTCATTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCGTTCTATTCAATCTCTCTATGGGGTAAAGAAGAAGGAAAAAAAATTAACAGAAATTTTTGTTTAGTACCATTATTAACAATGAATAATAAGAAAAGAGCT---------TCTTGTTTTTGTAAGAAAACATATAAAATTAGTAATAA---TGTAAGAAATCAAACTTTTCTTACTGTTGCGAATTTTGTCCTTAAT------ACAAGAACTTTCTCTTATCCCCATGAATCGGACAATACTATTCTATTTCCTATGCTTATATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGTCATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAAAAGGAATAGACTTTGATATATTATCAAAATTATTGACGCCATCTATAAATTTTTTGCATAAAAATTCAAATAATTTTGTAGATTGGTATGAATTTTTTAGAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATAGCTTGTTTTGGAATATTTATAGCATACTGCTTATATAAGCCCTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAAATTTAGTTAATTCATTTCAAAAGTGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTCTGGGAAAAACTAATAAATTTGGTATATAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGACCCTTTTTATAAAATATATTTAACCGAAAATATAAGAAGATTAGCAAAACAAACTCATTTTTTTGATAG-------------------------------------------------------------------------------- Polanisia_dodecandra 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Reseda_lutea ATTATTCATTCAATGGAGGCTATAGTTGGGTACTCCCCAGATAAAAGTCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACTAAACATATTCCCATTACAAAAACTTTTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCTCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCGATTTTTGCAATAATAGCTTATTCCACAGCCGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTCAACATTTATTTTCAAAATTACACTGGAAAAAAAAACAGTGCGTTCTATTCAATATCTATGTGGGGTAAAGAAAAAAAAAAAA---TTAAGAGTCATTTTCGTTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATACCGAAAGAACT---------TCTTTTTTTTGCAAGAAAGGATATGAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAACAGAACTTTTCTTACTATTACTAATTTTGGAGTTAAT------ACAACAACTTTTTCTTATCCTTATGAATCGGACAATACTATCCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTTAAT------CAAGAAGGAATAGATGTTGATATATTATCAAAATTATTAAATCCATCAATAAACTATTTGAATAAAAATGCGGATGGTGTTGTAAATTGGTATGAATTTTTGAAAAATGCAACTTTTTCAGTGAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCATATTGTTTATATAAGCCCTTTTATTTATCTTTACTAAATTTAAATCTACTTAATTCATTTGATAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TGCTGTGGGACAAAGTAATTAATTTGATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTATATAGATGCTTTTTTTAGAATATCCTTCACTGAA{AG}GTACCAGAAGATTTGCAAAACTAACTCATTTTTTTGATAGACGAATTATTGAGGAA---------------------------------------------------------------- Stanleya_pinnata 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Tersonia_cyathiflora ATTATCCATTCAATGGAAGGTATAGTTGGGTACTCTCCAGATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAATATGTGCCAATTACTAAAACTTTTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCACCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATACTTTGTTGTATTCACCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCTACAGCTGGATTAACTGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTTATTTTCAAAATTAC---------AAAAATAACTCATTCTGTTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAGAAGAAATAAAAATTAACAGAAATTTTTATTTAGTACCATTATTAACCATGAATAATAATGAAAGAACT---------TCTTTT---------AAAGCGTATAAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAATAGAACTTTTCTTACTATTACTAAGAGTGCAGTTAGT------ACAACAACTTTTTCTTATCCTCATGAATCGGACAATACTATCCTCTTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCTATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAGAAGTTAATAATTTGGATATATTATCCAAATTATTAACTCCATCAATAAACCTTTTGCATAAAAATGCAAATAGTTTCGTGGATTGGTATGAATTTTTGACAAATGCAACTTTTTCAGTTGGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCGTATTCTTTCTATAAACCTTTTTATTCATCTTTACTCAATTTAAACTTACTTAGTTCATTTCAGAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTTGGGGACAAAGTAATAAATTTTATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAAAATATTTTTAACTGAAAATATCAGAGGATCCGCAGAACTAACTCATTTTTTTGATGGACGAATAATTGATGGAATTACAAATGGAGTAGGTATTATGAGTTTTTT-------------------------------- Tirania_purpurea 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Tovaria_pendula ATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGCTGGGTATTCTCCTGATAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTGACAAAGCATGTGCCGATTACAAAAACTGCTTTTTTATTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCGCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCGACTGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACATTCATTTTCAAAATTATAGTAGCAAAAAAAGTAGTTCGTTCTACTCAATATCTCTATGGGGTAAAGAAAAAGAAAAAAAAATCAACAAAAATTTTCGTTTAGTCCCATTATTAACAATGAATAATAACGAAAGAGCT---------TCTTTTTTTTACAAGAAAGCATATCAAATTAGTAGTAA---TGTAAGAAATAGAGTTTTTCTTACAATTACTAATTTTGGCGTTAAT------ACAACAAATTTATCTTATCCCCATGAATCGGACAATACTATCCTATTTTCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAGAAGGAGTAGATTTTGATATATTATCAAAATTATTAACTCCATCAATAAACCTTTTGCATAAAAATTCAAATAATTTTGTGGATTGGTATGAATTTTTGACAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCGTACTCTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTACTAAATTTAAACTTACTTAATCTATTTGAGAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTATGGGATAAAGCAATAAATTTGATATATGATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAGAATATCTTTAATTGAAAGTATAAGAGGATTAGCAAAACTAACTCATTTTTTTGATAGACGAATAATTGATGGAATTACTAATGGGG--------------------------------------------------- Tropaeolum_majus ATTATTCATTCAATGGAAGCTATTGTTGGATATTCTCCAGCTAAAAGCCAGAATATGGTTCTTATGGGTGGTTTAAAAAAGCATGTGCCAATTACAAAAATTGCTTTTTTTTTAGGTACACTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCCAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTGGTTGTATTCACCTATTTTTGCAATAATAGCTTATTTCACAGCCGGATTAACGCCATTTTATATGTTTCGGGTCTATTTACTTACGTTTGAAGGCCATTTAAACATTCATTTTCAAAATTATAGTAACAAAAAAAGTAGCTCTTTCTATTCAATATCTTTATGGGGTAAAGAAGAACAAAAAAATATTAATAGAGATTTTCATTTAGTACCTTTATTAATAATGAATAATAAGGAAAGAGTT---------TCTTTTTTTTTGAAGAAGGCATATAAAATAACTAGTAA---TGCAAGAAATAGAACTTTTATTACTATTACTTCTTTTGGCATTAAA---------ACGCCTTTTTCTTATCCCCACGAATCAGACAATACTATCCTATTTCCTATGCTTATTTTGGTTCTATTTTCTTTTTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCTTTCAAT------CAAGAAGGAATAGGTTTTGATATATTATCAAAATTGTTAACTCCGTCTATAAACCCTTTACATCAAAATGCAAAAAATTTTGTTTATTGGTATGCATTTTTTACAAATGCAATTTTTTCAGTCAGTATAGCTTTTTTAGGAATATTTATAGCATCTTCTTTATATAATCCTTTTTATTCATCTTTACAAAATTTTAACTTAGTTAATTCATTTGTAAAAAGGGGTCCTACGAGAA------TTTTTTGGGAAAAAATAAGCCATTTTTTATATGATTGGTCATATAATCGCGGTTACATAGATACTTTTTATACAATATCTTTAACTAAGGGTATAAGAGGATTAGCAGAACTAACTCATTTTTTTGATAAACGAGTAATTGATGGAATTACGAATGGGATAGG----------------------------------------------- Wislizenia_refracta ATTATTCATTCCATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCAATAAAAGTCAGAATATCATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGCACCGATTACAAAAACTTCTTTTTTATTAGGGACGCTTTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCTAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTT{GT}GTTGTTTTCCCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTTAACAGCGGGATTAACCGGATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGTCATTTAAACACTCAGTTTCAAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCGTTCTATTCAATCTCGCTATGGGGTAAAGAAGAAGGAAAAAAAATTAACAGAAATTTGCGTTTAGTACCATTATTAACAATGAATAATAAGAAAAGAACT---------TCGTGTTTTTGTAAAAAAACATATCAAATCAGTAATAA---TGTAAAAAAGAAAACTTTTCTTACTGTTGCGAATTTTGGGCTTAAT------ACAAGAACTTTCTCCTATCCCCATGAATCGGAAAATCCTATTCTATTTCCTATGCTTGTATTGGTTTTATTTACTTTGTTTGTTGGAGCCATAGGAATTCCTTTAAAT------CAAAAAGGA------TTTGATATATTATCAAAATTTTTGATACCATCAAGAAATCTTTTGCATAAAAATTCAAATAATTTTGTGGATTGGTATGAATTTTTTAGAAATGCAACTTTTTCAGTCAGTATAGCTTTTTTGGGAATATTTATAGCATACTGCTTATATAAGCCTTTTTATTCCTCTTTATTCAATTTGAATTTACTTAATTCATTTCAAAAATGGGGTTCTAAAAGAA------TTCTGTGGGAAAAACTAATAAATTTTATATACAATTGGTCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTATAAAAGATCTTTAACTCAAAGTATAAGACGATTAGCAAAACTAACTAATTTTTTTGAT---------------------------------------------------------------------------------- ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Figures 2b, 2d, and 3') = N: 1-1096; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Figures 2b, 2d, and 3') = N: 1-1096; END; [ The following blocks are output data for analysis step 1958 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6733; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1958; TREE Fig._2B = [&R] (((((((((Capparis_hastata,(Maerua_kirkii,Apophyllum_anomalum)),Crateva_palmeri)Capparaceae,(((((Podandrogyne_chiriquensis,Cleome_pilosa),Cleome_viridiflora),Polanisia_dodecandra),Wislizenia_refracta)Cleomaceae,((((Arabidopsis_thaliana,'Capsella bursa-pastoris'),Nasturtium_officinale),Stanleya_pinnata),(Aethionema_saxatile,Aethionema_grandiflora))Brassicaceae)),Tovaria_pendula),(((Tirania_purpurea,((((Forchhammeria_pallida,Forchhammeria_watsonii),Forchhammeria_spnov),(Forchhammeria_sessifolia,Forchhammeria_trifoliata))Forchhammeria,(Reseda_lutea,Oligomeris_linifolia)Resedaceae)),((Gyrostemon_sp,Tersonia_cyathiflora),Gyrostemon_tepperi)Gyrostemonaceae),Pentadiplandra_brazzeana)),Emblingia_calceoliflora),(Koeberlinia_spinosa,Batis_maritima)),(Carica_papaya,Moringa_oleifera)),(Tropaeolum_majus,Bretschneidera_sinesis))Brassicales; [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1677] END;