#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 12, 2026; 11:19 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: O'kelly C., Bellows W., & Wysor B. 2004. Phylogenetic position of Bolbocoleon piliferum (Ulvophyceae, Chlorophyta): evidence from reproduction, zoospore and gamete ultrastructure, and SSU ribosomal RNA gene sequences. Journal of Phycology, 40. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1101] [ The following blocks are input data for analysis step 1970 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep1970; DIMENSIONS NTAX=46; TAXLABELS Acrochaete_endozoica Acrochaete_leptochaete_MBLPoly1 Acrochaete_leptochaete_NY1b Acrochaete_repens_MA1_1a1 Acrochaete_repens_MA1_1c2a Acrochaete_viridis_MA1_2a1 Acrochaete_viridis_MA1_2d2 Acrosiphonia_arcta Acrosiphonia_duriuscula Acrosiphonia_sp. Bolbocoleon_piliferum_MA3_1b1 Bolbocoleon_piliferum_WA1_6a Bolbocoleon_piliferum_WA1_7b Bolbocoleon_piliferum_WA2_9b2a Bolbocoleon_piliferum_WAz1 Collinsiella_tuberculata Dangemannia_microcystis Desmochloris_halophila Endophyton_ramosum Enteromorpha_intestinalis Enteromorpha_intestinalis_SY0104 Enteromorpha_sp_WA4_20b Eugomontia_sacculata Floydiella_terrestris Gloeotilopsis_paucicellularis Gloeotilopsis_planctonica Gloeotilopsis_sarcinoidea Gomontia_polyrhiza Halochlorococcum_moorei Leptosira_obovata Monostroma_grevillei Oltmannsiellopsis_viridis Percursaria_WA4_20a Percursaria_percursa Planophila_laetevirens Pseudendocloniopsis_botryoides Pseudendoclonium_basilense Pseudoneochloris_marina Ulothrix_zonata_SAG Ulothrix_zonata_UTEX745 Ulva_californica Ulva_curvata Ulva_rigida Ulva_sp._WA1_3b Ulvaria_3_3DMK Urospora_penicilliformis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M769] TITLE Bolbocoleon_SSU_rRNA; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep1970; DIMENSIONS NCHAR=1689; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 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Collinsiella_tuberculata 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Desmochloris_halophila 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Endophyton_ramosum 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Enteromorpha_intestinalis 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Eugomontia_sacculata 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Floydiella_terrestris 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Gloeotilopsis_paucicellularis 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Gloeotilopsis_planctonica 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Gloeotilopsis_sarcinoidea 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Gomontia_polyrhiza 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Halochlorococcum_moorei TG-CTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAAAGCTACAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTCACG-AAGGGACGTATTTATTAGATT-CAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-ATCTTGGTGAATCATGGTAACTTCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTAGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAAAGGCCGGCCTT-A-TGGTCGGCCTATTGGAATGAGTACAATTTAAAATCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGG-TACCGCCGGTCTCCC-TTTGGGT-A-TGTACTGGCGTGGCCCGCCTTGCTGTCGGGGACGGTCTCCTGGGCTTAATTGCTCGGGAACCGGAGTCGACGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATGATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGGCCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGACGTTTGTTGAA-TGACTCCGCCAGCACCTCATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGGCGATTGCTTTGG-CAGTCGGTACACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGT-CTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACGAGC---TCCTTGTCCGAAAGGTCTGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGCGTTAGGACTGGAGGGTTATCTAGG-TCTCCTAGACTTCACTCC-GGGAATTTCGTTGAACC Leptosira_obovata TG-CTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGG-TACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGCAAATCCCGACTTCTGGAAGGGACGTATTTATTAGAT-AAAAGGCCGACCGGGCTCTGCCCGACTCGCGGTGAATCATAATAACTTCACGAATCGCACGGCCTTGTGCTGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCGATACGGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATAACAATACCGGGCTTTTTTAAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGCGGG-TTCCTTCGGTCCGCCGATCG-GTG---GCACTGTTGGAGCCTGTCTTGCTGTCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTAATTGTCCGGGACCCGGAGTCGACGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATACATTAGCATGGAATAACACGATAGGACTCTGGCCTATCTTGTTGGTCTGTGGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGCCGGATGTTCCATTGA-TGACTCCGGCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTCTCTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGATTGCTTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTCACGGTTGGTTTTTCCAGCCGGCAGACTTCTTAGAGGGACTATCGGCGTTCTAGCCGACGGAAGTGTGAGGCGATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGCCTATCCTGGACAGAGATGTCTGGGTAATCTG-CGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATCCTTGCAATTCTTGATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAGCGTTCGGATTGGCGTCAATTGGTGGTTCGCCGCCGGCTGTCGCT-GAGAAGTTCGTTAAACC Monostroma_grevillei TG-CTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCTTGCTACTTGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATCCATGCGTAAATCCCGACTCACG-AAGGGACGTATTTATTAGAT-CCAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-CTCTTGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAA-TTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTAGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAATACTGGGCCTTC--GGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGG-TACCGCCGGTCTCCC-ATTGGGT-A-TGTACTGGCGTGGCCTGCCTTGCTGTCGGGGACGATCTCCTGGGCTTTACTGTCCGGGAATCGGAGTCGACGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGGCCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTTGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACAAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTGTTTGA-TGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACTGCTGCTTCGG-CAGTCGGCACACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGT-CTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCTCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACAAGC---TCCTTGGGCGAAAGGTCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGTGCTGGTGAA?ACTTCGGATTGGCTGTTTGGTTAGG-CTTCCTGACCTT-ACCGCTGAAAAGTTGTTTAAACC Oltmannsiellopsis_viridis TGACTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTATTTGATGGATACC--ACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGCAAATCCCGACTCACG-AAGGGACGTATTTATTAGATT-AAAGGCCG?CCGTGCTTTGCACGA-TTTTGGTGAATCATGATAACTTCGCGAATCGCATGGCCTTGTGCCGGCGATGTTTCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTACCATGGTAGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTAATTCAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATAACAATACCGGGCTTCAA-CAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCTATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGGCTT-CACCGGTCCGCC-TTCG-GTGA--GTACTGGTGCGGCCCATCTTGTTGCCGGGGACGGGCTCCTGGGCTTTATTGTCC?GGACTCGGAGTCGGCGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCCTACGCTCTGAATACAATAGCATGGGATAACATGATAGGACTCTGGCCTATCTTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACTTCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGATGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTTTTGCAATGACCCCGCCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGTAGGATTGACAGATTGAAATCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGATTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGAGCTCAGCCTGCTAAATAGGTGCCGAAGCTATGA-CAGCGCGTACGCTTCTTAGAGGGACTTTTGGCG-AATAGCCAG?GGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGCATTCAACGAGT-TA-CCTTGGCCGAGAGGTCCGGGAAATCTT-TGAAACTGCATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTCTTAATCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCAAGTCATCAGCTTGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGGGTGTGCTGGTGAAATGTTCGGATCGGCAGCATTTTGTGG-CTTCCACGGAGTGCAGCC-GAGAAGTTCATTAAACC Percursaria_WA4_20a 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Percursaria_percursa AG-TTTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCACACTACTCGGATAACCGTAGTAAAGCTACAGCTAATACGTGCGCAACTCCCGACTCACG-AAGGGACGTATTTATTAGATT-CAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-TCTTTGGTGAATCATGGTAACTTCACGAATCGCAGGGTC-TATCCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAGTTCTGGGCC-TCA-TGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAACGCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGTGGG-ACGCAGCGGTCTCGC-ATTGCGTT--TGTACTGCTGCAGCCCACCTTCTTGCCGGGGGCGGGCTCTCGGACTTCATTGTCCGGGGCCCAGAATCGGCGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCTTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGGCCTATCGTGTTGGTCTATAGGACCAGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTTTTTGA-TGACTCCGCCAGCACCTCATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACGTCTGCTGCGG-CAGTCGCGC-ACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGT-CTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACGAGC---TCCTTGACCGAGAGGCCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTGTTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGCGTTAGGACTGGAACCTCGCGCAGGT-CTCCTGCCCGTCGTTTC-GGGAATTTCGTTGAACC Planophila_laetevirens 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Pseudendocloniopsis_botryoides 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Pseudoneochloris_marina 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1689] END;