#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 17, 2024; 13:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ivors K., Hayden K., Bonants P., Rizzo D., & Garbelotto M. 2004. AFLP and phylogenetic analyses of North American and European populations of Phytophthora ramorum. Molecular Ecology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1129] [ The following blocks are input data for analysis step 2035 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2035; DIMENSIONS NTAX=31; TAXLABELS Nephroselmis_olivacea Phytophthora_cactorum Phytophthora_cambivora Phytophthora_capsici Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2 Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1 Phytophthora_cryptogea Phytophthora_erythroseptica Phytophthora_gonapodyides Phytophthora_hibernalis_379 Phytophthora_hibernalis_380 Phytophthora_ilicis Phytophthora_infestans Phytophthora_lateralis_PL27 Phytophthora_lateralis_PL33 Phytophthora_megasperma Phytophthora_nemorosa Phytophthora_nicotianae Phytophthora_palmivora Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU25_Italy Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU4_Germany Phytophthora_pseudosyringae_P40_US Phytophthora_psychrophila Phytophthora_quercina Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany Phytophthora_ramorum_Phyram1_Spain Phytophthora_ramorum_Pr102_US Phytophthora_ramorum_PrSDC21.6_US Phytophthora_sojae Phytophthora_syringae ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2397] TITLE nad5; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2035; DIMENSIONS NCHAR=388; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Nephroselmis_olivacea GATGCCATGGAAGGTCCAACTCCTGTTTCTGCATTAATTCACGCTGCTACAATGGTAACAGCTGGAGTTTTTTTAGTTGCTAGATGTAGTCCTATTTTTGAGTATGCGCCTAATGCTTTAATGATTGTTACTTTTGGTGGTGCTATGACTGCGTTTTTTGCAGCAACTACAGGTTTAGTACAAAATGACATGAAACGAGTTATTGCTTATTCAACCTGTAGTCAACTAGGTTATATGATTTTTGCTTGTGGGATTTCTAATTATTCTGTAGGTATTTTTCATTTAATGAACCATGCTTTTTTTAAAGCTTTATTATTCCTAAGTGCTGGTTCTGTAATTCATGCAATGCAGGATGAACAAGATATGCGGAAAATGGGAGGACTTGTAC Phytophthora_cactorum 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step 2035 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6810; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2035; TREE Fig._4 = [&R] (Phytophthora_lateralis_PL27,(Phytophthora_lateralis_PL33,(((Phytophthora_ramorum_Pr102_US,Phytophthora_ramorum_PrSDC21.6_US,Phytophthora_ramorum_BBA12.98_Germany,Phytophthora_ramorum_Phyram1_Spain),((((Phytophthora_hibernalis_379,Phytophthora_hibernalis_380),(Phytophthora_cryptogea,Phytophthora_erythroseptica)),(((((Phytophthora_syringae,Phytophthora_capsici),Phytophthora_nicotianae),Phytophthora_quercina),((Phytophthora_cactorum,Phytophthora_infestans),Phytophthora_palmivora)),((Phytophthora_megasperma,Phytophthora_gonapodyides),(((Phytophthora_nemorosa,Phytophthora_psychrophila),Phytophthora_ilicis),(((Phytophthora_pseudosyringae_P40_US,Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU16_Germany),Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU25_Italy),Phytophthora_pseudosyringae_IFBPSEU4_Germany))))),(Phytophthora_cambivora,(Phytophthora_sojae,(Phytophthora_cinnamomi_P6379_A1,Phytophthora_cinnamomi_P2444_A2))))),Nephroselmis_olivacea))); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr554] END;