#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on July 10, 2025; 23:47 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: The irpcm phytoplasma/spiroplasma working team P. 2004. Candidatus Phytoplasma¡, a taxon for the wall-less non-helical prokaryotes colonizing plant phloem and insects. IJSEM Papers, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1141] [ The following blocks are input data for analysis step 2063 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2063; DIMENSIONS NTAX=27; TAXLABELS Acholeplasma_palmae Candidatus_Phytoplasma_allocasuarinae Candidatus_Phytoplasma_asteris Candidatus_Phytoplasma_aurantifolia Candidatus_Phytoplasma_australiense Candidatus_Phytoplasma_brasiliense Candidatus_Phytoplasma_castaneae Candidatus_Phytoplasma_cocosnigeriae Candidatus_Phytoplasma_cocostanzaniae Candidatus_Phytoplasma_cynodontis Candidatus_Phytoplasma_fraxini Candidatus_Phytoplasma_japonicum Candidatus_Phytoplasma_luffae Candidatus_Phytoplasma_mali Candidatus_Phytoplasma_oryzae Candidatus_Phytoplasma_palmae Candidatus_Phytoplasma_phoenicium Candidatus_Phytoplasma_pruni Candidatus_Phytoplasma_prunorum Candidatus_Phytoplasma_pyri Candidatus_Phytoplasma_rhamni Candidatus_Phytoplasma_solani Candidatus_Phytoplasma_spartii Candidatus_Phytoplasma_trifolii Candidatus_Phytoplasma_ulmi Candidatus_Phytoplasma_vitis Candidatus_Phytoplasma_ziziphi ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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Candidatus_Phytoplasma_fraxini 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Candidatus_Phytoplasma_japonicum 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Candidatus_Phytoplasma_luffae 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Candidatus_Phytoplasma_mali TTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGT-GCCTAATACATGCAAGTCGAACGGAAACTTTTA-------GTTTCAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGTAACCTGCCTCTTAGACGAGGATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAAGTTTTAAGGCATCTTGAAACTTTTAAAAGACCCGC-----AAGGGTATGCTAAGAGATGGGCTTGCGGCACATTAGTTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGACTATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGATTGAGATACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CGTGAACGATGAAATATTTAGGTATGTAAAGTTCTTTTATTAAAGAA-GAAAAAATGATGG--AAAAATCATT-CTGACGGTATTTAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCTGCGGTAATACATGGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGTGTGTAGGCGGTTTAATAAGTCTATGGTATAAGTTCAACGCTTAACGTTGTGATGCTATGGAAACTG-TTTGACTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGTAGCGAAGGCGGCTTGCTGGGTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGG-TTAAAC-CAGTGCTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCT-GCAAAGCTATAGA--AATATAGTGGAGGTTATCAGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG-CGCAACCCTTATCGCTAGTTACCATCATTTAG--TTGGGCACTTTAGTGAGACTGCCAATGATAA-ATTGGAGGAAGGTGGGGATTACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGAGTAGCTGAAGCGTGAGTTTTTAGCAAATCTCAAAAAAACAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGTGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGAAAGTTGACAATACTCGAAACCAGTAGCCTAACTTGTAAAA----GAGGGAACTGTCTAAGGTAGGGTCGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGGTGGGGAT Candidatus_Phytoplasma_oryzae TTTGATCCTGGCTCAGGATTAACGCTGGCGGCGT-GCTTAATACATGCAAGTCGAACGGAAATTTTCG------GATTTTAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGTAACCTGCCTTTAAGACGAGGATAACAATTGGAAACAGTTGCTAAAACTGGATAGGAAATTAAAAGGTATCTTTTAATTTTTAAAAGACTTCTTT--CGAAGGTATACTTAAAGAGGGGCTTGCGGCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAATGGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CGTGAACGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGTTCTTTTATTGAAGAA-GAAAAAATAGTGG--AAAAACTATC-TTGACGCTATTCAATGAATAAGCCCCGGCAAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTCTATAGTTTAATTTCAGTGCTTAACACTGTCCTGCTATAGAAACTA-TCAGACTAGAGTGAGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGAGGCGTAGGCGGCTTGCTGGGTCTTTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTCGGG--GGAACTCGGTACTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCT-GCAAAGCTATAGC--AATATAGTGGAGGTTATCAGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTAAAACGAG-CGCAACCCTTGTCATTAGTTGCCAGCATGTTATGATGGGCACTTTAATGAGACTGCCAATAAAAA-ATTGGAGGAAGGTGAGGATCACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGAGTAGCTAAAACGTAAGT-TCAAGCCAATCTCAAAAAAACAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTT------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ Candidatus_Phytoplasma_palmae TTTGATCCTGGCTCAGGATTAACGCTGGCGGCGT-GCTTAATACATGCAAGTCGAACGGAAATCTTTTA-----GATTTTAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGCAACCTGCCTTTAAGACGAGAATAACAATTGGAAACAGTTGCTAAGGCTGGATAGGAAATAAAAAGGCATCTTTTTATTTTTAAAAGACCTTTTT-CGGAAGGTATGCTTAAAGAGGGGCTTGCGTCACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGACGATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CGTGAACGACGAAGTACTTCGGTATGTAAAGTTCTTTTATTGAAGAA-GAAACAATAGTGG--AAAAACTATC-TTGACGTTATTCAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGGGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCTCTAGTTTAATTTCAACGCTTAACGTTGTCCTGCTAGAGAAACTG-TTTAACTAGAGTGAGATAGAGGTAAGCGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGTGTAAATATATGGAGGAACACCAGAGGCGTAGGCGGCTTACTGGGTCTTTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACTATGAGTACTAAGTGTCGGGGTTAAACTCGGTACTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGATCCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCT-GCAAAGCTATAGA--AATATAGTGGAGGTTATCAGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTTCTAAAACGAG-CGCAACCCCTGTCGTTAATTGCCAGCACGTTATGGTGGGGACTTTAGCGAGACTGCCAATGAAAA-ATTGGAGGAAGGTGGGGATTACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTATTACAAAGAGTAGCTGAAACGCGAGTTTTCGGCAAATCTCAAAAAAATAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAACCACGAAAGTGGACAATACCCGAAAGCGACAGCCTAACTGCGTAAGC--AGAGGGAATCGTCTAAGGTAGGGTCGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGGTGGGGAT Candidatus_Phytoplasma_phoenicium 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Candidatus_Phytoplasma_pruni TTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGT-GCCTAATACATGCAAGTCGAACGGAAACCTTCG------GGTTTTAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGCAACCTGCCCTTAAGACGAGGATAACAATTGGAAACAGTTGCTAAGACTGGATAGGAAAAGTAAAGGCATCTTTACTTTTTTAAAAGATCTTCTTT--GAAGGTATGCTTAAGGAGGGGCTTGCGACACATTAGTTAGTTGGTAGGGTAAAGGCCTACCAAGACTATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CTTGAACGATGAAGTACCTCGGTATGTAAAGTTCTTTTATTAAGGAA-GAAAAAAGAGTGG--AAAAACTCCC-TTGACGGTACTTAATGAATAAGCCCCGGCTAATTATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAAGGGGCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCTATAGTTTAATTTCAGTGCTTAACGCTGTTGTGCTATAGAAACTG-TTTTACTAGAGTGAGATAGAGGCAAGCGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGAGGCGTAGGCGGCTTGCTGGGTCTTTACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTCGGG-TAAAAC-TGGTACTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTGCGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATTTTCTTGCGAAGTTATAGA--AATATAATGGAGGTCATCAGGAAAACAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTAGGTTAAGTCCTAAAACGAG-CGCAACCCTTGTCGTTAGTTGCCAGCATGTAATGATGGGGACTTTAACGAGACTGCCAATGAAAA-ATTGGAGGAAGGTGGGGATTACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGTTGATACAAAGAGTAGCTGAAACGCGAGTTCTTAGCCAATCTCAAAAAATCAATCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAACCACGAAAGTTGGCAATACCCCAAAGCGGTCACCTAACTTCGCAAG--AAGAAGGATCCGTCTAAGGTAGGGTCGATAATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGTGGGGATG Candidatus_Phytoplasma_prunorum TTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGT-GCTTAATACATGCAAGTCGAACGGAAACTTTTA-------GTTTCAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGTAACCTGCCTCTCAGACGAGGATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATATGAAGTTTTGAGGCATCTCGAAACTTTTAAAAGACCCGC-----AAGGGTATGCTGAGAGATGGGCTTGCGGCACATTAGTTAGTTGGTAAGGTAATGGCTTACCAAGACTATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CGTGAACGATGAAGTATTTAGGTACGTAAAGTTCTTTTATTAAAGAA-GAAAAAATGATGG--AAAAATCATT-CTGACGGTATTTAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCTGCGGTAATACATGGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTAAATAAGTCTATGGTATAAGTTCAACGCTTAACGTTGTGATGCTATAGAAACTG-TTTAACTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGCGTAAATATATGGAGGAACACCAGTAGCGAAGGCGGCTTGCTGGGTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGG-TTAAAC-CAGTGCTGAAGTTAACACATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCT-GCAAAGCTATAGA--AATATAGTGGAGGTTATCAGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG-CGCAACCCTTATCACTAGTTACCATCATTTAG--TTGGGCACTTTAGTGAGACTGCCAATGATAA-ATTGGAGGAAGGTGGGGATTACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGAGTAGCTGAAACGTGAGTTTTTAGCAAATCTCAAAAAAACAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGTGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAACCACGAAAGTTGACAATACCCAAAACCAGTAGCCTAACTTGCAAAA----GAGGGAACTGTCTAAGGTAGGGTTGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGGTGGGGAT Candidatus_Phytoplasma_pyri TTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGT-GCCTAATACATGCAAGTCGAACGGAAACTTTTA-------GTTTCAGT-GGCGAACGGGTGAGTAACACGTAAGTAACCTACCTTTCAGACGAGGATAACAGTTGGAAACGACTGCTAAGACTGGATAGGAAGTTTTAAGGCATCTTGAAACTTTTAAAAGACCCGC-----AAGGGTATGCTGAGAGATGGGCTTGCGGCACATTAGTTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGACCATGATGTGTAGCTGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAAGGAATTTTCGGCAATGGAGGAAACTCTGACCGAGCAACGCCG-CGTGAACGATGAAGTATTTAGGTATGTAAAGTTCTTTTATTAAAGAA-GAAAAAATGATGG--AAAAATCATT-CTGACGGTATTTAATGAATAAGCCCCGGCTAACTATGTGCCAGCAGCTGCGGTAATACATGGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCTATGGTCTAAGTTCAACGCTTAACGTTGTGATGCTATAGAAACTG-TTTGACTAGAGTTGGATAGAGGCAAGTGGAATTCCATGTGT-AGCGGT-AAAATGCGTAAAGATATGGAGGAACACCAGTAGCGAAGGCGGCTTGCTGGGTCTTAACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG-TCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGG-TTAAAC-CAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTACGCAAGTATGAAACTTAAAGGAATTGACGGGACTCCGCACAAGCGGTGGATCATGTTGTTTAATTCGAAGATACACGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCT-GCAAAGCTATAGA--AATATAGTGGAGGTTATCAGGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG-CGCAACCCTTATCGCTAGTTACCATCATTTAG--TTGGGCACTTTAGTGAGACTGCCAATGATAA-ATTGGAGGAAGGTGGGGATTACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACAAACGTGATACAATGGCTGTTACAAAGAGTAGCTGAAGCGTGAGTTTTTAGCAAATCTCAAAAAAACAGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGAATC-AGCATGTCGTGGTGAATACGTTCTCGGGGTTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGAAAGTTGACAATACCCGAAACCAGTAGCCTAACTTGCAAAA----GAGGGAACTGTCTAAGGTAGGGTTGATGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGGTGGGGAT Candidatus_Phytoplasma_rhamni 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Candidatus_Phytoplasma_solani 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Candidatus_Phytoplasma_spartii 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TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1761] END;