#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on May 11, 2024; 22:55 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: O'kelly C., Wysor B., & Bellows W. 2004. Gene sequence diversity and the phylogenetic position of algae assigned to the genera Phaeophila and Ochlochaete (Ulvophyceae, Chlorophyta). Journal of Phycology, null. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1150] [ The following blocks are input data for analysis step 2080 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2080; DIMENSIONS NTAX=52; TAXLABELS Acrochaete_endozoica Acrochaete_leptochaete_MBLPoly1 Acrochaete_leptochaete_NY1b Acrochaete_repens_MA1.1a1 Acrochaete_repens_MA1.1c2a Acrochaete_viridis_MA1.2a1 Acrochaete_viridis_MA1.2d2 Acrosiphonia_arcta Acrosiphonia_duriuscula Acrosiphonia_sp Bolbocoleon_piliferum_MA3.1b1 Bolbocoleon_piliferum_WA1.6a Bolbocoleon_piliferum_WA1.7b Bolbocoleon_piliferum_WA2.9b2a Bolbocoleon_piliferum_WAz1 Collinsiella_tuberculata Dangemannia_microcystis Desmochloris_halophila Endophyton_ramosum Enteromorpha_sp._WA4.20b Entocladia_tenuis_Ma2.6a1 Entocladia_tenuis_WA2.22b3 Eugomontia_sacculata Gloeotilopsis_paucicellularis Gloeotilopsis_planctonica Gloeotilopsis_sarcinoidea Gomontia_polyrhiza Halochlorococcum_moorei Monostroma_grevillei Ochlochaete_hystrix_MA1.08d2 Ochlochaete_hystrix_MA1.8d1 Oltmannsiellopsis_viridis Percursaria_WA4.20a Percursaria_percursa Phaeophila_dendroides_FR1.2a2 Phaeophila_dendroides_MA2.4a1 Phaeophila_dendroides_WA1.15D Phaeophila_dendroides_WA2.4a1 Planophila_laetevirens Pseudendocloniopsis_botryoides Pseudendoclonium_basilense Pseudoneochloris_marina Ulothrix_zonata_SAG Ulothrix_zonata_UTEX745 Ulva_WA1.3b Ulva_californica Ulva_curvata Ulva_intestinalis Ulva_intestinalis_SY0104 Ulva_rigida Ulvaria_3.3DMK Urospora_penicilliformis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2443] TITLE 1561_bp_SSU; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2080; DIMENSIONS NCHAR=1561; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Acrochaete_endozoica 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Acrosiphonia_duriuscula 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Acrosiphonia_sp 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Bolbocoleon_piliferum_MA3.1b1 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Bolbocoleon_piliferum_WA1.6a 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Bolbocoleon_piliferum_WA1.7b 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Bolbocoleon_piliferum_WA2.9b2a 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Collinsiella_tuberculata 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Dangemannia_microcystis 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Desmochloris_halophila 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Endophyton_ramosum 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Eugomontia_sacculata 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Gloeotilopsis_paucicellularis 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Gloeotilopsis_planctonica 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Gloeotilopsis_sarcinoidea 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Pseudendocloniopsis_botryoides TTATACGGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCTTGCTACTCGGATAACCGTAGTAAAACTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTCACGAAGGGACGTATTTATTAGATCCAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-CTCTTGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTAGTAATGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAGTACTGGGCCTTC--GGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGGCCCGCCTTGCTGTCGTCGACGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATCCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTGTTT-GATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGG-AGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACATCTGCTTCTGCAGTTGGCGCACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACAAGTT-CCTTGGTCGAAAGGTCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGACATCGGATTGGTGAGAAGTTGT Pseudendoclonium_basilense TTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCTTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCGTAAATCCCGACTCACGAAGGGACGTATTTATTAGATCCAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-CTCTTGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTAGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAATACTGGGCCTTC--GGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGGCCCGCCTTGCTGTCGTCGACGAGGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTGTTT-GATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGG-AGCGTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACTTCTGCTTCGGCAGTTGGCGCACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACAAGTT-CCTTGGTCGAAAGGTCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGTGCTGGTGAAGATTTCGGATTGGTGAGAAGTTAT Pseudoneochloris_marina 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Ulothrix_zonata_SAG 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Ulothrix_zonata_UTEX745 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Ulva_WA1.3b 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Ulva_californica 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Ulva_curvata 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Ulva_intestinalis 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Ulva_intestinalis_SY0104 TTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCACACTACTCGGATAACCGTAGTAAAGCTACAGCTAATACGTGCGTAACTCCCGACTCACGAAGGGACGTATTTATTAGATTCAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-TCTTTGGTGAATCATGGTAACTTCACGAATCGCAGGGT-TTACCCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTTGTATAGAAGACTACCGTGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAATTCTGGGCCACT--TGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAACGCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGGCCCTCCTTCTTGCCGTCGGCGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCTTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTATAGGACCAGAGTAATGATTAAGAAGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTACGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTTTTT-GATGACTCCGCCAGCACCTCATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGG-AGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAAACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACGATTGCTGCGGCAGTCGCG-CGCTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCTCCTAAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACGAGCT-CCTTGACCGAGAGGCCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGCGTTAGGACTGGCGGGAATTTCG Ulva_rigida 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Ulvaria_3.3DMK TTATACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCACACTACTCGGATAACCGTAGTAAAGCTACAGCTAATACGTGCGTAACTCCCGACTCACGAAGGGACGTATTTATTAGATTCAAGACCGACCGTGCT-TGCACG-TCTTTGGTGAATCATGGTAACTTCACGAATCGCAGGGTC-TATCCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAACTTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTGGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAATTCTGGGCCACA--TGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATGTAAACGCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGGCCTACCTTGCTGCCGTCGGCGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCTTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTATAGGACCAGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGGTGTTTTTTT-GATGACTCCGCCAGCACCTCATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGG-AGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACGTCTGCTGCGGCAGTCGAG-CACTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACGAGCT-CCTTGACCGAGAGGCCCGGGTAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGCGTTAGGACTGGCGGGAATTTCG Urospora_penicilliformis TTATACTTTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTAGAGTTTATTTGATGG-TACCTTACTACACGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAACCCGTGCGTAAATCCCGACTCACGAAGGGACGTATTTGTTAGATCCAAGGCCGACCGTGCT-TGCACG-TTCTTGGTGAATCATGATAACTTCACGAATCGCATGGCCTCGTGCCGGCGATGTTTCATTCAACTTTCTGCCCTATCAA-TTTCGACGGTAGTATAGAGGACTACCGTGGTAGTAACGGGTGACGGAGGATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAA-----------TAAATATCAGTACTGGGC-TTC--GGGTCCGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTTCGGGGCC-GCCTTGCTGTCGTCGACGATGTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGAATATAATAGCATGGGATAACACGACAGGACTCTGG-CCTATCGTGTTGGTCTGTAGGACCGGAGTAATGATTAAGAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACATCTGCGAAAGCATTTGTCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATTAGATACCGTCGTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACTAGGGATTGGCGGATGTTTGTTT-AATGACTCCGCCAGCACCTTATGAGAAATC-AAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGCGTGG-AGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAAACTTACCAGGTCCAGACATAGGAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGGTTGCCTTGTCAGGTTGATTCCGGTAACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAAATAGTGACGATTGCTTTGGCAGTTGGCCCGCTTCTTAGAGGGACTGTTGGCGTCTAGCCAATGGAAGTATGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTT-AGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATACGTTCAACAAGTT-CCTAGGCCGAAAGGTCCGGGCAATCTT-TGAAACCGTATCGTGATGGGGATAGAACATTGCAATTATTGTTCTTCAACGAGGAATGCCTAGTAAGCGTGAGTCATCATCTCGCGTTGATTACGT-CCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAACGTGCTGGTGAAGAGTTCGGATTGGCGAGAAGTTCT ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 1561_bp_SSU) = N: 1-1561; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 1561_bp_SSU) = N: 1-1561; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2080 ] BEGIN TREES; TITLE Tb6855; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2080; TREE Fig._1 = [&R] (Oltmannsiellopsis_viridis,(((((((((((Ulva_intestinalis,Enteromorpha_sp._WA4.20b,Ulva_rigida),Ulva_intestinalis_SY0104)Ulva,Percursaria_WA4.20a),Ulvaria_3.3DMK)Ulvaceae,(Entocladia_tenuis_WA2.22b3,Ochlochaete_hystrix_MA1.08d2)),(((Acrochaete_viridis_MA1.2a1,(Acrochaete_leptochaete_NY1b,Acrochaete_leptochaete_MBLPoly1),Acrochaete_repens_MA1.1a1),Endophyton_ramosum),Acrochaete_endozoica)Ulvellaceae),Bolbocoleon_piliferum_MA3.1b1),(Phaeophila_dendroides_MA2.4a1,(Phaeophila_dendroides_WA2.4a1,Phaeophila_dendroides_FR1.2a2)))Ulvales,(Desmochloris_halophila,Halochlorococcum_moorei)),Pseudoneochloris_marina),((((Gloeotilopsis_planctonica,Gloeotilopsis_paucicellularis),Gloeotilopsis_sarcinoidea),Pseudendoclonium_basilense,Ulothrix_zonata_UTEX745,Ulothrix_zonata_SAG,(Collinsiella_tuberculata,Eugomontia_sacculata,Gomontia_polyrhiza,Monostroma_grevillei)'species with shell-boring sporophytes',(Planophila_laetevirens,Pseudendocloniopsis_botryoides)),((Acrosiphonia_arcta,Acrosiphonia_duriuscula,Acrosiphonia_sp)Acrosiphonia,Urospora_penicilliformis)Acrosiphoniaceae)),Dangemannia_microcystis); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1776] END;