#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on November 10, 2026; 4:43 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Ickert-bond S., & Wojciechowski M. 2004. Phylogenetic Relationships in Ephedra (Gnetales): Evidence from Nuclear and Chloroplast DNA Sequence Data. Systematic Botany, 29(4): 834-849. TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S1230] [ The following blocks are input data for analysis step 2231 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep2231; DIMENSIONS NTAX=68; TAXLABELS Ephedra_altisssima_var._algerica Ephedra_americana_1 Ephedra_antisyphilitica Ephedra_aphylla_1 Ephedra_aphylla_2 Ephedra_aspera Ephedra_boelkei Ephedra_breana Ephedra_californica Ephedra_chilensis Ephedra_compacta Ephedra_coryi Ephedra_cutleri Ephedra_distachya_1 Ephedra_distachya_2 Ephedra_distachya_subsp._helvetica Ephedra_fasciculata Ephedra_fedschenkoa Ephedra_foeminea Ephedra_fragilis_1 Ephedra_fragilis_2 Ephedra_fragilis_3 Ephedra_fragilis_4 Ephedra_frustillata Ephedra_funerea Ephedra_gerarardiana Ephedra_gracilis Ephedra_larestanica Ephedra_major_subsp._major Ephedra_major_subsp._procera_1 Ephedra_major_subsp._procera_2 Ephedra_monosperma_1 Ephedra_monosperma_2 Ephedra_multiflora Ephedra_nevadensis Ephedra_ochreata Ephedra_pedunculata Ephedra_przewalskii_1 Ephedra_przewalskii_2 Ephedra_regeliana Ephedra_rupestris_1 Ephedra_rupestris_2 Ephedra_saxatilis Ephedra_saxatilis_1 Ephedra_saxatilis_2 Ephedra_sinica Ephedra_sinica_b Ephedra_sinica_var._pumila Ephedra_somalensis Ephedra_sp._nov._Miehe_00_124_02 Ephedra_strobilacea Ephedra_torreyana_var._powelliorum Ephedra_transitoria Ephedra_triandra Ephedra_tweediana Ephedra_viridis Gnetum_cuspidatum Gnetum_gnemon Gnetum_gnemonoides Gnetum_indicum Gnetum_leptostachyum Gnetum_leyboldii Gnetum_luofuense Gnetum_montanum Gnetum_parvifolium Gnetum_ula Pinus_thunbergii Welwitschia_amabilis ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M2842] TITLE 'Plastid rps4 gene and rps4-trnS IGS'; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2231; DIMENSIONS NCHAR=729; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=? GAP= -; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 ] [ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ] Ephedra_altisssima_var._algerica ?????????????????ACCTCGGTTCAAAATCATACGTCGTCTTAAAACATTACCAGGACTTACGAGTAAAAGACCTAAATATAAAAAACGTGTTCACC---GGTCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATATCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATTTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGACGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGAGAAAAAGCGGGAAATGCGGAAAGAGAGGGATTC????????????????????????? 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Ephedra_compacta ??????????????AGGCCCTCGGTTCAAAATCATACGCCGTCTTAAAACATTACCAGGACTTACGAGTAAAAGACCTAAATATAAAAAACGTGTTCACC---GATCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATATCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATCTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAACAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGGCGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGAGAAAAAACGGGAAATGCGGAAAGAGAGGGATTCGAACCCTCGGAAACAAA???????? 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Ephedra_torreyana_var._powelliorum ?????????????GAGGACCTCGGTTCAAAATCATACGCCGTCTTAAAACATTACCAGGACTTACGAGTAAAAGACCTAAATATAAAAAACGTGTTCACC---GATCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATATCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATCTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAACAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGGCGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGAGAAAAAACGGGAAATGCGGAAAGAGAGGGATTCGACCCCCCCCGAGCAA????????? 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Ephedra_triandra ??????????????????CCTCGGTTCAAAATCATACGCCGTCTTAAAACATTACCAGGACTTACGAGTAAAAGACCTAAATATAAAAAACGTGTTCATC---GATCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATATCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATCTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAACAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGACGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGAGAAATATCGGGAAATGCGGAAAGAGAGGGATTCGA??????????????????????? Ephedra_tweediana ????????????GGAGGACCTCGGTTCAAAATCATACGCCGTCTTAAAACATTACCAGGACTTACGAGTAAAAGACCTAAATATAAAAAACGTGTTCACC---GATCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATATCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATCTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAACAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGACGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGAGAAAAAACGGGAAATGCGGAAAGAGAGGGATTCCAACCC??????????????????? Ephedra_viridis ?????????????????????????????????????????????????????????????TTACGAGTAAAAGGCCTAAATATAAAAAACGTGTTCACC---GATCTTCTCGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAATGTCTCGTTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGCTTAACAGAACGACAATTACGGCAATATGTTCATATTGCTAAAAATGCTCAGGGGTCAACAGGCCAGGTCTTACTTCAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTCTTTTTCGATTAGGTATAGCTCGTACTATTCCTGGAGCCAGGCAACTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTCAATCATCATATAGTGGATATACCAAGTTATCGTTGTAAACCCCAAGATATTATAACTTTAAAAGGAAAAGATCCAGAAAGACTGAGAATTCGAATGAAAAAAAGTTGGGGTCAACTTTGGAAAAATAGAAATAGAGTACCACATTATCTGACCTTCAATTTGTCACAAAATAAAGGAATAGTTAACAAAATTATAGATACAAAAGATCTTCAATTAAAAATTAAAGAAATGCTAGTTATAGAATATTATTCTCGGCGGATTTAA---TCCAAAAAATGGGGTTTCGATCTTTTCTTTTCC-----AAAAGGAGAAAAAAACGGGGAAAATGC????????????????????????????????????? Gnetum_cuspidatum ?????????????????ACCTCCGTTTCAAAATATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGGACTCATTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGATCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTCAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAAGAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATATTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGAG-----AATATTTTTGGACATT-GATTTTACGTAGTAAAGGTGAAAAGT???????????????????????????????????????????????? Gnetum_gnemon ??????????????????????????AAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGGACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGTCAGTATGTTCAGATTGCTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCAGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATTATGTAGTTAATATACCGAGTTATCGGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAACCCCGACCAGCTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAAGAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGATATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGGG-----AATATTTTTGGACATT-GATCTTACGTAGTAAAGATGAAAAGTAAGATACGGAAAGAGA???????????????????????????????? Gnetum_gnemonoides ??????????????????ACCTCGTTTCAAAATATACGCCGCCTAAAAACATTACCAGGACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGTCAGTATGTTCAGATTGCTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCAGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATTATGTAGTTAATATACCGAGTTATCGGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAACCCCGACCAGTTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTCTCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGACGAATTTAAATCAAGGGG-----AATATTTTTGGACATT-GATCTTACGTAGT????????????????????????????????????????????????????????????? Gnetum_indicum ?????????????CAAAATACCAGGCCCGAACCCTGGTGGCACACAACCCAGGAACTTAACTTACTAGTAAACGACCCAAATATCAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGAG-----AATATTTTTGGACAGT-GATCTTACGTAGTAAAGGTGTAT??????????????????????????????????????????????????? Gnetum_leptostachyum ?????GTAATTGGAGGGACCTCGTTTTAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGGACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGACTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAAAAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCCCCG???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Gnetum_leyboldii ????????????GAGGACCCTCGTTTTAAAATAATACGCCGCCTTAATACATTACCAGGACTCACTAGTAAACAACCCAAATATAAAAAGGGTGTCCGTC---AATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCAGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTGCTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCAGTTGGGCTTGACTGGTACCATCCCTGCAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCGGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAACCCCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGACTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTTTGGATTTATCACAAAAAAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGGG-----AATATTTTTGGACATT-GATCTTACGTAGTAAAGGTGAAAAGTAAGATACGGAAAGAGAGGGATTCGAAC????????????????????? Gnetum_luofuense ?????GGTTATTGGAGGACCTCGTTTCAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATAACCAGGACTCACTAGTAATCGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGAG-----AATATTTTTGGGA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Gnetum_montanum ??????????????GGGACCTCTTTTCAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGTACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGAG-----AATATTTTTGGACATT-GATCTTACGTAGTAAAGGTGTATAGTTAGATACGGAAAGAG????????????????????????????????? Gnetum_parvifolium ?????????????GAGGACCTCGTTTCAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGGACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGACCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAAATCAAGGAG-----AATATTTTTGGACATT-GATCTTACGTAGTAAAGGTGAAAAGTAAGATACGGAAAGAGAGGGATTCTAAC????????????????????? Gnetum_ula ???????????????????????TTTCAAAATAATACGCCGCCTTAAAACATTACCAGGACTCACTAGTAAACGACCCAAATATAAAAAGCGTGTCCGTC---GATCTTCTAGACCCTGGTGGAAAAAATCTCGGCATCTTGCTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATCCGTTTTCATTTTGGATTAACAGAACGACAGTTACGCCAGTATGTTCAGATTACTAAAAAAGTTCAGGGGTCGACGGGGCAAGTTCTTTTACAATTACTCGAAATGCGTTTAGATAACATTCTTTATCGGTTGGGCTTGGCTGGTACCATCCCTGGAGCCAGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTGGTGAATGATCATGTAGTTAATATACCGAGTTATCAGTGTAAACCCCAGGATGTTATAACTATCAAAGGGAAAAAGATCGACCAACTGAAAACTATCATAACTAGAAATAGGAATAAGGCTCGGGAAAATAAAATT------CCATATCATTTGACTCTGGATTTATCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGACATTCAATTGAATATTAAAGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTCTCGCCGAATTTAA---ATCAAGGAGAATATTTTTGGACATTGATCTTACGT---AGTAAAGGTGAAAAGTAAGATACGGAAAGTGT???????????????????????????????? Pinus_thunbergii ATGTCCCGTTATCGGGGACCTCGTTTAAAAATAATACGTCGTCTGAAAACTTTACCAGGTCTCACTAGTAAAAGACCCAAAAACAGAAAG------GATTCTATGAACCGGTCTTCTTCCAGGAAAATATCTCAATATCGTATCCGGCTAGAAGAAAAACAGAAATTGCGTTTTCATTACGGACTAACAGAGCGACAATTGCTGAAATATGTTCGTATTGCTAGAAGAGCCAAAGGCTCAAGG------GTCAGGTCTATTGCAATTACTGAAATGCGTTTGGATAAATCTTTTTCGATTGGGTATGGC---TCCACATCCGGAGCTAGACAATTAGTGAATCATGGACATATCCGGGTCAATGACCATATGGTAGATATACCAAGTTACCCTTGCAAACCTCAAGATGTGATTACTATAAGA------GATCAACAAAGATTGAGAGCTATCATTAAGAAGAATATAGATCTGTTCCAGAGGGATAAATTG------CCAAATCATTTGACTTTTCATTCCTTACAATATAAAGGATTCATCAATCAAATAATAGATAGTAAATGGATCAATTTGAAGATTAATGAATTGCTGGTCGTAGAGTATTATTCCCGTCAAGCTTGA---?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Welwitschia_amabilis ???????????????????????????????TAATACGCCGTCTGAAAACCTTACCGGGGCTTACTAGTAAAAGACCCAAATATAAAAAGCGTGTTCGACGCCGATTTTCTAGGCCCTGGTGGAAAAAATCTCAACATCTTATTTGTTTACAAGAAAAACAAAAAATTCGTTTTCATTATGGATTAACAGAACGACAATTACGTCAATATATAAATATTGCTAAAAGAGCTCAGGGATCGACGGGCCAAGTCCTTTTACAATTACTTGAAATGCGTTTAGATAATATTATTTTTCAGCTAGGAATTGCTCGTACCATTCCTGCAGCTCGACAAATAGTTAATCATAGACATGTTTTAGTGAACGGTCGTGTAGTGGATATACCAAGTTATCGGTGTAAACCCCAAGATGTCTTAACTATAAAAACAAAAAATCCAGAAGAGCTGAGAACTATCATTAATAAAAATAGGAGTAAGTTCCGAAGAAAA---GTA------CCATATCATTTAACTCTGGATTTGGCACAAAATAAAGGAATAGTTAATAAAATAATAGATAGAAAAGATATTCAATTAAAGATTCAGGAAATGTTAGTTATAGAATATTATTGTTAG?????????---?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ; END; BEGIN CODONS; CODONPOSSET * CodonPositions (CHARACTERS = 'Plastid rps4 gene and rps4-trnS IGS') = N: 1-729; CODONPOSSET CodonPositions (CHARACTERS = 'Plastid rps4 gene and rps4-trnS IGS') = N: 1-729; END; [ The following blocks are output data for analysis step 2231 ] BEGIN TREES; TITLE Tb7006; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep2231; TREE Fig._3 = [&R] (Pinus_thunbergii,((Welwitschia_amabilis,(Gnetum_ula,((Gnetum_gnemon,Gnetum_gnemonoides),Gnetum_leyboldii),Gnetum_cuspidatum,Gnetum_parvifolium,Gnetum_montanum,Gnetum_indicum,Gnetum_leptostachyum,Gnetum_luofuense)Gnetaceae),(((Ephedra_larestanica,(Ephedra_aphylla_1,Ephedra_fragilis_1,Ephedra_fragilis_4),Ephedra_aphylla_2,Ephedra_fragilis_2,Ephedra_fragilis_3,Ephedra_foeminea,Ephedra_altisssima_var._algerica),Ephedra_distachya_1,(Ephedra_fedschenkoa,Ephedra_sinica,Ephedra_sinica_var._pumila,Ephedra_przewalskii_1,Ephedra_przewalskii_2),Ephedra_monosperma_1,Ephedra_saxatilis,Ephedra_strobilacea,Ephedra_regeliana,Ephedra_transitoria,(Ephedra_nevadensis,Ephedra_antisyphilitica,Ephedra_torreyana_var._powelliorum,Ephedra_funerea,Ephedra_aspera,Ephedra_cutleri,Ephedra_fasciculata,Ephedra_californica,Ephedra_viridis,Ephedra_pedunculata,Ephedra_coryi,(Ephedra_frustillata,Ephedra_gracilis,Ephedra_rupestris_2,Ephedra_triandra,Ephedra_tweediana,Ephedra_chilensis,Ephedra_multiflora,Ephedra_breana,Ephedra_boelkei),Ephedra_ochreata,Ephedra_americana_1,Ephedra_rupestris_1,Ephedra_compacta)New_World_Ephedra,Ephedra_distachya_subsp._helvetica,Ephedra_distachya_2,Ephedra_gerarardiana,Ephedra_monosperma_2,Ephedra_sinica_b,Ephedra_major_subsp._procera_1,Ephedra_major_subsp._procera_2,Ephedra_major_subsp._major,Ephedra_saxatilis_1,Ephedra_saxatilis_2,Ephedra_sp._nov._Miehe_00_124_02),Ephedra_somalensis)Ephedraceae)Gnetales); [! TreeBASE tree URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/tree/TB2:Tr1896] END;