#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. Generated on January 13, 2026; 13:09 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Cacciali P., Lotzkat S., Gamble T., & Koehler G. 2018. Cryptic diversity in the Neotropical gecko genus Phyllopezus Peters, 1878 (Reptilia: Squamata: Phyllodactylidae): A new species from Paraguay. International Journal of Zoology, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S22091] [ The following blocks are input data for analysis step 22344 ] BEGIN TAXA; TITLE TaxaForAnalysisStep22344; DIMENSIONS NTAX=65; TAXLABELS Phyllodactylus_unctus 'Phyllopezus lutzae CHUNB_50461' 'Phyllopezus lutzae CHUNB_50463' 'Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84995' 'Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84996' 'Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84997' Phyllopezus_periosus 'Phyllopezus periosus CHUNB_61920' 'Phyllopezus periosus FRD_851' 'Phyllopezus periosus MTR_887022' 'Phyllopezus pollicaris I JC_1219' 'Phyllopezus pollicaris III_JC_1503' 'Phyllopezus pollicaris III_MTR_13452' 'Phyllopezus pollicaris III_MTR_887703' 'Phyllopezus pollicaris II_CHUNB_55904' 'Phyllopezus pollicaris II_PV_1053' 'Phyllopezus pollicaris II_PV_1059' 'Phyllopezus pollicaris IV_LG_1309' 'Phyllopezus pollicaris IV_LG_1792' 'Phyllopezus pollicaris IV_LG_1815' 'Phyllopezus pollicaris IV_LG_1845' 'Phyllopezus pollicaris IV_MTR_6733' 'Phyllopezus pollicaris IV_MTR_6822' 'Phyllopezus pollicaris I_JC_1153' 'Phyllopezus pollicaris I_JC_1182' 'Phyllopezus pollicaris I_JC_1185' 'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_1011' 'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_1342' 'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_1343' 'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_807' 'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_808' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_2346' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_2807' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_2958' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_2959' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_3681' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_3748' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_4960' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_887020' 'Phyllopezus pollicaris VIII_MZUSP_92491' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_36991' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_36992' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_37001' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_43849' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_43850' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_43852' 'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_58320' 'Phyllopezus pollicaris VII_LG_1310' 'Phyllopezus pollicaris VI_MTR_3074' 'Phyllopezus pollicaris VI_MTR_3263' 'Phyllopezus pollicaris VI_MTR_3287' 'Phyllopezus przewalskii LG_1093' 'Phyllopezus przewalskii LJAMMCNP_12072' 'Phyllopezus przewalskii LJAMMCNP_12083' 'Phyllopezus przewalskii MNCN_5903' 'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11412' 'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11426' 'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11957' 'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11958' 'Phyllopezus przewalskii MTD_43490' 'Phyllopezus przewalskii MTD_43492' 'Phyllopezus przewalskii SMF_100495' 'Phyllopezus przewalskii TG_00105' 'Phyllopezus sp MNHNP_2_39' 'Phyllopezus sp MNHNP_2_40' ; END; BEGIN CHARACTERS; [! 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'Phyllopezus periosus FRD_851' ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TACAAAAAACCCAATGACCGCAATACGAAAAACCCACCCAACACTGAAAATCATCAACAACTCCCTTATTGACCTACCAACACCCTCCAACATCTCTGCCTGATGAAATTTTGGGTCCTTATTAGGCCTGTGCCTAATAGTGCAGATCCTCACTGGTCTGTTCCTCGCAATACACTACACCGCCGATACGTCCCTGGCCTTCTCCTCCGTAGCCCACATTTGCCGCGACGTAAAACATGGCTGACTCATTCGGAACCTCCACGCCAACGGAGCCTCAATATTCTTCATCTGCCTGTACCTCCACATCGGCCGGGGCCTGTACTATGGCTCCTATTTATATAAAGAAACCTGAAACATCGGAGTACTCCTACTACTCCTAGTAATGGCCACCGCATTTGTAGGCTACGTCTTGCCATGGGGCCAAATATCATTCTGGGGCGCCACCGTCATTACCAACCTCCTCTCAGCCACCCCATACATCGGCCCAGATCTTGTTGCCTGAATCTGAGGGGGCTTCTCAGTCGACAACGCAACCCTAACGCGCTTCTTCACTTTCCACTTTCTATTGCCGTTTGCCATTGTAGCCCTAATACTCCTCCACCTACTATTCCTACACGAAAGCGGATCAAATAACCCAACGGGCATAAACTCCAACACAGACAAAATTCCATTCCACCCGTACTACTCCTACAAAGACCTACTGGGCACCACATTTATGGTTACAGCACTGTTATACCTGGCGCTGGCCTCACCATACCTACTGGGCGACCCAGAAAACTTCAGCCCAGCAAACCCCCTTGTAACACCCCCCCACATTAAGCCTGAGTGGTATTTCCTCTTTGCCTACGCAATTCTACGATCAATTCCAAATAAACTTGGGGGAGTCCTAGCCCTCGTGCTATCCATC?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? 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'Phyllopezus pollicaris IV_MTR_6733' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_LG_808' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_2346' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_3681' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_3748' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_MTR_887020' 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'Phyllopezus pollicaris VIII_MZUSP_92491' 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'Phyllopezus pollicaris VII_CHUNB_36991' 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'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11412' 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'Phyllopezus przewalskii MNHNP_11426' 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; END; [ The following blocks are output data for analysis step 22344 ] BEGIN TREES; TITLE Phyllodactylidae_Concatenated_BIT; LINK TAXA = TaxaForAnalysisStep22344; TREE con_50_majrule = [&R] (Phyllodactylus_unctus:1.126404,('Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84995':0.003386,'Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84996':0.009704,'Phyllopezus maranjonensis ZFMK_84997':0.003376):0.364887,(('Phyllopezus lutzae CHUNB_50461':0.003139,'Phyllopezus lutzae CHUNB_50463':0.003642):0.231937,((('Phyllopezus periosus CHUNB_61920':7.0E-4,Phyllopezus_periosus:6.79E-4,'Phyllopezus periosus FRD_851':7.0E-4):0.095664,'Phyllopezus periosus MTR_887022':0.301293):0.262878,(((('Phyllopezus pollicaris I_JC_1153':0.001528,'Phyllopezus pollicaris I_JC_1185':5.66E-4):0.001428,'Phyllopezus pollicaris I_JC_1182':0.002335,'Phyllopezus pollicaris I JC_1219':0.00352):0.279187,(('Phyllopezus pollicaris II_PV_1053':3.64E-4,'Phyllopezus pollicaris II_PV_1059':3.49E-4):0.254904,'Phyllopezus pollicaris 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